三峽淹沒的水下城市有:巫峽鎮、沙河鎮、永安鎮、漢豐鎮、名山鎮、歸州鎮、高陽鎮、信陵鎮,雲陽鎮,萬州區、涪陵區、忠縣忠州鎮、城關鎮。這些城市中,有被全部淹沒的,也有部分淹沒的。
重慶的萬州區和涪陵區,以及忠州鎮和城關鎮是被三峽部分淹沒的,重慶雲陽鎮是大部分被三峽淹沒,其他地區是被三峽全部淹沒。
在修建三峽大壩中被淹沒的地區,統稱為三峽庫區,三峽庫區的面積是7.9萬平方千米,淹沒了1.94萬公頃的田地。
被淹沒地區的共產生了117.15萬人的移居,安置移居民眾的問題,是三峽水庫在建造工程要解決的頭等任務。