肽鍵是一分子氨基酸的α－羧基和一分子氨基酸的α－氨基脫水縮合形成的醯胺鍵，即-CO-NH-。氨基酸借肽鍵聯結成多肽鏈。是蛋白質分子中的主要共價鍵，性質比較穩定。它雖是單鍵，但具有部分雙鍵的性質，難以自由旋轉而有一定的剛性，因此形成肽鍵平面，則包括連線肽鍵兩端的C═O、N－H和2個C共6個原子的空間位置處在一個相對接近的平面上，而相鄰2個氨基酸的側鏈R又形成反式構型，從而形成肽鍵與肽鏈複雜的空間結構。