新疆醫科大學的前身為新疆醫學院和新疆中醫學院。新疆醫科大學主要的3個校區:雪蓮山校區位於烏魯木齊市水磨溝區尚德北路567號。新醫路校區位於烏魯木齊市新醫路393號。巴州校區位於新疆巴音郭楞蒙古自治州庫爾勒市英下鄉北京路89號。
1998年6月,新疆醫學院與新疆中醫學院合併成立新疆醫科大學。新疆醫科大學位於新疆烏魯木齊,是新疆唯一一所獨立建制的醫學院校。
截至2021年5月,新疆醫科大學有雪蓮山校區、新醫路校區、鯉魚山校區、明園校區、倉房溝校區5個校區,其中雪蓮山校區佔地2165畝。