第一次南巡是康熙在1681年最終鎮壓三藩之亂後數年間進行的全面巡視的一部分。在1684年南巡開始前,就釋出了各種詔書試圖防止嚴重的濫用職權行為的增長。定下扈從的組成:陪同皇帝御馬的人員和鑾輿衛、八旗北京駐軍;跟隨他們的是衙門扈從官,從內閣學士、翰林院學士、各部尚書、各司郎中、監督、醫生、起居注官員中挑選的約九十人,輪流陪伴這些人的是必要的秘書和辦事員。總數約是一千人,很可能曹寅即是其中之一。
皇帝所到之處有大量官員和百姓迎接毫不奇怪。1675年會典規定無論何時皇帝出遊,方圓百里內的所有官員必須前來接駕;不這樣做的,初犯者罰去一年俸祿,再犯者將被貶降兩級調走。1684年鴻臚寺的官員強化了這些規定,他們騎馬行進在隊伍前列,指揮百里內所有官員召集當地鄉紳和士民在皇帝到達和離去時跪拜致意。軍官們及其軍隊也是如此。
1684年11月5日皇帝和扈從離開北京從陸路行往南方,1685年1月3日,在六十天的旅行後回到皇宮。
毋庸置疑,這次巡視中康熙評估了中心省份對清政權的態度,因而他謹慎考慮了行進路線。比如他繞過揚州,那是1645年滿洲軍隊大肆屠殺漢族居民的地方,沒有到蘇州以南戰鬥更殘酷的杭州附近。江寧與前明政權有密切的聯絡,一度是明朝,當時每晚閱讀《史記》到午夜後。在江寧城外的句容縣,他停下佇列詢問當地縣官莊稼的收成,並敦促他愛民如子。這些詢問創造出一個傑出的君主形象。但除了所有這些為贏得聲譽所做的努力外,皇帝仍然謹慎而實際,與韃靼將軍留在江寧封閉的滿洲城內。只是在後來的巡視中他才冒險進城,駐進織造衙門。
第一次南巡某種意義上是偵察探險,雖然皇帝注意到河道事務,但直到1689年第二次南巡他才認真解決這一問題。第二次南巡前一份詔書宣佈,由於有皇帝應親自視察河務的請求,他才這麼做的。他反覆強調不應由於南巡向百姓額外徵稅,所有供給必須提前以流通市價購買,地方官員不得給扈從成員送禮。
1689年1月28日,在長子胤禔和于成龍(1684年他得到賞識,此時是直隸巡撫)陪同下,皇帝離開北京,從陸路往南到宿遷縣。這裡是黃河和大運河會合的樞要地區。在此他開始熱心地視察河務。其後是很長的有關河務的討論,然後皇帝乘船視察了清河縣。繼續順大運河而下,過了揚子江,兩天後到達蘇州,2月28日抵達大運河終點的杭州。
3月16到21日在江寧,3月23日和24日在揚州,然後他迅速地沿大運河北上,僅僅停留了兩天視察更多河務,4月7日他到達天津。因為這天是他的生日,名義上的皇太子(胤礽)和其他皇子、所有高官都從首都來迎接並護送他回宮。第二次南巡花了七十天。