解剖上的賁門位於管狀食管向下延伸為囊狀的胃壁處的食管胃交界，在希氏角或腹膜反折水平，相當於食管下括約肌下緣，向上與食管相接續。通常位於第11胸椎體左側、第7肋軟骨後方，距腹前壁約10cm，與中切牙相距約40cm。食管腹部在下行時急轉向左，與賁門相延續。食管右緣與胃小彎相延續，左緣與胃大彎連續。在解剖上無特定的與賁門有關的括約肌。