穆宗契天隆道淵懿寬仁顯文光武純德弘孝莊皇帝朱載垕，明世宗第三子。其母為杜康妃。
嘉靖十八年(1539)二月封為裕王，與莊敬太子、景恭王同一天受冊封。不久，莊敬太子死去，世宗因裕王年長並且有才能，被定為皇位的繼承人，然而，朝中內外猜忌懷疑，經常有人談論此事，世宗於是命令裕王前往封國。
嘉靖四十五年(1566)十二月十四日，明世宗死。二十六日，朱載篨即皇帝位。以第二年為隆慶元年，大加赦免。不適合本朝的前朝政令均因遺詔改變。下詔任用因提建議而得罪的諸位大臣，已死去的加以撫卹記功。方士全部交給法官治罪，停止一切齋戒工作及額外採辦買賣。減免明年天下田賦的一半，以及直到嘉靖四十三年(1564)以前欠交賦稅。戶部主事海瑞釋放出獄。這年，土魯番來朝進貢。
隆慶元年(1567)正月十日，停止睿宗明堂附祭。十二日，恢復鄭王朱厚烷爵位。二十一日，追尊其母康妃為孝恪皇太后。二月二日，祭大社大稷。九日，冊立陳妃為皇后，吏部侍郎陳以勤為禮部尚書兼文淵閣大學士，禮部侍郎張居正為吏部左侍郎兼東閣大學士，參與軍國大事。三月十七日，安葬肅皇帝於永陵。三十日，土蠻侵犯遼陽，指揮王承德戰死。
四月一日，祭奉太廟。二十一日，禁止屬國進獻珍禽異獸。二十二日，去講席聽講經論史。五月五日，黃河決口築好完工。七日，去北郊祭地。二十三日，高拱停職。六月十五日，因久雨而修身反省，穿素服避開正殿，到皇極門處理政事。這一月，新修成的黃河堤決口。
七月二十八日，招撫山東、河南受災流民，免除五年徭役。八月初一日，隆重祭奠先師孔子。九月四日，俺答侵犯大同，下詔嚴格戰事守備。十二日，俺答攻陷石州，殺石州知州王亮採，奪取交城、文水。二十一日，土蠻侵犯薊鎮，擄掠昌黎、盧龍，直到灤河。命令宣府、大同總督侍郎王之誥回駐懷來，巡撫都御史曹亨駐兵通州。二十三日，郭樸辭官退職。減免襄陽、鄖陽受災秋糧。二十四日，總兵官李世忠救援永平，與俺答激戰於撫寧，京師戒嚴。
十月五日，俺答退兵，京師解嚴。二十三日，告訴群臣商議邊防事宜。寧夏總兵官雷龍出塞攔擊河套諸部，大敗河套各部。十一月十二日，在南郊祭天。
當年，廣東盜賊大起，琉球入朝進貢。
隆慶二年(1568)正月九日，給事中石星陳奏六件大事，被杖於宮前階下，貶為平民。二月十七日，俺答侵犯柴溝堡，守將韓尚忠戰死。十九日，耕種謖田。二十七日，到天壽山去，拜謁長陵、永陵。三十日回宮，減免所過地方田租各有差別。三月十一日，立皇子朱翊鈞為皇太子，下詔赦免天下。十五日，廣西總兵官俞大猷征討廣東盜賊。十八日，賞賜羅萬化等進士及第、出身各有不同。二十六日，巡幸南海子。二十八日，京師發生地震，命百官修身反省。
廣東賊曾一本侵犯廣州，殺知縣劉師顏。
七月二日，盜賊進入廉州。十九日，徐階辭官退職。
十月三日，減免南畿受災秋糧，賑救淮、徐州饑荒。二十四日，廢遼王朱憲火節為庶人。二十九日，免畿內、河南受災秋糧。十一月七日，宣府總兵官馬芳在長水海子襲擊俺答，又在鞍子山打敗俺答。十六日，減免江西受災稅糧。二十三日，在南郊祭天。二十四日，命令廣東、福建督撫將領一起征剿曾一本。十二月十六日，世宗神牌附祭於太廟。二十三日，規定並限制勳戚莊田數目。
這年，琉球入朝進貢。
隆慶三年(1569)正月八日，大同總兵官趙岢在弘賜堡打敗俺答。二月六日，免陝西受災秋糧。三月二十四日，曾一本攻陷碣石衛，副將周雲翔殺參將耿宗元反叛，依附於曾一本。
四月十六日，總兵官雷龍出塞襲擊河套諸部並打敗河套各部。五月七日，總兵官郭成等在平山打敗曾一本，周雲翔被殺。十一日，御史詹仰庇請求停止奢侈費用，被驅除為民。
七月十一日，沛縣黃河決堤。十四日，下詔天下官吏整治積蓄糧食以備荒年之政事。二十一日，派使者沿黃河賑濟受災州縣。八月十二日，廣東賊被平定，曾一本伏誅。二十一日，，禮部尚書趙貞吉兼文淵閣大學士，參與機要事務。二十六日，賑救南畿、浙江、山東水災。九月六日，俺答侵犯大同，擄掠山陰、應州、懷仁、渾源。二十一日，大肆檢閱。
十一月五日，在南郊祭天。十一日，京師地震發出聲響，命令修身反省。十二月一日，命令廠衛秘密探訪部院政事。二十二日，召高拱再次入閣。二十七日，尚寶寺丞鄭履淳因談論政事被廷杖下獄。當年冬天，免兩畿、山東、浙江、河南、湖廣稅糧。
這年，陝西盜賊大起。琉球、土魯番入朝進貢。
隆慶四年(1570)正月一日，有日食，免朝賀。初三日，避開正殿修身反省。本月，倭寇入侵廣海衛城。二月二十七日，分設三大營文、武提督六人。
四月一日，京師發生地震。九日，俺答侵犯大同、宣府，官兵擊退俺答。這月，陝西盜賊侵犯四川。五月六日，給事中李己進諫買金銀寶物，遭廷杖下獄。
七月三日，禁止奏章空洞冗長。命令撫、按官員嚴禁官吏施行酷刑。二十二日，陳以勤辭官退職。二十九日，減免四川受災稅糧。八月十五日，宣府、大同報警，命令防備邊境。九月八日，陝西發生水災，減免稅糧及賑恤各有不同。九日，邳州黃河決堤。十七日，減免北畿、湖廣受災後應交稅糧。十八日，俺答又侵掠大同，副總兵錢棟戰死。二十三日，侵犯錦州，總兵官王治道等戰死。二十九日，罷免京師營兵文武提督，設定總督協理大臣。
十月九日，俺答孫子把漢那吉前來投降。十三日，以把漢那吉為指揮使。二十八日，考察給事中、御史官。十一月十三日，俺答乞求加封。十五日，在南郊祭天。二十一日，趙貞吉停職。二十五日，禮部尚書殷士儋兼文淵閣大學士，參與機要事務。十二月四日，俺答捉拿叛亂首領趙全等九人進獻於朝，下詔遣返把漢那吉，豐厚賞賜給他。二十二日，受俘，趙全等分屍棄市。
隆慶五年(1571)二月二日，群臣及朝覲官在文華殿左門謁見皇太子。二十七日，封皇子朱翊..為潞王。三月十八日，賜張元忭等進士及第、出身各有不同。二十八日，封俺答為順義王。
四月三日，邳州黃河再次決口。五月一日，古田僮賊被平定。十七日，李春芳辭官退職。六月一日京師三次發生地震，命令修身反省。十四日，授予河套部部長吉能為都督同知。二十四日，順義王俺答進貢馬匹，告訴宗廟接受慶賀。二十六日，俺答捉拿趙全餘黨十三人進獻給朝廷。
八月十四日，允許河套諸部互市買賣。九月二十四日，修成三鎮貢市。
十月十日，河南、山東漲大水，重申整治黃河堤防。十一月十一日，殷士儋辭官退職。
當年，琉球、土魯番入朝進貢。
隆慶六年(1572)正月十四日，修築徐州至宿遷堤防三百七十里。二月九日，倭寇侵犯廣東，攻陷神屯衛，大肆搶劫。山寇又趁機興起。閏二月十一日，穆宗到皇極門，疾病發作，便匆匆回到宮中。十九日，倭寇侵犯高、雷等州，被官軍擊敗。
四月十三日，禮部尚書高儀兼文淵閣大學士，參與機要事務。五月八日，減免廣東用兵各郡欠交賦稅。二十五日，病危，召大學士高拱、張居正、高儀接受遺命。二十六日穆宗死於乾清宮，享年三十六歲。七月三日，上尊諡，廟號穆宗，葬於昭陵。
評論：穆宗在位六年，無為而治，少興營造，勵行勤儉節約，飲食方面每年節省數萬開支。同意俺答加封進貢，減免賦稅平息民眾，邊境寧靜無事。他即位遵守先代成法，可稱為是一個好君主。只是權臣相互間爭權奪利，派別之分逐漸興起，而穆宗並沒能挽救並整治朝綱，革除弊習。大概是因為寬恕有餘而使朝綱不明罷了。
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