成祖啟天弘道高明肇運聖武神功純仁至孝文皇帝，名朱棣，太祖第四子。其母孝慈高皇后。洪武三年(1370)，封為燕王。洪武十三年(1380)，就藩北平鎮守。朱棣相貌奇偉，髭髯美麗。有雄才大略，能知人善任。二十三年(1390)，同晉王討伐乃兒不花。晉王因害怕他們而不敢進攻，朱棣火速進至迤都山，大獲全勝而回，明太祖十分高興。此後，朱棣經常率軍出征，並受令節制諸王及沿邊兵馬，使他威名大振。
三十一年(1398)閏五月，明太祖死，皇太孫即位，遺詔各藩王都留在各封國中，不要來京師，燕王朱棣從北平趕往南京奔喪，聽到詔書後就不再前進了。當時，諸王多因是皇親國戚而擁有重兵，大多數都目無王法。建文帝採納齊泰、黃子澄的建議，想因此由大量削藩。因害怕燕王強大，沒敢動手，於是先廢除周王朱木肅，想以此牽制燕王。於是，告訐四起，湘王、代王、齊王、岷王都先後因罪廢除。燕王內部也感到危險，便假裝得病。齊泰、黃子澄密勸建文帝趁此除掉燕王，建文帝沒有下決心。
建文元年(1399)夏六月，燕山百戶倪諒告發燕王謀反，逮捕官校於諒、周鐸等人並斬殺。建文帝下詔斥責燕王，並派官員逮捕燕王府屬僚，燕王遂稱病重。當時，都指揮使謝貴、布政使張籨以重兵把守著燕王府。燕王秘密與僧道衍謀劃，命令張玉、朱能等八百勇士潛入府內守備。
七月五日，在端禮門隱藏的將士誘殺謝貴、張籨，奪得九門。並上書建文帝，指斥齊泰、黃子澄是奸臣，並援引《祖訓》“朝中沒有正直的大臣，內部有奸賊，那麼親王應該訓兵待命，天子應該密詔諸王統領鎮兵討平”。上書一發，便舉兵造反。此時朱棣自設官吏，稱他的軍為“靖難”軍。起兵後連連攻克懷來、密雲、遵化、永平。半月內擁兵數萬人。
八月，建文帝以耿炳文為大將軍，率軍征討朱棣。十二日，到真定，前鋒抵達雄縣。十五日，燕王星夜渡過白溝河，圍攻雄縣，攻克後殺戮一空。十七日，都指揮使潘忠、楊松從莫阝州趕來增援，被燕王伏兵擒獲，佔據莫阝州，後又還住白溝。大將軍部校張保投降，說大將軍有兵三十萬，先到十三萬，一半在滹沱河以南，一半在滹沱河以北。燕王害怕與河北岸軍隊作戰時南面軍隊趁虛而入，便放張保逃歸，讓他揚言燕王即將率兵而至，以引誘朝軍向北渡滹沱河。二十五日，燕王到真定，與張玉、譚淵等夾擊耿炳文，大敗耿軍。並擒獲其副將李堅、寧忠及都督顧成等，斬殺三萬餘人。進而圍攻真定，二日不克，便退去。建文帝聽說耿炳文大敗，又派曹國公李景隆代領其軍。九月一日，江陰侯吳高以遼東兵圍永平。十一日，李景隆合兵五十萬進駐河間。燕王對其將帥說：“李景隆聲色嚴厲，軍中混亂，聽說我在一定不敢立即進攻，我們不如先增援永平以牽制其軍。吳高膽小不懂戰事，我一到他必定退走，然後回來進攻李景隆。有堅城在前，大軍在後，一定打敗他。”九日，燕王率兵援永平。十五日，吳高聽說燕王已到，果然聞風而逃，燕王趁勢追擊，大敗吳高。於是率軍向大寧挺進。
冬十月六日，用計謀進入大寧城，住了七天，挾大寧王朱權，得大寧之地及朵顏三衛全部投降。九日，至會州。設立五軍：張玉領中軍，鄭亨、何壽任副將；朱能領左軍，朱榮、李..任副將；李彬率右軍，徐理、孟善任副將；徐忠率前軍，陳文、吳達任副將；房寬率後軍，和允中、毛整任副將。十一日，軍隊進入松亭關。李景隆聽說燕王出征大寧，果然出兵圍攻北平，他在九門外築壘，燕王世子，堅守不戰。十一月四日，燕王臨時駐紮孤山，巡邏騎兵回來報告說白河流急不能渡。燕王祈禱於神，說兵到則冰合，於是調配軍士。李景隆暗中派都督陳暉偵察朱棣的布軍情況，從左邊繞道朱棣軍後。朱棣分軍還擊，陳暉軍士爭先渡河而逃，此時河中冰塊突然融解，溺死者不計其數。十五日，又與李景隆大戰鄭村壩。朱棣用精選的騎兵先攻破李景隆七營，其他諸將相繼來戰，景隆大敗而還。十九日，又上書請求出徵，十二月，李景隆調兵於德州，準備明年大舉進攻。朱棣又計劃攻打大同，說：“進攻大同，李景隆必定要趕來救援，大同天氣寒冷，南軍脆弱，不戰也病疲了。”
建文二年(1400)春一月一日，攻克蔚州。二月十一日，到大同。李景隆果然由荊金關前來增援。朱棣親率將士立即調兵居庸，李景隆部屬大多被凍死餓死，不見敵人而還。
夏四月，李景隆進兵河間，與郭英、吳傑、平安約定白溝河相會。二十日，朱棣紮營蘇家橋。二十四日，在白溝河側與平安相遇。朱棣以百餘騎在前，假裝退卻，引誘平安軍陣地騷動，然後趁機攻擊，平安敗走。於是迫近李景隆，初戰不利。天黑收兵，朱棣以三騎殿後，夜晚迷失了方向，親自下馬伏地察看河流才辨明東西，渡河而去。二十五日，又戰。李景隆橫陣數十里，破燕後軍。朱棣親率精騎迎戰，斬殺瞿能父子。又令丘福衝擊景隆主力部隊，不得入。朱棣動搖景隆左軍，景隆遂繞至朱棣後邊，大戰良久，飛箭如雨注一般。朱棣三換其馬，矢盡劍斷，揮劍折走登堤，佯裝引鞭招後繼援軍狀。李景隆怕有埋伏，不敢前進，援軍高煦趕到，才解圍。當時南軍也聚集，燕軍將士都大失聲色。朱棣氣憤地說：“我不進攻，敵人就不會退卻，必須戰鬥。”又以勁卒突襲景隆背後，前後夾擊，正好旋風四起，李景隆軍旗被折，朱棣趁風放火奮起反擊，斬殺數萬，溺死者十餘萬人。郭英潰敗西逃，景隆向南逃，朝廷賜給他們的璽書兵器也全部喪失，敗走德州。五月九日，朱棣攻入德州，李景隆敗走濟南。十六日，攻濟南，大敗李景隆於濟南城下。鐵鉉、盛庸堅守，久攻不下。
秋八月十六日，朱棣解圍回北平。同月，盛庸代替李景隆，復取德州，與吳傑、平安、徐凱互為掎角，圍困北平。當時徐凱剛到滄州，朱棣佯裝出兵攻遼東，到通州後沿河向南，渡過直沽，晝夜兼程。
冬十月二十七日，奇襲並捉拿徐凱，攻陷滄州城，夜裡坑埋降兵三千人。於是又渡過黃河經過德州。盛庸派兵來援，被擊敗。十一月十二日，到臨清。十二月七日，打敗盛庸大將孫霖於滑口。二十五日，又與盛庸大戰東昌，盛庸用火器勁弩盡殲燕軍。恰好平安軍趕到，合圍數重，朱棣大敗，破重圍免得一死，死者數萬人，張玉戰死。
建文三年(1401)一月一日，在威縣、深州大敗吳傑和平安軍。遂兵還北平。二月十六日，又率師南下。三月二十二日，與盛庸遇於夾河，譚淵戰死。朱能、張武殊死戰鬥，盛庸軍退卻。時天色已晚，各自斂兵入營。朱棣以十餘騎兵逼盛庸宿營野外，到天明一看，已在燕軍包圍中。乃從容引馬，鳴角穿營而去。諸將因天子有詔，不得殺害叔父為名，倉卒相視，不敢亂髮一箭。當天又戰，從早七時戰到下午三時，兩軍各有勝負，突然颳起東北風，塵埃遮住天空，燕兵大聲呼喊，乘風殺敵，盛庸大敗。敗走德州。吳傑、平安從真定率軍與盛庸會合，沒走到八十里，聽說盛庸兵敗的訊息，引兵而還。朱棣用計引誘吳傑、平安出兵襲擊。閏三月九日，相遇於蒿木城。十日，兩軍相戰，大風大得拔起樹木，吳傑、平安敗走，燕軍追至真定城下。二十四日，到大名，聽說齊泰、黃子澄已罷免，上書請求停止吳傑、平安、盛庸軍隊。惠帝派大理少卿薛山品前來報告，要朱棣解甲歸藩，赦免無罪，朱棣不奉詔。
夏五月，吳傑、平安、盛庸分兵切斷燕軍糧餉道路，朱棣派指揮武勝上書，追問緣由，惠帝大怒，將武勝下獄中。燕王派李遠襲沛縣，焚燒官軍糧舟數以萬計。
七月二日，奪取彰德。九日，降林縣。平安乘虛直搗北平，燕王派劉江迎戰，平安兵敗而逃。房昭屯兵易州西水寨，攻保定，被燕王軍包圍。
冬十月二日，都指揮花英增援房昭，被燕軍敗於峨眉山下，斬殺數萬人，房昭棄寨逃走。二十四日，燕軍退還北平。十一月二十一日，朱棣親自作文祭祀南北陣亡將士。當時，燕王舉兵已三年。他親歷戰陣，冒矢石風雨，身先士卒，常乘勝追擊，但也多次處於危險之中。所攻克城邑，兵一走又被朝廷官軍佔領，僅據有北平、保定、永平三府而已。無可奈何，朝中官員被罷免的紛紛投奔朱棣，盡言京師空虛可取。朱棣慷慨地說“：年年用兵，何時結束？要麼臨江決一死戰，不再返顧北面。”十二月十二日，又出師。
建文四年(1402)春正月十二日，從館陶渡過黃河。三十日，巡行徐州。三月九日，平安以四萬騎兵追隨燕王軍，朱棣設埋伏於淝河，大敗平安軍。二十三日，派譚清斷絕徐州糧道，還至大店時，被鐵鉉軍包圍。燕王引兵來援，譚清突圍而出，合擊打敗鐵鉉。
夏四月十四日，朱棣宿營小河，憑小橋而守，平安前來與之爭橋，陳文戰死。平安軍在橋南，燕軍在橋北，相持數天。平安轉戰，與燕王軍遇於北坂，朱棣差點被平安長矛刺中。番騎王騏躍入殺陣，拉住朱棣胳膊慌忙逃去。朱棣說“：南軍飢餓，每隔一二天糧草才送到，突然襲擊很容易攻破。”遂命千餘人守橋，半夜渡到小河以南，繞到平安軍後。等到天明時平安軍才發覺，恰好徐輝祖也趕來。二十二日，大戰齊眉山下。當時，燕軍連失大將，且淮土在盛暑蒸熱難忍，諸將請求休軍小河東邊，就麥地觀察敵軍行動。朱棣說“：現在敵人長時間飢餓疲勞，斷其餉道，可使敵軍坐以待斃，不能北渡小河以懈將士士氣。”下令想渡河的往左，諸將士爭著往左。朱棣氣怒大吼說“：任你們去吧。”將士都不敢說話。二十五日，何福等宿營靈壁，燕軍阻攔其餉道，迫使平安分兵六萬人保護。二十七日，朱棣精銳將士從中間進攻，將平安軍一分為二。何福丟下靈壁來援，燕軍退卻，高煦伏兵大起，何福敗逃。二十九日，逼近敵軍營壘，攻破後，擒獲平安、陳暉等三十七人，何福因逃走倖免於擒。五月七日，下泗州，拜謁祖陵，賜父老鄉親牛酒。九日，盛庸扼守淮河南岸，朱能、丘福潛過淮河襲擊，趕走盛庸，於是攻克盱眙。
十一日，朱棣召集諸位將士，討論行動去向，有的說宜取鳳陽，有的說先取淮安。朱棣說：“鳳陽樓櫓完好，淮安積粟較多，不容易攻下。不如乘勝直趨揚州，指向儀真，使淮安、鳳陽自受震懾。我耀兵長江上，京師感到孤立無援，必定會發生內變。”諸將士都說此法妙。十七日，兵巡揚州，駐軍長江以北。惠帝派慶成郡主到軍中，許諾割地求和，朱棣不聽。六月一日，防禦長江的都督僉事陳蠧率舟師叛變，依附於燕王。二日，祭大江。三日，從瓜洲渡江，盛庸以海艘迎戰，失敗。六日，下鎮江。八日，臨時住龍潭。九日，惠帝又派大臣商議割地求和，諸王相繼到來，都不聽。十三日，到金川門，谷王朱木惠、李景隆等開啟城門迎接朱棣，都城陷落。當天，燕王分命諸將把守京城及皇城，還駐龍江。下令撫安軍民。大肆搜尋齊泰、黃子澄、方孝孺等五十餘人，並張榜其姓名稱是奸臣。十四日，諸王群臣紛紛上書勸燕王朱棣登基。十七日，燕王拜謁孝陵。群臣為其準備好法架，奉寶璽，迎呼燕王朱棣萬歲。燕王登上皇帝寶座，在奉天殿即皇帝位。恢復周王朱木肅，齊王朱..爵位。二十日，葬建文皇帝。二十五日，殺齊泰、黃子澄、方孝孺，並剷除其家族。因連坐結黨之罪而死的很多。二十六日，遷興宗孝康皇帝主於陵園，仍稱懿文太子。
秋七月初一，大祭天地於南郊，順便祭奉明太祖。下詔曰“：今年以洪武三十五年(1402)為紀年，明年為永樂元年。建文帝時更改的成文法制，一復舊制。山東、北平、河南遭兵禍州縣，免除徭役三年，沒遭兵禍州縣與鳳陽、淮安、徐、滁、揚三州減免租稅一年，餘下的全國其他州縣全部減免今年田租的一半。”
二日，下詔任前北平按察使陳瑛為左副都御使，全部恢復建文朝廢棄的官員。三日，恢復官制。二日，改封吳王允火通廣澤王、衡王允火堅懷恩王、徐王允火熙敷惠王，隨母妃呂氏居懿文太子陵園。二十二日，江陰侯吳高總督河南、陝西兵備，安撫軍民。二十三日，尚書嚴震直、王純、府尹薛正言等巡視山西、山東、河南、陝西。
八月一日，侍讀解縉、編修黃淮入文淵閣供職。不久命侍讀胡廣、修撰楊榮、編修楊士奇、檢討金幼孜、胡儼一同入朝供職，並參與軍國大事。押送兵部尚書鐵鉉至京，不認罪，被殺。左軍都督劉真鎮守遼東。六日，分遣御使察看天下利弊。七日，都督何福為徵虜將軍，鎮守寧夏，節制陝西行都司。都督同知韓觀練兵江西，節制廣東、福建。十三日，西平侯沐晟守雲南。九月四日，論靖難之功，封丘福淇國公、朱能成國公、張武等十三人為侯、徐祥等十一人為伯。論誠懇依附之功，封駙馬都尉王寧為侯。茹王常、陳王宣、都督同知王佐皆封為伯。十四日，規定功臣犯死罪減俸祿條例。十五日，將山西無田貧民遷往北平，賜給錢鈔，免除賦稅五年。韓觀為徵南將軍，鎮守廣西。
冬十月七日，命北平州縣棄官逃避靖難之役的朱寧等二百一十九人入粟免死，戍邊興州。十九日，撰修《太祖實錄》。十六日，鎮遠侯顧成鎮守貴州。十二日，遷封谷王朱木惠於長沙。十九日，下詔徙遷征戰將士有掠民家之女的送還其家。十一月十三日，立后妃徐氏為皇后。廢廣澤王允火通、懷恩王允火堅為庶人。十二月四日，蠲免遭受兵禍州縣夏稅。
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