萬曆二十五年(1597)春正月二十六日，朝鮮使者請求救援。二月初五，再次商議討伐倭寇。十五日，原都督同知麻貴擔任防倭總兵官，統率南北各路兵馬。三月十五日，山東右參政楊鎬擔任僉都御史，經略朝鮮軍務。三十日，兵部侍郎邢..擔任尚書，總督薊、遼、保定軍務，經略防倭事宜。
夏六月十九日，皇極、中極、建極三殿發生火災。二十四日，終止編修國史。
秋七月初四，誡諭群臣。初八，詔令大赦天下。當月，楊應龍反叛，攻佔合江、綦江。八月十九日，倭寇攻破朝鮮閒山，於是逼近南原，副總兵楊元棄城逃走，倭兵逼近王京。二十六日，京師地震。九月初四，逮捕原兵部尚書石星，將其投進監獄，判為死罪。
冬十月十七日，安南黎惟潭篡位自立，並前來請罪，詔令授予其安南都統使。
萬曆二十六年(1598)春正月，官軍攻擊蔚山倭寇，未克，楊鎬、麻貴逃奔王京。三月十八日，賜趙秉忠等人以進士及第以及其他不同的出身。二十七日，群臣前往文華門疏請皇長子成年完婚，未得允許。
夏四月十三日，遼東總兵官李如松出塞，遇伏戰死。十八日，京師大旱，朱翊鈞令群臣修身反省。六月初四，楊鎬被免職。初五，中官李敬在廣東開採珍珠。十三日，張位被免職。二十三日，巡撫天津的僉都御史萬世德經略朝鮮。
秋七月初三，中官魯保專賣兩淮的餘鹽。八月二十四日，京師地震。九月初十，免除浙江遭災地區的田租。
冬十月初三，總兵官劉糹廷、麻貴分兵攻擊倭寇，將其擊敗。董一元攻擊新寨倭寇，戰敗。十一月十七日，倭兵放棄蔚山逃遁，官軍分兵追擊。十二月，總兵官陳瞞在乙山打敗倭寇，於是朝鮮被平定。這一年，有烏斯藏前來朝貢。
萬曆二十七年(1599)春二月初二，分別派中官統領浙江、福建、廣東市舶司。當月，貴州巡撫江東之派兵討伐楊應龍。戰敗。三月二十日，原兵部侍郎李化龍總督川、湖、貴州軍務，討伐楊應龍。
夏四月二十五日，朱翊鈞駕臨午門，接受倭寇俘虜。當月，臨清百姓叛亂，焚燒稅使馬堂官署，殺其隨從三十四人。閏月初八，詔示天下倭寇被平定，免除加派的東征賦稅。十二日，因久旱不雨而令群臣修身反省。十九日，因各位皇子結婚而令從太倉取銀二千四百萬兩。戶部匱乏，令從嚴核實各地積蓄儲備。六月二十三日，楊應龍攻陷綦江，參將房嘉寵、遊擊張良賢戰死。
秋八月十八日，陝西狄道縣發生山崩。九月，土蠻進犯錦州。
冬十月初六，賑濟京城饑民。初十，由於播州用兵，加派四川、湖廣地區的田賦。十二日，貴州宣慰使安疆臣犯罪，詔令他討伐賊寇以贖罪。十一月初四，免除河南受災地區的田租。二十八日，賑濟畿輔及鳳陽等地饑荒。十二月初二，武昌、漢陽百姓叛亂，打傷稅使陳奉。十三日，賑濟京師流民。這一年，琉球前來朝貢。
萬曆二十八年(1600)春二月初四，京師地震。十二日，李化龍率師分八路進軍討伐播州。
夏六月初六，攻克海龍囤，楊應龍自縊而死，播州平定。
秋七月初十，天大旱，朱翊鈞又令群臣修身反省。八月初一，建成慈慶宮。初六，撤除朝鮮守兵。九月十四日，中止行刑。同年秋天，炒花進犯遼東，副總兵解生等人戰敗死去。
冬十月初一，貴州皮林苗叛亂，總兵官陳瞞率兵討伐。初六，雲南稅監楊榮開採阿瓦、孟密寶井。十二月二十六日，朱翊鈞駕臨午門，察看播州戰俘。
這一年，兩畿各省災傷頻繁，民飢盜起，內外群臣上奏請求將礦稅監官免職，朱翊鈞全不採納。大西洋人利瑪竇進獻地方特產。
萬曆二十九年(1601)春正月十三日，詔告天下：由於平定了播州，免除四川、貴州、湖廣、雲南加派的田租賦稅，同時免除官民牽連之罪。當月，皮林苗賊被平定。二月初五，賑濟大同、宣府饑荒。三月十七日，賜封張以誠等人以進士及第和其他不同的出身。當月，武昌發生民變，殺掉稅監陳奉隨從六人，焚燬巡撫公署。
夏四月十八日，召回陳奉，派守備承天的中官杜茂替代。五月，蘇州民變，殺掉織造中官孫隆隨從數人。六月，京師已一年未降雨，直到當月初九才開始下雨。山東、山西、河南普遍大旱。二十二日，法官奏請熱審，朱翊鈞未予答覆。這年夏天，賑濟畿內饑荒。
秋九月初八，黃河在開封、歸德決堤。十三日，趙志皋死去。十九日，賑濟貴州饑荒。二十四日，原禮部尚書沈鯉、朱賡同時兼任東閣大學士，參與機要事務。
冬十月十五日，冊立皇長子朱常洛為皇太子，冊封其他各位皇子常洵為福王、常浩為瑞王、常潤為惠王、常瀛為桂王。並下詔大赦天下。二十八日，加上慈聖皇太后尊號。十二月初八，詔令恢復朵顏馬市。
萬曆三十年(1602)春正月二十六日，以四方災害頻繁為由令群臣修身反省。二月十六日，朱翊鈞身體不適，召大學士沈一貫至啟祥宮，詔諭免除礦稅，停止織造，釋放囚犯，恢復進諫的各位大臣職務。次日，病癒，擱置前詔。二十一日，重建乾清、坤寧二宮。閏月初三，恢復河套各部貢市。十五日，河州黃河干涸。三月二十二日，騰越民變，殺掉稅監所委派的官員。
夏四月初十，賑濟順天、永平饑荒。五月十四日，法官奏請熱審，未允許。
秋七月二十二日，邊餉匱乏，命從嚴從快催交拖欠賦稅。當月，緬賊攻陷蠻莫宣撫司，宣撫司思正跑回騰越，賊兵追至，官吏殺掉思正進獻賊兵，才得解圍。
冬十月初十，賑濟江北災害。二十八日，中止行刑。這一年有琉球、哈密前來朝貢。
萬曆三十一年(1603)春三月初二，吏部奏告天下郡守闕員，沒作答覆。當月，播州餘賊吳洪等人作亂，有關官吏討伐並予以平定。
夏四月初一，日食。五月初一，閣臣奏請熱審，未予回覆。二十三日，京師地震。鳳陽天降大雨和冰雹，砸毀皇陵殿脊樑。當年夏天，黃河在蘇家莊決堤，淹沒江北豐、沛、魚臺、單縣。
秋九月十一日，江北發生盜賊。
冬十月初二，中止行刑。十四日，睢州賊楊思敬作亂，被有司討伐擒獲。十一月十二日，得到一本妖書，傳說皇帝要改立太子，詔令到處嚴加搜尋。十二月初五，朱翊鈞召見皇太子於啟祥宮，賜給皇太子手令給予安慰。
萬曆三十二年(1604)春二月二十一日，閣臣奏請補充司、道、郡、守及派遣巡視各地的御史，未予答覆。三月十四日，建成乾清宮。十五日，賜封楊守勤等人以進士及第和其他不同的出身。
夏四月初一，日食。當月，完成疏通氵加河的工程。五月二十三日，雷火焚燒了長陵明樓。六月初七，以長陵發生災害為由，命補闕官撫卹帶刑在獄囚犯。二十日，昌平發生水災，毀壞長、泰、康、昭四陵石樑。
秋七月初一，京師大雨，毀壞一些城牆。十二日，賑濟遭受水災之居民。八月二十三日，群臣跪伏文華門，上疏請求提倡修舉實政，降旨督促。二十八日，完成黃河分水工程。九月初一，賑濟畿南六府饑荒。閏月二十四日，武昌宗人蘊軫等人作亂，殺掉巡撫都御史趙可懷。
冬十月初八，開始對平定播州的官兵論功。這一年有琉球、烏斯藏前來朝貢。
萬曆三十三年(1605)春正月，重新修復京師外城。初五，銀定、歹成進犯鎮番，總兵官達雲將其擊敗。
夏四月初七，蘊軫等被殺。五月二十四日，鳳陽遭受大風大雨，毀壞陵殿神座。二十八日，雷擊圜丘望燈高杆。六月初二，以雷擊為由令群臣修身反省。
秋八月二十八日，中止行刑。九月二十四日，昭和殿發生火災。二十六日，京師地震。
冬十一月十一日，免除淮陽遭災地區的田租。十二月初二，詔令天下各地停止開礦。又將稅務事宜交還有司，將每年收入的一半交至內府，另一半交至戶、工二部。初六，免去河南遭災地區的田租。十五日，以皇長孫出生為由而詔令大赦天下。開宗室科舉入仕之先例。停止開採廣東珠池和雲南寶井。
萬曆三十四年(1606)春二月十一日，加上皇太后徽號。十二日，大學士沈鯉、朱賡奏請皇帝補齊六部主要官員，未得到答覆。三月十一日，雲南百姓殺死稅監楊榮，焚燒其屍體。三十日，真定、順德、廣平、大名等地遭災，朝廷分別給予減免賦稅和賑濟。
夏四月二十五日，完成朱旺口黃河疏通工程。五月初六，河套部進犯延綏，官軍將其擊潰。六月初六，緬甸攻陷木邦。同月，畿內蝗災大起。
秋七月十六日，沈一貫、沈鯉辭官。九月二十九日，朱翊鈞要陝西邊防嚴加防患。
冬十月初一，中止行刑。十一月初四，朵顏來犯，總兵官姜顯謨領兵將敵擊退。十二月十八日，南京妖賊劉天緒謀反，事情敗露伏誅。這一年，有安南、琉球前來朝貢。蒙古喀爾喀各部歸順大清。
萬曆三十五年(1607)春正月初七，給事中翁憲祥進言：撫、按官員解任後應該隨時候命，不應聽其自流。未得到批覆。二月初五，安南賊人武德成進犯雲南，總兵官沐睿又將敵擊退。三月十八日，賜封黃士俊等人為進士及第以及其他不同的出身。
夏四月初六，銀定、歹成進犯涼州，副總兵柴國柱將其擊退。二十日，順義王扌奢力克死去。五月二十七日，原禮部尚書于慎行及禮部侍郎李廷機、南京吏部侍郎葉向高一同擔任禮部尚書兼任東閣大學士，參與機要事務。六月，湖廣及徽、寧、太平、嚴州發生水災。閏月二十日，恢復河套各部的貢市。
秋七月初十，京師連年陰雨。刑部奏請皇帝批發關於熱審的奏章，未予答覆。八月初六，賑濟畿內饑荒。九月初四，中止行刑。
冬十月十四日，山東大旱，饑荒嚴重，朝廷分別給予賑濟。十一月二十五日，于慎行死去。十二月，金沙江蠻阿克反叛，攻陷武定，圍攻雲南，攻佔嵩明、祿豐。安南賊兵進犯欽州。這一年，琉球前來朝貢。
萬曆三十六年(1608)春正月，河南、江北發生饑荒。二月十一日，京師地震。
夏六月二十五日，南畿發生大水。
秋七月十三日，京師地震。郴州礦賊大起。八月初九，懲治雲南失事有罪之臣，巡撫都御史陳用賓、總兵官沐睿又被逮捕入獄，論為死罪。二十七日，賑南畿和嘉興、湖州饑荒。九月初十，四川巡撫都御史喬璧星在東川擒獲阿克，賊寇被平定。
冬十一月三十日，朱賡死去。十二月初五，再次賑濟南畿，免除其稅糧。這一年，有琉球前來朝貢。
萬曆三十七年(1609)春三月初十，拱兔攻陷大勝堡，遊擊於守志在小淩河被戰敗。二十九日，大學士葉向高奏請皇帝公佈群臣互相攻擊的奏文，以論斷是非、整肅人心，未予答覆。
夏四月，倭賊侵犯溫州。
秋九月二十五日，左都御史詹沂封印私自離去。二十九日，中止行刑。當年秋季，福建、浙江、江西發生大水災。湖廣、四川、河南、陝西、山西大旱，畿內、山東、徐州大鬧蝗災。
冬十二月二十二日，朝廷將畿內、山東諸省所收稅收的三分之一用作賑濟饑民費用。這一年，日本侵入琉球，抓住其國王尚寧。哈密入朝進貢。
萬曆三十八年(1610)春三月十七日，賜封韓敬等人為進士及第以及其他不同的出身。
夏四月初二，正陽門樓遭火災。十六日，以旱災異常為由，要群臣完成自己份內職責，不準互相攻擊。二十六日，賑濟畿內、山東、山西、河南、陝西、福建、四川饑民。五月，河南賊人陳自管等人作亂，被官吏擒獲。
冬十月辛丑日，中止行刑。十一月初一，有日食。二十七日，以缺乏軍餉為由，要廷臣陳述充倉足庫之策，而且不得從宮內撥出金帛。這一年，烏斯藏入朝進貢。
萬曆三十九年(1611)春二月庚子日，河套部敵軍進犯甘州的紅崖、青湖，被官軍擊退。
夏四月，京師大旱。十九日，怡神殿發生火災。二十七日，設定邊鎮常平倉。五月初三，御史徐兆魁上奏皇帝，指責東林講學諸人暗中支援制定不同的禮典、制度，致使諸臣互相攻擊。廣西、廣東發生大水災。六月，從徐州到北京普遍發生大水災。當年夏天，停止熱審。
冬十月初一，戶部尚書趙世卿上書離去。十八日，中止行刑。內閣大臣請求釋放輕罪犯人，未予答覆。這一年，暹羅前來朝貢。
萬曆四十年(1612)春二月十九日，吏部尚書孫丕揚上書自去官職回鄉。三月十二日，賑濟京師流民。
夏四月初二，南京各道御史進言：“官衙空缺，各方面事務廢墮，皇上深居宮中二十餘年，未接見過大臣，天下將有失去的危險。”仍然未予答覆。五月初一，日食。
秋八月，黃河在徐州決口。九月十九日，李廷機自動離職。
冬十月二十四日，中止行刑。這一年，琉球中山王尚寧派人奏請歸附。
萬曆四十一年(1613)春正月初二，詔諭朝鮮練兵以防止倭寇。三月十五日，賜封周延儒等人為進士及第以及其他不同出身。
夏五月十二日，朱翊鈞詔諭吏部都察院“：幾年來議論紛紛，混淆視聽，朝廷寬容不予追查，致使攻擊誣陷愈來愈甚，朝廷大臣猶疑畏懼，都想辭官回鄉，嚴重損害了國體。自今以後，仍有結黨亂政者，定罪絕不饒恕。”六月初八，卜失兔世襲順義王封號。
秋七月初八，兵部尚書掌管都察院事務的孫瑋辭職回鄉。九月十七日，吏部左侍郎方從哲、原吏部左侍郎吳道南和禮部尚書兼任東閣大學士，參與機要事務。二十五日，吏部尚書趙煥自動離職。當年，兩畿、山東、江西、河南、廣西、湖廣、遼東發生水災。烏斯藏前來朝貢。
萬曆四十二年(1614)春正月十二日，總兵官劉糹廷率兵討伐建昌叛蠻，將其平定。二月初九，慈聖皇太后駕崩。二十七日，賑濟畿內饑荒。三月二十四日，福王來到都城。
夏四月初四，以皇太后遺命為由大赦天下。六月十三日，安葬孝定皇后。
秋八月十四日，禮部右侍郎孫慎行上疏自動去職。二十三日，葉向高辭官。這一年有安南、土魯番前來朝貢。
萬曆四十三年(1615)春正月十八日，完成了徐州黃河決口的築堤工程。三月初一，有日食。
夏五月初四，薊州一男子張差手持木棒闖入慈慶宮，打傷守門的侍衛，被抓進監獄。十二日，刑部提牢主事王之肕弄清其情況，這就是後來所說的木廷擊案。二十五日，對皇城門禁嚴加戒備。二十九日，在慈慶宮召見廷臣。御史劉光復被抓進監獄。三十日，張差伏誅。六月初三，由於久旱不雨，朱翊鈞命群臣修身反省。
秋七月初四，賑濟畿內饑荒。二十九日，中止行刑。閏八月初六，重建三殿。十三日，山東大旱，朱翊鈞下詔將稅銀留下進行賑濟。二十三日，河套諸部進犯延綏，官軍戰敗，副將孫弘謨被抓獲。
冬十月十八日，京師地震。十一月初六，賑濟京師饑民。
萬曆四十四年(1616)春三月初一，有日食。十五日，賜封錢士升等人進士及第以及其他不同出身。當年春天，畿內、山東、河南、淮、徐發生大饑荒，朝廷分別給以賑濟和減免田賦。
夏四月十九日，河南出現盜賊，朝廷命官吏進行安撫和圍剿。六月初三，河套各部落進犯延綏，總兵官杜文煥將其擊退。二十九日，黃河在祥符朱家口決堤，淹沒陳、杞、睢、柘各州縣。
秋七月二十八日，河套部落首領吉能率兵進犯高家堡，參將王國興戰敗。當月，陝西大旱，江西、廣東發生水災，河南、淮、揚、常、鎮大鬧蝗災，山東盜賊大起。
冬十月初十，中止行刑。十一月初二，隆德殿發生火災。
萬曆四十五年(1617)春二月二十三日，由於前一年冬季無雪，入春以後又沒有下雨，朱翊鈞要群臣修身反省。三月初六，鎮撫司缺乏官吏，獄中很多囚犯因關押太久而死亡，大學士方從哲據此上奏，未得到答覆。初十，賑濟江西饑荒。
夏五月十三日，久旱不雨，朱翊鈞又命群臣修身反省。六月初三，畿南大鬧饑荒，當地官吏請求賑濟，未得到及時答覆。當月，閣臣法官奏請熱審，未得答覆。
秋七月初一，日食。初五，吳道南因丁服父母喪事離職。這一年，兩畿、河南、山東、山西、陝西、江西、湖廣、福建、廣東遭災。暹羅、烏斯藏曾來朝進貢。
萬曆四十六年(1618)春二月十五日，賑濟廣東饑荒。
夏四月十五日，大清軍隊攻克撫順，千總王命印戰死。二十日，總兵官張承胤領兵救援撫順，也全軍覆沒。閏月初二，楊鎬擔任兵部左侍郎兼右僉都御史，經略遼東。六月二十六日，京師地震。這年夏天，官吏奏請熱審，未得到答覆。
秋七月二十日，大清軍隊攻佔清河堡，守將鄒儲賢、張旆戰死。八月十六日，朝廷將軍餉海運到遼東。二十四日，乃蠻等七部落請求與朝廷相通。二十五日中止行刑。九月初七，守遼軍隊缺乏糧餉，有關官員奏請撥用各省稅銀，未得到及時答覆。二十六日，加派天下田賦。三十日，京師發生地震。
冬十一月初九，因災異頻繁而令群臣修身反省。十二月初二，河套部落首領猛克什力前來投降。這一年有土魯番、天方、撒馬兒罕、魯迷、哈密、烏斯藏前來朝貢。
萬曆四十七年(1619)春二月十一日，經略楊鎬在遼陽誓師，總兵官李如柏、杜松、劉糹廷、馬林分道出塞。三月初一，杜松在吉林崖遭遇大清軍隊，戰死。初二，馬林在飛芬山戰敗，兵備僉事潘宗顏戰死。初七，劉糹廷率軍深入阿布達裡岡，戰死。十八日，賜莊際昌等人為進士及第以及其他不同出身。
夏四月二十日，盔甲廠發生火災。六月十六日，大清軍隊攻克開原，馬林全軍覆沒。二十二日，大理寺丞熊廷弼擔任兵部右侍郎兼右僉都御史，經略遼東。二十三日，朝廷大臣聚於文華門，奏請皇帝批覆奏章以及增派援軍和分發糧餉，未得到答覆。
秋八月初五，山東蝗災。十三日，逮捕楊鎬。九月初一，中止行刑。初九，百官跪伏於宮殿階下，奏請朱翊鈞上朝處理政事，未得到答覆。
冬十月初八，賑濟京師饑民。十二月，又加派全國田租賦稅。二十二日，鎮江、寬奠、雲爰陽新募援兵被擊潰。這一年有暹羅前來朝貢。
萬曆四十八年(1620)春正月二十一日，朝鮮請求救援。三月十二日，再次加派全國田租賦稅。
夏四月初六，皇后王氏死去。十一日，朱翊鈞病發，在弘德殿召見方從哲。
秋七月十七日，朱翊鈞病情加重，在弘德殿召見英國公張惟賢，大學士方從哲，尚書周嘉謨、李汝華、黃嘉善、張問達、黃克纘，侍郎孫如遊，勉勵各位大臣勤政敬職。二十一日，死去，時年五十八歲。遺詔停止一切榷稅和新增織造等。九月初十，追加尊敬諡號，廟號神宗，安葬於定陵。
神宗範天合道哲肅敦簡光文章武安仁止孝顯皇帝，叫朱翊鈞，穆宗第三子。其母為李貴妃。
隆慶二年(1568)，被立為皇太子，當時年方六歲。翊鈞少年聰慧，穆宗曾馳馬宮中，他進諫道：“陛下為天下之主，獨騎而騁，寧無銜橛憂。”穆宗大喜，下馬大加撫慰。陳皇后病居別宮，翊鈞每晨隨母前往探問，皇后每聽到腳步聲就高興起來，並掙扎著坐起，取出經書考問他，翊鈞總是高聲回答，其母李貴妃也十分高興，兩宮因此而越來越和睦。
隆慶六年(1572)五月，穆宗駕崩。六月初一，日食。初十，朱翊鈞繼承皇帝之位。定第二年為萬曆元年，頒詔大赦天下。在鄉間祭祀建文朝盡節諸臣，有子孫後代的加以恤錄。十六日，罷免高拱。二十三日，高儀死去。二十八日，禮部尚書呂調陽兼任文淵閣大學士，參預機要事務。
秋七月初四，漕運初通至密雲。初七，考察京師官員。十五日，告誡朝廷諸臣“：近年來，士習慣於澆薄，為官之禮法被削弱，誣衊老成為無用，驕狂者便佞為有才。於是使朝廷賦予的權力，僅僅成為人臣報復的資本。雖需要加以懲戒，但我都予以寬恕。諸臣應力改前過，共維新政。若仍沉溺於故習，背公徇私，獲罪於祖宗，朕不敢赦免。”十七日，尊稱陳皇后為仁聖皇太后，李貴妃為慈聖皇太后。八月初五，祭祀大社大稷。九月十一日，將莊皇帝安葬於昭陵。
冬十月初六，侍郎王遴、吳百朋、汪道昆分別巡視邊防。初八，中止行刑。十一月十三日，河工完成。十二月初九，賑濟榆林、延綏饑荒。二十二日，以穆宗駕崩不久為由，下詔免設元夕燈火及宮中宴席。
萬曆元年(1573)春二月初二日，聽取經筵講解。三月十六日，詔令內外官員舉薦將材。
夏四月十六日，潮、惠賊寇被平定。二十一日，天大旱，諭百官修身反省。五月初五，詔令內外官員慎重進行刑獄之事。六月二十四日，賑濟淮安水災。
秋七月，黃河在徐州決口。九月初六，賑濟荊州、承天及濟南災害。初九，四川都掌蠻被平定。二十六日，中止行刑。
冬十一月初四，朱翊鈞詔令諸司訂立章程限制文書上報時間，以防延遲緩慢。十二月十三日，賑濟遼東饑荒。
萬曆二年(1574)春正月十八日，朱翊鈞在皇極門召見朝覲廉能之官。二月初九，賑濟四川被賊寇侵擾諸縣。三月十八日，賜予孫繼皋等人進士及第以及其他不同的出身。
夏四月二十二日，朱翊鈞詔諭百官行久任之法。五月二十八日，穆宗牌位附於太廟。八月二十八日，賑濟山西災害。二十九日，賑濟淮、揚、徐水災。
冬十月十三日，審理囚犯。二十六日，上朝辦公審閱選官制度。閏十二月二十日，下詔免去第二年元夕燈火。當年，琉球前來朝貢。
萬曆三年(1575)春正月初七，祭獻太廟。二月初九，祭祀大社大稷。十二日，詔令南京職務應精簡為宜，官吏不得虛佔其位以充數。二十七日，開始命日講官分別記注起居，纂輯章奏，臨朝值班。
夏四月初一，日食，為日全食。初四，翊鈞書寫謹天戒、任賢能、親賢臣、遠嬖佞、明賞罰、謹出入、慎起居、節飲食、收放心、存敬畏、納忠言、節財用十二事置於座右側，以期自警。五月初三，淮、揚發生大水災，於是他詔令審察二府官吏，罷免了有貪汙等老毛病的官員。六月初一，浙江海潮氾濫。十一日，命撫、按官員，官吏是否賢能一併舉薦和彈劾，不得偏重甲科進士。當年夏天，蘇、松、常、鎮普發大水。
秋八月十一日，禮部侍郎張四維被升為禮部尚書兼任東閣大學士，參與機要事務。十二日，黃河在高郵、碭山決口。二十三日，朝廷免除淮、揚、鳳、徐等發生水災之地的田租。九月二十三日，京師發生地震。
冬十月初三，京師再次地震，命群臣修身反省。初四，中止行刑。十一月十一日，朱翊鈞在京城南郊祭天。十二月初七，朱翊鈞又詔諭免去第二年元夕燈火。這一年，有安南、琉球、暹羅、土魯番前來朝貢。
萬曆四年(1576)春正月二十三日，遼東巡按御史劉臺因談論張居正被逮捕入獄，削除官籍。
夏五月十六日，祭祀地於北郊。六月十九日，又遣內臣監督蘇、杭織造。
秋七月初六，朱翊鈞詔諭吏、戶二部清理吏治，並分別免除所欠賦稅，折十分之三成收取明年漕運糧。十一日，又派遣御史督修江、浙水利。十三日，興修泗州祖陵。二十日，完成草灣黃河工程。八月初二，祭奠先師孔子。當年秋天，黃河在崔鎮決口。
冬十月十四日，賑濟徐州及豐、沛、睢寧、金鄉、魚臺、單、曹七縣水災，免除不同數量的田租。這一年，有安南、琉球、烏斯藏、土魯番、天方、撒馬兒罕、魯迷、哈密前來朝貢。
萬曆五年(1577)春正月二十一日，朱翊鈞詔令鳳陽、淮安大力號召墾田。二月初七，賑濟廣西饑荒。三月十八日，賜予沈懋學等為進士及第以及其他不同的出身。
夏五月初六，廣東羅旁瑤被平定。
秋八月初八，黃河又在崔鎮決口。閏八月初一，日食，因陰雲而未見。九月初二，重新起用張居正。
冬十月二十二日，因談論張居正因父喪事而穿素服辦公、不參加吉禮一事，編修吳中行、檢討趙三賢、員外郎艾穆、主事沈思孝等皆受杖刑，並分別被罷免和廢黜，甚至遭到貶謫和戍邊。二十四日，進士鄒元標被杖擊，進而將其戍邊。十一月初一，朝廷以星位變化考察百官。當年，有琉球前來朝貢。
萬曆六年(1578)春正月，朝廷徵集民工修築黃河缺口堤岸。二月十七日，免除兗、青、登、萊所轄地區的拖欠賦稅。十九日，冊立王氏為皇后。三月初三，禮部尚書馬自強兼任文淵閣大學士，吏部侍郎申時行兼任東閣大學士，參與機要事務。十三日，張居正因安葬父親而還鄉。
夏四月十四日，免除湖廣、四川所欠的賦稅。二十五日，朱翊鈞詔諭戶部每年增收金花銀二十萬兩。六月十五日，張居正回京師。
秋七月初六，呂調陽辭官。二十七日，朝廷詔諭江北各府百姓，十五歲以上而無田者，官府供給其一頭牛和五十畝田，開墾三年後開始徵收賦稅。九月二十二日，又詔諭蘇州諸府開墾荒田，六年之後起科。二十三日，中止行刑。
冬十月十四日，馬自強死去。十一月十四日，祭祀天於南郊。這一年，有烏斯藏前來朝貢。
萬曆七年(1579)春正月二十二日，朱翊鈞下詔搗毀天下書院。二月十四日，派人分頭巡視邊防。三月十九日，朝廷免除淮、揚拖欠賦稅。
夏五月十九日，祭祀地於北郊。六月十七日，核查兩畿、山東、陝西等地勳官、皇戚的田賦。
秋七月初八，賑濟蘇、松水災，免除其稅糧。十四日，京師發生地震。這一年，有烏斯藏前來朝貢。
萬曆八年(1580)春二月初一，有日食。十八日，耕種謖田。二十八日，完成黃河決口工程。三月十二日，侍奉兩宮皇太后到天壽山謁陵，免除所過地方的田租。十五日，回宮。二十八日，賜予張懋修等人為進士及第以及其他不同的出身。
夏閏四月二十二日，官軍平定廣西八寨賊寇。
冬十月初五，淘汰宮內宮外冗官。初九，賑濟蘇、松、常、鎮饑荒。十一月初十，下詔丈量百姓田地。這年，有琉球前來朝貢。
萬曆九年(1581)春正月初五，詔令邊臣備警。初六，裁減諸司冗員。初八，土蠻進犯錦州，遊擊周之望敗死。十四日，朱翊鈞詔命翰林官每天四人入閣供職。十六日，裁減南京冗官。十九日，遼東總兵官李成梁在襖郎兔擊敗土蠻。三月初三，隆重檢閱軍隊。當月，土蠻進犯遼陽，副總兵曹..領兵抵抗，戰敗。
夏四月初四，賑濟山西發生災害的州縣。二十二日，賑濟蘇、松、淮、鳳、徐、宿災害。戶部呈上《萬曆會計錄》。
秋八月十六日，揚州發大水。九月二十六日，中止行刑。
冬十月初八，土蠻進犯廣寧、義州，李成梁將其擊退。十一月二十六日，賑濟真定、順德、廣平災害，免除稅糧。當年，裁減各省冗官，核查徭役賦稅，淘汰諸司冒濫冗費。有琉球、安南、土魯番、天方、撒馬兒罕、魯迷、哈密、烏斯藏前來朝貢。
萬曆十年(1582)春二月初四，順義王俺答死去。初八，免去天下歷年拖欠的賦稅。三月初二，杭州發生兵變，巡撫吳善言被抓。初九，兵部侍郎張佳胤巡撫浙江討伐叛軍，繼而予以平定。十八日，泰寧衛部長速把亥進犯義州，李成梁將其擊敗。二十一日，倭寇侵犯溫州。
夏四月初一，朱翊鈞告諭禮部，要倡導百姓及時耕種農桑，不要遊手好閒。初七，寧夏土軍馬景殺害參將許汝繼，巡撫都御史晉應槐領兵對其討伐並誅殺了他。十三日，由於久旱不雨，命令百官修身反省。五月初三，或多或少地免除了先師孔子和宋儒朱熹、李侗、羅從彥、蔡沈、胡安國、遊酢、真德秀、劉子..、已故大學士楊榮等人後裔的賦稅徭役。二十三日，賑濟京畿饑荒。六月初一，有日食。十六日，賑濟太原、平陽、潞安饑荒。十九日，前禮部尚書潘晟兼任武英殿大學士，吏部侍郎餘有丁擔任禮部尚書兼文淵閣大學士，參與機要事務。不久，潘晟又被罷免。二十日，張居正死去。
秋七月十五日，賑濟平、慶、延、臨、鞏饑荒。九月初一，朱翊鈞因得皇長子而頒詔大赦天下。初九，上兩宮皇太后徽號。
冬十月十二日，蘇、松發大水，朝廷採取了免賦和賑濟的措施。十二月八日，太監馮保被貶為奉御，全家削去官籍。十八日，恢復建言諸臣職務。當年，又免除京畿內、山西受災害之地的稅糧。哈密、烏斯藏曾來京朝貢。
萬曆十一年(1583)春正月初八，命令嚴加防範邊疆。閏二月十一日，俺答之子乞慶哈世襲順義王封號。緬甸侵犯永昌。十二日，朱翊鈞到天壽山進謁九陵，免除路過之地的田租。十七日，又到西山進謁恭讓章皇后、景皇帝之陵。十八日回宮。乙酉日，賑濟臨、鞏、平、延、慶五府旱災，免除其田租。三月初二追削張居正的官級。十八日，賜予朱國祚等人為進士及第和其他不同的出身。
夏四月初六，張四維因父喪離職。初八，吏部侍郎許國擔任禮部尚書兼東閣大學士，參與機要事務。二十三日，承天普降大雨，長江水勢氾濫。同月，廣東羅定發生兵變。五月，大清太祖高皇帝起兵征伐尼堪外蘭，攻克圖倫城。六月十五日，賑濟承天、漢陽、鄖陽、襄陽災害。
秋八月初七，免除山西受災地區的稅糧。九月初六日，朱翊鈞到天壽山拜謁祖陵，十一日回宮。
冬十月十五日，中止行刑。二十三日，河南發生水災，分別予以免租和賑濟。十一月初一，有日食。十二月二十二日，慈慶宮受災，詔諭修身反省。當年，有琉球前來朝貢。
萬曆十二年(1584)春二月二十日，京師地震。二十二日，釋放建文諸臣外親遭貶及戍邊者的後裔。三月二十二日，減少江西瓷器的燒造。
夏四月初九，查抄張居正家。十一日，遊擊將軍劉糹廷討伐平定隴川賊寇。五月十九日，京師地震。六月初六，以雲南用兵為由，免去稅糧及拖欠賦役。
秋八月十三日，將張居正之罪張榜公佈於天下，並將其家屬戍邊。九月十三日，事奉兩宮皇太后到天壽山拜謁皇陵。十六日，建造壽宮。二十一日，返回宮中。
冬十月十五日，中止行刑。二十四日，免除湖廣、山東受災地方的稅糧。十一月十六日，餘有丁死去。十二月初二，前禮部侍郎王錫爵擔任禮部尚書兼文淵閣大學士，吏部侍郎王家屏兼東閣大學士，參與機要事務。二十二日，停止開採銀礦。這一年有安南、烏斯藏入朝進貢。
萬曆十三年(1585)春正月十九日，四川建武所兵變，擊傷總兵沈思學。二月初六日，南京發生地震。京師自去年八月以來沒有降雨。三十日，舉行盛大祈雨祭祀。三月十三日，再次隆重舉行祈雨祭祀。十八日，李成梁出塞襲擊把兔兒炒花，取得大勝。二十一日，減少杭州織造及尚衣監料銀。尚寶司少卿徐貞明督治京畿水田。
夏四月初五，舉行盛大祈雨祭祀。初七，由於久旱不雨，朱翊鈞詔令各地審理、平反冤案，釋放鳳陽輕犯以及監禁長時間的罪犯。十七日，又步行至南郊祈禱，對大學士們說：“天大旱，是因為朕不德，也是因為各地有司貪婪，盤剝百姓，致使天怒，今後必須慎選官吏。”免除天下受災地區一年田租。五月十六日，下雨。六月初二，慈寧宮建成。初三，建武所叛軍被平定。同月，四川松、茂番人作亂。
秋八月十一日，京師地震。閏九月初一，賑濟淮、鳳災害。初五，朱翊鈞到天壽山觀看壽宮。初十回宮。二十二日中止行刑。
冬十二月初一，淘汰惜薪司內官冗員。當月，順義王乞慶哈死去。這一年有土魯番、烏斯藏前來朝貢。
萬曆十四年(1586)春二月十八日，嚴禁外官饋送禮物。三月初三，由於久旱，要廷臣疏陳時政。初八，禁止部曹言事，放棄整治京畿水田。十八日，賜予唐文獻等人為進士及第以及其他不同的出身。二十三日，仍然久旱不雨，朱翊鈞又命天下修身反省。
夏四月初九，京師地震。六月二十日，松茂番被平定。這年夏天，賑濟直隸、河南、陝西及廣西潯、柳、平樂，廣東瓊山等十二縣饑荒。山西始鬧盜賊。
秋七月初十，賑濟江西災害。十五日，朱翊鈞詔令戶、兵二部安撫災民，嚴格保甲制度。當月，淇縣賊人王安聚眾打劫，被剿平。九月初一，王家屏因父喪去職。二十四日，中止行刑。二十八日，朝廷下發帑並派官吏賑濟河南、山東、直隸、陝西、遼東、淮、鳳災害。
冬十月初五，禮部主事盧洪春上疏奏請謹慎對待弊端，被施杖刑後削去官籍。十一月十三日，在京城南郊祭祀上天。這一年，有土魯番前來朝貢。
萬曆十五年(1587)春正月初三，分發國庫所藏的金帛以賑濟山西、陝西、河南、山東各地宗室。三月二十六日，乞慶哈之子扯力克世襲順義王之封號。
夏四月，京師大旱，瘟疫流行。六月初十，禁令廷臣奢侈。當月，京師連降大雨，朝廷賑濟撫卹貧民百姓。
秋七月，江北發生蝗災，江南發生水災，山西、陝西、河南、山東又發生旱災，黃河也在開封決口，朝廷分別給予減免賦稅和賑濟。八月初三，朱翊鈞以頻繁發生災害為由，命各撫、按官員力懲貪官，清理冤案，減免賦稅，賑濟撫卹百姓。九月初一，應有日食，但因陰雲遮掩而不能看見。初三，中止行刑。
冬十月初五，大學士申時行奏請皇帝批示轉發留在宮禁中的各種奏章。十一月初三，鄖陽發生士卒喧亂，巡撫都御史李材被撤職。這一年，有哈密、琉球、烏斯藏前來朝貢。
萬曆十六年(1588)春三月初十，朱翊鈞下詔修改《景皇帝實錄》，刪去成阝戾王之封號，後來沒有實行。山西、陝西、河南及南畿、浙江同時發生饑荒和瘟疫。
夏四月，賑濟江北、大名、開封各府饑荒。五月，四川建昌番作亂，被討伐平定。二十三日，朱翊鈞以倉儲軍械被焚和各省災傷為由，命內外官員修身反省。六月初八，京師發生地震。十二日，因災害而停止和減少蘇、杭織造。
秋七月初四，免除山東受災之地的夏糧賦稅。十九日，制訂考察邊疆官員政績的方法。八月十四日，朱翊鈞詔令從太倉取銀二十萬兩充作閱陵的犒賞費用。九月初九，中止行刑。初十，朱翊鈞到天壽山視察壽宮。十四日，在石景山停留觀看渾河。十五日回宮。二十日，甘肅發生兵變，巡撫都御史曹子登被罷免。當月，青海部長他不囊進犯西寧，殺害其副將李魁。冬十一月十二日，禁止空泛、冗長之奏章。這一年有烏斯藏前來朝貢。
萬曆十七年(1589)春正月初一，有日食。初九，太湖、宿、松一帶有劉汝國等賊寇作亂，安慶指揮陳越率兵討伐，戰死。二月十九日，吳松指揮陳懋功討伐並平定亂賊。三月初九，被罷免和升遷的官員上朝面謝。從此以後皇帝臨御逐漸減少。十六日，雲南永昌發生兵變。十八日，賜焦..等人以進士及第和其他不同出身。
夏四月二十三日，王家屏重新入閣。始興妖僧李圓朗作亂，進犯南雄，被有司率兵討伐並斬死。六月初九，浙江發生風災，海潮氾濫。十四日，永昌叛軍被平定。三十日，南畿、浙江大旱，太湖乾涸，撥國庫銀四十萬兩予以賑濟。
秋八月二十七日，嚴申匿名揭發禁令。
冬十月初九，中止行刑。二十九日，完成黃河決口築堤工程。十二月十六日，朱翊鈞告誡各位官員遇事不要爭強好勝。這一年，安南、烏斯藏曾來進貢。
萬曆十八年(1590)春正月初一，朱翊鈞召見大學士申時行等人於毓德宮，並引皇長子前來相見。
夏四月十三日，賑濟湖廣饑荒。六月初九，免京畿受災地區的夏糧賦稅。十四日，青海部長火落赤進犯洮州，副總兵李聯芳戰敗死去。十五日，更改宗藩先例，對無封爵者聽其自便。
秋七月初一，有日食。二十六日，朱翊鈞召見內閣大臣商議邊防大事，同時要他們舉薦將材。三十日，兵部尚書鄭雒經略陝西四鎮及山西、宣、大邊務。當月，火落赤再次進犯河州、臨洮，總兵官劉承嗣戰敗。八月初四，停止扯力克互市及對其的賞賜。
冬十月初十，賑濟臨洮遭受戰亂的軍隊和百姓。十二月十六日，朱翊鈞派遣朝廷大臣九人視察邊防。這一年有安南前來朝貢。
萬曆十九年(1591)春正月，緬甸攻佔永昌、騰越。二月十八日，總兵官尤繼先在莽剌川打敗火落赤餘眾。閏三月十二日，朱翊鈞以出現彗星為由，命群臣修身反省。十四日，責備給事中、御史擅進譏諷皇帝之言，罰減其官俸一年。
夏四月初一，祭祀太廟。此後，廟中祭祀都遣人代替。五月十八日，四川四哨番作亂，巡撫都御史李尚思討伐平定叛亂。六月十九日，王錫爵歸鄉探親。
秋七月二十日，朱翊鈞告誡廷臣：因國事紛紜，使得大臣爭相請求辭官還鄉，以後有肆行誣衊的人要從重治罪。八月初五，免除河南受災地方的田租。九月初十，許國辭官。十二日，申時行辭官。十五日，吏部侍郎趙志皋擔任禮部尚書，原禮部侍郎張位擔任吏部侍郎，一同兼任東閣大學士，參與機要事務。
冬十月初一，京營軍官在長安門譁變。十二月初二，下詔規定戚臣莊田數目。二十一日，河套部敵進犯榆林、延綏，總兵官杜桐將其擊敗。這一年，京師發生蝗災，南畿、浙江發生水災，朝廷分別予以賑濟和減免賦稅。同年，琉球前來朝貢。
萬曆二十年(1592)春正月二十六日，給事中孟養浩建議立太子，被施杖刑于闕下，並被削除官籍。三月初八，寧夏已辭官的副總兵口孛拜殺害巡撫都御史黨馨、副使石繼芳，佔據城池反叛。十一日，王家屏辭官。十二日，總督軍務的兵部尚書魏學曾領兵討伐寧夏叛賊。十八日，朱翊鈞賜予翁正春等人以進士及第及其他不同的出身。
夏四月十五日，總兵官李如松提督陝西討賊軍務。二十六日，甘肅巡撫都御史葉夢熊率兵會同魏學曾討賊。扯力克擒住賊首，開關獻俘，於是朝廷返還其兩年互市賞賜。五月，倭寇進犯朝鮮，攻陷王京，朝鮮王李日公逃往義州求救。六月十九日，各路兵馬進軍到寧夏，賊寇引誘河套部進犯，被官軍擊退。
秋七月十六日，免除陝西拖欠賦稅。十七日，副總兵祖成訓率兵援救朝鮮，在平壤與倭寇交戰，戰敗。二十七日，罷免三邊總督魏學曾，以葉夢熊取而代之，不久逮捕魏學曾，打進監獄。八月十八日，兵部右侍郎宋應昌經略防備倭寇之軍務。二十二日，朝廷詔諭各地督撫舉薦將材。九月十六日，平定寧夏賊寇。
冬十月十六日，李如松提督薊、遼、保定、山東軍務，並擔任防海御倭總兵官，援救朝鮮。同月，賑濟京畿、浙江、河南受災各府，並分別對田租予以減免。十一月十二日，朱翊鈞駕臨午門，接受寧夏戰俘。十二月八日，告示天下：寧夏賊寇已被平定。這一年，有暹羅、土魯番前來朝貢。
萬曆二十一年(1593)春正月十九日，李如松將平壤倭寇擊敗。十六日，王錫爵還朝。二十六日，朱翊鈞下詔封三個皇子為王，朝廷大臣據理力爭，不久作罷。二十七日，李如松進攻王京，在碧蹄館與倭寇相遇，戰敗。二月二十九日，犒勞東征將士。
夏四月十九日，倭寇放棄王京而遁。六月十四日，朱翊鈞詔令天下各地每年夏季審訊囚犯，對輕犯之類予以減刑和釋放，以兩京為例。二十日，倭使小西飛真誠請求投降。
秋七月初一，詔諭救援朝鮮的各邊鎮軍隊返回。初三，出現彗星，命群臣修身反省。八月初五，朱翊鈞以災異頻繁為由，命內外諸臣修舉實政。
冬十月十六日，中止行刑。十二月初七，薊遼總督顧養謙兼理朝鮮事務，召回宋應昌、李如松。當年，賑濟江北、湖廣、河南、浙江、山東饑荒。河南礦賊大起。烏斯藏前來朝貢。
萬曆二十二年(1594)春正月二十日，朱翊鈞詔示天下：各省災害頻繁，尤以山東、河南、徐、淮為甚，盜賊四起，官吏翫忽職守，朝廷詔令不行，自今以後，要以安民除盜之政績來決定罷免和升遷撫按官員。二月初四，皇長子朱常洛出閣講學。十六日，派官員賑濟河南，並免除其田租。三月二十五日，詔令修訂國史。
夏四月初一，日食。五月十四日，禮部尚書陳於陛、南京禮部尚書沈一貫同時兼任東閣大學士，參與機要事務。二十四日，王錫爵辭官。六月初二，雷雨交加，西華門遭災，詔令修身反省。
秋七月二十日，河套部長卜失兔進犯延綏。當月，延綏總兵官麻貴在下馬關擊敗河套部敵軍。
冬十月十五日，南京兵部右侍郎邢..總督川、貴軍務，討伐播州宣慰使楊應龍。二十三日，詔諭倭使入朝。當月，炒花進犯遼東，總兵官董一元將其擊敗。這一年，琉球、烏斯藏入朝進貢。
萬曆二十三年(1595)春正月癸卯日，朝廷派遣都督僉事李宗城、指揮楊方亨封平秀吉為日本國王。三月二十三日，賜朱之蕃等人為進士及第以及其他不同出身。
夏五月二十六日，京師地震，朱翊鈞命令群臣修身反省。
秋九月初九，青海部長永邵卜進犯甘肅，參將達雲將其擊敗。十六日，下詔恢復建文年號。
冬十一月初三，湖廣遭災，分別予以減免賦稅和賑濟。十二月初三，大學士趙志皋等人請求批發留在宮禁中的奏章，未得答覆。這一年，江北發生水災，淮河水漫河堤，淹沒泗州祖陵。
萬曆二十四年(1596)春二月十一日，麻貴將河套部擊敗。三月初八，乾清、坤寧二宮遭火災，朱翊鈞命群臣修身反省。二十五日，下詔自責。當月，火落赤進犯洮河，總兵官劉糹廷將其大敗而逃。
夏四月初三，李宗城從倭營跑回王京。五月初二，河套部之敵軍進犯甘肅，總兵官楊..將其擊敗。初四，再次商議封倭事宜，命都督僉事楊方亨、遊擊沈惟敬前往。六月，賑濟福建饑荒。
秋七月初二，吏部尚書孫丕揚請求批發推舉補缺官員的奏章，未予答覆。十三日，仁聖皇太后駕崩。二十日，開始派遣中官在畿內開礦。不久，河南、山東、山西、浙江、陝西之礦皆獲准開採，以中官統領。群臣屢次進諫，皆未聽取。閏八月初一，日食。初三，大學士趙志皋奏請朱翊鈞臨朝執政，批發章奏，結束開礦，未予答覆。九月初二，楊方亨到達日本，平秀吉拒受封號，再次侵犯朝鮮。二十二日，安葬孝安莊皇后。此月，河套部又侵犯寧夏。總兵官李如柏將其擊敗。當年秋天，黃河在黃土固口決堤。
冬十月十三日，中止行刑。二十二日，開始命中官專管通州專賣稅收。此後，各省皆設稅使。群臣屢諫不聽。十二月十三日，陳於陛死去。
萬曆二十五年(1597)春正月二十六日，朝鮮使者請求救援。二月初五，再次商議討伐倭寇。十五日，原都督同知麻貴擔任防倭總兵官，統率南北各路兵馬。三月十五日，山東右參政楊鎬擔任僉都御史，經略朝鮮軍務。三十日，兵部侍郎邢..擔任尚書，總督薊、遼、保定軍務，經略防倭事宜。
夏六月十九日，皇極、中極、建極三殿發生火災。二十四日，終止編修國史。
秋七月初四，誡諭群臣。初八，詔令大赦天下。當月，楊應龍反叛，攻佔合江、綦江。八月十九日，倭寇攻破朝鮮閒山，於是逼近南原，副總兵楊元棄城逃走，倭兵逼近王京。二十六日，京師地震。九月初四，逮捕原兵部尚書石星，將其投進監獄，判為死罪。
冬十月十七日，安南黎惟潭篡位自立，並前來請罪，詔令授予其安南都統使。
萬曆二十六年(1598)春正月，官軍攻擊蔚山倭寇，未克，楊鎬、麻貴逃奔王京。三月十八日，賜趙秉忠等人以進士及第以及其他不同的出身。二十七日，群臣前往文華門疏請皇長子成年完婚，未得允許。
夏四月十三日，遼東總兵官李如松出塞，遇伏戰死。十八日，京師大旱，朱翊鈞令群臣修身反省。六月初四，楊鎬被免職。初五，中官李敬在廣東開採珍珠。十三日，張位被免職。二十三日，巡撫天津的僉都御史萬世德經略朝鮮。
秋七月初三，中官魯保專賣兩淮的餘鹽。八月二十四日，京師地震。九月初十，免除浙江遭災地區的田租。
冬十月初三，總兵官劉糹廷、麻貴分兵攻擊倭寇，將其擊敗。董一元攻擊新寨倭寇，戰敗。十一月十七日，倭兵放棄蔚山逃遁，官軍分兵追擊。十二月，總兵官陳瞞在乙山打敗倭寇，於是朝鮮被平定。這一年，有烏斯藏前來朝貢。
萬曆二十七年(1599)春二月初二，分別派中官統領浙江、福建、廣東市舶司。當月，貴州巡撫江東之派兵討伐楊應龍。戰敗。三月二十日，原兵部侍郎李化龍總督川、湖、貴州軍務，討伐楊應龍。
夏四月二十五日，朱翊鈞駕臨午門，接受倭寇俘虜。當月，臨清百姓叛亂，焚燒稅使馬堂官署，殺其隨從三十四人。閏月初八，詔示天下倭寇被平定，免除加派的東征賦稅。十二日，因久旱不雨而令群臣修身反省。十九日，因各位皇子結婚而令從太倉取銀二千四百萬兩。戶部匱乏，令從嚴核實各地積蓄儲備。六月二十三日，楊應龍攻陷綦江，參將房嘉寵、遊擊張良賢戰死。
秋八月十八日，陝西狄道縣發生山崩。九月，土蠻進犯錦州。
冬十月初六，賑濟京城饑民。初十，由於播州用兵，加派四川、湖廣地區的田賦。十二日，貴州宣慰使安疆臣犯罪，詔令他討伐賊寇以贖罪。十一月初四，免除河南受災地區的田租。二十八日，賑濟畿輔及鳳陽等地饑荒。十二月初二，武昌、漢陽百姓叛亂，打傷稅使陳奉。十三日，賑濟京師流民。這一年，琉球前來朝貢。
萬曆二十八年(1600)春二月初四，京師地震。十二日，李化龍率師分八路進軍討伐播州。
夏六月初六，攻克海龍囤，楊應龍自縊而死，播州平定。
秋七月初十，天大旱，朱翊鈞又令群臣修身反省。八月初一，建成慈慶宮。初六，撤除朝鮮守兵。九月十四日，中止行刑。同年秋天，炒花進犯遼東，副總兵解生等人戰敗死去。
冬十月初一，貴州皮林苗叛亂，總兵官陳瞞率兵討伐。初六，雲南稅監楊榮開採阿瓦、孟密寶井。十二月二十六日，朱翊鈞駕臨午門，察看播州戰俘。
這一年，兩畿各省災傷頻繁，民飢盜起，內外群臣上奏請求將礦稅監官免職，朱翊鈞全不採納。大西洋人利瑪竇進獻地方特產。
萬曆二十九年(1601)春正月十三日，詔告天下：由於平定了播州，免除四川、貴州、湖廣、雲南加派的田租賦稅，同時免除官民牽連之罪。當月，皮林苗賊被平定。二月初五，賑濟大同、宣府饑荒。三月十七日，賜封張以誠等人以進士及第和其他不同的出身。當月，武昌發生民變，殺掉稅監陳奉隨從六人，焚燬巡撫公署。
夏四月十八日，召回陳奉，派守備承天的中官杜茂替代。五月，蘇州民變，殺掉織造中官孫隆隨從數人。六月，京師已一年未降雨，直到當月初九才開始下雨。山東、山西、河南普遍大旱。二十二日，法官奏請熱審，朱翊鈞未予答覆。這年夏天，賑濟畿內饑荒。
秋九月初八，黃河在開封、歸德決堤。十三日，趙志皋死去。十九日，賑濟貴州饑荒。二十四日，原禮部尚書沈鯉、朱賡同時兼任東閣大學士，參與機要事務。
冬十月十五日，冊立皇長子朱常洛為皇太子，冊封其他各位皇子常洵為福王、常浩為瑞王、常潤為惠王、常瀛為桂王。並下詔大赦天下。二十八日，加上慈聖皇太后尊號。十二月初八，詔令恢復朵顏馬市。
萬曆三十年(1602)春正月二十六日，以四方災害頻繁為由令群臣修身反省。二月十六日，朱翊鈞身體不適，召大學士沈一貫至啟祥宮，詔諭免除礦稅，停止織造，釋放囚犯，恢復進諫的各位大臣職務。次日，病癒，擱置前詔。二十一日，重建乾清、坤寧二宮。閏月初三，恢復河套各部貢市。十五日，河州黃河干涸。三月二十二日，騰越民變，殺掉稅監所委派的官員。
夏四月初十，賑濟順天、永平饑荒。五月十四日，法官奏請熱審，未允許。
秋七月二十二日，邊餉匱乏，命從嚴從快催交拖欠賦稅。當月，緬賊攻陷蠻莫宣撫司，宣撫司思正跑回騰越，賊兵追至，官吏殺掉思正進獻賊兵，才得解圍。
冬十月初十，賑濟江北災害。二十八日，中止行刑。這一年有琉球、哈密前來朝貢。
萬曆三十一年(1603)春三月初二，吏部奏告天下郡守闕員，沒作答覆。當月，播州餘賊吳洪等人作亂，有關官吏討伐並予以平定。
夏四月初一，日食。五月初一，閣臣奏請熱審，未予回覆。二十三日，京師地震。鳳陽天降大雨和冰雹，砸毀皇陵殿脊樑。當年夏天，黃河在蘇家莊決堤，淹沒江北豐、沛、魚臺、單縣。
秋九月十一日，江北發生盜賊。
冬十月初二，中止行刑。十四日，睢州賊楊思敬作亂，被有司討伐擒獲。十一月十二日，得到一本妖書，傳說皇帝要改立太子，詔令到處嚴加搜尋。十二月初五，朱翊鈞召見皇太子於啟祥宮，賜給皇太子手令給予安慰。
萬曆三十二年(1604)春二月二十一日，閣臣奏請補充司、道、郡、守及派遣巡視各地的御史，未予答覆。三月十四日，建成乾清宮。十五日，賜封楊守勤等人以進士及第和其他不同的出身。
夏四月初一，日食。當月，完成疏通氵加河的工程。五月二十三日，雷火焚燒了長陵明樓。六月初七，以長陵發生災害為由，命補闕官撫卹帶刑在獄囚犯。二十日，昌平發生水災，毀壞長、泰、康、昭四陵石樑。
秋七月初一，京師大雨，毀壞一些城牆。十二日，賑濟遭受水災之居民。八月二十三日，群臣跪伏文華門，上疏請求提倡修舉實政，降旨督促。二十八日，完成黃河分水工程。九月初一，賑濟畿南六府饑荒。閏月二十四日，武昌宗人蘊軫等人作亂，殺掉巡撫都御史趙可懷。
冬十月初八，開始對平定播州的官兵論功。這一年有琉球、烏斯藏前來朝貢。
萬曆三十三年(1605)春正月，重新修復京師外城。初五，銀定、歹成進犯鎮番，總兵官達雲將其擊敗。
夏四月初七，蘊軫等被殺。五月二十四日，鳳陽遭受大風大雨，毀壞陵殿神座。二十八日，雷擊圜丘望燈高杆。六月初二，以雷擊為由令群臣修身反省。
秋八月二十八日，中止行刑。九月二十四日，昭和殿發生火災。二十六日，京師地震。
冬十一月十一日，免除淮陽遭災地區的田租。十二月初二，詔令天下各地停止開礦。又將稅務事宜交還有司，將每年收入的一半交至內府，另一半交至戶、工二部。初六，免去河南遭災地區的田租。十五日，以皇長孫出生為由而詔令大赦天下。開宗室科舉入仕之先例。停止開採廣東珠池和雲南寶井。
萬曆三十四年(1606)春二月十一日，加上皇太后徽號。十二日，大學士沈鯉、朱賡奏請皇帝補齊六部主要官員，未得到答覆。三月十一日，雲南百姓殺死稅監楊榮，焚燒其屍體。三十日，真定、順德、廣平、大名等地遭災，朝廷分別給予減免賦稅和賑濟。
夏四月二十五日，完成朱旺口黃河疏通工程。五月初六，河套部進犯延綏，官軍將其擊潰。六月初六，緬甸攻陷木邦。同月，畿內蝗災大起。
秋七月十六日，沈一貫、沈鯉辭官。九月二十九日，朱翊鈞要陝西邊防嚴加防患。
冬十月初一，中止行刑。十一月初四，朵顏來犯，總兵官姜顯謨領兵將敵擊退。十二月十八日，南京妖賊劉天緒謀反，事情敗露伏誅。這一年，有安南、琉球前來朝貢。蒙古喀爾喀各部歸順大清。
萬曆三十五年(1607)春正月初七，給事中翁憲祥進言：撫、按官員解任後應該隨時候命，不應聽其自流。未得到批覆。二月初五，安南賊人武德成進犯雲南，總兵官沐睿又將敵擊退。三月十八日，賜封黃士俊等人為進士及第以及其他不同的出身。
夏四月初六，銀定、歹成進犯涼州，副總兵柴國柱將其擊退。二十日，順義王扌奢力克死去。五月二十七日，原禮部尚書于慎行及禮部侍郎李廷機、南京吏部侍郎葉向高一同擔任禮部尚書兼任東閣大學士，參與機要事務。六月，湖廣及徽、寧、太平、嚴州發生水災。閏月二十日，恢復河套各部的貢市。
秋七月初十，京師連年陰雨。刑部奏請皇帝批發關於熱審的奏章，未予答覆。八月初六，賑濟畿內饑荒。九月初四，中止行刑。
冬十月十四日，山東大旱，饑荒嚴重，朝廷分別給予賑濟。十一月二十五日，于慎行死去。十二月，金沙江蠻阿克反叛，攻陷武定，圍攻雲南，攻佔嵩明、祿豐。安南賊兵進犯欽州。這一年，琉球前來朝貢。
萬曆三十六年(1608)春正月，河南、江北發生饑荒。二月十一日，京師地震。
夏六月二十五日，南畿發生大水。
秋七月十三日，京師地震。郴州礦賊大起。八月初九，懲治雲南失事有罪之臣，巡撫都御史陳用賓、總兵官沐睿又被逮捕入獄，論為死罪。二十七日，賑南畿和嘉興、湖州饑荒。九月初十，四川巡撫都御史喬璧星在東川擒獲阿克，賊寇被平定。
冬十一月三十日，朱賡死去。十二月初五，再次賑濟南畿，免除其稅糧。這一年，有琉球前來朝貢。
萬曆三十七年(1609)春三月初十，拱兔攻陷大勝堡，遊擊於守志在小淩河被戰敗。二十九日，大學士葉向高奏請皇帝公佈群臣互相攻擊的奏文，以論斷是非、整肅人心，未予答覆。
夏四月，倭賊侵犯溫州。
秋九月二十五日，左都御史詹沂封印私自離去。二十九日，中止行刑。當年秋季，福建、浙江、江西發生大水災。湖廣、四川、河南、陝西、山西大旱，畿內、山東、徐州大鬧蝗災。
冬十二月二十二日，朝廷將畿內、山東諸省所收稅收的三分之一用作賑濟饑民費用。這一年，日本侵入琉球，抓住其國王尚寧。哈密入朝進貢。
萬曆三十八年(1610)春三月十七日，賜封韓敬等人為進士及第以及其他不同的出身。
夏四月初二，正陽門樓遭火災。十六日，以旱災異常為由，要群臣完成自己份內職責，不準互相攻擊。二十六日，賑濟畿內、山東、山西、河南、陝西、福建、四川饑民。五月，河南賊人陳自管等人作亂，被官吏擒獲。
冬十月辛丑日，中止行刑。十一月初一，有日食。二十七日，以缺乏軍餉為由，要廷臣陳述充倉足庫之策，而且不得從宮內撥出金帛。這一年，烏斯藏入朝進貢。
萬曆三十九年(1611)春二月庚子日，河套部敵軍進犯甘州的紅崖、青湖，被官軍擊退。
夏四月，京師大旱。十九日，怡神殿發生火災。二十七日，設定邊鎮常平倉。五月初三，御史徐兆魁上奏皇帝，指責東林講學諸人暗中支援制定不同的禮典、制度，致使諸臣互相攻擊。廣西、廣東發生大水災。六月，從徐州到北京普遍發生大水災。當年夏天，停止熱審。
冬十月初一，戶部尚書趙世卿上書離去。十八日，中止行刑。內閣大臣請求釋放輕罪犯人，未予答覆。這一年，暹羅前來朝貢。
萬曆四十年(1612)春二月十九日，吏部尚書孫丕揚上書自去官職回鄉。三月十二日，賑濟京師流民。
夏四月初二，南京各道御史進言：“官衙空缺，各方面事務廢墮，皇上深居宮中二十餘年，未接見過大臣，天下將有失去的危險。”仍然未予答覆。五月初一，日食。
秋八月，黃河在徐州決口。九月十九日，李廷機自動離職。
冬十月二十四日，中止行刑。這一年，琉球中山王尚寧派人奏請歸附。
萬曆四十一年(1613)春正月初二，詔諭朝鮮練兵以防止倭寇。三月十五日，賜封周延儒等人為進士及第以及其他不同出身。
夏五月十二日，朱翊鈞詔諭吏部都察院“：幾年來議論紛紛，混淆視聽，朝廷寬容不予追查，致使攻擊誣陷愈來愈甚，朝廷大臣猶疑畏懼，都想辭官回鄉，嚴重損害了國體。自今以後，仍有結黨亂政者，定罪絕不饒恕。”六月初八，卜失兔世襲順義王封號。
秋七月初八，兵部尚書掌管都察院事務的孫瑋辭職回鄉。九月十七日，吏部左侍郎方從哲、原吏部左侍郎吳道南和禮部尚書兼任東閣大學士，參與機要事務。二十五日，吏部尚書趙煥自動離職。當年，兩畿、山東、江西、河南、廣西、湖廣、遼東發生水災。烏斯藏前來朝貢。
萬曆四十二年(1614)春正月十二日，總兵官劉糹廷率兵討伐建昌叛蠻，將其平定。二月初九，慈聖皇太后駕崩。二十七日，賑濟畿內饑荒。三月二十四日，福王來到都城。
夏四月初四，以皇太后遺命為由大赦天下。六月十三日，安葬孝定皇后。
秋八月十四日，禮部右侍郎孫慎行上疏自動去職。二十三日，葉向高辭官。這一年有安南、土魯番前來朝貢。
萬曆四十三年(1615)春正月十八日，完成了徐州黃河決口的築堤工程。三月初一，有日食。
夏五月初四，薊州一男子張差手持木棒闖入慈慶宮，打傷守門的侍衛，被抓進監獄。十二日，刑部提牢主事王之肕弄清其情況，這就是後來所說的木廷擊案。二十五日，對皇城門禁嚴加戒備。二十九日，在慈慶宮召見廷臣。御史劉光復被抓進監獄。三十日，張差伏誅。六月初三，由於久旱不雨，朱翊鈞命群臣修身反省。
秋七月初四，賑濟畿內饑荒。二十九日，中止行刑。閏八月初六，重建三殿。十三日，山東大旱，朱翊鈞下詔將稅銀留下進行賑濟。二十三日，河套諸部進犯延綏，官軍戰敗，副將孫弘謨被抓獲。
冬十月十八日，京師地震。十一月初六，賑濟京師饑民。
萬曆四十四年(1616)春三月初一，有日食。十五日，賜封錢士升等人進士及第以及其他不同出身。當年春天，畿內、山東、河南、淮、徐發生大饑荒，朝廷分別給以賑濟和減免田賦。
夏四月十九日，河南出現盜賊，朝廷命官吏進行安撫和圍剿。六月初三，河套各部落進犯延綏，總兵官杜文煥將其擊退。二十九日，黃河在祥符朱家口決堤，淹沒陳、杞、睢、柘各州縣。
秋七月二十八日，河套部落首領吉能率兵進犯高家堡，參將王國興戰敗。當月，陝西大旱，江西、廣東發生水災，河南、淮、揚、常、鎮大鬧蝗災，山東盜賊大起。
冬十月初十，中止行刑。十一月初二，隆德殿發生火災。
萬曆四十五年(1617)春二月二十三日，由於前一年冬季無雪，入春以後又沒有下雨，朱翊鈞要群臣修身反省。三月初六，鎮撫司缺乏官吏，獄中很多囚犯因關押太久而死亡，大學士方從哲據此上奏，未得到答覆。初十，賑濟江西饑荒。
夏五月十三日，久旱不雨，朱翊鈞又命群臣修身反省。六月初三，畿南大鬧饑荒，當地官吏請求賑濟，未得到及時答覆。當月，閣臣法官奏請熱審，未得答覆。
秋七月初一，日食。初五，吳道南因丁服父母喪事離職。這一年，兩畿、河南、山東、山西、陝西、江西、湖廣、福建、廣東遭災。暹羅、烏斯藏曾來朝進貢。
萬曆四十六年(1618)春二月十五日，賑濟廣東饑荒。
夏四月十五日，大清軍隊攻克撫順，千總王命印戰死。二十日，總兵官張承胤領兵救援撫順，也全軍覆沒。閏月初二，楊鎬擔任兵部左侍郎兼右僉都御史，經略遼東。六月二十六日，京師地震。這年夏天，官吏奏請熱審，未得到答覆。
秋七月二十日，大清軍隊攻佔清河堡，守將鄒儲賢、張旆戰死。八月十六日，朝廷將軍餉海運到遼東。二十四日，乃蠻等七部落請求與朝廷相通。二十五日中止行刑。九月初七，守遼軍隊缺乏糧餉，有關官員奏請撥用各省稅銀，未得到及時答覆。二十六日，加派天下田賦。三十日，京師發生地震。
冬十一月初九，因災異頻繁而令群臣修身反省。十二月初二，河套部落首領猛克什力前來投降。這一年有土魯番、天方、撒馬兒罕、魯迷、哈密、烏斯藏前來朝貢。
萬曆四十七年(1619)春二月十一日，經略楊鎬在遼陽誓師，總兵官李如柏、杜松、劉糹廷、馬林分道出塞。三月初一，杜松在吉林崖遭遇大清軍隊，戰死。初二，馬林在飛芬山戰敗，兵備僉事潘宗顏戰死。初七，劉糹廷率軍深入阿布達裡岡，戰死。十八日，賜莊際昌等人為進士及第以及其他不同出身。
夏四月二十日，盔甲廠發生火災。六月十六日，大清軍隊攻克開原，馬林全軍覆沒。二十二日，大理寺丞熊廷弼擔任兵部右侍郎兼右僉都御史，經略遼東。二十三日，朝廷大臣聚於文華門，奏請皇帝批覆奏章以及增派援軍和分發糧餉，未得到答覆。
秋八月初五，山東蝗災。十三日，逮捕楊鎬。九月初一，中止行刑。初九，百官跪伏於宮殿階下，奏請朱翊鈞上朝處理政事，未得到答覆。
冬十月初八，賑濟京師饑民。十二月，又加派全國田租賦稅。二十二日，鎮江、寬奠、雲爰陽新募援兵被擊潰。這一年有暹羅前來朝貢。
萬曆四十八年(1620)春正月二十一日，朝鮮請求救援。三月十二日，再次加派全國田租賦稅。
夏四月初六，皇后王氏死去。十一日，朱翊鈞病發，在弘德殿召見方從哲。
秋七月十七日，朱翊鈞病情加重，在弘德殿召見英國公張惟賢，大學士方從哲，尚書周嘉謨、李汝華、黃嘉善、張問達、黃克纘，侍郎孫如遊，勉勵各位大臣勤政敬職。二十一日，死去，時年五十八歲。遺詔停止一切榷稅和新增織造等。九月初十，追加尊敬諡號，廟號神宗，安葬於定陵。
光宗崇天契道英睿恭純憲文景武淵仁懿孝貞皇帝，叫朱常洛，是神宗皇帝的長子。其母恭妃王氏。萬曆十年(1582)八月出生。神宗皇帝親到大殿接受朝賀，併到郊廟祭奠社稷，還詔告天下，封兩宮徽號。不久，鄭貴妃生下兒子常洵，得寵於神宗皇帝。很久也未冊立太子，朝廷大臣紛紛上奏請求，均不予理睬。萬曆二十九年(1601)十月，才立常洛為皇太子。
萬曆三十一年(1603)，外面謠傳，說神宗想改立太子，並指責鄭貴妃。神宗大怒，被逮捕和株連者甚多，最後抓得一個名叫白敫生光的人，將其分屍，才算結束。萬曆四十一年(1613)六月，奸人王曰乾告朝廷：孔學蠱惑人心，不利於東宮。話中還涉及鄭貴妃、福王，事情詳見《葉向高傳》。萬曆四十三年(1615)夏五月初四，薊州一男子張差，手持木棒闖入慈慶宮，此事又牽連著貴妃宮監。太子請求交下屬吏處置。先殺張差於市，又在宮禁中將二名宮監處死。由此便出現了“木廷擊案”。
萬曆四十八年(1620)七月，明神宗死，二十二日，皇太子遵從遺詔發放幣金百萬犒勞邊關將士，全部停止徵收所有礦稅，起用因建議時政而定罪的諸臣。二十四日，再次發放幣金百萬充當邊境賞賜。八月初一日，朱常洛即皇帝位。於天下大加赦免，以第二年為泰昌元年。減免直隸省受災後田租賦稅。四日，吏部侍郎史繼偕、南京禮部侍郎沈..為禮部尚書兼東閣大學士，參與機要事務。遼東大旱。十五日，蘭州黃河水清澈三天。十九日，禮部侍郎何宗彥、劉一火景、韓火廣為禮部尚書兼東閣大學士，參與軍國大事。召見葉向高。派使臣撫卹刑獄。二十一日，光宗身體不舒服。二十三日在乾清宮召對英國公張懷賢、大學士方從哲等十三人，命令皇長子出來接見。二十九日，病危，再次召見方從哲等接受遺命。當天，鴻臚寺官李可灼進獻紅丸。
九月初一日，光宗死於乾清宮，在位一個月，終年三十九歲。熹宗即位後，採納廷臣建議改萬曆四十八年八月以後為泰昌元年。十月，上尊諡，廟號光宗，葬於慶陵。
評論：神宗幼年即位，有江陵張居正輔政，總理政事使得名副其實，國勢由此幾乎達到富強。後來因循古制，飲酒作樂，深居宮中，使朝政廢弛，君臣隔離。於是，小人好權趨利，爭相追逐，視名節之士為仇人，門戶派別紛紛興起。善良到胐、愍的地步，邪黨趁此蔓延滋長。在廷正直之臣也無有深謀遠慮以扼制其關鍵要害，但又不勝激憤，因而互相攻擊，以至於君主懷疑，奸賢一起任用，導致國家潰敗分裂，到了不可拯救的地步。故談論此事者，謂明朝之亡實亡於神宗，不是沒有道理的。光宗德行潛在張揚，海內一致盼望，然而登位一月，天不作美，措施還未施展，木廷擊等三案互相牽連糾纏，黨禍益熾，真是可悲啊！
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