恭閔惠皇帝叫朱允火文。太祖孫，懿文太子第二子。其母呂氏。恭閔帝生來穎慧好學，性情特別孝順。十四歲時懿文太子患病，他晝夜侍奉不離。過了兩年，懿文太子死，他悲哀至極，身體因此瘦弱。太祖撫慰他說：“你真是孝順，都顧不上想我了。”洪武二十五年(1392)九月，立朱允火文為皇太孫。二十九年(1396)，重定諸王朝見東宮禮節制度，朝見後在內殿行家人禮，要諸王全部遵照執行。起初，太祖命令太子檢查奏章，太子天性仁慈寬厚，遇到刑獄往往減免。於是又命皇太孫檢查，皇太孫也以寬大為本。他經常請教太祖，遍考禮經，參照歷朝刑法，改定《洪武律》偏重者七十三條，天下無不為之歌功頌德。
洪武三十一年(1398)閏五月，太祖死。十六日，即皇帝位。大赦天下，以第二年為建文元年。當天，葬高皇帝於孝陵。下詔行喪三年。群臣請求用日代月。恭閔帝說“：我並不是效仿古人居喪不言。上朝則戴喪帽穿喪服，退朝則整齊衣冠去掉喪帶，飲食則稠粥，郊廟宗社如往常一樣。”二十一日，下詔文臣五品以上及州縣官吏各推舉所熟知有才之人，非其人者加罪。六月，省幷州縣，革除多餘官員。兵部侍郎齊泰為本部尚書，翰林院修撰黃子澄為太常卿，一同參與軍國大事。
秋七月，召漢中府教授方孝孺為翰林院侍講。下詔施行寬大政策，赦免罪犯，蠲免欠交賦稅。八月，周王朱木肅犯罪，廢為庶人，貶到雲南。下詔興州、營州、開平各衛全家在軍伍中的免除一人。天下衛所軍中是單丁的放為平民。九月，雲南總兵官西平侯沐春死於軍中。由左副將何福代領其部眾。
冬十一月，工部侍郎張籨為北平布政使，謝貴、張信掌管北平都指揮使司，監察燕國秘密事務。下詔求直言，推舉山林才德之士。十二月一日，何福破斬刀幹孟，平定麓川。這一月，賞賜天下第二年田租的一半，釋放黥軍及囚徒回鄉裡。
這一年，暹羅、占城入朝進貢。
建文元年(1399)，正月初二，受朝賀，不奏樂。九日，在南郊大祭天地，順便祭祀太祖。修《太祖實錄》。二月，追尊皇考曰孝康皇帝，廟號興宗，皇妣常氏曰孝康皇后。尊母妃呂氏曰皇太后，冊妃馬氏為皇后。封其弟朱允火通為吳王，允堅為衡王，允熙為徐王。立皇長子朱文奎為皇太子。詔告天下，推舉遺漏賢才。賞賜民間高壽者米肉絲帛，鰥寡孤獨殘廢者官方負責撫養。重視農桑，興學校，考察官吏，賑救遭災貧民，表彰節孝，掩埋暴骨，減免災荒田租。衛所軍戶絕後的除去其名額。下詔諸王不得節制文武吏士，改定內外大小官制。三月，隆重祭奠先師孔子。停止天下諸司不急辦事務。都督宋忠、徐凱、耿王獻率兵屯住開平、臨清、山海關。調北平、永清二衛兵於彰德、順德。侍郎暴昭、夏原吉等二十四人任採訪使，分別巡行天下。二十三日，京師地震，求直言。
夏四月，湘王朱柏自焚而死。齊王朱..、代王朱桂犯罪，廢為庶人，派遣燕王世子高熾及其弟高煦、高燧回北平。六月，岷王朱螰犯罪，廢為庶人，貶徙漳州。十日，燕山護衛百戶倪諒上報發生叛亂，燕旗校於諒等被誅滅。下詔責備燕王朱棣，逮捕燕王府官僚。北平都指揮張信叛亂歸附燕王。
秋七月五日，燕王朱棣舉兵造反，殺布政使張籨、都司謝貴。長史葛誠、指揮盧振，教授餘逢辰死。參政郭資、副使墨麟、僉事呂震等投降燕王。指揮馬宣敗走薊州，俞調敗走居庸。宋忠向北平挺進，聽說事態有變，退守懷來。通州、遵化、密雲相繼向燕王投降。八日，燕兵攻陷薊州，馬宣戰死。十一日，燕兵攻陷居庸關。十六日，攻陷懷來，宋忠，俞調被捉處死，都指揮彭聚、孫泰奮力戰死，永平指揮郭亮等叛降燕王。二十四日，谷王朱木惠從宣府奔往京師。長興侯耿炳文為徵虜大將軍，駙馬都尉李堅、都督寧忠為左、右副將軍，率師征討燕王朱棣。祭告天地宗廟社稷，削除燕王所屬戶籍。下詔說“：國家不幸，骨肉周親多次謀逆叛亂。去年，周庶人朱木肅圖謀不軌，牽連燕、齊、湘三王。我因為他們都是我的親身骨肉的緣故，糾正朱木肅之罪。今年齊王朱..謀反，又與朱棣、朱柏同謀，朱柏帶罪自焚而死，朱..已廢為庶人。朕以為朱棣在所有親人中是最親近的，沒有徹底追究此事。今天竟然舉兵造反，危及國家之安全，得罪了天地祖宗，道義上難以赦免。於是選拔大兵前往征討。諮詢我中外臣民軍士，各懷忠守義，與國同心，掃除逆氣，達到長治久安。”不久命安陸侯吳傑，江陰侯吳高，都督耿王獻，都指揮盛庸、潘忠、楊松、顧成、徐凱、李友、陳暉、平安，分道並進。在真定設立平定燕王之布政使司，由尚書暴昭掌管布政使司之事。
八月十二日，耿炳文兵臨真定，徐凱屯兵河間，潘忠、楊松屯兵莫阝州。十五日，燕兵攻陷雄縣，潘忠、楊松與燕兵戰於月漾橋，被擒。莫阝州城陷。二十五日，耿炳文與燕兵戰於滹沱河以北，大敗，李堅、寧忠、顧成被擒，耿炳文只好退守真定。燕兵攻城不克，引兵而去。建文帝遂召遼王朱植、寧王朱權歸京師，朱權不到，下詔削其護衛。三十日，曹國公李景隆為徵虜大將軍，代替耿炳文。九月一日，吳高、耿王獻、楊文率遼東兵，圍攻永平。十一日，李景隆兵住河間，燕兵援救永平，吳高退保山海關。
冬十月，燕兵從劉家口秘密取道襲陷大寧，守將朱鑑戰死。總兵官劉真、都督陳亨援救大寧，陳亨叛降燕軍。燕王以寧王朱權及朵顏三衛士兵歸北平。十五日，李景隆圍北平，燕兵回救。十一月五日，李景隆及燕軍戰於鄭村壩，大敗，逃往德州，諸軍全線潰崩。燕王朱棣再兩次上書於朝廷。建文帝為罷除齊泰、黃子澄官職，仍留在京師。
建文二年(1400)正月初一，下詔天下來朝官員不要慶賀。二日，隆重祭奠先師孔子。二月，燕兵攻陷蔚州，進攻大同。李景隆從德州趕來增援，燕兵又退回北平。保定知府雒僉叛降燕軍。二十九日，又以都察院為御史府，協調江蘇、浙東田賦。下詔說：“國家有必供之賦稅，然而江、浙賦稅獨重，而蘇州、松江官田全部以私稅為準，用徵一時，不能成為定製。現在全部予以減免，每畝不得超過一斗。蘇、松人仍然可到戶部做官。”三月初一日，有日食。賞賜胡廣等進士及第，出身各有差別。
夏四月二十四日，李景隆與燕兵戰於白溝河，大敗燕軍。第二天又戰，官軍失利，都督瞿能、越..侯俞淵、指揮滕聚等皆戰死，李景隆逃奔德州。五月七日，退到濟南。十六日，李景隆又在濟南城下失敗，向南逃走。參政鐵鉉、都督盛庸竭盡全力抵禦。六月十六日，遣尚寶丞李得成告諭燕王收兵。
秋八月一日，承天門發生火災，下詔求直言。十六日，盛庸、鐵鉉擊敗燕軍，解濟南圍，復取德州。九月，下詔審查洪武年間功臣罪廢者後裔。十日，封盛庸為歷城侯，鐵鉉為山東布政使，參與軍國事務。不久進升為兵部尚書。以盛庸為平燕將軍，都督陳暉、平安為副將。盛庸屯兵德州，平安及吳傑屯兵定州，徐凱屯兵滄州。
冬十月，召李景隆回京，赦免不誅。二十九日，燕兵襲擊滄州，徐凱被擒。十二月四日，燕兵侵犯濟寧，迫近東昌。二十五日，盛庸擊敗燕兵，斬其大將張玉。二十六日，又戰，再敗燕兵，燕兵敗走館陶。盛庸軍勢大振，號召各屯軍一起進攻燕軍，以斷燕軍歸路。
建文三年(1401)春正月初一日，神寶落成，祭告天地宗廟，在奉天殿接受朝臣祝賀。五日，吳傑、平安合擊燕兵於深州，不利。十一日，大祭天地於南郊。十七日，在太廟祭祀。宣告東昌大捷。恢復齊泰、黃子澄官職。三月二十二日，盛庸敗燕軍於夾河，斬其大將譚淵。再戰失利，都指揮莊得、楚智等奮力戰死。二十三日，又戰，全軍潰敗，盛庸敗走德州。二十八日，都督何福增援德州。三月四日，貶齊泰、黃子澄，告諭燕王收兵。十日，吳傑、平安與燕軍戰於藁城，潰敗，只好退保真定。燕兵攻掠真定、順德、廣平、大名。朱棣上書請求召回諸將罷兵，派大理少卿薛巖前往朝廷報告。這一月，《禮制》修成，頒行全國。
夏五月二十六日，盛庸用兵扼守燕軍糧餉道路，不克。朱棣又遣使上書，來使被下獄。六月十五日，燕將李遠侵犯沛縣，焚燒糧船。二十五日，都督袁宇攻擊李遠，失敗。
秋七月二日，燕軍奪取彰德。十日，平安從真定進攻北平。十五日，大同守將房昭率兵由紫金關奔向保定，駐易州西水寨。九月十八日，平安與燕將劉江戰於北平，潰敗，平安只好回保真定。
冬十月二日，真定諸將遣兵增援房昭，與燕王戰於齊眉山，失敗。十一月八日，遼東總兵官楊文進攻永平，與劉江戰於昌黎，潰敗。十五日，平安敗燕軍李彬於楊村。十二月九日，燕兵焚燒真定軍用儲備。下詔中官奉使侵暴吏民者，由所在官吏懲治。這一月，駙馬都尉梅殷鎮守淮安。《太祖實錄》修成。
建文四年(1402)春正月初一日，在蒙化召見原周王朱木肅，讓其留居京師。燕兵連陷東阿、東平、汶上、兗州、濟陽，東平吏目鄭華、濟陽教諭王省皆戰死。十八日，魏國公徐輝祖率師增援山東，燕兵攻陷沛縣，知縣顏伯瑋、主簿唐子清、典史黃謙死。三十日，迫近徐州。二月一日，都督何福及陳暉、平安陳軍濟寧，盛庸陳兵淮河上。二十六日，改定品官功勳等級。三月，燕兵攻宿州，平安迫至淝河，斬其大將王真，遇到伏兵而潰敗，宿州陷落。
夏四月十五日，何福、平安敗燕軍於小河，斬其將陳文。二十二日，徐輝祖等在齊眉山打敗燕軍，斬其將李斌，燕兵害怕，圖謀北歸。這時，建文帝聽信訛言，說燕兵已經投降，召徐輝祖回京，何福陷入孤立無援。二十八日，諸將與燕兵大戰於靈壁，諸將全軍潰敗，陳暉、平安、禮部侍郎陳性善、大理寺卿彭與明均被擒獲。五月一日，楊文率遼東兵趕赴濟南，在直沽被擊潰。七日，盛庸軍在淮河上被擊潰，燕兵渡過淮河，直趨揚州。指揮王禮等叛降燕軍，御使王彬、指揮崇剛則戰死。十九日，燕兵到六合，諸軍迎戰，失敗。二十日，下詔天下救援京師，派遣御使大夫練子寧、侍郎黃觀、修撰王叔英分道徵兵。召齊泰、黃子澄還京。蘇州知府姚善、寧波知府王王進、徽州知府陳彥回、樂平知縣張彥方，各起兵入衛。二十二日，遣慶成郡主到燕軍中去，討論割地罷兵之事。
六月初一日，盛庸率舟師敗燕軍於浦子口，再戰不利。都督僉事陳王宣以舟師叛附燕王。三日，燕兵渡過長江，與盛庸戰於高資港，官軍潰敗。六日，鎮江守將童俊叛降燕王。八日，燕軍到龍潭。九日，命諸王分守都城，派李景隆及兵部尚書茹王常、都督王佐到燕軍中去，重申割地罷兵之約。十日，又派谷王朱木惠，安王朱楹前往。燕王均不理睬。十三日，遣使者送蠟書四出，催促勤王兵。十四日，燕兵侵犯金川門，左都督徐增壽圖謀內應，被誅滅。谷王朱木惠及李景隆叛降，接納燕兵入城，都城陷落。宮中大火，建文帝不知所終。燕王遣中使在火中找出帝后屍體，過八天即二十一日安葬。
有的說建文帝由地道出逃。正統五年(1440)，有僧人從雲南到廣西，詐稱是建文皇帝。思恩知府岑瑛上報於朝廷。經審問，是鈞州人楊行祥，年已九十餘歲，投入監獄，過了四個月死去。與其同謀僧人十二人均貶戍遼東。從此以後，滇、黔、巴、蜀間，相傳有建文帝當僧人往來的行蹤。正德、萬曆、崇禎間，諸臣請求續封建文帝后裔，並加廟號諡號，下部討論，沒有執行。大清乾隆元年(1735)，下詔廷臣集議，追諡號為恭閔惠皇帝。
評論：惠帝天性仁厚。登基之切，親賢好學，召用方孝孺等人。典章制度，銳意復古。他曾因病而輟朝，尹昌隆進諫，惠帝即刻引以自咎，宣告他疏於中外朝政，自我切責。又免除軍衛單丁，減免蘇、松重稅，皆使百姓得到很大實惠。建文朝滅亡後，此期紀年又稱洪武，此後子孫臣民以紀載為嫌，民間傳疑，無不錯誤。更越聖朝，得經典論定，尊名統一為惠，君主之德得以彰示天下，美啊。
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