洪武三年，皇帝派遣使者訪求前代帝王陵墓，接著命令各行省製成地圖獻上，共有七十九座陵。
禮官考察其中功德顯著的，有伏羲，神農，黃帝，少昊，顓頊，唐堯，虞舜，夏禹，商湯、中宗、高宗，周文王、武王、成王、康王，漠高祖、文帝、景帝、武帝、宣帝、光武、明帝、章帝，後魏文帝，隋高祖，唐高祖、太宗、憲宗、宣宗，周世宗，宋太祖、太宗、真宗、仁宗、孝宗、理宗，共三十六人。
各自制作禮服與禮冠，用函裝上香和彩帛。
皇帝派遣秘書監丞陶誼等人前往舉行祭祀禮，親自制作祭祀文辭派遣他們。
每一陵給以白銀二十五兩備辦祭祀物品o墳墓被挖掘的就掩覆起來，毀壞的就修整好。
廟宇破舊的就修葺好。
沒有祭廟的就設壇祭祀。
接著命令有關部門禁止打柴採摘。
每年的一定時節進行祭祀，祭祀犧牲用太牢。
洪武四年，禮部議定，合於祭祀的帝王有三十五人。
在河南的有十人：陳祭祀伏羲、商高宗，孟津祭祀漢光武，洛陽祭祀漢明帝、章帝，鄭祭祀周世宗，鞏祭祀宋太祖、太宗、真宗、仁宗。
在山西祭祀的一人：榮河祭祀商湯。
在山東祭祀的二人：東平祭祀唐堯，曲阜祭祀少昊。
在北平祭祀的三人：內黃祭祀商中宗，滑祭祀顓項、高辛。
在湖廣祭祀的二人：酃祭祀神農，寧逮祭祀虞舜。
在浙江祭祀的二人：會稽祭祀夏禹、宋孝宗。
在陝西祭祀的十五人：中部祭祀黃帝，咸陽祭祀周文王、武王、成王、康王、童王，漢高帝、景帝，咸寧祭祀漢文帝，興平祭祀漢武帝，長安祭祀漢宣帝，三原祭祀唐高祖，醴泉祭祀唐太宗，蒲城祭祀唐憲宗，涇陽祭祀唐宣宗。
每年祭祀在二月、八月的初一。
於是派遣使者到各陵祭祀。
每處陵墓設定一塊碑，刻有祭祀日期以及所用牲帛數目，使所在地有關部門守護。
不久命有關部門在每年一定時節修葺，設定陵戶二人看守。
又每三年，拿出祭祀文辭、香與彩帛，傳達制命派遣太常寺樂舞生帶著這些物品到所在地，命令有關部門進行祭祀。
所祭祀的人，比以前少了周宣至、漠明帝、章帝，而增加祭祀媧皇於趙城，後魏文帝於富平，元世祖於順天，以及宋理宗於會稽，一共三十六個帝王。
後又增加祭祀隋高祖於扶風，而接著俘止祭祀宋理宗。
又命令帝王陵廟所在的官府主管部門在春秋雨季的第二個月上旬，選擇日期祭祀。
六年，皇帝以五帝、三王以及漢、唐、宋創立帝業的君主，都應在京城設廟祭祀，於是在欽天山的南面建歷代帝王廟。
仿照太廟同堂異室的制度，設正殿五室：中間一室是三皇，束面一室是五帝，西面一室是夏禹、商湯、周文王，又束面一室是周武王、漢光武、唐太宗，又西面一室是漢高祖、唐高祖、宋太祖、元世祖。
每年春秋雨季的第二月上旬甲日祭祀。
不久因周文王最終處於諸侯的身份，唐高祖因太宗得到天下，於是停止他們的祭祀，增加祭祀隋高祖。
七年，命令帝王廟都塑帝王穿戴衣冠的坐像，只有伏羲、神農沒有衣裳的制式，不必加冕服。
八月，皇帝親自到新廟祭祀。
不久停止祭祀隋高祖。
洪武二十一年，命令每年郊祀，在大祀殿附帶祭祀歷代帝王。
仍在每年八月中旬，選擇日期派遣官員在本廟祭祀，春祭則停止。
又規定每三年中派人祭祀各陵的那一年，就停止廟祭。
這年下詔以歷代名臣陪從祭祀，禮官李原名上奏擬定三十六人獻上。
皇帝認為宋趟普揹負太祖，不忠心，不可以陪從祭祀。
元代四位傑出大臣，木華黎佔首位，不可以祭祀孫子而捨棄他祖父，可以祭祀木華黎而罷除安童。
既然祭祀伯顏，那麼阿木不必祭祀。
漠代陳平、馮異，宋代潘美，都善始善終，可以祭祀。
於是定風后、力牧、皋陶、夔、龍、伯夷、伯益、伊尹、傅說、周公旦、召公奭、太公望、召虎、方叔、張良、蕭何、曹參、陳平、周勃、鄧禹、馮異、諸葛亮、房玄齡、杜如晦、李靖、郭子儀、李晟、曹彬、潘美、韓世忠、岳飛、張浚、木華黎、博爾忽、博爾木、赤老溫、伯顏，共三十七人，於東西廊庶陪從祭祀，設了四個壇。
當初，太公望有武成王廟，曾派遣官員如同祭奠先師先聖的儀式舉行祭祀。
到這時，罷除廟祭，除去王號。
永樂遷都，簾王廟，派遣南京太常寺官舉行祭禮。
嘉靖九年，停止歷代帝王在南郊從祀。
命令于都城西建歷代帝王廟，每年在仲春、仲秋祭祀。
後來一併停止南京廟祭。
永樂十年春二月，廟沒建成，皇帝親自於文華殿祭祀歷代帝王，共設五個祭壇，宮殿臺階東西設名臣四個祭壇。
禮部尚書李時說：“舊有儀式有賞賜福祿的文章。
賞賜，是自上而下的意思，祇在郊廟社稷時適宜用。
歷代帝王，只適合稱答。”下詔准許。
十一年夏，廟建成，題名為景德崇聖之殿。
殿有五室，東西兩庶，殿後是放祭器的倉庫，前為景德門。
門外是神庫、神廁、宰牲亭、鐘樓。
街東西二坊，叫景德街。
八月壬辰親自祭祀。
皇帝由中門入，迎神、接受福祚、送神各拜兩拜。
過後每年派大臣一員舉行祭禮，四員大臣分別獻祭。
凡是子、午、卯、酉於帝王陵墓祭祀的年份，就停止秋祭。
二十四年，因禮科陳菜建議，停止元世祖的陵廟祭祀以及陪從祭祀木華黎等人，又將唐太宗遷到宋太祖同一室內。
共十五位皇帝，陪從祭祀的名臣有三十二人。
明朝初年沿襲元朝制度，在三月三日、九月九日共同祭祀三皇。
洪武元年，命令用太牢祭祀。
洪武二年，命令用句芒、祝融、風后、力牧左右配祀，俞跗、桐君、僦貸季、少師、雷公、鬼臾區、伯高、岐伯、少俞、高陽十大名醫陪從祭祀，儀式如同奠祭先師先聖。
四年，皇帝認為天下郡邑共同祭祀三皇太遇度。
禮臣議論說：“唐玄宗曾經在京城設立三皇五帝廟。
到元成宗時，才在府州縣設立三皇廟。
春秋共同祭祀，，而以醫藥為主，很不合禮法。”皇帝說：“三皇繼承天意登帝位，開創了萬代教育感化的本源，和藥師混在一起，行嗎？”命令天下郡縣不準褻瀆祭祀。
正德十一年，於秦州設立伏羲氏廟。
秦州，是古代成紀的地方，這樣做是依從了巡按御史馮時雄的奏議。
嘉靖年間，於太醫院北建立三皇廟，題名景惠殿。
中間奉祀三皇以及四配。
它的陪從祭祀，束屋是僦貸季、岐伯、伯高、鬼臾區、俞跗、少俞、少師、桐君、雷公、馬師皇、伊尹、扁韹、婆於惠、張機十四人，西屋是華陀、王叔和、皇甫謐、葛洪、巢元方、孫思邈、韋慈藏、王冰、錢乙、朱肱、李杲、劉完素、張元素、朱彥修十四人。
每年二月、八月上旬的甲日，禮部堂上官舉行祭禮，太醫院堂上官兩員分別祭獻，用少牢。
又在裡面修建聖濟殿，祭祀先代名醫，以太醫官主持祭祀。
二十一年，皇帝認為規模形制低下矮小，命令擴大祭廟。
聖師的祭祀，開始於世宗。
供奉皇師伏羲氏、神農氏、軒轅氏，帝師陶唐氏、有虞氏，王師夏禹王、商湯王、周文王、武王，九聖面向南。
左面是先聖周公，右面是先師孔子，東西向。
每年春秋為皇帝講經的前一日，皇帝穿著皮弁，跪拜，舉行奠祭先聖先師的禮儀。
在文華殿束屋用羹酒果脯帛祭祀。
當初，束屋有釋迦牟尼像，皇帝認為他不合常法，撤掉了，於是祭祀先聖周公和先師孔子。
自己寫祭文，舉行奉安神位禮。
輔政大臣、禮卿以及講官等待行完禮，進入跪拜。
在此以前，洪武初年，司業宋濂建議要依建安熊氏的說法，以伏羲為儒家道統的宗師，神農、黃帝、堯、舜、禹、湯、文、武，依次列坐。
按等級祭祀天子的學說，那麼儒家道統更為尊貴。
太祖不聽從。
到這時，世宗仿照宋濂的意思實行。
嘉靖十六年，改到在永明殿後祭祀，和當初一樣舉行祭禮。
這以後常派遣官員代皇帝祭祀。
隆慶初年，仍在文華殿東屋舉行祭禮。
漢、晉以及隋，有的稱先師，有的稱先聖、宣尼、宣父。
唐朝謐號文宣王，宋加上聖號，元又加上大成號。
明太祖入江淮府，首先拜孔子廟。
洪武元年二月，下詔在國學用太牢祭祀孔子，仍派遣使者到曲阜舉行祭祀。
臨出發時告論說：“仲尼的道義，廣大悠久，與天地並存。
據有天下的帝王，無不恭敬地舉行祭祀事務。
我身為天下君主，希望大大昌明教化，來實行先聖的道術。
如今既然在大學舉行祭祀先聖先師的禮儀，仍派你們到闕里舉行祭祀事務，你們要恭敬行事。”又規定製度，在每年仲春、仲秋的上丁日，皇帝降香，派官員在國子學祭祀。
以丞相行初獻禮，翰林學士行二獻禮，國子祭酒行三獻禮。
祭期之前，皇帝沐浴更衣，戒絕嗜慾。
獻官、陪祀、執辜官都行不御不樂不弔的散齋兩天，清身潔心的致齋一天。
祭祀的前一天，皇帝穿皮弁服，駕臨奉天殿降香。
到了祭祀日，獻官舉行祭禮。
三年，下詔革除眾神封號，只有孔子的封爵依舊。
而且命令曲阜神廟，每年官府給予祭牲彩帛，使衍聖公供奉祭祀事務。
四年，禮部上奏議定儀節用品。
改以前規定的篷豆用八為十，篷要用竹製成。
所用盛黍稷稻粱的籃簋登釧以及豆，最初用木製的，全部換為瓷制。
祭牲改用煮熟的。
奏樂的六十人，舞蹈的四十八人，領舞的二人，共一百一十人。
禮部請求挑選京城百姓中秀麗的充任樂生、舞生。
太祖說；“樂舞是學者的事情，何況祭祀先聖先師是用來尊崇孔子的。
應選擇國子生以及公卿子弟在太學學習的人，預先教授他們。”五年，罷除孟子拊祭。
過了一年，皇帝說：“孟子辨明異端，排除邪說，發揚昌明孑L子道術，像以前一樣拊祭。”七年二月上丁日，日食，改用第二個丁日。
洪武十五年，新建太學完工。
廟建在太學束面，中間是大成殿，左右兩庶，前面是大成門，門的左右列了二十四戟。
門外東面是犧牲廁，西面是祭器庫，再前面為靈星門。
自開始營建以來，皇帝數次駕臨視察。
到這時落成，派官員舉行祭祀。
皇帝既已親自去奠祭先聖先師，又下詔天下共同祭祀孔子，並頒佈奠祭先聖先師的制度。
凡是府州縣學，篷豆用八，器物牲牢，都比園子學減少。
獻酒的三次禮儀相同，孔子的十個弟子在兩庶行一獻禮。
祭祀時，各自用正職官員奉行，有布政司就由布政司官主祭，分別祭獻就用本太學學宮以及老成儒士充任。
每年春、秋第二月上旬的丁日祭祀。
當初，國子學主持祭祀的派遣祭酒官，後來派遣翰林院官，然而祭酒初上任，必定派遣祭祀一次。
十七年，下令每月朔日和望日，祭酒以下舉行入學祭奠先師禮，郡縣長官以下到學宮上香。
洪武二十六年，向天下頒佈大成樂。
二十八年，因行人司副官楊砥進言，罷除漢揚雄陪祀，增加董仲舒。
三十年，因為國子學孑L子廟狹窄，命令工部改建，構制規模都是皇帝規劃的。
大成殿門各有六楹，靈星門三楹，東西庶七十六楹，神廁、神庫都是八楹，宰殺祭牲的地方是六楹。
永樂初年，在太學束面建廟。
宣德三年，因萬縣訓導李譯進言，命禮部考正陪祀先賢的名位，頒佈告示天下。
十年，慈利教諭蔣明請求祭祀元代儒士昊澄。
大學士楊士奇等人說應當陪祀，皇帝聽從了。
正統二年，以宋儒胡安國、蔡沈、真德秀陪祀。
三年，禁止天下在釋、老宮祭祀孔子。
孔、顏、孟三氏的子孫教授裴侃說：“天下文廟只根據傳道來排列位次。
闕里的孔子家廟，應該端正父子關係，來作為排列先後的常道。
顏子、曾子、子思是兒子，在殿庭配享。
無繇、子皙、伯魚是父親，在走廊側房陪祀。
並非只是名分不正，恐怕神自己也不會安心。
何況叔梁紇在元代已經追封為啟聖王，在大成殿西建殿崇拜奉祀，而且顏、孟的父親都封公，祇有伯魚、子皙仍封侯，請求追封公爵，與顏、孟的父親都配享於啟聖王殿。”皇帝命禮部施行，接著議論給伯魚、子皙加封號。
成化二年，追封董仲舒為廣川伯，胡安國為建寧伯，蔡沈為崇安伯，真德秀為浦城伯。
十二年，皇帝聽從祭酒周洪謨的建議，增加樂舞為八佾，篷豆各焉十二件。
弘治八年，追封楊時為將樂伯，陪從祭祀，位置次於司馬光。
九年，增加樂舞至七十二人，如同天子的禮制。
十二年，闕里孔廟焚燬，敕令有關部門重建。
十七年，廟建成，派遣大學士李束陽祭告，並刻石樹立御製碑文。
正德十六年，下詔有關部門改建在衢州的孔氏家廟，官府供給錢，督辦工程。
命令博士孑L承義奉杞。
嘉靖九年，大學士張璁說：“孔子祭祀典禮，有應當更正的地方。
叔梁紇是孔子的父親，顏路、曾皙、孑L鯉是顏淵、曾參、子思的父親，三個兒子在廟庭配享，叔梁紇及各位父親卻在兩庶陪祀，推究聖賢的心又怎能安適？請在大成殿後，另外建房祭祀叔梁紇，而以顏路、曾皙、孔鯉配享。”皇帝認為正確，於是說：“聖人尊天與尊親相同。
現今用篷豆十二件，祭牲用犢，全部是用來祭祀天的禮儀，也不是正禮。
他的謐號、鏽有日月星辰圖案的禮服都應改正。”張璁順著皇帝意思說：“孔子宜稱先聖先師，不稱王。
祭祀的房屋宜稱廟，不稱殿。
祭祀適宜用木製牌位，他的塑像應該毀掉。
篷豆用十件，樂用六佾。
配享者爵位為公侯伯的封號應該削除，只稱先賢先儒。
所陪祀的申黨、公伯寮、秦冉等十二人應該罷除，林放、蘧瑗等六人應該各自在其鄉里祭祀，後蒼、玉乃、歐陽修、胡瑗、蔡元定應該陪祀。”皇帝命令禮部會同翰林眾臣議論。
編修徐階上疏陳述改易稱號毀掉塑像不可行。
皇帝發怒，貶謫徐階的官職，於是御製《正孔子祀典說》，大略說，孔子以為魯僭越王禮是不對的，難道肯自己僭越天子的禮儀嗎？又作《正孔子祀典申記》，都交付給史館。
張璁於是作《正孔子廟祀典或問》上奏。
皇帝以為議論詳細正確，並令禮部集體議論。
於是御史黎貫等人說：“聖祖當初訂正祭祀典禮，天下五嶽四演眾神都削去封號，只有先師孔子如故，確實有深意。
陛下懷疑孔子的祭祀，上與祭祀上天的禮儀相比擬。
孔子的不可及，像上天不可登階而升，即使比擬於天，也不為過。
自從唐尊孔子為文宣王，已經使用天子禮樂。
宋真宗曾經想封孔子為皇帝，有人說周只稱王，不應當加帝號。
而羅從彥所論，增加帝號也可以。
到了周敦頤便認為萬世無窮，以王禮祭祀孔子，邵雍則認為仲尼以萬世為王。
論辯孔子不應當稻王的人，只有昊澄一人罷了。
誠懇希望皇上廣泛地考察眾人的言論，務求最恰當。”當時黎貫疏中說：“沒有什麼比天地更尊貴的，也沒有什麼比父親和老師更尊貴的。
陛下敬天尊親，不應單獨懷疑孔子的王號是僭越。”皇帝因此大怒，懷疑黎貫藉此來斥責他追尊亡父的錯誤，譴責他為奸惡，下交司法部門會同審訊，削奪了他的官職。
給事中王汝梅等人也極力說不該削去王號，皇帝都斥責為謬論。
於是禮部會同眾臣議論：“人以聖人為最崇高，聖人以孔子為最崇高。
宋真宗稱孔子為至聖，他的意思已經齊備。
現今應在孔子神位上題寫至聖先師孔子，去掉他的王號以及大成、文宣的稱號。
改大成殿為先師廟，大成門為廟門。
他的四位配享弟子稱復聖顏子、宗聖曾子、述聖子思子、亞聖孟子。
十位賢哲弟子以下凡是入門了的弟子，都稱先賢某子。
左丘明以下，都稱先儒某子。
不再稱公侯伯。
遵循聖祖首先定下的南京國子監規格形制，製造木頭神位。
接著擬定大小尺寸，著錄為定式。
他的塑像，立即下令撤除。
春秋祭祀，遵循建國初的舊有制度，十篷十豆。
天下各學官，八篷八豆。
樂舞只用六佾。
凡是學校另立一祠，中間的叔梁紇題寫為啟聖公孔氏神位，以顏無繇、曾點、孔鯉、孟孫氏配享，都稱先賢某氏。
至於陪祀的賢人，不可不考察得失。
申黨就是申根，改動去掉一個。
公伯寮、秦冉、顏何、苟況、戴聖、劉向、賈逵、馬融、何休、王肅、王弼、杜預、昊澄罷除祭祀。
林放、蘧瑗、盧植、鄭眾、鄭玄、服虔、範奎在各自的家鄉祭祀。
後蒼、王通、歐陽修、胡瑗應該增入。”皇帝命令全部按議論實行。
又因行人薛侃的建議，增加陸九淵陪祀。
最初，洪武年問，司業宋濂請求去掉塑像設定神位，禮儀樂章多有更改，太祖不答應。
成、弘年問，少詹程敏政曾說馬融等八個人應當除去。
給事中張九功推演論說此事，並請求罷除荀況、公伯寮、蘧瑗等人，而增加後蒼、王通、胡瑗。
被禮官周洪謨拒絕而停止。
到這時，因張璁極力主張，眾人不敢違背。
毀掉塑像大約是用了宋濂的說法，先賢的去留，大略如同張九功所說。
增入歐陽修，那是因為宋代爭議濮王的地位．即濮議的緣故。
第二年，國子監建成啟聖公祠。
依從尚書李時的建議，春秋祭祀，與文廟在同一天。
篷豆牲帛比照祭祀孔子的四位配享子弟，東西的配享位置比照孔子的十位賢哲弟子，陪祀的先儒程晌、朱松、蔡元定比照兩廳的從祀者。
輔政大臣代帝王在文廟祭祀，則祭酒在啟聖祠祭祀。
南京，祭酒在文廟祭祀，司業在啟聖祠祭祀。
於是定下制度，殿中先師孔子面向南，四位弟子配享東西向。
稍後是十位賢哲弟子：閔子損、冉子雍、端木子賜、仲子由、卜子商、冉子耕、宰子予、冉子求、直王偃、顓孫子師都東西向。
兩庶從祀：先賢澹臺滅明、宓不齊、原憲、公冶長、南宮适、高柴、漆雕開、樊須、司馬耕、公西赤、有若、琴張、申根、陳亢、巫馬施、梁鰱、公皙哀、商瞿、冉孺、顏辛、伯虔、曹恤、冉季、公孫龍、漆雕哆、秦商、漆雕徒父、顏高、商澤、壤駟赤、任不齊、石作蜀、公良孺、公夏首、公肩定、後處、鄭單、奚容葳、罕父黑、顏祖、榮旃、秦祖、左人郢、句井疆、鄭國、公祖句茲、原亢、縣成、廉潔、燕伋、叔仲會、顏之僕、邦巽、樂欺、公西輿如、狄黑、孔忠、公西藏、步叔乘、施之常、秦非、顏啥，先儒左丘明、公羊高、穀梁赤、伏勝、高堂生、孔安國、毛萇、董仲舒、後蒼、杜子春、王通、韓愈、胡瑗、周敦頤、程顥、歐陽修、邵雍、張載、司馬光、程頤、楊時、胡安國、朱熹、張拭、陸九淵、呂祖謙、蔡沈、真德秀、許衡共九十一人。
隆慶五年，以薛壇從祀。
萬曆年間，以羅從彥、李侗從祀。
十二年，又以陳獻章、胡居仁、王守仁從祀。
二十三年，以宋周敦頤父周輔成從祀啟聖祠。
又定於每年二月、八月上旬丁日到殿上傳達制命，派遣大臣祭祀先師及配享位眾人。
孔子的十位賢哲弟子派翰林官，兩庶派國子監官員各二人分別祭獻。
每月朔日，與每科進士舉行奠祭先聖先師禮。
司府州縣衛學各提調官舉行祭禮。
祭牲用少牢，奏樂如太學0京府以及附屬府縣學，只舉行祭奠先聖先師禮。
崇禎十五年，因左丘明由聖人親自傳授經義，改稱先賢。
同時改宋儒周敦頤、程顥、程頤、張拭、朱熹、邵雍六子也稱為先賢，位次在七十子之下，漢、唐眾儒生之上。
然而僅有國學更換了，闕里廟庭以及天下學宮沒有來得及頒佈實行。
旗纛的祭祀有四。
第一，洪武元年，禮官上奏：“軍隊出行應當祭祀的旗纛，旗稱牙旗。
黃帝出車歌訣說：‘飾以象牙的主帥旗幟，是將軍的精神，是全軍面貌的體現。
凡是開始樹立牙旗，必定在單日祭祀。
’纛，說的是旗頭。
《太白陰經》說：‘大將中營建纛旗。
天子六軍，所以用六個旗纛。
耗牛尾製成，樹在車轅左邊那匹馬的前面。
’唐、宋以及元朝都有旗纛的祭祀。
現在應該在京城設立廟宇，春天在驚墊日，秋天在霜降日，派遣官員舉行祭祀。”於是命令在都督府所在地的後面建廟，以都督為祭獻官員，在神位牌上題為軍牙之神、六纛之神。
七年二月，下詔令皇太子率領諸王到闔武場去祭祀飾有烏羽的旗幟，設七個祭壇，行三獻禮。
後來停止春祭，只是霜降日在教場祭祀。
第二，年終祭享皇帝祖廟的日子，在承天門外祭祀旗纛。
第三，旗纛廟在山川壇左邊。
最初，旗纛與太歲眾神在城南一起祭祀。
九年，另外建廟。
每年八月，天子親自祭祀山川的那一天，派旗手衛官行禮。
正神祭祀有，旗頭大將、六纛大將、五方旗神、主宰戰船正神、金鼓角鏡炮神、弓弩飛槍飛石神、陣前陣後神只五昌等眾神，共七位，共祭一罈，面向南。
皇帝穿皮弁，駕臨奉天殿降香。
獻官供奉進行祭祀。
祭祀物品比照祭先農，帛七束，黑色二束、白色五束。
痙毛血、望祭與燎祭，與祭祀風雲雷雨眾神相同。
祭祀完畢，在地上放六個酒器殺六隻雄雞，滴血祭祀。
笫四，永樂以後，有神旗的祭祀，專門祭祀火雷神。
每個月的朔日、望日，神機營提督官在教場祭祀。
祭牲用少牢。
凡是旗纛都藏在內府，祭祀便設上。
諸侯王國祭祀旗纛，就派遣武官穿軍裝行禮。
天下的衛所在辦公官署後設立廟宇，以指揮使為初獻官，僚屬官為亞獻官、終獻官。
祭祀物品比京城有所減少。
洪武二年定下制度，年終臘祭，在廟門外共同祭祀。
八年，禮部奏報：“五祀的禮儀，周、漢、唐、宋不一樣。
現在擬定在正月祭祀戶神，在皇宮門左設壇，主管宮門的官員主持祭祀。
四月祭祀灶神，在皇宮的廚房設壇，光祿寺官主持祭祀。
六月祭祀中溜之神，在幹清官的赤色空地上設壇，內官主持祭祀。
七月祭祀門神，在午門的左面設壇，主管城門的官主持祭祀。
十月祭祀井神，在宮內大庖井前面設壇，光祿寺官員主持祭祀。
四季中每季的首月在祭祀太廟那天，夏六月在土旺日，祭牲用少牢。”皇帝制命同意。
跟著確定祭祀中溜神在奉天殿外文樓前。
又定年終在太廟西周屋下將五種祭祀合在一起祭祀，太常寺官舉行祭禮。
洪武二年，皇帝命令祭祀馬祖、先牧、馬社、馬步的神靈，在後湖築壇。
禮官說：“《周官》春天祭馬祖，是天駟星；夏天祭先牧，是開始養馬；秋天祭馬社，是開始乘馬；冬天祭馬步，這是神降給馬災害。
隋朝承用周朝的制度，在四季中每季的第二個月祭祀。
唐、宋沿用。
現在定於春、秋雨季的第二個月，甲、戊、庚日，派官舉行祭祀。
建立四個壇，樂用時下音樂，行三次獻酒禮。”洪武四年，蜀明升獻上好馬十匹，其中有一匹白色的，長一丈多，不能加鞍韉與籠頭。
太祖說：“天生的傑出物，必然有神主管它。”命令太常用少牢祭祀馬祖，用袋裝四百斤沙壓上，命令人騎上在苑中游玩，時間長了慢慢溫馴。
皇帝騎著它在清涼山祭月。
等到歸回，十分高興，賜名飛越峰。
又命令太常祭祀馬祖。
洪武五年，將眾神合祭一罈，一午只是在春天祭祀。
永樂十三年，在蓮花池設立北京馬神祠。
在南京的馬神，則由南太僕主持祭祀。
最初稱十廟。
北極真武在三月三日、九月九日，道林真覺普濟禪師寶誌在三月十八日，都城隍在八月祭祀帝王后的一天，祠山廣惠王張渤在二月十八日，五顯靈順在四月八日、九月二十八日，都由南京太常寺官員祭祀。
漢秣陵尉忠烈公蔣子文、晉成陽忠貞公卞壺、宋濟陽武惠王曹彬、南唐忠肅王劉仁瞻、元衛國忠肅公福壽都在每季首月的初一，歲終，由應天府官員祭祀。
只有蔣廟又有四月二十六日的祭祀。
連同功臣廟是十一廟。
後來又增加四廟：關公廟，洪武二十七年在雞籠山南面建成，稱為漢前將軍壽亭侯。
嘉靖十年訂正錯誤，改稱漢前將軍漢壽亭侯。
在每季首月以及年終，由應天府官員祭祀，五月十三日，直立太常寺官員祭祀。
天妃，永樂七年封為護國庇民妙靈昭應弘仁普濟天妃，在正月十五日、三月二十三日，由南京太常寺官員祭祀。
太倉神廟在二月、八月的十五日，由南京戶部官員祭祀。
司馬、馬祖、先牧神廟，在二月、八月的中旬，挑選一天由南京太僕寺官員祭祀。
眾廟都用少牢，真武與真覺禪師用素食祭祀。
左祖既將功臣配享於太廟，又命令另外在雞籠山立廟。
評述功臣二十一人，死去的人塑像，活著的空出位置。
正殿：中山武寧王徐達、開平忠武王常遇春、岐陽武靖王李文忠、寧河武順王鄧愈、束甌襄武王湯和、黔寧昭靖王沐英。
用兩隻羊、兩隻豬。
西廂房：越國武莊公胡大海、梁國公趙德勝、巢國武壯公華高、虢國忠烈公俞通海、江國襄烈公昊良、安國忠烈公曹良臣、黔國威毅公呈復、燕山忠愍侯孫興祖。
束廂房：郢國公馮國用、西海武莊公耿再成、濟國公丁德興、蔡國忠毅公張德勝、海國襄毅公昊楨、薪國武義公康茂才、東海郡公茅成。
用羊兩隻，獵兩隻。
在兩個廉廊各設一個牌位，總寫著“故指揮千百戶衛所鎮撫之靈”。
用十隻羊，十隻獵。
在每季首月以及年終，派遣駙馬都尉條祀。
當初，胡大海等人死後，命令在卞壺、蔣子文的廟宇畫肖像。
等到功臣廟建成，移到那兒祭祀。
永樂三年，因中山王的功勳德行第一，又命令在正月旦日、清明、中元、孟冬、冬至日派遣太常寺官員在大功坊的家廟祭祀，祭牲用少牢。
京城所祭祀的是九廟。
真武廟，永樂十三年建成，以祭祀北極佑聖真君。
正德二年，改為靈明顯佑宮，在海子橋的束面，祭日與南京一樣。
束嶽泰山廟，在朝陽門外，於三月二十八日祭祀。
都城隍廟，在五月十一日祭祀。
漢壽亭侯關公廟，永樂年問建成。
成化十三年，又奉敕令在宛平縣束面修建廟宇，於五月十三日祭祀。
都是太常寺官員祭祀。
京都太倉神廟在太倉修建，由戶部官員祭祀。
司馬、馬祖、先牧神廟，由太僕寺官員祭祀。
宋文丞相祠，永樂六年，聽從太常博士劉履節的請求，在順天府學西面興建。
元世塑逮，嘉靖年問罷除祭祀。
都在二月、八月中旬由順天府官員祭祀。
洪恩靈濟宮，祭祀徐知證、徐知誇。
永樂十五年，在皇城西面立廟，正月旦日、冬至聖節，內閣、禮部以及內官各一員祭祀。
生日，禮部官員祭祀。
弘治年問，大學士劉健等人請求不要派遣內閣大臣祭祀。
嘉靖年問，改為派遣太常寺官員祭祀。
榮國公姚廣孝，洪熙元年在太廟陪祀。
嘉靖九年撤除廟祀，移到大興隆寺祭祀，在皇城西北角。
後來寺廟焚燬又移到崇國寺祭祀。
束嶽、都城隍用太牢，五廟用少牢，真武、靈濟宮用素食祭祀。
洪武元年，命令中書省到郡縣，訪求應該祭祀的神只。
名山大川、聖明帝王、忠臣烈士，凡是有功於國家以及惠愛百姓的，都寫進祭祀典冊，命令有關部門每年一定時飾祭祀。
二年，又下詔天下神祇，對百姓常有功德，事蹟顯著的，即使不祭祀，也要禁止人毀壞撤掉祠堂。
三年，制定眾神封號，凡是後世溢美的稱號都革除。
天下神祠不應進行祭祀典禮的，就是淫祠，有關部門不得祭祀。
弘治元年，禮科張九功說：“祭祀典禮正，那麼人心就正。
當今朝廷按常例祭祀外，又有釋迦牟尼文佛、三清三境九天應元雷聲普化天尊、金玉闕真君元君、神父神母，各宮觀中又有水官星君、諸天諸帝的祭祀，這不足以為天下效法。”皇帝將奏章下交給禮部，尚書周洪謨等人說：釋迦牟尼文佛生於西方中天竺國。
其教義的根本，以本性為法身，德行與功業為報身，連同真身為三，其實是一個人。
道家以老子為老師。
朱熹說遇：“玉清元始天尊既不是老子的法身，上清太上道君又不是老子的報身，設了二像，又不是和老子為一人。
而老子又自己稱上清太上老君，大約是仿照釋氏而又失真。”自現在起，凡是遇上皇上的生日，不命令修建吉祥齋壇祈禱，或者遇上喪禮，不命令修建推薦讚揚的齋壇祈禱。
大興隆寺、朝天宮都停止派官員祭告。
北極中天星主紫微大帝，北極五星在紫微垣中。
正統初年，建紫微殿，設立神像祭告。
設壇祈祭星辰，是古禮。
現在卻像似人，稱它為帝，考察祭祀典籍，確實沒有依據。
雷聲普化天尊，道家認為主管五雷，又在六月二十四日為天尊顯現的日子，所以每年在這一天派官到顯靈宮祭祀。
風雲雷雨，在南郊合在一起祭祀，而山川壇又有秋日祭祀，那麼這個祭祀也應當兔除。
祖師三天扶教輔玄大法師真君，傳記上說：“漢張道陵，善於用符治病。
唐天寅，宋熙寧、大觀年問，多次加封號後為正一靖應真君，子孫也有封號。
朝廷仍沿用正一嗣教真人的封號。”可是宋邵伯溫說：“張魯的祖父張陵、父親張衡，用符法之術傳授他，自己號稱師君。”今年以正月十五日是張陵生日，派官到顯靈宮祭告，也不合祭祀典禮。
大小青龍神，記載說：“有位僧人名叫盧，寓居西山。
有兩位童子來侍奉。
當時長久大旱，童子入潭化為兩條青龍，於是下雨。
後來賜給盧名號叫感應禪師，建寺設像，在潭上另設龍祠。
宣德年問，建大圓通寺，加上二龍封號，春秋祭祀。”近來連年旱災，祈禱沒有應驗，不足以崇拜奉祀已很明顯。
梓潼帝君，記載說：“神姓張名亞子，居住在蜀七曲山。
在晉做官戰死，人們給他立廟。
唐、宋多次加封至英顯王。
道家稱天帝命令梓潼掌管文昌府事務以及人間的福祿壽的簿冊，所以元代加封號為帝君，而天F的學校也有建祠堂祭祀的。
景泰年問，因為京城的舊廟開拓而新建，每年在二月三日的生辰，派官祭祀。”梓潼在蜀顯靈，故在蜀建廟祭祀較好。
文昌六星與它無關，應該下令罷除祭祀。
在天下學校的祠堂，都下令拆毀。
北極佑聖真君，是玄武七星宿，後人以它是真君，在下面作龜蛇。
宋真宗避諱，改I-為真武。
靖康初年，加封號為佑聖助順靈應真君。
圖志上說：“真武是淨樂王太子，在武當山修煉，功成飛昇。
奉上帝的命令鎮撫北方。
披髮赤足，建立皂色軍中大黑旗。”這是道家附會的說法。
我朝御製的碑上稱，太祖平定天下，受到很鄉神靈暗中保佑，曾在南京建廟尊崇祭祀。
到太宗靖難，認為神有顯靈幫助的功勞，又在京城東北角以及武當山重建廟宇。
兩處京城在每年一定時節和朔日、望日各自派遣官員祭祀，而武當山又有專門官員督辦祭祀事務。
憲宗曾經澆鑄銅像。
現在請求只是遵循洪武年間的舊例，每年三月三日、九月九日用素食，派太常官舉行祭祀，其餘的都減免停祭。
崇恩真君、隆恩真君，道家認為崇恩姓薩名堅，西蜀人，宋徽宗時曾跟從王侍宸、林靈素等人學習法術有靈驗。
隆恩，是玉樞火府天將王靈官，又曾經跟從薩堅傳習符法。
永樂年問，因道士周思得能傳靈官法，於是在禁城西面建天將廟以及祖師殿。
宣德年問，改大德觀，封二真君。
成化初年改為顯靈宮。
每年換袍服，花費很多。
近來祈禱沒有應驗，也應當罷除免祭。
金闕上帝、玉闕上帝，有記錄說：“閩縣靈濟官祭祀五代時徐溫的兒子徐知證、徐知謗。
我朝御製的碑文稱太宗曾經生病，祈禱神靈就應驗，於是大肆整新閩地廟宇，春秋祭祀。
又在京城立廟，加封金闕真君、玉闕真君。
正統、成化年間，多次加封號為上帝。
朔日、望日、時令節日都派官祭祀，及時以時鮮的食品進獻，四時換袍服。”神的世系事蹟，本來差別不大，他的僭越名號應更正，妄自浪費也應節省。
神父聖帝、神母元君以及金玉闕元君，就是二徐父母，及其配享。
宋封他的父親齊王為忠武真人，母親田氏為仁壽仙妃，配享的都是仙妃。
永樂到成化年問，多次加封至現今的稱號，也應削去封號寵除祭祀。
束嶽泰山神，泰山是五嶽之首，廟在泰安州的山下。
又於每年在甫郊以及山川壇都有合於一處祭祀的禮儀。
現今朝陽門外有元代的束嶽舊廟，我朝因襲而不廢。
既已在境內專門祭祀，而且在郊外壇上合於一處祭祀，那麼這座廟的祭祀，實在是繁複遇濫。
京城都城隍神，原來在順天府西南，以五月十一日作為神的誕辰，所以這一日以及節氣時令都派官祭祀。
城隍神，不是人鬼，怎麼會有誕辰？何況南郊秋天祭祀都已合於一處祭祀，那麼誕辰以及節氣時令的祭祀都不合適，凡是這些都應當罷除免祭。
奏議上呈，於是命令修建齋壇，派官祭告，連同束嶽、真武、城隍廟、靈濟宮的祭祀，都依舊。
二徐真君以及他的父母妻子革除帝號，仍用舊封號，冠袍等物換回燒燬，其餘的按議定的施行。
按照祭祀典籍，太祖時，應天祭祀陳喬、楊邦火、姚興、王鐵，成都祭祀李冰、文翁、張詠，均州祭祀黃霸，密縣祭祀卓茂，松江祭祀陸遜、陸抗、陸凱，龍州祭祀李龍遷，建寧祭祀謝夷甫，彭澤祭祀狄仁傑，九江祭祀李黼，安慶祭祀餘闕、韓建之、李宗可。
宣宗年間，高郵祭祀耿遇德。
英宗年間，豫章祭祀韋丹、許遜，無錫祭祀張巡。
憲宗時，崖山祭祀張世傑、陸秀夫。
孝宗時，新會祭祀宋慈元楊後，延平祭祀羅從彥、李侗，建寧祭祀劉子翠，烏撒祭祀潭淵，廬陵祭祀文天祥，婺源祭祀朱熹，都昌祭祀陳潞，饒州祭祀江萬里，福州祭祀陳文龍，興化祭祀陳瓚，湖廣祭祀李芾，廣西祭祀馬慨。
武宗時期，真定祭祀顏杲卿、顏真卿，韶州附帶祭祀張九齡的兒子張拯，沂州祭祀諳葛亮，蕭山祭祀遊酢、羅從彥。
他們都是歷代的著名大臣，事蹟顯著。
地方守土大臣題名奏請，禮官議論答覆，事情都如實地記載，年月可以考查。
至於明代大臣與前代歷史上的名臣相媲美的，或者因為功勳，或者因為學識品行，或者因為守正不阿的操守，或者因為死於國事，在志書上記載，刻在碑碣雕版上，不能一一述說。
大的有鄱陽湖忠臣祠祭祀丁普郎等三十五人，南昌忠臣祠祭祀趟德勝等十四人，太平忠臣廟祭祀花雲、王鼎、許瑗，金華忠臣祠祭祀胡大海，都是太祖自己制定典禮。
這以後，通州祭祀常遇春，山海關祭祀徐達，蘇州祭祀夏原吉、周忱，淮安祭祀陳壇，海州衛祭祀衛青、徐安生，甘州祭祀毛忠，榆林祭祀餘子俊，杭州祭祀于謙，蕭山祭祀魏驥，汀州祭祀王得仁，廣州祭祀楊信民、毛吉，雲南祭祀沐英、沐晟，貴州祭祀顧成，廬陵祭祀劉球、李時勉，廣信祭祀鄧頤，寶慶祭祀賀興隆，上杭祭祀伍驥、丁泉，慶遠祭祀葉禎，雲南祭祀王樟、昊雲，青田祭祀劉基，平陽祭祀薛管，杭州祭祀鄒濟、徐善述，金華祭祀章懋，都是眾所周知的，清晰可考。
其它郡縣山川龍神忠烈的人，以及祈禱有靈驗而祭祀的，《會典》上的記載，尤其詳備。
泰厲壇祭祀沒有人祭祀的鬼神。
《春秋傳》說“鬼有所歸之處，纜不會作惡”，這就是它的道義。
《祭法》，王祭祀帝王無後嗣的鬼，諸侯祭祀諸侯無嗣的鬼，大夫祭祀大夫無後嗣的鬼。
《士喪禮》“有疾病向鬼祈禱”，《鄭注》稱“漢時民間都在秋天祭祀厲鬼”，那麼這種祭祀上下通行，然而後世都不舉行。
洪武三年定下制度，京城祭祀帝王無後嗣的鬼，在玄武湖中設壇，每年在清明以及十月朔日派官員祭祀。
祭期前七天，檄告京城城隍。
祭祀那天，在壇上設京省城隍神位，沒人祭祀的鬼神等位放於壇下東西兩面，用三隻羊、三隻獵、三石米飯。
諸侯王國祭祀諸侯沒人祭祀的鬼，府州祭祀郡裡無人祭祀的鬼，縣襄祭祀縣中沒有人祭祀的鬼，都在城北設壇，如京城一年兩次祭祀。
鄉里祭祀鄉里役人祭祀的鬼。
後來規定郡縣、鄉里的役人祭祀的鬼神，都在清明日、七月十五日、十月朔日祭祀。
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