明成祖時開始建都北京，從東南轉運糧餉，水路陸路同時運輸，依照元人的舊例，同時採用海運。
等到會通河開通，海運陸運一起停止。
南邊到達長汪口，北邊到達大通橋，漕運河道三千餘里。
綜合考察，從昌平神山泉諸河水流出，匯合貫穿都城，經過大通橋，往東到達通州流入白河的，是大通河。
從通州向南到達直沽，匯合衛河流入大海的，是白河。
從臨清向北到達直沽，匯合白河流入大海的，是衛水。
從汶上南旺分流，向北經過張秋到達臨清，匯合衛河，向南到達濟寧天井閘，匯合泗、沂、洸三水的，是汶水。
從濟寧出天井閘，與汶水合流，到達南陽新河，原出於茶城，匯合黃、沁之後到夏鎮，沿著洳河到達直口，流入黃河補益運河的，是泗、洸、小沂河及山東泉水。
從茶城秦溝，向南經過徐、旦，流入邳，匯合大沂河，到達清河縣流入淮河之後，從直河口直達清口的，是黃河水。
從清口向南，到達瓜、儀的，是淮、揚諸湖水。
過了這裡就是長江了。
長江以南，就是松、蘇、浙江運道。
淮、揚到京口以南的河道，全都叫做轉運河，而從瓜、儀直達淮安的，又叫做南河，從黃河直達豐、沛的叫做中河，從山東直達天津的叫做北河，從天津直達張家灣的叫做通濟河，而總名叫做漕河。
其越過京城向東的如薊州，西北的如昌平，都曾經有河道通行，轉運漕糧供給軍隊。
漕河下面分別有名，叫做白漕、衛漕、閘漕、河漕、湖漕、江漕、浙漕。
因地為號，是流俗的通稱。
淮、揚諸水所匯合，徐、兗河流所經過，疏通開決排除，只有依賴於人力，所以閘、河、湖對於轉運漕糧尤其迫切。
閘漕，就是會通河。
向北到達臨清，與衛河匯合，向南出茶城口，與黃河匯合，積蓄汶、洸、泗水及山東泉源。
泉源的支流有五條。
叫做分水的一支，是汶水支流，其泉一百四十五處。
叫做天井的一支，是濟河支流，其泉九十六處。
叫做魯橋的一支，是泗河支流，其泉二十六處。
叫做沙河的一支，是新河支流，其泉二十八處。
叫做邳州的一支，是沂河支流，其泉十六處。
諸泉水匯合成為大湖，其湖澤有十五處。
南旺湖，有東西二湖，周圍一百五十餘里，漕運之道貫穿其中。
北面的叫做馬蹋，南面的叫做蜀山，叫做蘇魯。
再南面的叫做馬場。
再南面八十里的叫做南陽，也叫做獨山，周圍七十餘里。
北面的叫做安山，周圍八十三里。
南面的叫做大小昭陽，大湖南此長十八里，小湖南北長減少三分之一，周圍八十餘里。
從馬家橋留城閘向南，叫做武家，叫做赤山，叫做微山，叫做呂孟，叫做張王等湖，連續灌注八十里，引導薛河從地浜溝流出，匯合於赤龍潭，一起直奔茶城。
從南旺分流向北到臨清三百里，地面降低九十尺，建立閘門二十一座；向南到鎮口三百九十里，地面降低一百一十六尺，建立閘門二十七座。
其外又有積水、進水、減水、平水的閘門五十四座。
又建立堤壩二十一座，用來防止運河的洩漏，輔助閘門成為有用的設施。
其後開通洳河二百六十里，建立閘門十一座，建立堤壩四座。
漕運的船隻不出鎮口，與黃河匯合於董溝。
河漕，就是黃河。
上從茶城與會通河匯合，下到清口與淮河匯合。
其河道有三條：中路叫做濁河，北路叫做銀河，南路叫做符離河。
南路靠近皇陵，北路靠近運河，只有中路距離皇陵較遠，對於運河有補益。
然而，黃河流向改道不定，上游苦於潰決，下游苦於淤塞。
漕運河道從南向北，出清口，經過桃、宿，上溯徐、旦二洪，進入鎮口，陟歷艱險五百餘里。
從徐、呂二洪以上，黃河與漕河不相交匯。
等到洳河開通而回避二洪，董溝開通而直河淤塞，漕運之道利用黃河二百六十里而停止，董溝以上，黃河又沒有什麼地方妨礙漕運之道。
湖漕，從淮安直達揚州三百七十里，地低而積水，匯合為湖澤。
山陽則有管家、射陽，童塵則有白馬、泛光，高郵則有石臼、甓社、武安、．邵伯等湖。
向上承受上游的水，旁邊連線諸山的水源，大湖連綿不斷，從五塘到達長江。
擔心淮水向東侵犯，修築高家堰抵擋其上游，修築王簡、張福二堤防止其分洩。
擔心淮水侵犯而漕河毀壞，便開通淮安永濟、高郵康濟、寶壅塾墮．三條半月形河道以通舟船。
到達揚子灣柬，就分為二道：一條從儀真通往長江口，以漕運上江湖廣、江西之糧；一條從瓜洲通往西江嘴，以漕運下江兩浙之糧。
本來不是河道，專取眾湖之水，所似叫做湖漕。
太祖剛開始調動大軍北伐，開通蹋場口、耐牢坡，使漕運之道暢通以供給梁、晉的軍糧。
定都於應天，運輸之道暢通便利：江西、湖廣的糧食，舟運沿長江直下；浙西、昊中的糧食，從轉運河運出；鳳、泗的糧食，舟運從淮水運出；河南、山東的糧食，下經黃河運出。
曾經從開封運糧，逆黃河而上到達渭河，以供給陝西的軍糧，利用海運以供給遼地軍糧，在西北用兵行動很少。
淮、揚之間，修築高郵湖堤防二十餘里，開通寶應倚湖直渠四十里，修築堤防護衛它。
其它小的修築，沒有大的利與害。
丞樂四年，成祖命令平江伯陳逭監督轉運，一方面仍然從海上轉運，而另一方面則舟運從淮河然後進入黃河，到達陽武，陸路運輸一百七十里直達衛輝，又在衛舟運，造就是所說的陸上海上同時運輸。
海上運輸有很多危險，陸上運輸也很艱難。
永樂九年二月，還是採用濟寧州同知潘叔正的計策，命令尚書宋禮、侍郎金純、都督周長疏通會通河。
會通河，是元朝轉漕運糧的故道。
元朝末年，已經廢棄不用。
洪武二十四年，黃河在原武決堤，漫過安山湖而向東流，會通河完全淤塞，到這時又進行疏通。
從濟寧到臨清三百八十五里，引導汶、泗之水流入其中。
泗出於泗水陪尾山，四條泉水一起流出，向西流到兗州城束，匯合沂。
汶河有二條。
小汶河出於新泰宮山下。
大汶河出於泰安仙台嶺南，又出於萊蕪原山北面及寨子村，全都到靜豐鎮合流，環繞徂徠山南，而小汶河流來匯合。
經過窒墜北垌城，往西南流一百餘里，到達汶上。
其支流叫做洸河，在垌城西南，流三十里，匯合寧陽諸泉水，經過濟寧束，與泅水匯合。
元朝初年，畢輔國開始在垌城左邊汶水北建造鬥狀閘門，引導汶水流入洸河。
至元年間，又分流往北流入濟水，從壽張到梳清，經過漳、御流入大海。
直旺，被稱做南北水分流的水脊。
從左向南，距離滂寧九十里，合沂、泗以增加水流；從右向北，距離臨清三百餘里，沒有其它水流，只依賴汶水。
宋禮採用汶上老人白英的計策，在柬平的戴村築壩，阻止汶水使不流入洸河，而全部到南旺，南北建置閘門三十八座。
又開鑿新河，從汶上袁家口左改道五十里到壽張的沙灣，以連線舊河。
這年秋天，宋禮回京，又請求疏通束平束邊沙河的淤沙三里，築攔河堰保護它，匯合馬常泊的水流進入會通河以濟助漕運。
又在汶上、東平、濟寧、沛縣同湖地設立水櫃、陡門。
在漕河西邊的叫做水櫃，東邊的叫做陡門，水櫃用來蓄積泉水，陡門在漲水時用來排洩。
金純又疏通賈魯河故道，引黃河水到塌場口匯合汶水，經過徐、呂流入淮河。
漕運道路得以固定。
這以後，宣宗時，曾經徵調軍民十二萬，疏通濟寧以北從長溝到棗林閘一百二十里，建立閘門於各淺水之處，疏通湖塘以引山泉。
正統時，疏通滕、沛淤塞河道，又在濟寧、滕三州縣疏通泉水建立閘門，改金口堰土壩為石壩，蓄水用來供給會通河。
景帝時，增建濟寧到臨清減水閘門。
天順時，擴充臨清舊閘，移動五十丈。
憲宗時，修築汶上、濟寧潰決之堤一百餘里，增建南旺上、下及安山三閘門。
命令工部侍郎杜謙勘測治理汶、泗、洸諸泉水。
武宗時，增建汶上袁家口到寺前鋪石閘門，疏通南旺淤塞河道八十里，閘漕的治理周備。
只有黃河潰決就挾制漕河而去，成為大害。
陳逭監督漕運，在湖廣、江西造平底淺船三千艘。
二省及江、浙的米都經由長江用船運入，到了淮安新城，盤繞五壩遇淮。
仁、義二壩在東門外的東北，禮、智、信三壩在西門外的西北，都是從城南引水到壩口，它的外面就是淮河。
清江浦，正對淮安城西，永樂二年，曾經全部修建有閘門。
其河口淤塞，則漕運之船經由二壩，官民商船經由三壩進入淮河，運輸非常勞苦。
陳管詢諮老年人，說：“淮安城西管家湖西北，距離淮河鴨陳口只有二十里，與清江口相遇，應當開鑿成為河道，引湖水通漕河，是宋喬維嶽所開通的沙河舊渠。”陳管股是開通清江浦，引導河水從管家湖流入鴨陳口到達淮河。
十三年五月，工程完成。
沿著西湖築堤綿廷十里用來引導舟船。
淮口建置四座閘門，叫做移風、清江、福興、新莊。
按時開關，嚴格其禁令。
並且疏通儀真、瓜洲河道以接通江湖之水，開鑿呂梁、百步二洪的大石以平緩水勢，開通泰州白塔河以到達大江。
修築高郵河堤，在堤內開鑿河渠四十里。
隨後，又建置呂梁石閘門，並且修築寶應、迢光、白馬各湖堤，堤都設定涵洞，互相灌注。
適時，淮上、徐州、濟寧、臨清、德州都修建糧倉儲糧轉運。
靠近河邊修建房舍五百六十八所，安置引船過淺灘的人夫。
河道險阻舟船擱淺，使之導船行駛。
增置淺水船三千多艘。
建置徐、沛、沽頭、金溝、山東、谷亭、魯橋等閘門。
從此以後，漕運直達通州，而海上陸上運道全都廢棄。
宣德六年，採用御史白圭的建言，疏通金龍口，引黃河之水到達徐州以便利於漕運。
從宣德末年到英宗初年，再次疏通，併到達鳳池口河水，徐、旦二洪，西小河，從而會通河安然流行，從永樂、宣德到正統年間一共數十年。
到正統十三年，黃河在榮陽決堤，往東直衝張秋，在沙灣潰決，運道開始毀壞。
命朝廷大臣堵塞其決口。
量泰三年五月，築堤工程才完工。
未滿一月，而北馬頭又潰決，牽制漕河束流。
清河訓導唐學成說：“黃河在沙灣決堤，臨清宣告乾涸。
地勢低下河堤單薄，黃河水勢急速，所以剛完工的堤岸又潰決了。
臨清到沙灣十二座閘門，有水的日子，其水勢很陡。
請在臨清以南疏通半月形河道使舟船暢通，直達沙灣，不再經由閘門，那麼，水勢就會減緩而漕運暢通。”皇帝就命令唐學成與山東巡撫洪英察看測量。
工部侍郎趙榮則說：“沙灣到張秋的堤岸單薄，所以數次潰決。
請在決口處修建鹼水石壩，使水往東流入鹽河，那麼運河的水就可以積蓄。
然後加寬堤岸，填塞決口，差不多沒有後患。
’第二年四月，填塞決口工程剛完工，而減水壩及南分水墩首先被毀壞，隨後，又全部沖壞墩岸和橋樑，在北馬頭決堤，牽制漕河水流入鹽河，漕運船隻全都受阻。
教諭彭頊請求建立閘門來控制水勢，開通河道來分流上游的水。
御史練綱上奏治理的辦法。
詔令下到尚書石璞。
石璞於是開鑿河道三里，以避開決口，上下與運河相通。
這年，漕運船隻不能前行的，命令漕運總兵官徐恭暫且轉運到束昌、濟寧糧倉。
等到第二年，運河中的舟船照舊擱淺。
徐恭與都御史王茲說：“漕運船隻像螞蟻一樣聚積在臨清上下，請趕快敕令都御史徐有貞堵塞沙灣潰決的黃河決口。”徐有貞認為不能這樣，而獻上治河的三條計策，請建立水閘，開通分水河，挖深運河。
景泰六年三月，皇帝詔令群臣集中商議治河辦法。
工部尚書江淵等請求呼叫官軍五萬用以疏通運河。
徐有貞擔心役使官軍耗費加大，請恢復陳逭舊制，設立撈淺河工，徵用沿河州縣民工，免去其勞役。
五月，疏通漕運河道工程竣工。
七月，填塞沙灣決口工程也竣工，會通恢復安定。
都御史陳泰逐一疏通淮、揚漕河，堵塞決口建立堤壩。
黃河曾經灌注新莊閘到清江浦三十餘里，淤塞水淺阻礙漕運，稍稍得到疏通治理，立即恢復其舊。
英宗初年，命官吏督治漕運，在濟寧分成南北二段，侍郎鄭辰治理南面，副都御史賈諒治理北面。
成化七年，又根據廷臣的商議，劃分漕河在沛縣以南、德州以北及山東為三道，各委派曹郎及監司專門管理，並且請求選拔有氣概和魄力的大臣總理其事。
開始命侍郎王恕為總理河道之職。
二十一年，敕令工部侍郎杜謙疏通運道，從通州到淮、揚，會同山東、河南巡撫巡按察看測量治理。
弘治二年，黃河又在張秋決堤，直衝會通河，命戶部侍郎白昂察看治理。
白昂上奏金龍口決口已經淤塞，黃河合為一大支流，經由祥符匯合沁水下流到徐州而去。
其間河道淺而狹窄，應當在所經由的七縣，修築堤岸來護衛張秋。
下交到工部商議，依從他的奏請。
白昂又根據漕船經過高郵甓社湖多陷入險境，請在堤東開通復河四十里來通行船隻。
過了四年，黃河又決堤數道流入運河，毀壤張秋束堤，直奪汶水流入大海，漕河斷流。
這時工都侍郎陳政總管河道，調集民工十五萬，治理還沒有見功效就死了。
弘治六年春，副都御史劉大夏奉敕命前往治理潰決的黃河。
五月，漕船如魚鱗般聚集，於是首先從決口的西岸開挖月河來通行漕運。
經營了二年，張秋決口被堵塞，又在黃陵岡上游築堤。
於是黃河又往南流，運道無阻礙。
然後改張秋為安平鎮，建廟賜橫額為顯惠神祠，命大學士王鏊記載這件事，鎊刻於石。
而白昂所開挖的高郵復河也完成，賜名為康濟，它的西岸用石頭修治。
又修治高郵堤，從杭家閘到張家鎮共三十里。
高郵堤，是洪武年問所修築。
陳珪依照舊堤增築而成，延續到寶應，本地人相沿稱之為老堤。
正統三年，改土堤為石堤。
成化年間，派遣官吏修築復堤於高郵、邵伯、寅應、白馬四湖老堤之束。
而王恕為總管治河之官，修築淮安以南各處演決之堤，並且疏通淮、揚漕河。
加重湖邊百姓私開水道灌溉田地的懲罰，建立閘矽來蓄積湖水。
等到劉大夏堵塞了張秋，而白昂又開通了康濟，漕河上下無大害有二十餘年。
弘治十六年，巡撫徐源說：“濟寧地勢最高，一定要導引上源洸水來補濟，其河口在垌城石瀨之上。
元朝時期，建造閘門修築攔水堰，迫使河水全都流入南旺，分別補濟南北運河。
成化年問，改土堰為石堰。
土堰的好處是，水小的時候就阻止其水使流入洸河，水大的時候就關閉閘門以防止泥沙壅塞，任憑其漫遇土堰向西流。
自從石堰修成，河水就氾濫，石堰既毀壞，民田也被水衝。
洸河被泥沙淤塞，雖有閘門，被壓住不能開啟。
請求撤除石堰再修成土堰，疏通洸河口的淤塞達到濟寧，修築垌城以西春城口子潰決的河岸。”皇帝命令侍郎李鏟前去勘測，說：“垌城的石堰，一能阻止淤沙，不給南旺湖帶來災害，一能減緩水勢，不必擔心戴村壩被水衝擊，不應該撤除。
靠近石堰的積沙，應當疏浚。
垌城稍東有元朝時期的舊關門，導引洸水流入濟寧，下接徐、呂漕河。
束平州戴村，則是汶水流入大海的故遒。
從永樂初年開始，橫築一壩，阻止汶水流入南旺湖，漕河開始暢通。
今從分水龍王廟到天井閘九十里，水高三丈多，假若洸河越挖越深，那麼，汶水就會全部流向濟寧而往南流，臨清河道必然會乾枯。
洸河口不能疏通。
垌城口到柳泉九十里，不關涉運道，可以不治理。
柳泉到濟寧，是汶、泗各水匯合之處，應當疏通的地方有二十餘里。
春城口，外要阻擋汶水流入，內要防止民田被衝，堤岸低而薄，應當與戴村壩一起修築。”依從他的主張。
正德四年十月，黃河在沛縣飛雲橋決堤，流入運河。
不久淤塞。
世宗初年，黃河多次毀壞漕河。
嘉靖六年，光祿少卿黃綰分析泉源之利，說：“漕河泉源都發端于山東南旺、馬場、樊村、安山各湖。
泉水所集聚之處，應當趕快挖深，並且引導其它泉水一起積蓄，那麼，漕河就不會枯竭。
南旺、馬場堤外孫村地勢低下，假若蓄積成湖，改作漕運之道，尤其可以免除濟寧高原水淺阻礙舟船的困苦。”皇帝命總河侍郎章拯計議。
然而，章拯以黃河之水流入運河，漕運船隻被阻於沛上，正被御史昊仲所彈劾。
’章拯說：“河道淤塞難以快速疏通，只有金溝口往北新衝成的一道水渠，可使漕運船隻由此進入昭陽湖，到沙河板橋。
其首先受阻擱淺的船隻，就往西經過雞冢寺，到廟道北口而暢通執行。”下交到工部一起商議，沒有議定。
給事中張嵩說：“昭陽湖地勢低下，河道地勢高，引河灌注於湖，必然導致湖水溢滿而外流，使湖道又受阻礙。
請求罷免章拯，另外推選大臣來治理。”工部商定依照張嵩的主張辦。
章拯再次上奏自我彈劾，請求罷免。
沒有得到許可。
最終引導漕運船隻取道湖中。
逭年冬，詔令章拯回到京城另外任官，又命挑選大臣去監督治河之事。
各位大臣多進獻治河的主張。
詹事霍韜說：“從前主張役使山東、河南民工數萬，疏通淤沙以便暢通漕運。
然而，沙隨水而下，一邊疏通一邊淤塞。
今漕運之船由昭陽湖進入雞嗚臺到沙河，迂迴不過一百里。
假若沿湖築堤，疏浚成為小河，河口建立閘門，以供積蓄和排洩，河水泛溢時可避免波濤洶湧，河水乾枯時容易進行疏浚O三個月就把土堤築成，一年就把石堤修成，用的人力少，獲取效益快。
黃河越泛溢，運道越便利，比起用役使民工來疏通淤土，勞逸大不相同。”尚書李承勳說：“在昭陽湖左另開通一條河道，引各泉水供給運道，從留城沙河起變得更加便利。”與都御史胡世寧的主張相同。
嘉靖七年正月，總河都御史盛應期所奏如同盟世寧的辦法，請求在昭陽湖束開鑿新河，從汪家口南到留城口，長一百四十里，限期六個月完工。
工程未到一半，而盛應期被罷免離去，這項工程便停止。
這以後三十年，朱衡才沿著其遺留的痕跡，疏浚而成新河。
這年冬，總河侍郎潘希曾增築濟、沛之間東西兩堤，用來抵禦黃河之水。
嘉靖十九年七月，黃河在野雞岡決堤，徐、呂二洪乾涸。
督理河漕侍郎王以旃請求疏通山東各條河水來補濟運道，並且修築長堤積蓄河水，如同閘河形制。
於是，清理出舊水源一百七十八處，開挖新水源三十一處。
王以旃又上奏四件事情。
一是請把各水源隸屬於當地地方官員兼管其事，不要使它堵塞。
二是請在境山鎮、徐、旦二洪的下游，各建立石閘門，積蓄河水數尺深以便行船，旁邊保留一條半月形河道以排洩突然到來的洪水；在武家溝、小河口、石城、匙頭灣修築四座木閘門，又設定並船在沙坊等淺水處，以準備撈淺疏通河道。
三是說漕河兩岸有南旺、安山、馬場、昭陽四湖，名叫水櫃，可以用來匯合各泉水以便補濟漕河。
豪強侵佔，蓄水不多，而昭陽一湖淤塞成為高地，完全不是建國初期設湖的本意。
應當委派官員進行清理，增設閘、壩、斗門，培築堤岸，多開溝渠，挖深河底，以恢復四水櫃。
四是說黃河改道向南，舊閘口全都淤塞，只有孫繼一口單獨存在。
導引黃河到徐州小浮橋，向下流到徐、呂二洪，這是補濟運道的最大水源。
請在孫繼口多開一溝，及時疏導，希望二洪之水可以得到補濟。
皇帝同意他的奏請，而將管泉事務專門責令部曹承擔。
徐州、呂梁二洪，是河漕的咽喉要道。
自從陳管鑿石疏渠開始，正繞初年，又疏通洪西小河。
漕運參將湯節又根據洪中水流迅急毀壞船隻，在上游修築攔水壩，迫使河水回到月河，河的南面建立閘門以積蓄水勢。
成化四年，管河主簿郭升用大石修築兩堤，並用鐵錠使其堅固，開鑿外洪容易導致船隻毀壞的有害大石三百處，又平築裹洪堤岸，又在岸東西砌石四百餘丈。
十六年，增砌呂梁洪石堤、石壩二百餘丈，以幫助牽拉船隻。
到這時建閘，行駛的船隻更加感到便利。
嘉靖四十四年七月，黃河在沛縣大決堤，漫入昭陽湖，經由沙河到二洪，水勢浩渺，無邊無際，運道淤塞一百餘里。
督理河漕尚書朱衡巡梘盛應期所開鑿新河遺蹟，請求開通南陽、留城上下。
總河都御史潘季馴沒有允許。
朱衡說：“這河直通秦溝，有所約束而狹窄。
夏秋黃河水勢大，昭陽容納它，不會成為溝壑。”於是決定開通疏浚，親自督促施工，嚴懲不奉行命令的人。
給事中鄭欽彈劾朱衡故意興起難以成功的工程，虐害百姓希圖僥倖成功。
朝廷派遣官吏勘測新舊河道哪個有利。
給事中何起鳴勘測河道後回來說：“舊河道難以恢復的地方有五處，而新河道難以成功的地方也有三處。
只是新河道多有舊堤高山，黃河水很難進入，疏浚而使其暢通，運道一定有利。
所說的三個難以成功的地方，一是夏村往北地勢高，恐怕很難接通河水，然而地勢高低之差，大約不超過二丈，一旦水位增高，擔心什麼河水淺少呢？二是三河口淤積泥沙深厚，水流湍急，不會沒有阻塞，然而建壩攔截，每年進行一次疏浚，擔心什麼泥沙壅塞呢？三是在馬家橋修築堤岸，到微山取土不方便，又擔心在水口投入攔水的埽，壩基必然不堅固，然而，假若委任得到適當的人，築堤加高加厚，沒有一定不能用力量來治理的道理。
開通新河有利。”下交朝廷大臣會合商議，說新河已經有了規模，不能停止。
況且百中橋到留城白洋淺，到境山，進行疏浚補築，也不全部廢棄舊河，眾多大臣意見相同。
皇帝才決定下來。
這時天降大雨，黃河水突然上漲，在馬家橋決堤，毀壞新築東西二堤。
給事中王元春、御史黃襄都彈劾朱衡欺許誤事，何起鳴也改變自己的說法。
恰逢朱衡上奏新舊河一百九十四里全部已經疏通，漕運船隻到南陽出口無阻礙。
詔令留下朱衡與潘季馴詳細商議開通上游、修築長堤的有利之處。
隆慶元年正月，朱衡請求取消疏通上游的主張，只疏浚加寬秦溝，牢固地修築南邊長堤。
五月，新河修成，西邊距舊河三十里。
舊河從留城以北，經過謝溝、下沽頭、中沽頭、金溝四閘，過沛縣，又經廟道口、湖陵城、孟陽、八里灣、谷亭五閘，然後到南陽閘。
新河從留城向北，經過馬家橋、西柳莊、滿家橋、夏鎮、楊莊、朱梅、利建七閘，到達南陽閘匯合舊河，總共一百四十里有餘。
又導引鯰魚各泉水及薛河、沙河注入其中，然後在三條河的河口修築攔水壩，修築馬家橋堤岸，阻遏黃河水使其流入秦溝，運道於是很暢通。
不久，鯰魚口被山水突然沖決，沉沒漕運船隻。
皇帝依從朱衡的奏請，從束邵開通支河三條用來分洩其水，又在柬邵的上游開通支河，經過束滄橋然後到達百中橋，鑿穿豸裹溝各處為溝渠，使水流入赤山湖，從這裡又回到呂孟湖，往下流到境山而離去。
朱衡被召入朝廷任工部尚書，都御史翁大立代理他的職位，上奏說：“漕河利用泉水，然而地形東高西低，沒有湖蓄積它就會乾涸，所以漕河以束都有水櫃；沒有湖排洩水就會演決，所以漕河以西都有深壑。
黃河水逆流奔瀉，就把昭陽湖作為河水漫流的地區；大水往東奔突，就把南陽湖作為蓄積河水的地方。
應當從回回墓開通以到達鴻溝，讓谷亭、湖陵的水都流入昭陽湖，立即疏通鴻溝廢渠，引昭陽湖水沿著溝渠往東到留城。
湖水退後所形成的沙灘，又可獲得土地敷千頃。”翁大立又說：“薛河水流湍急洶湧，今完全灌注於赤山湖，流入微山湖然後到達呂孟湖，這就是尚書朱衡的成績。
祇是呂孟之南有邵家嶺，黃河水夾帶泥沙淤積，地形高仰，秋水按季節到來的時候，容納的水很少，淹沒平曠的田野，奪去百姓土地之利。
微山湖的西面是馬家橋，近來新修一堤來開通運道，泥土還沒有達到堅實．而這時被積水所動搖，以八尺或一丈的堤基，二水夾攻，擔心有垮塌的危險。
應當疏通邵家嶺，讓水經由地浜溝到境山然後流入漕河，那磨湖地就可以耕種，河堤不會演決。
另在馬家橋建立鹼水閘，根據旱滂情況開啟或關閉，這才是暢通漕運的長久之計。”全都依從他的主張。
隆慶三年七月，黃河在沛縣決堤，茶城淤塞，糧船二千餘隻全在邳州被阻。
翁大立說：“臣巡行徐州，沿著子房山，經過樑山，到達境山，進入地浜溝，直奔馬家橋，上下八十里之間，可以另外開通一條河道作為漕運。”就是所說的洳河。
請集中朝廷大臣議論。
皇上於是命令施行。
不久，黃河水下降漕運暢通，先前的主張全部停止。
這時淮水氾濫，從清河到淮安城西淤塞三十餘里，沖決禮、信二壩到達大海，寶應湖堤岸多被毀壞。
山東各水從直河流出到邳州。
翁大立上報朝廷。
這年冬，從淮安板閘到清河西湖嘴疏通河道快要完成，而裡口又淤塞。
督漕侍郎趙孔昭說：“清江一帶黃河五十里，應當修築堤堰來防止河水泛溢；淮河高良澗一帶七十餘里，應當修築堤堰來防止淮水上漲。”皇帝命令趕快疏通裡口，與翁大立商議修築堤堰的事情，並且商討疏通海口堵塞及開通寶應半月形河道二事。
隆慶四年六月，淮河及鴻溝境山疏浚工程竣工。
翁大立正上奏報告，各條河水突然氾濫，在仲家淺決堤，與黃河匯合，茶城又淤塞。
不久，從泰山廟到七里溝，淮河淤塞十餘里，其水從朱家溝旁流出，到清河縣河南鎮又匯合於黃河。
翁大立請求開通新莊閘來通行返回的船隻，同時疏通古睢河，排洩二洪之水，並且分支河從魚溝下到草灣，保護南北運道。
皇帝命令新任總河都御史潘季馴規劃。
不久，黃河在邳州大決堤，睢寧漕運水道淤塞一百餘里。
翁大立請求開通洳口、蕭縣二河。
適逢潘季馴堵塞各處決口，黃河水歸入正流，漕運之船又獲得暢通。
翁大立、趟孔昭都因延誤了漕運糧食而被除去官籍，開通洳口的主張最後沒有施行。
隆慶五年四月，黃河又在邳州王家口決堤，從雙溝以下，南北決口十餘處，損失漕船運糧軍人數以千訐，吞沒漕糧四十萬餘石，而匙頭灣以下八十里全被淤塞。
於是，膠、萊海運的主張紛紛而起。
正值潘季馴奏請治理邳河工程完成，皇帝以漕運緩慢，派遣給事中雒遵前往勘測。
總漕陳蚧及潘季馴都被罷免官職。
隆慶六年，依從雒遵的計策，修築茶城到清河長堤五百五十里，每三里設立一個鋪，每個鋪安排十個民工，設定官員劃分地區而守護。
又接著修築茶城到開封兩岸河堤。
依從朱衡的計策，修繕豐、沛大黃堤。
朱衡又說：“漕河起於儀真到達張家灣二千八百餘里，河勢共分四段，各段都不相同。
清江浦以南，臨清以北，都遠離黃河，不需多用力。
只有茶城到臨清，則是攔截各水成為河，與黃河靠近。
清河到茶城，黃河也即運河。
茶城以北，應當防備黃河決口而流入；茶城以南，應當防備黃河決口而流出。
防備黃河就是保護運河的手段，所以從茶城到邳、遷，應高築兩岸河堤，宿遷到清河，應全部堵塞決口，用來防備黃河水的流出，那麼，正河就一定會淤塞，去年徐、邳的禍患就在這裡。
從茶城秦溝口到豐、沛、曹、單，新築和增築堤岸來連線縷水舊堤，用來防備黃河水的流入，那麼，正河就一定會決口，往年曹、沛的禍患就在這裡。
兩處工程宣告竣工，所以河床加深水受約束，沒有從旁邊決口和中間潰塌的憂慮。
沛縣的窖子頭到秦溝口，應當修築河堤七十里，連線古北堤。
徐、邳之間，堤岸逼近河床，應當在新堤之外另外修築遙堤。”詔令依從他的主張，以此命令總河侍郎萬恭執行。
萬曆元年，萬恭說：“祖宗時造淺水船將近一萬隻，不是不知道滿載節省船隻的便利，因為閘河水流淺，所以不敢超過四百石。
其形制船底平坦、船倉低淺，底平坦那麼入水就不深，倉低淺那麼負載就不滿。
又限制淺水船吃水不能超過六孥，伸直大指與食指相距為一孥，六孥不過三尺左右，明顯的吃水很淺。
，今不專力遵照執行，卻爭著僱船搭運。
僱船有三個害處，搭運有五個害處，仝都對河道有害。
請求完全遵照舊有的規定。”依從他的意見。
萬恭又請求修復淮水之南平水各閘門，上奏說：“高、寶各湖周圍數百里，西邊容納天長七十餘河水，僅僅依賴百里長堤，假若阻擋它使不能疏通排洩，這是讓堤潰決。
因此祖宗的辦法是，普遍地建立數十個小閘門在長堤之間，又制定命令說‘祇許挖深湖地，不許增高堤岸’，所以設立淺水船和撈淺役夫來撈取湖中的淤泥用來加厚堤岸。
閘門多那麼水就容易退落因而堤岸堅固，疏浚勤那麼湖就越深而堤岸越厚，考慮得十分深遠。
近年害怕修閘的辛勞，每壞一閘就堵塞一閘，時間已經很久，各閘全部堵塞，而長堤成為死的堤障了。
害怕疏浚的辛苦，每湖水淺一尺就加高堤岸一尺，時間已經很久，湖水捧墊而起，因而高、寶成為水盂一樣的城了。
況且湖漕不要堤岸就與沒有湖漕一樣，湖堤不要閘門就與沒有湖堤一樣。
陳管大量建立減水閘數十處，湖水滿了就排洩使利於湖堤，湖水退落就關閉使利於湖漕，是最為完備的計策。
積蓄時間長然後削減湖水的痕跡不能再得到，湖水將好像使堤的高度降低。
請求再建平水閘，閘要密，閘密那麼湖水就可疏導，沒有漲漫之患；閘要窄，閘窄那麼水勢就平緩，沒有潰決之憂。”尚書朱衡覆奏依照他的請求。
於是在儀真、江都、高郵、寶應、山陽設立閘門二十三處，疏浚淤淺共五十一處，各設立撈淺船二隻，撈淺役夫十人。
萬恭又說：“清江浦河六十里，陳管疏通到天妃祠束，灌注於黃河。
運輸船隻出天妃口進入黃河透過清江浦，僅僅半天時間。
後來黃河水上漲，逆流注入其口，清江浦於是多處淤塞。
謀議的人不控制天妃口而倉猝堵塞它，使淮河水不與黃河水相遇。
開挖新河來接通淮河，叫做‘接通清水不接通濁水，可以不被淤塞了’。
不知道黃河不是平穩流動之水，夏秋多發生洪水，就向西推送淮水數十里，並且灌注於新開通的河。
那個天妃口，只是黃河水的一處淤塞而已。
今淮水、黃河匯合於新開通的河口，這是二河的淤塞了。
防止一河的淤塞，發生二河的淤塞，又發生淮水、黃河匯合的淤淺。
每年役使民工千百人，疏浚治理剛剛完成，水過之後又合攏。
又迫使運輸船隻迂迴八里淺灘滯流，然後才到達清訶，與出於天妃口的方便又有利相比怎麼樣？請求建立天妃閘，使漕運船隻直接到達清河。
運完然後黃河水大漲，就關閉閘門斷絕黃河水，水退落就開啟天妃閘以利於商船。
新開河口不進行疏浚也可以了。”於是建立天妃廟口石閘門。
萬恭又說：“從黃河流入閘河為茶城，到臨清板閘七百餘里，原先有七十二處淺灘。
自從開通新河，汶水平坦寬廣，地勢高低相差不是很大，七十處淺灘全部變成暢通的水道。
祇有茶城、黃家閘匯合之間，運河水大的時候，正好遇上黃河水退落的時節，高低不相連線，因此有茶城黃家閘的淤淺，連續多年發生災害。
祖宗時，曾經建立境山閘，自從新河之水平坦，閘門陷入泥淖將近一丈多n其閘上距黃家閘二十里，下接茶城十里，因原先的基址用石頭壘成，可以截留黃家閘外二十里的上游水，連線茶城內十里的下游水，並且挾制二十里水勢，直衝十里的急流，沒有不勝遇的了。”於是恢復境山舊閘。
萬恭提出三條建議，尚書朱衡回覆可以施行，成為運道永久之利。
然而這時，茶城年年淤塞，萬恭剛剛上報正河水流平穩，返空船能快速駛出。
給事中朱南雍認為返空時多受阻，彈劾萬恭隱瞞失職。
皇帝嚴厲斥責萬恭，罷官離去。
萬曆三年二月，總河都御史傅希摯請求開通洳河來避開黃河的險阻，結果沒有施行。
傅希摯又請求疏通梁山以下，與茶城相互利用，舊河淤塞就通行於新河而挖通舊河，新河淤塞就通行於舊河而挖通新河，修築水壩截斷水流，經常使其中一河暢通以防備不必要的憂患。
詔令依從他的這些請求。
工程還沒有完成，而黃河在崔鎮決堤，淮河在高家堰決堤，高郵湖在清水潭、丁志等河口決堤，淮城幾乎被淹沒。
知府邵元哲開通菊花潭，用來排洩淮安、壺、寅三城之水，東方的糧食運輸稍稍暢通。
第二年春天，督漕侍郎張舯認為修築清水潭河堤工程浩大不能成功，想要讓糧船暫時從圈子田執行。
巡按御史陳功不同意。
河漕侍郎昊桂芳說：“高鄄湖老堤岸，是陳管所修建。
以後白昂開通月河，距湖數里，中間修土堤，束邊修石堤，首尾建閘門，命名為康濟河。
它的中堤的西邊，老堤的束邊，有民田敷萬畝，這就是所說的圈子田。
河與湖相距太遠，老堤毀壞之處沒有修築，於是導致河水流入圈田，又成為一湖。
而中堤潰決，束堤獨自承受數百里湖水的衝擊，清水潭的潰決，形勢是必然的。
應當遵照弘治年間王恕的主張，順著老堤修成月河，只修築東西二堤，費用節省而工程容易成功。”皇帝命令依照奏請的辦法去治理。
這年，邵元哲修築淮安長堤，又疏通鹽城石磋口下游讓水流入大海。
五年二月，高郵石堤將要修成，昊桂芳請求在靠近老堤十多丈的地方開挖一條月河。
於是說：“白昂康濟月河距離老堤太遠，人心習慣於月河的安全，忘記老堤在外捍衛的力量。
一年又一年，不加以察看，老、中二堤都毀壞，因而柬堤不能單獨存在。
現在河與老堤靠近，則容易被管轄。”御史陳世宜述說到大江之北的河道，請求在寅應湖堤補築石堤用來使其外堤牢固，又在石堤的束邊再修築一堤，用來接通月河，漕運船隻執行其中。
一起議定施行。
這年冬，高郵湖土石二堤、新開漕河南北二閘門及老堤加石、增加護堤木城各工程竣工。
昊桂芳又與邵元哲增築山陽長堤，從板閘到黃浦綿延七十里，關閉通濟閘不用，而建興文閘，並且修建新莊各閘門，修築清江浦南堤，首創板閘漕堤，南北與新舊堤連線。
板閘就是原來的移風閘。
堤岸、閘門一起修築，淮、揚漕運之道漸漸安定。
萬曆六年，總理河漕都御史潘季馴修築高家堰，又在清江浦柳浦灣以束加築禮、智二壩，修築寶應、黃浦等八處淺堤，高、寶減水閘四處，又拆除新莊閘然後改建通濟閘於甘羅城南。
明朝初年逗糧，自瓜、儀到淮安稱之為裡河，從五壩轉到黃河稱之為外河，互不相通。
等到開通清江浦，在天妃口設定閘門，春夏之交重要的漕運完畢，就關閉閘門來抵擋黃水流入。
時間一久其法鬆弛，閘門不封閉因而黃河水流入。
嘉靖末年，培塞天妃口，在浦南三里遂開通新河，建立通濟閘使水歸於淮水。
隨後，又依從萵恭的計策，恢復天妃閘。
不久，又依從御史劉光國的計策，增築通濟閘門，從仲夏到秋季，每隔一天開放一次返空的漕船。
隨後，開關不按時，淤塞一天天加重，開通朱家口引清水灌注其中，祗能通行船隻。
到適時改建甘羅城南，專門流向淮水，使黃河之水不能直接奔流。
萬曆十年，督漕尚書凌雲翼認為漕運船隻經由清江浦出口多有艱險，於是，從浦西開通永濟河四十五里，起於城南窖灣，經過龍江閘，到達楊家澗出武家墩，轉而往東，匯合通濟閘出口。
又建立閘門三處，用來防備清江浦的艱險。
這時，漕河早已得到治理，淮、揚一帶避免水災十多年。
原先，黃河危害漕河，從金龍口往東，會通因此淤塞，等到堵塞沙灣、張秋閘河，漕河又得到安寧，而徐、沛之間多次受到它的侵害。
到崔鎮高堰的潰決，黃、淮同時氾濫而危害漕河，於是在淮、揚之間，湖堤一潰就危害漕河。
潘季馴用高堰保護洪澤，使堰東四湖不受淮水侵害，漕運才不再受到阻礙。
然而，治理河漕諸臣害怕湖水侵害，白天晚上常常惴惴不安。
十三年，依從總漕都御史李世達的主張，開通寶應月河。
寶應泛光湖，是各湖之中水流最湍急危險的一個，寬一百二十餘里。
槐角樓在其中，其形彎曲如簸箕，瓦店如翅在其南，秤鉤灣如翅在其北。
西風掀起波浪，經常吹翻船隻。
陳管在湖束築堤，積蓄水流成為運道。
上有水流進來，下無地方宣洩，於是，潰決成為八處淺池，匯合成為六處深潭，興；鹽各場都被淹沒。
並且淮水又從周家橋漫入，淹死百姓，危害漕運。
武宗末年，郎中楊最請求開通月河，工部複議不聽從。
嘉靖年間，工部郎中陳毓賢、戶部員外範韶、御史聞人詮、運糧千戶李顯都以此進言，議定施行沒有結果。
到這時，工部郎中許應逵建議，李世達採納他的建議上奏朝廷，於是決定進行治理。
疏通河道一千七百餘丈，建立石閘門三處，減水閘二處，修築堤岸九千餘丈，其中百堤三分之一，子堤五千餘丈。
工程竣工，賜名弘濟。
不久又改石閘為平水閘。
許應逵又修築高郵護城堤。
這以後，弘濟的南北河閘，夏秋之季淮水上漲，吞吐不及時，舟船多翻沉。
神宗末年，督漕侍郎陳薦在南北各開通月河一道來鹼緩河水的洶湧，而急流才平緩下來。
萬曆十五年，督漕侍郎楊一魁請求修築高家堰來保護上游，砌築范家口堤來控制從旁潰決，疏通草灣來減緩水勢，修築禮壩來保護新城。
詔令依從他的請求。
楊一魁又改建古洪閘。
在此之前，汶、泅之水經由茶城匯合黃河。
隆慶年間，濁水倒灌，阻礙滯留漕運船隻，郎中陳瑛遷移黃河口於茶城東八里，建立古洪、內華二閘門，漕河從古洪出口。
後來黃河水上漲，淤塞更加嚴重。
楊一魁改建古洪之後，皇帝又依從給事中常居敬的計策，命令在古洪外增築鎮口閘，距黃河只有八十丈，流進洩出更加容易，糧食運輸便利。
工部尚書石星建議潘季馴、常居敬備文上奏善後事宜，請劃分地區負責完成：接著修築塔山縷堤和清江浦草壩，新修寶應西堤，用石砌築邵伯湖堤，疏通裹河淤塞，應當在淮、揚地區興工完成；考察恢復南旺、馬踏、蜀山、馬場四湖，建築險岸河段滾水壩，加建通濟、永通二河閘，考察恢復安山湖地區，應當在山東興工完成。
皇帝依從他的建議。
不久，各項工程完工。
萬曆十九年，潘季馴說：“宿遷以南，地形向西低凹，請求開啟縷堤排放河水。
泥沙隨水流入，地面隨沙而增高，差不多水患清除而費用又可節省。”又請求改高家堰土堤為石堤，修築滿家閘西的攔河壩，使汶、泗之水完全回到新河。
設定減水閘於李家口，用來排洩沛縣積水。
依從他的請求。
十月，淮水大漲，江都淳家灣石堤、邵伯南壩、高郵中堤、朱家墩、清水潭全都潰決。
郎中黃曰謹堵塞剛剛竣工，而山陽河堤又潰決，。
萬曆二十一年五月，常常下雨。
漕河氾濫，濟寧及淮河各堤岸演決。
總河尚書舒應龍建議：修築堤城壩，阻止汶水往南，開通馬踏湖月河口，導引汶水往北流。
開啟通濟閘，開放月河土壩來減緩洶湧的水勢。
依從他的奏謫。
數年之間，會通上下沒有阻礙，而黃河、淮河之水一起上漲，高堰及高郵堤岸多次潰決危害漕河。
舒應龍終究遭罷免而離去。
建議的人紛紛而起，沒有最後議定。
楊一魁代替舒應龍為總河尚書，竭力主張分流黃河導引淮河。
治理了一年多，工程將近竣工，又請求決開湖水來疏通漕渠，說：“高、寶各湖本是一片沃土，自從淮河、黃河逆流壅塞，於是變成低窪之地。
現在入江入海的水路已經疏通，應當開挖治理涇河、子嬰溝、金灣河各河閘及瓜、儀二河閘，大量排放湖水，順湖疏通渠道，與高、寶月河相互連線。
既避開運道風浪的危險，而湖水乾涸變成良田，給予百姓耕種，慢慢地議定徵收賦稅，可以充作治河費用。”命令依照他的主張進行治理。
這時，下游已經疏通，淮水逐漸安定，然而，黃河在黃垌口決堤。
督漕都御史褚鈇擔心排洩的湖水太多，造成徐、邳淤塞，竭力請求堵塞湖口。
楊一魁堅持不同意，疏通兩河口到小浮橋故道來通行漕運。
然而，黃河總的趨勢向南改道，二洪漕道多次乾涸，又大量挖通黃蟈下游的李吉口，挽回黃河來補濟它，不久就被淤塞。
楊一魁進京掌管工部事務。
二十六年，劉東星繼承他的職位，嚴守楊一魁原來的主張，李吉口淤塞更高。
每年冬月，就在其地開挖一條小河，春夏引水流入徐州，像這樣進行了三年，大都到秋天就淤塞。
於是又開通趙家圈來連線黃河，開通洳河來補濟運河。
趟家圈不久又淤塞，洳河沒有恢復，而劉柬星去世。
於是，鳳陽巡撫都御史李三才建議從鎮口閘到磨兒莊仿效閘河的形制，每三十里建立一處閘門，在河中一共建立六處閘門，控制和宣洩汶、濟的河水，依賴它來通行漕運。
漕運船隻到京城，再也不能夠按期到達。
劉東星在任時，開通邵伯月河，長十八里，寬十八丈有餘，用來避免湖水的危害。
又開通界首月河，長一千八百餘丈。
各建金門石閘二處，漕運船隻獲得便利。
三十二年，總河侍郎李化龍開始大開洳河，從直河到李家港二百六十餘里，完全避開了黃河的危瞼。
李化龍因服喪而離去，總河侍郎曹時聘完成這項工程，上疏按功賞賜治理洳河的功勞，說：“舒應龍新開通韓家莊來排洩湖水，而水道開始暢通。
劉柬星大開良城、侯家莊來試著通行運輸，而水道逐漸寬廣。
李化龍上開李家港，鑿開都水石，下開直河口，挖通田家莊，盡力治理，通行運輸超過半數，而水道才開通，所以臣能在他們之後宣告竣工。”於是備文上奏善後六件事，運道從此十分暢通。
這以後，每年三月開啟洳河壩，從直河口進入，九月開啟召公壩流入黃河，糧船及官船民船全都以此為準。
萬曆四十四年，巡漕御史朱階請求修復泉湖，說：“宋禮在戴村築壩，奪去二汶入海的水路，灌注而成河，又導引洙、泗、洸、沂各河水來輔助它。
汶水雖然匯合眾水使出全部力量來供給漕河，然而經歷水程速而水枯竭，最終難以維持。
到達南旺，又分流它的十分之四使往南迎接淮水，十分之六使往北到達衛水，力量分散更加單薄。
況且此水一到夏秋就上漲，一到冬春就乾涸，沒有雨水即使夏秋也會乾涸。
宋禮料到它不能依賴，就在沿河昭陽、南旺、馬踏、蜀山、安山各湖建立斗門，名叫水櫃。
漕河水漲，就在湖中蓄積其流出的水，水退就開啟閘門讓水灌入漕河。
積蓄排洩有規定，非法開啟有罪，所以依賴它旱滂可以不擔憂。
等到時間久了禁令鬆弛，湖水變淺可以耕種，多數被有權勢的人所霸佔，昭陽一湖已經用作藩王的田地。
近來山東半年沒有下雨，河水將要斷流，按照線索去尋求水櫃，就會茫然不知在什麼地方。
請求詔令河臣清理核查，趕快修築堤壩斗門來擴大積蓄水流。”皇帝依從他的奏請。
正在商議疏通泉湖，而黃河在徐州狼矢溝決堤，經由蛤鰻各湖流入洳河，到直口，運輸船隻面臨急流艱險。
督漕侍郎陳薦開通武河等河口，排洩河水平緩水流。
後二年，決口增長淤積泥沙，黃河才恢復故道。
總河侍郎王佐加築月壩來保護它。
到泰昌元年冬，王佐說：”各湖水櫃已經修復，安山湖又恢復五十五里，確實能夠便利於漕逗。
請求把水櫃的廢棄與興建作為考核政績優劣的標準。”依從他的主張。
天啟元年，淮河、黃河氾濫，裡河王公祠決堤，淮安知府宋統殷、山陽知縣練國事合力堵塞決口。
三年秋，外河又潰決數口，不久被堵塞。
這年冬，疏通永濟新河。
自從凌雲翼開通此河，不久就被壅塞。
總河都御史劉士忠曾經開啟水壩來拯濟運道，隨後又被堵塞。
而淮安正河三十年沒有疏浚。
所以主張先挖新河，通行返空的漕運船隻，才疏通正河，從許家閘到惠濟祠長一千四百餘丈，又建立通濟月河小閘門，運輸船隻全都經由正河，新河又被壅塞。
這時王家集、磨兒莊湍急水流一天天洶湧，漕儲參政朱國盛提出另外疏通一河作為漕運的打算，令同知宋士中從洳口往東到達宿遷陳溝口，又逆流而到駱馬湖，上到馬頰河，往返測量。
於是主張開通馬家洲，並且疏通馬頰河口的淤塞，上接洳口水流，下避劉口水險，又疏通三汊河淤沙十三里，開通滔莊河一百多丈，挖深小河二十里，開通王能莊二十里，以貫通駱馬湖口，堵塞張家等水溝數十道，約束水流回到漕河。
總計河道五十七里，取名通濟新河。
五年四月，工程竣工，運道經由新河，無劉口、塵兒莊各險阻的憂慮。
第二年，總河侍郎李從心開通陳溝土地十里，來完成前面的工程。
塞禎二年，淮安蘇家嘴、新溝大壩一起潰決，淹沒山、鹽、高、泰百姓的土地。
五年，又在建義北壩潰決。
總河尚書朱光祚疏通駱馬湖，避開河道險阻十三處，名為順濟河。
六年，良城到徐塘淤塞成為平地，漕運超過到達期限，免去朱光祚官職，劉榮嗣接任其職。
八年，駱馬湖被淤塞，劉榮嗣在徐、宿開通河道，導引黃河水入注，遭到彈劾，受到嚴厲的懲罰。
侍郎周鼎繼承他的職位，便專門用力於洳河，疏通麥河支河，修築王母山前後堤壩和勝陽山東堤以及馬蹄匡十字河攔水壩，挖通良城閘到徐塘口六千多丈。
九年復，洳河又暢通，經由宿遷陳溝口匯合於大河。
周鼎又修築高家堰及新溝漾田營堤防，增築天妃閘石閘工程，除去南旺湖彭口沙石，疏通劉呂莊到黃林莊一百六十里。
然而這時，黃河、淮河氾濫一天天加重，倒流危害漕河。
周鼎在職治河五年，最終因運道阻塞被削除官職。
繼承他的是侍郎張國維，剛剛到達任所，就因漕河干涸遭到責罰。
崇禎十四年，張國維說：“濟寧運道從棗林閘逆流於師家莊、仲家淺二河閘，每年都擔心淤塞，每年都導引泗河經由魯橋流入運河來補濟它。
夏秋河水上漲，可以供給順利渡河。
然而夾帶泥沙注於河中，河水退後泥沙淤積，利與害各佔一半。
旁邊從白馬河匯合鄒縣各泉水，與泗水合流而出於魯橋，水力弱小不能抵擋泗水，河床半數淤塞，不能作為漕運之用。
然而，其上游較寬的地方正好與仲家淺閘相對，疏通讓它從這裡流入運河，比起魯橋好壞的差別很大，並且改小水為大水，又減少泥沙滲入的害處，從而補救了仲家淺及師莊、棗林三閘，獲得三個便利。”又說：“南旺水本來地勢高，祇有憑藉泰安、新泰、萊蕪、寧陽、汶上、東平、平陰、肥城八州縣的泉水，經由汶水流入運河，所以運河能夠暢通。
現在東聖、壬陰、肥城泉水因淤沙而中斷，請求趕快疏通它。”又上奏疏通運河的六個辦法：一是恢復安山湖水櫃來補濟北閘，二是改挖滄浪河從萬年倉出口以便利四閘，三是擴充套件疏通汶河、陶河上源來補濟邳州支流，四是改道沂河出於徐塘口使一起便利於邳、宿二州，另外二個辦法就是清除三州縣淤沙以及改挖白馬湖。
都命令斟酌施行。
張國維又疏通淮、揚漕河三百餘里。
在這時，河臣竭力彌補，南河逐漸安寧，北河多處淤阻。
然而，河南守臣堵塞黃河用來淹沒賊寇。
黃河大面積在開封決堤，下游一天天淤塞，治河的事宜更加敗壞，不久明朝就滅亡了。
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