萬曆元年，黃河在房村決堤，在窪子頭至秦溝口築堤。
第二年，給事中鄭嶽說：“漕運之道從茶城至淮安五百餘里，自嘉靖四十四年開始．河水大發，淮口出水之處，海水沉沙漸漸淤積，今將近與山等高。
自淮以上，河流不快，泥水更加淤積。
於是邳州水淺，房村決堤，湍急的上呂梁洪和下呂梁洪水面相平，茶城河河水倒流，都是因為海沙淤積所致。
現在如果不治理海口的淤沙，而天天在徐、沛之間修築堤岸，桃、宿以下，聽任其所流。
百姓遭受水災，沒有停止的時候。”於是進獻宋李公義、王令圖疏通河道的爬梳法。
命河臣勘察上奏，依從其意見。
而逭年秋天，淮河、黃河一齊氾濫。
第二年八月，黃河在踢山及邵家口、曹家莊、韓登家口以北決堤，淮河也在高家堰以束決堤，徐、邳、淮南北沖毀淹沒千里。
從此，桃、清上下河道淤塞，漕逗船隻受阻數年，淮、揚多水患。
總河都御史傅希摯改築殤山月形堤，暫時保留三口為洩水之路。
這年冬天，一齊被堵塞。
萬曆四年二月，督漕侍郎昊桂芳奏道：“淮、揚大水奔流沖刷，是因海濱汊港長久堵塞，入海只有雲梯一條小水道，致使海水聚沙堵塞，河水氾濫，而鹽、安、高、實不可治理。
朝廷的物資轉運，祇知道急於漕運，而無暇為百姓著急，所以朝廷設立官職，也主張治河，而不知治海。
請設立水利餘事一員，專門疏通海道，勘測地形，如草灣和老黃河都可以直奔大海，何必專門治理雲梯呢？”皇帝以優禮詔書回覆同意。
昊桂芳又奏道：“黃河水直抵清河與淮河合流，流經清江浦外河，柬至草灣，又轉折而向西南，經過淮安、新城外河，轉入安柬縣前，直下雲梯關入海。
近年關口多壅塞，河流一天天變淺，只有草灣地勢低下，黃河沖決，欲迅疾地直奪安束入海，因為關係到縣治所在地，多次潰決多次堵塞。
去年，草灣以束自決一口，應當在決口之西開挖新口，以迎埽灣之急流，而在金城至五港岸築堤束水。
俗語說：‘救一路哭，不應當又計較一家哭。
’今進、揚、鳳、泗、邳、徐不止一路了。
安束由於眾水匯合，只有文廟、縣官署僅存椽瓦，其情勢已快被淹沒，不如捨棄，以拯救整個淮河流域。”皇帝不想捨棄安柬，而命令如所奏請的那樣開鑿草灣。
八月，工程竣工，長一萬一千一百餘丈，堵塞決口二十二處，用工四萬四千。
皇帝認為海口開通，水患逐漸平息，賜予昊桂芳等不同的獎賞。
不久，黃河在韋家樓決堤，又在沛縣縷水堤決口，豐、曹二縣長堤，豐、沛、徐州、睢寧、金鄉、魚臺、單、曹良田房舍淹沒不可計算，河水侵蝕宿遷城。
皇帝依從昊桂芳的奏請，遷移縣治、築土城防止水患。
於是御史陳世童請求恢復老黃河故道，說：“黃河從桃源三義鎮經過清河縣北，到大河口匯合淮入海。
漕運之道從淮安天妃廟橫渡淮而下，十里到大河口，從三義鎮出口向桃源大河而去，一共七十餘里，這一段稱為老黃河。
到嘉靖初年，三義鎮河口淤塞，而黃河改道直奔清河縣南與淮匯合，從此，漕運之道不經由大河口而直接經由清河北上。
近來，崔鎮屢次決堤，河勢逐漸直奔故道。
假若仍然開闢三義鎮口引河流入清河北，或者讓其出大河口與淮水匯合，或者從清河西另開一河，引淮出河上游，那麼，漕運之道就沒有使人擔心的事發生，而淮、泗之水也不會因為黃河水而氾濫。”工部回覆允許施行。
吳桂芳說：“淮水向來是經清河匯於黃河直奔大海。
從去年秋天黃河在崔鎮決堤，清江正河淤積，淮口梗塞。
於是淮水弱黃河水強。
不能奪得草灣入海的去路，而全淮向南遷，橫灌山陽、高、寶之間，向來湖水不超過五尺，而湖堤僅僅七尺，今湖堤加高一丈二尺，而水更加超過湖堤。
應當趕快保護湖堤以控制水勢。”工部商議認為一定要讓淮水有所歸向，然後湖堤才可保住，請讓吳桂芳等仔細策劃。
回覆可行。
．開闢河道、保護湖堤兩種主張沒有確定，而黃河又在崔鎮決堤，宿、沛、清、桃兩岸多被沖壞，黃河河床一天天淤塞增高，淮水被黃河所逼迫，改道向南流，當時是萬曆五年八月。
傅希摯主張堵塞決口，束水歸於漕河。
吳桂芳欲沖刷現成河道，以作為老黃河入海之路。
皇帝命令趕快堵塞決口，而等水勢稍為平定，然後依從吳桂芳的主張。
當時，給事中湯聘尹主張引導淮水入長江以避黃河，正逢吳桂芳說：“黃水向老黃河故道流去，下游奔流如脫韁之馬，淮水於是乘虛湧入清口故道，淮、揚水勢漸漸減退。”工部商議進行勘察，因為河、淮已經匯合，就擱置了這個主張。
管理南河工部郎中施天麟說：淮、泗的水不流往清口而流住山陽，從黃浦口入海。
浦口不能完全排洩，漸漸浸入高、寶邵伯各湖，而湖堤盡被淹沒，就是因為淮、泗之水本來不入湖，而今入湖的緣故。
淮、泗之水入湖的原因，又是因為清口從未淤塞，而今淤塞的緣故。
清口之所以淤塞的原因，又正是因為黃河的淤塞一天天增高，淮水不得不避讓黃河而改道向南。
淮水合力抗黃，勝負也許各半，自從高家堰廢壞，而清口內通濟橋、朱家等口淮水向內灌注，於是淮、泗的力量分散，而黃河能夠全力抑制它的弱勢，這就是清口所以惟獨在今年淤塞的原因。
下游已經淤塞，上游就不得不決堤。
每年，運糧之船於四五月運完，而堤岸在六七月潰決。
水發之時沒有辦法，水落之後才設法堵塞。
剛到春初，漕運之事又迫近，僅僅完成築堤工程，對於河床沒有治理。
河床淤泥不挑挖，來年又會增高。
上游的潰決，必定殃及於徐、旦，而不會停止於邳、遷；下游的堵塞，將完全在邳、遷，而不只是在清、桃。
必須不惜一年的糧運，不惜數萬的庫藏，開挖正河，放寬完成時間，然後成為一勞永逸的工程。
至於高家堰、朱家等口，應當及時築堤堵塞，使淮、泗合力足以抗黃，那麼淮水的故道就可以恢復，高、寶的大患就可減少。
如果興、鹽海口堵塞，也應當大加疏通。
而於湖堤應多建減水大閘，堤下應多開挖支河。
總之，沒有不先治黃河而可以治淮，也沒有不疏通淮水而可以使堤防牢固之事。
此事下交到管理河漕諸臣聚會商議。
淮出於清口之時，因黃河水由老黃河奔注，而老黃河長久淤塞，不久又堵塞，淮水仍然氾濫。
給事中劉鉉請求趕快開通海口，而選擇大臣會同管理河漕諸臣前往治理。
然後命昊桂芳為工部尚書兼管理河漕，而裁減總河都御史官。
昊桂芳剛剛接受任命便死去。
六年夏季，潘季馴代替昊桂芳0當時，給事中李涑請求多疏通海口，以便引導眾水流歸大海。
給事中王道成則請求堵塞崔鎮決口，修築桃、宿長堤，修理高家堰，恢復老黃河。
一齊下交河臣商議。
潘季馴與督漕侍郎江一麟測量水勢，說：海口從雲梯關第四道彎以下，寬七八里甚至十餘里不等，深三四丈。
要想另外選擇地方開鑿入海口，必須深寬相似，才可注入和排放，工程用人力非常艱難。
而且未到海口，乾地還可以施工，其快要入海之處，潮水漲落，與舊口一樣了。
舊口都是積沙，人力雖不可疏通，水力自能沖刷，海口無可疏通之理。
只應當刊導河水歸入大海，即以水治水，造就是疏通海口的辦法。
河水也不可以用人力引導，只應當整治堤防，不讓河堤潰決，即水由地中，沙隨水去，這就是引導河水的辦法。
連年以來，每天都把修整堤防作為大事，祇是低矮單薄而不能支撐，水迫近而不能容納，摻合細沙而不能持久。
所以河在崔鎮決口，水多向北潰流，因為沒有堤防。
淮水在高家堰、黃浦口決口，水多向東潰流，堤防也就不牢固了。
不追究規劃的不完備，而追究修築堤防為下策，這哪裡是宏通的議論呢！上游已經旁潰，下游又分成幾條支流，其直奔雲梯入海口的河水，就像強弩所發的箭已經飛到末端一樣。
水勢更加分散，則水力就更加減弱，怎麼能把積沙引匯入大海泥？所以，今天疏通海口的緊急事務，必須首先堵塞決口以引導河水，尤其應當加固堤防以杜絕潰塌，而要想堤防不演決，必須全用泥土而不摻合細沙，建高加厚而不惜巨資，速離水道而不與水爭地，則堤防才可牢固。
沿河堤防牢固，而崔鎮口堵塞，則黃水就不再旁決而專力沖刷漕道。
高家堰築堤，朱家口堵塞，則淮水就不再旁決而專匯於黃水之力。
淮、黃已經匯合，自然就有控制海口之勢。
又害怕其水勢分散而水力減弱，必須暫時堵塞清江浦河口，而嚴格掌管開關以防其內流。
姑且放棄草灣訶，而專力恢復雲梯以還其故道。
然後接續修築淮安新城長堤，以防止下游分流。
使黃、淮水力集於一體，涓滴之水全都直奔於海，則水力強大而且專一，下游的積沙自然就會被衝去，海口用不著疏浚而自會開闢，河床用不著深挖而自會加深，這就是所說的加固堤防就能引導河水，引導河水就能疏通海口。
又說：黃水流入徐州，經過邳、宿、桃、清，到清口匯合於淮水而往東流入大海。
淮水從洛到鳳，經過盱、泗，到清口匯合於河水而往東流入大海。
這是兩條河的故道。
元時漕運江南的糧食，則由揚州直接往北在廟灣流入海口，不曾逆流往淮。
從陳逭開始築堤於管家諸湖，接通淮水為運道。
擔心淮水氾濫，則築高家堰堤來護衛，起於武家墩，經過大、小澗到阜寧湖，而使淮水不往東流。
又擔心黃河氾濫，則築堤於新城之北來護衛，起於清江浦，沿著缽池山、柳浦灣往東，而使黃水不往南流。
這以後，堤岸逐漸傾斜，水從高堰決口流入，淮郡於是淹沒如同魚鱉。
而當事者沒有考察其原因，認為海口堵塞，應當趕快開鑿支渠。
哪知草灣一開，西橋以上正河道於是淤塞。
新河寬二十餘丈，深僅一丈左右，與故道相比只有三十分之一，哪裡能容納全河之水呢？下游已經堵塞，上游自然就會演決，這是崔鎮諸口決堤的原因。
今新河又被堵塞，舊河逐漸通流，雖深寬不及原河的十分之一，而兩河一齊下奔，積沙隨水沖刷，想要完全恢復其河床就不難了。
河床已經恢復，寬的地方七八里，窄的地方也不少於三四百丈，滔滔之水向東流下，還有什麼水不能容納呢？不只是不必另外開鑿支渠，即使草彎也可以放棄不去疏通。
所以，現在的計策，只有修復陳管故道，高築南北兩堤，以截斷兩河內灌，則淮、揚的水災就可免除。
堵塞黃浦口，修築寶應堤防，疏通束關等淤泥，修建五處水閘門，修復五處堤壩，則淮水的南部運道就沒有憂慮了。
牢固地堵塞桃源以下崔鎮口的各個決口，則全河的水就可以回到故道。
黃、淮河堤都不再潰決，一齊奔入大海，則積沙隨水沖刷，海口自然就會恢復，而桃、清的淤塞，又不足以議論。
這就是以水治水的辦法。
至於爬梳的說法，只可用之於閘河，前人多次試用都沒成功，白白地耗費工料。
於是，分條上奏六種主張：堵塞決口以挽回正河，築堤防以杜絕潰塌，修復閘門堤壩以防外河之水，建立滾水壩以使堤岸牢固，停止疏通海口工程以省去耗費，擱置開通老黃河的主張以便依然利於渡水。
皇帝全部聽從這些請求。
萬曆七年十月，兩河治理工程完成，賜給潘季馴、江一麟銀兩彩帛，而派遣給事中尹瑾勘測核實。
八年春，進升潘季馴為太子太保、工部尚書，封蔭一子。
江一麟等升遷有差等。
這次工程，修築高家堰堤六十餘里，歸仁集堤四十餘里，柳浦灣堤東西七十餘里，堵塞崔鎮等決口一百三十處，修築徐、睢、邳、宿、桃、清兩岸在縷堤之外，距河岸較遠的防洪堤五萬六幹餘丈，殤、豐大壩各一道，徐、沛、豐、碣的臨河小堤一百四十餘里，建立崔鎮、徐升、季泰、三義鹼水石壩四座，遷通濟閘於甘羅城南，淮、揚之間的堤壩也全都修築，耗費府庫黃金五十六萬餘兩。
這年秋，提升潘季馴為南京兵部尚書。
潘季馴又請求修復新集到小浮橋的故道，給事中王道成、河南巡撫周鑑等認為不可而停止。
從昊桂芳、潘季馴時起罷去總河之職不設，其後祇以督漕兼管河道。
高堰之堤剛剛建成，清口正暢通，流連敷年，河道沒有大的水患發生。
到了十五年，封丘、偃師、束明、長垣之堤多次被沖決。
大學士申時行奏道：“黃河決口之地在三省交界之處，守臣劃地分別修築，容易互相推諉。
河道沒有大量毀壞，不必設立都御史，應當派遣有氣概魄力老成持重的給事中一人去治理河道。”於是命工科都給事中常居敬前往。
常居敬請求修築大社集束到白茅集長堤一百里。
依從他的請求。
當初，黃河由徐州小浮橋流入運河，其河水深而且接近兩河交匯處，能沖刷河道以使河床加深，利於漕運之道。
後來，漸漸改道沛縣飛雲橋和徐州大、小溜溝。
到了嘉靖末年，在邵家口決堤，在秦溝流出，由濁河口流入運河，河水淺，迫近茶城河，茶城河一年年淤塞，漕運之道多次受妨害。
萬曆五年冬，河水又向南奔流，從小浮橋故道流出，不久又堵塞。
潘季馴堵塞崔鎮決口時，厚築堤岸約束河水回到漕河。
隨後河水上漲，河臣就加高堤岸，而河床一天天增高。
於是督漕愈都御史楊一魁想恢復黃河故道，請求從歸德以下丁家道口疏通到石將軍廟，讓河水依然從小浮橋流出。
又說：“善於治水的人，用疏通不用堵塞。
近年以來，堤上加堤，水高凌空，不僅超過額頭。
濱河城郭，決水可灌注。
應當測量河床深淺，隨處疏鑿，而在黃河分流故道，設立鹼水石門以洩暴漲河水。”給事中王士性則請恢復老黃河故道。
大略說：從徐州城以下，黃河河床一天天增高，而用修築堤防來約束它，堤防與徐州城一樣高。
約束更加急迫，水流更加迅速，放全力於淮而淮不能承擔。
所以，以前黃、淮匯合，現在黃強而淮更加退縮，不再匯合了。
黃強而一開啟天妃、通濟諸閘門，那麼，灌注於運河，水勢就像高屋建瓴。
高、童一旦被阻塞，江南的漕運因此就會廢棄。
淮水退縮則退而侵入泗水。
為了祖陵的安全考慮，不得不修築石堤來保護它，堤岸加高河水就更高，從根本上說很值得憂慮。
黃河到清河一共四道轉折然後流入大海。
淮安、高、寶、鹽、興數百萬百姓的生命寄託於一丸泥土，一旦潰決就全部成魚蝦了。
眾多的主張，有的想茌泗州加高堤岸，有的想開通顏家、灌口、永濟三河，南邊修治高家堰、北邊修築滾水壩。
總的不如恢復黃河故道，成為一勞永逸的辦法。
黃河故道由三義鎮到達葉家衝與淮水匯合，在清河縣北另有濟運河，在縣南只是支河而已。
黃河強力爭奪支河，直奔縣南，而自己捨棄北流的河道，然而河床本來存在。
從桃源到瓦子灘共九十里，地勢低下不耕種，沒有房舍墳墓的障礙，雖然開鑿河道耗費巨大，然而故道一旦恢復，帶來的便利沒有窮盡。
主張都沒有確定。
常居敬及御史喬璧星都請求恢復專設總理大臣。
於是又命潘季馴為右都御史總督河道。
當時，皇帝聽從常居敬的意見，停止恢復老黃河的主張，而潘季馴到達任所，說：“新集故道，年老的人說如‘銅幫鐵底’，非常堅固，應當開通，但今年費用不足，耗費又很多，不能匆忙進行。”又說：“黃河水渾濁而強大，汶、泗的水清澈而弱小，交匯於茶城。
夏秋之季黃水上漲，則倒灌入漕河，泥沙沉下而淤積，勢必造成堵塞。
然而黃水一旦下落，漕水立即跟從，泥沙隨水衝去，不必疏浚而自通，即使有的地方阻塞，也不過十天左右。
以前修建古洪、內華二閘門，黃水上漲就關閉閘門以阻止濁流，黃水下落就開啟閘門以放縱泉水。
近來，常居敬又增建鎮口閘，距河愈近，則排放或阻止愈容易。
但是，應當嚴格開關閘門的法令如同清江浦三閘門之法，則是河渠永久的依靠。”皇帝正委任潘季馴，即刻依從他的意見，停止恢復故道的主張。
不久，水患更加嚴重。
萬曆十七年六月，黃河水暴漲，在獸醫口半月形堤決口，漫過李景高口新堤，衝入夏鎮內河，毀壞良田房舍，淹役百姓不計其敷。
十月，決口被堵塞。
十八年，更加氾濫，徐州河水積在城中一年多。
許多人主張遷移川城改變黃河水道。
潘季馴疏鑿魁山支河以使暢通，從蘇伯湖到小河口，積水才消退。
十九年九月，泗州發生大水，州治所淹沒三尺，居民十分之九被淹死，漸漸殃及祖陵。
而黃河又在山陽決口，江都、邵伯又因湖水下注，良田房舍被淹沒損壞。
工部尚書曾同亨上奏其事，議論的人紛紛而起。
於是，命工科給事中張貞觀前往泗州勘測水勢，而依從給事中楊其休的主張，放潘季馴退休歸家，任用舒應龍為工部尚書總理河道。
萬曆二十年三月，潘季馴將要離任，撰文向上陳述辨別疑惑的六件事，極力申說黃河不能在兩條河道中流，新河不應當開鑿，支渠不應當疏通。
又著書叫做《河防一覽》，大意在於築堤阻障黃河，約束河水流歸漕河；築堰阻擋淮水，迫使淮水注入黃河。
讓清水沖刷濁水，泥沙隨水而去。
合流則水流急速，急速則能清除淤泥而使河床加深；分流則水流緩慢，緩慢則停滯不暢而使泥沙淤積。
上游水流湍急之後，那磨，海口自然就會開啟而不需要對其進行開鑿。
他的治理河堤的辦法，有修築縷水堤以約束其水流，有修建逼堤以緩和其水勢，有建立滾水壩以減弱其怒濤。
辦法很詳備，說得很明白周到。
然而，正當遭時，河水橫流，徐、泗、淮、揚之間沒有哪年不遭受水災，祖陵也遭受水害。
潘季馴說水必定會自行消退，隨後沒有證驗。
於是潘季馴無話可說，主張不得通行，從而分流黃河引導淮水的主張由此興起。
張貞觀到達泗州後說：“臣去拜祭祖陵，看見泗州城如同水上漂浮的器皿，器皿中的水又滿。
祖陵從神路到三橋、丹墀，沒有哪一處不遭受水害。
而且高堰的危險如堆積的雞蛋，又是高、寶隱藏的禍害。
現在想排洩淮水，應當把排除海口的泥沙作為第一事宜。
然而，排洩淮水還不如減緩黃河之水水勢，而在黃河之水與淮水匯合處鹼緩水勢，不如在沒有匯合之前減緩水勢，但是，在匯合處鹼緩水勢與運河沒有妨礙，在沒有匯合之前減緩水勢對運河稍有妨礙。
區別標與本，明白利與害，一定應當在沒有匯合之前減緩水勢。
至於擴大入海的河道，則從鮑家口、黃家營到魚溝、全城左右，地勢很低，似乎應當因勢而利導它。”張貞觀又同舒應龍和總漕陳於陛等說：“淮、黃共同奔趨的地方祇有大海，而淮水經由黃河到達大海的通道只有清口。
自從海口淤沙疏通沒有一定的期限，因而河床一天天增高；自從河水倒灌不停，因而清口一天天被堵塞。
所以造成淮水上淹祖陵，漫流到高、童，而興、泰漕運河道的堤岸也被沖決了。
現在建議排除清口的淤沙，並且在清口上游十里處分出黃河的支流，離口不遠，不至於造成運道阻堵。
分支流於上，又匯合於下，則沖刷海口之力就集中。
匯合一定在草灣之下，恐怕它又會沖壞主河，成為淮城的禍患。
堵塞鮑家口、黃家營二決堤，又擔心會橫衝新河，散流不能歸入河道。
兩岸都有堤防，則東北清、沭、海、安低下之處就不擔心潰決了。
總計耗費一共三十六萬多。
假若海口的堵塞，則不能看到潮汐的邊際，難以施用箕畚鐵鍬挑挖。
只有淮、黃合流束下，河床才能被沖刷而漸漸加深，海口才能被沖刷而逐漸開啟，也是事理所必然的結果。”皇帝完全依從他們的請求，於是選擇在清口上游的北岸，開通腰鋪支河達於草灣。
不久，淮水自決於張福堤。
直隸巡按彭應參說：“祖陵，估計是沒有憂慮了，但邊境之東正防備倭寇，應當暫時停止治河工程。”工部商議讓河臣仔細謀劃。
舒應龍、張貞觀說：“為了祖陵長遠考慮，支河實在是不能允許停下的工程，請求等到明年春天倭寇警報停息再進行。”這件事情於是停止。
二十一年春，張貞觀回朝報告職任完成情況，建議開通歸、徐到小河口河道，以拯救徐、邳的泛濫；引導濁河流入小浮橋故道，以排除鎮口的水患。
下發到總河會官集中商議，沒有議定。
五月，天下大雨，黃河在單縣黃蟈口決堤，一從徐州出小浮橋，一從舊黃河到達鎮口閘。
邳城陷於水中，高、寶諸湖堤決口不計其數。
第二年，湖堤決口完全堵塞，而黃河水大漲，清口泥沙淤積，淮水不能束流，於是挾帶上游阜陵諳湖水與山溪之水，突然淹沒祖陵，泗城被淹沒。
二十三年，又決堤於高郵中堤及高家堰、高良澗，而水患更加緊急了。
在比之前，御史陳邦科說：“加固堤防約束河水沒有收到沖刷泥沙之利，而反倒導致沖決河堤。
應當採用疏通的方法，其方法有三。
冬春時節河水枯竭，令沿河撈淺民工趁這時撈淺，則泥沙不停而去，這是其一。
官船民船往來，船尾全都繫上鋁犁，趁著風勢清除，則泥沙不停而去，這是其二。
仿效水磨、水碓之法，設定為木機，趁著水勢滾蕩，則泥沙不停而去，這是其三。
至於淮河，一定不可不匯於黃河，所以高堰絕對不可捨棄。
湖水溢位必然會損害堤防，所以周家橋潰決之處一定不可開啟。
已經捨棄的河道必然淤滿泥沙，所以老黃河、草灣等處一定不可恢復。”奏章下到所司商議。
戶部郎中華存禮則請求恢復黃河故道，並且疏通草灣。
然而這時，腰鋪還沒有開通，工部侍郎沈節甫說：“恢復黃河故道不可輕率議論，至於其它各種辦法都僅僅是補偏救弊罷了，應當全部停止。”於是召舒應龍返回工部，這時是萬曆二十二年九月。
不久，給事中昊應明說：“以前因黃河改道無常，修築遷、縷二堤束水歸入漕河，等到水過沙停，河床一天天增高，徐、邳以下居住的百姓完全在水下面。
今清口以外則是黃水被阻攔，清口以內則是淤沙攔阻，迫使河水橫灌上游大約一百里左右，淮水只是在沙上的浮水，而堵塞蓄積在盱、泗之處的就成為祖陵的禍患了。
張貞觀所主張腰鋪支河應歸入草灣，或者從清河南岸另開一條小河到駱家營、馬廠等地，流出匯合於大河，修建閘門適時開關，一遇運道水淺，就航行於這絛河，也是辦法中的最便捷的一種。”至於治理泗水，則有主張開通老子山，引導淮水流入大江的。
應當設定閘門按時開關，拆除張福堤然後築堤於清口，使黃河水不向南流。
工部商議下達到河漕諸臣會同勘測。
直隸巡按牛應元因去拜祭祖陵，親眼見到河水的禍患，繪成地圖呈上，於是上疏說：黃河增高，淮河淤塞，開始於嘉靖末年，河臣開鑿徐、呂州百步洪、呂梁上下二洪的巨石，而泥沙一天天淤積，河床一天天增高，河堤潰決從此開始。
主持治河的人沒有計劃恢復它，只在兩岸修築長堤來約束，這叫做縷堤。
縷堤又潰決，又在數里之外修築重堤來防禦，這甽做遷堤。
雖然年年決堤年年修補，但是誰也沒有什麼更好的辦法了。
黃河、淮河互相匯合，原來始於清河北二十里的駱家營，又轉而向東到大河口匯合於淮河，這就是所說的老黃河。
陳管順著它的迂迴曲折，從駱家營開通一條支河，成為現在的河道，而老黃河就被淤塞了。
萬曆年間，又開通草灣支河，黃河捨棄故道而直奔新河，以致清口互相匯合之地，二水互相對抗，淮水不能勝過黃水，則流入各閘門口，淮安軍民在各閘門口修築一道土堤來防禦它。
隨後黃水、淮水突然大漲，水退沙停，清口於是淤塞，現在所說的門限沙就是這裡。
主持治河的人不想挑挖門限沙，就沿著土堤修築高堰，東西綿延六十里，捨棄整個淮河正流之口不治理，又將從旁邊流入黃河的張福口一起築堤堵塞它，於是河水倒流而成為泗陵的水患了。
前年，科臣張貞觀主張開闢門限沙，裁去張福堤，他的重點又在支河腰鋪的開鑿上。
總之，整個河口的淤沙沒有完全挖開，即使腰鋪工程完成，淮水也不能流出。
何況下游鮑、王諳口已經潰決，難以施工。
哪裡比得上恢復黃河故道，完全開闢清口的淤沙作為首要之事呢？並且祇疏通上游，不如選擇科臣昊應明的主張，就在草灣下游疏通諸決口，使水從安東回到五港，或在周家橋酌量為其疏通，並且趕快堵塞黃蟈口，挖深蕭、踢渠道，疏通符離淺阻。
到宿遷小河為淮水入黃正道，應當趕快疏通，使有所歸附。
舒應龍說：“張福堤已經潰決百餘丈，清口正在挖除淤沙，然而腰鋪分流處的開通尤其不可停止。”工部侍郎沈思孝於是接著說：“老黃河從三義鎮到葉家衝只有八千餘丈，河道輪廓還存在。
應當趕快開通，則黃河可分為二，一從故道直達顏家河入海，一從清口匯合於淮，水患必定會自行停止。
請派遣有氣概與魄力出科臣一人，與河漕諸臣確定一個治理的統一計劃。”於是命禮科給事中張企程前去勘測。
然而因水患連續多年，終於沒有完成計劃，拖延時日，耗費巨大，罷去舒應龍的官職而為百姓，常居敬、張貞觀、彭應參等都受到不同程度的申斥。
御史高舉奏請：“疏通周家橋，裁去張福堤，開闢門限沙，建滾水石壩於周家橋、大小澗口、武家墩、綠楊溝上下，而在壩外疏通河道修築堤岸，使水流行於地平面以下。
修改塘埂十二閘為壩，灌注閘外十二河，以便開闢入海水道。
疏通芒稻河，並且在靠近江邊多建攔水閘，以擴大入江的水道。
這樣，入海口一天天壅塞，則河中的泥沙一天天淤積，河床一天天增高，然而淮水也不能安流。
有灌口這個地方，比各口都大得多，而近日所潰決的蔣家、鮑家、畀家三口直接與其相合，應當深挖成河，使水從此處入海。”工部主事樊兆程也主張開闢入海口，於是說：“以前的入海口決不可以疏通，應當從鮑家營到五港口挖掘成河，讓水從灌口入海。”全都下發到工部。
請一起委託張企程勘測商議。
這時，總管治理黃河的工部尚書楊一魁被彈劾，請求罷免，於是說：“清口應當疏通，黃河故道應當恢復，高堰不必修，石堤不必砌，減水閘壩不必用。”皇帝沒有允許他辭官，而詔令他把全部心思用於辦事。
御史夏之臣則說：“海口的泥沙不能劈開，草灣河道不必疏通，腰鋪新河四十里不必開通，雲梯關不必開闢，祇應當趕快挖開高堰，以拯救祖陵。”又說：“歷年以來，高良澗土堤每遇夏秋之季就被沖決，大澗口石堤每遇洶湧之水就垮塌。
這是高堰存在，給高、寶帶來的便利小；而高堰潰決，則給高、寶帶來的危害大。
哪裡比得上區分不同的主張而有區分地開通它，使其知道趨利避害呢？”給事中黃運泰則又說：“黃河下游不通暢，就倉猝開挖高堰、周橋以洩淮水，則淮水南下，黃水必定乘機追逐，高、寶之間完全成為池沼，然而，漕運河道中的月河必定被沖決。
倒不如疏通五港口，直達灌口閘門，以便流入大海為有利。”詔令一起進行勘測商議。
張企程於是上奏說：“原先，黃河沒有給陵園帶來禍患，從隆慶末年高、寶、淮、揚報告緊急情況，主持這事的人安於目前情勢，清口已經淤塞，又築高堰加以阻止，築張福堤加以約束，阻擋整個淮河之水與黃河水比試高下，不料其水勢不能抵擋。
等到後來用磚石加築，淤塞更加堅實，整個七十二溪之水匯合於泅水，只保留數丈寬的一個決口為流出的通道，流出的只有十分之一，停留的十分之九。
河床一天天增高，流水一天天被壅塞，淮水一天天更加不能流出，然後積聚之水一天天逐漸加深，怎磨能不倒流向側面氾濫成為泗州陵墓的災害呢？今主張疏通淮河以使陵墓安全，疏通黃河以引導淮河的人，談論這事每人主張不相同。
然而有人認為高堰應當潰決，臣認為是保護淮、揚的屏障，必定不可缺少。
不如在其南五十里開通周家橋注於草子湖，大量加以開鑿疏通，一從金家灣流入芒稻河注入到長江，一從子嬰溝流入廣洋湖到達大海，則淮水上游一半就有排洩之處了。
在其北十五里開通武家墩，注入永濟河，從審灣閘出口直到涇河，從射陽湖流入大海，那麼，淮水下游一半就有歸宿之處了。
這是儘快拯救祖陵的最適宜的辦法。”恰好在這時，祖陵的積水已經消退，楊一魁上報，皇帝非常高興，依然詔令諸臣趕快協調商議排洩的辦法。
於是，張企程、楊一魁共同商量想分流減緩黃河水流以放縱淮水，另外疏通入海口以引導黃河水。
然而，督漕尚書褚鈇則以長江之北每年有災禍，百姓不能承擔大的勞役，想首先排洩淮河之水然後慢慢地商量分流黃河之水。
御史應元折衷他們的主張，說：“引導淮河形勢有利而容易成功，分流黃河工程浩大而獲利久遠。
但是河臣所奏請也僅僅六十八萬金，國家又何必吝惜於這些錢財呢？”御史陳煙曾經命令寶應，又擔心周家橋已經開通，就把高郵、邵伯作為深壑，漕運河道、百姓財產和鹽場全都遭受其害，上疏諫爭，話語很激烈，大致意見是分流黃河為首要之事，而淮河不必過分治理。
並且想多開通入海水道。
讓高、寶等湖的水全部束流，然後周家橋、武家墩的水可以注入。
然而，淮安知府馬化龍又進獻分流黃河的五難之說。
穎州兵備道李弘道又說應當開通高堰。
褚鈇於是根據這些上報。
給事中林熙春駁斥他，說：“淮河還是從前的淮河，而黃河不是從前的黃河。
在此之前，河床沒有增高，而淮河還安靜地流動，現在的河床已經增高，而淮河遭受倒灌之害，此引導淮河固然是為了淮河，分流黃河也是為了淮河。”工部於是覆奏說：“首先主張開通腰鋪支河以分流黃河，因為倭寇的警報和天災傷害而停止，於是留下今日之禍患。
今黃家壩分流黃河的工程如果又終止，淮河就會壅塞為害，誰承擔其罪過？請命令治河諸臣引導淮河分流黃河，趕快行動。”回報同意。
萬曆二十四年八月，楊一魁動工，工役沒有完成，又備文上奏分流淮河引導黃河事宜十件事情。
十月，治河工程宣告完成，直隸巡按御史蔣春芳上報，又備文上奏善後事宜十六件事情。
於是賞賜楊一魁等人各有差別。
這次工程，使用民工二十萬，開通桃源黃河壩新河，起於黃家嘴，到達安束五港、灌口，全長三百餘里，分洩黃河之水流入大海，以便抑制黃河強大的水勢。
排除清口淤沙七里，建置武家墩、高良澗、周家橋石閘門，分流淮水三道流入大海，並且引其支流入江。
於是泗州陵墓的水患平息，而且淮、揚也安定了。
然而這時，楊一魁集中精力於桃、清、淮、泗之間，而上游支流單縣黃蟈口的決口，認為不必堵塞。
褚鈇及蔣春芳都請求堵塞它。
給事中李應策說：“漕運之臣主管運糧，治河之臣主管工程，各人有各人的見解。
應當再讓他們分析商議。”楊一魁說：“黃蟈口一支從虞城、夏邑連線殤山、蕭縣、宿州到達宿遷，出於白洋河，一小支分流蕭縣兩河口，出於徐州小浮橋，相距不到四十里。
應當疏通與正河相匯，再使鎮口閘裹湖的水暢通，與小浮橋二水匯合，則黃垌口就不必堵塞，而且漕運之道沒有阻滯了。”依從化的主張。
於是，議定疏通小浮橋、沂河口、小河口以拯濟徐、邳漕運河道，以排洩殤、蕭漫流之水，壘好歸仁堤以護衛皇陵。
這時，徐、邳又顯露出清、泗漕運之道不暢通，褚鈇終究以此焉憂。
二十五年正月，又極力建議黃蟈口不進行堵塞，則整個黃河就會改道南流，災害又會立即出現。
談論此事的人也多害怕向下吞沒歸仁，帶給二陵墓水患。
三月，小浮橋等決口補築治理工程將近竣工，楊一魁說：漕運河道暢通，黃河改道不會互相妨礙，已經有了明顯的證驗。
只有議論此事的人以祖陵焉憂慮，請收求以前的事例來折服他們。
洪武二十四年，黃河在原武決堤，往東南流到達壽州流入淮河。
永樂九年，黃河向北流入魚臺n不久，又在南邊決口，從渦河經過懷速流入淮河。
這時兩河合流，經過鳳、泗從清口流出，沒有聽說帶給祖陵水患。
正統十三年，黃河向北直衝張秋。
景泰年問，徐有貞將其堵塞，—又從渦河流入淮河。
弘治二年，黃河又向北衝注，白昂、劉大夏將其堵塞，又向南流，一處從中牟到穎、壽，一處從毫州到渦河流入淮河，一處從宿遷小河口匯合於泅水。
整個黃河大量水勢縱橫於穎、亳、鳳、泗之間，往下氾濫於符離、睢、宿，沒有聽說帶給祖陵憂慮，也沒有聽說築堤殃及歸仁。
正德三年以後，黃河逐漸改道向北，從小浮橋、飛雲橋、谷亭三道流入漕河，全都直奔徐、邳，出於二河，漕運河道雖然流通，但是氾濫實際上更加嚴重。
嘉靖十一年，朱裳開始才有渦河一條支流中間經過鳳陽祖陵不敢輕率行動的說法。
然而當時，仍然時而疏通祥符的董盆口、寧陵的五里鋪、榮澤的孫家渡、蘭陽的趙皮寨，而且有的決堤於睢州的地丘店、界牌口、野雞岡，寧陵的楊村鋪，全都流入舊河，從毫、鳳流入淮河，南流的水沒有斷流，又何曾帶給祖陵水患？嘉靖二十五年以後，向南流的故道開始完全堵塞，有的從秦溝流入漕河，有的從濁河流入漕河。
五十年以來，整個黃河完全出于徐、邳，直衝泗水流入淮河。
然而，主持這事的人正把次要的當作主要的，每天築堤來限制它，從而致使河流一天天壅塞，淮水對抗不過黃水，返回向內蓄積，於是留下盱、泗祖陵之水患。
這實際上是由於內永的蓄積，不是因為受外水的衝注。
萬曆七年，潘季馴開始擔心黃水倒灌入小河、白洋等河口，挾帶各河水衝注祖陵，於是修築歸仁堤作為保護的辦法，又誇大其主張，稱祖陵的命脈完全依賴於此堤。
經常聽到他的主張的人，就懷疑黃蟈的潰決，向下侵蝕歸仁，不知黃蟈一旦潰決，下游容易排洩，一定沒有向上灌注的憂慮。
何況今小河不久就會竣工，引導河水再回故道，離開歸仁更遠，怎麼還為不必要的憂慮擔心呢？回報許可。
楊一魁已經開通小浮橋，在義安山築堤，疏通小河口，引武沂泉拯濟運河。
直到這年四月，黃河又在黃蟈口大決口，氾濫於夏邑、永城，從宿州符離橋流出到宿遷新河口流入大河，其中一半從徐州流入舊河拯濟運河。
上游水枯竭，然而，義安約束河水的橫壩又被沖毀二十餘丈，小浮橋水流細小，徐州百步洪、呂梁洪之水宣告乾枯，漕運河道阻塞。
楊一魁因而主張挖通黃蟈口向上到埽灣、淤嘴二處，並且大量挖深其下游李吉口北以下的濁河，拯救小浮橋上游敷十里的乾枯河道。
又上奏說：“黃河向南迂迴到韓家道、盤岔河、丁家莊，全都河岸寬一百丈，深超過二丈，就是銅幫鐵底故道。
到劉家窪，然後多半往南流，到山西坡、永涸湖而成為深河，出於溪口流入符離河，也是故道。
只有徐、邳漕運河道之水淺少，所以首先主張開通小浮橋，再加以挖寬，一定會大大地為漕運河道帶來便利。
於是想從黃垌挽回整個河道，必須挖深四百里淤塞的河床，修築三百里南岸的長堤，不僅歷耗費的錢財不能供給，私下擔心後患不會停止。”御史楊光訓等也主張挖深埽灣直渠，擴大拯濟濁河的水流，和修築山西坡歸仁堤，與楊一魁的主張相合，惟獨褚鈇有不同的主張。
皇帝命令依從楊一魁的主張。
楊一魁又說：“歸仁在西北，泗州在東南，相距一百九十里，中間隔有重重山岡層層險峰。
而且歸仁之北有白洋河、朱家溝、周家溝、胡家溝、小河口洩入運河，水勢如高屋建瓴，不可阻擋，即使沒有歸仁，祖陵也不值得憂慮。
濁河淤塞，高出地面，曹、單之間寬一二百丈，深二三丈，尚且不可避免河水氾濫，徐、邳之間祇有一百丈，深只一丈多，徐州西面有淺到二三尺的地方，而夏、永、韓家道口到符離，河的寬深與曹、單相當，避高就下，是水的本性，河流所捨棄的地方，自古以來難以恢復。
況且運河本是憑藉山東諸泉水，不憑藉黃河之水，只是應當仿照正統年間在徐州百步洪、呂梁洪的南北口修建閘門的做法，在鎮口以下，大浮橋以上和呂梁下洪，以及邳州的沙坊，各修建石閘門，控制和排洩汶、泗之水，並且用小浮橋、沂河口二水幫助它，另外在鎮口西築壩攔截黃河，開啟唐家口而注入龍溝，匯合於小浮橋流入運河，以斷絕淤塞鎮口的禍害，實為萬全的計策。”回報許可。
萬曆二十六年春，依從楊光訓等的主張，撤去褚鈇的職務，命令楊一魁兼管漕運。
六月，召回楊一魁掌管工部，命令劉束星為工部侍郎，總理河漕。
萬曆二十七年春，劉東星上奏說：“黃河從商、虞以下，經由丁家道口直到韓家道口、趙家圈、石將軍廟、兩河口，出於小浮橋下徐、旦二洪，就是賈魯故道。
從元開始到我明朝水流束行非常順利。
嘉靖三十七年，濁河改道向北，而此河便淤塞。
潘季馴主張再開通它，因為工程耗費太大而停止。
今黃河向東在黃蟈決堤，經由韓家道口到趙家圈一百餘里，沖刷成為河道，就是潘季馴主張恢復的故道。
從趟家圈到兩河口，直通三仙臺新渠，長只有四十里，徵召民工五萬人來疏通它，一個多月就會竣工，然後大部分人挖通運河，小部分人挖通濁河，都可以節省人力物力。
只有李吉口故道曾經挖通又被淤寒，去年冬天已經挖通數里，前面的功勞難以捨棄，然而到鎮口三百里如此遙遠，不如趙家圈到兩河口四十里這樣近。
何況大浮橋已經建立閘門蓄積汶、泗之水，則鎮口拯濟運河也就不憑藉黃河之水。”回報許可。
十月，治理成功，加封劉束星工部尚，書，楊一魁及其餘官員也有不同的賞賜。
起初，給事中楊廷蘭因為黃蟈的潰決，請求開通洳河，給事中楊應文也主張他的說法。
隨後，直隸巡按御史佴祺又說到這件事。
劉束星已經開通趙家圈，又採納大家的主張，開通洳河，因為地面多是沙石，工程沒有完成而劉柬星生病。
黃河已經改道向南，李吉口淤積一天天增高，北面分支完全斷流，而且趙家圈也一天天逐漸淤塞，徐、邳之間三百里，河水只有一尺多深，運糧船隻被阻塞。
萬曆二十九年秋，工科給事中張問達上疏陳述這事。
適逢開、歸發生大水，黃河水漲到商丘，在蕭家口決堤，整個黃河完全往南流。
河床變成平坦的沙地，商人的船隻在沙上擱淺。
南岸蒙牆寺忽然遷移到北岸，商、虞之地大多被淹沒，水勢完全直奔東南，而黃蟈斷流。
河南巡撫曾如春上報，說：“這是黃河改道，不是決堤。”張問達又說：“蕭家口在黃蟈上游，沒有經商船隻不能行駛於蕭家口卻能行駛於黃蟈以束的情況，漕運船隻很值得憂慮。”皇帝依從他們的見解，將命劉束星勘查商議，然而劉束星已死了。
張問達又說：“漕運之道之所以被毀壞，一是因為黃蟈口的潰決，沒有及時堵塞；更因為集中力量開通洳河，以致造成趟家圈淤塞斷流，河床一天天增高，河水一天天淺少，而蕭家口完全潰決，整個黃河衝破堤防流入淮河，水勢殃及皇陵。
劉東星已經去世，應趕快增補治河之臣，及早商定長久之策。”大學士沈一貫、給事中桂有根都催促挑選治河之臣。
御史高舉進獻三個方法。
請疏通黃堝口以下舊河道，引黃河水注入到它的束邊，完全堵塞黃蟈口，又阻止它南流，等到舊河道被沖刷加深，則一起堵塞新決之口。
其二耕是請開通洳河及膠萊河，而建議治河漕運不應該都委於一人，應當選擇人分別擔任其事。
江北巡按御史昊崇禮則請從蒙牆寺西北黃河彎曲的地方，開挖成直河，引水向東流。
並且疏通李吉口到堅城集的淤塞河道三十餘里，又完全堵塞黃蟈以南的決口，使河流全都回到漕河。
工部尚書楊一魁選取昊崇禮的主張，而開挖直河、堵塞黃蟈口、疏通淤塞水道為主要的方法，而把開通洳河作為輔助方法，開通膠萊河為備用方法。
皇帝命令趕快挖通舊河，堵塞決口，又同時挖通洳河以備用。
下交山東巡撫巡按勘察膠萊河。
萬曆三十年春，楊一魁回覆河撫曾如春的奏疏說：“黃河水勢直奔邳、宿，請求從歸德到靈、虹修築汴堤，以阻止向南改道。
並且疏通小河口，使黃河水全部返歸河道，則氾濫之水自會消失，祖陵可以無憂患。”皇帝讚許並採納了他的主張。
不久，談論此事的人再次上疏攻擊楊一魁。
皇帝認為楊一魁不堵塞黃蟈口，導致洪水直衝祖陵，被罷斥為民。
又採用昊崇禮的主張，分別設立河漕二臣，命令曾如春為工部侍郎，總理河道。
曾如春主張開通虞城王家口，引導整個黃河東流歸海，需要耗費六十萬錢財。
萬曆三十一年春，山東巡撫黃克縝說：“王家口是蒙牆上游，上游已經暢通，則下游就不可往旁邊排洩，應當及時堵塞蒙牆口。”依從他的奏請。
這時，蒙牆決口寬八十餘丈，萱塑春所開通的新河不及它的一半，堵塞蒙牆然後注入新河，擔心不能承受。
有進獻計策的人說：“黃河水流既已回流，勢若雷霆，藉其水勢沖重新整理河，淺的地方可以加深。”曾如春就下令放水，水襄全是泥沙，水流少而緩慢，隨即淤塞。
夏初四月，河水突然上漲，直衝魚、單、豐、沛之間，曾如春因為憂慮而死。
於是命李化龍為工部侍郎，替代他的職位。
給事中宋一韓說：“黃河故道已經恢復，皇陵、運河沒有憂慮。
決口恐怕難以堵塞，應當深挖堅城以上水淺之處，又增築徐、邳兩岸河堤，使下游有地方容納，則舊河可以堵塞。”給事中孟成己說：“堵塞舊河緊急，然而疏通新河更加緊急。”李化龍剛到來，黃河在單題藍塞莊及曹縣的縷堤大潰決，又在沛縣四鋪口太行堤潰決，注入昭陽湖，流入夏鎮，橫衝漕運河道。
李化龍主張開通洳河，連線到邳州直河，以避黃河決堤之險。
給事中侯慶遠於是說：“洳河開通成功，則其它工程可以慢慢地謀劃，只是不要放縱黃河流入淮河。
淮河通暢則洪澤之水減少，而陵墓自然會安寧了。”萬曆三十二年正月，工部回覆李化龍的上疏，大致是說：“黃河從歸德以下，匯合運河流入大海，其路有三：從蘭陽取道考城，到達李吉口，經過堅城集，流入六座樓，到茶城然後流向徐、邳，這叫做濁河，是入海的中路；從曹、單經過豐、沛，到飛雲橋，氾濫於昭陽湖，流入龍塘，到秦溝然後流向徐、邳，這叫做銀河，是入海的北路；從潘家口經過司家道口，到達何家堤，經過符離，取道睢寧，流入宿遷，到小河口流入運河，這叫做符離河，是入海的南路。
南路接近皇陵，北路接近運河，只有中路既遠離皇陵，又可以增加運河水，從前，管河之臣興起開鑿河道沒有竣工，而河道的輪廓尚在。”於是，奏請開通洳河有六條好處。
皇帝依從他的主張。
工部尚書姚繼可說：“黃河衝擊改道，管河之臣主張在堅城集以上開通溝渠引導黃河，使下游疏通，又分出六座樓、苑家樓二路減緩其水勢，既可以轉移豐、沛的水患，又不至於使殤山之城成為沼澤。
開通洳河分流黃河，兩大工程一起進行，請求趕快發放庫金資助工程。”允許他的請求。
八月，李化龍上奏分流之河挖成。
其事全載於《洳河志》中。
加封李化龍為太子少保兵部尚書。
適逢李化龍遭親喪等候代替，命曹時聘為工部侍郎，總管河道。
這年秋，黃河在豐縣決堤，從昭陽湖透過李家港口，到鎮口，往上注於南陽，而單縣以前的決口又潰塌，魚臺、濟寧之間平地成湖。
萬曆三十三年春，李化龍說：“豐地的潰決，是由於巡梘防守不嚴密，單地的潰決，是由於沒有及早下埽護岸，然而全都是由於蘇家莊的潰決而刊起。
南直、山東互相推諉，請分別懲罰各地防禦河堤的守臣。
至於近年以來放慢修築堤防而加緊疏通河道，河堤毀壞洪水氾濫，不責怪守堤的人不得力，祇是歸結給挖河的人挖得不深。
黃河北岸從曹縣以下沒有流入張秋的水道，南岸從虞城以下沒有流入淮河的水道，只有從徐、邳到達鎮口成為漕運之道。
所以，黃河在北面的曹、郫、豐、沛之間決堤，則是從昭陽湖出於李家口，而漕運河道氾濫；南面在虞、夏、徐、邳之間決堤，黃河則是從小河口流到北洋河，而使漕運河道乾枯。
今洳河已經修成，起於直河到達夏鎮，與黃河隔絕，山東、直隸之間，黃河不能控制漕運河道的命運。
惟獨朱旺口以上，決堤於單地則單地成為池沼。
決堤於曹地則曹地被水淹沒，到豐、沛、徐、邳、魚、殤，全部命運繫於一道堤防，怎麼可以暫緩修築呢？到達中州劑隆口、銅瓦廂，全都是流入張秋的水道，孫家渡、野雞岡、蒙牆寺全都是流入淮河的水道，一旦不可防守，則往北毀壞運河，往南侵犯皇陵，其危害甚大。
請求向西從開封，向東到徐、邳，處處設防，上從司道，下到府縣，個個參與防守，差不多可以平息黃河水患。”於是，敕令曹時聘再去整治。
這年秋，曹時聘說：“自從蘇莊一潰決，整個黃河向北流三年。
開初氾濫於豐、沛，隨後使單、魚變成池沼，陳燦進行堵塞沒有成功，南陽的河堤全被毀壞。
今又往上灌注於整個濟水，從側面侵犯運河之道。
臣親自前往曹、單，上看王家口新築之壩，下看朱旺口北潰的水流，知道黃河很值得擔憂的地方有三，而機會不可失去的地方有二。
黃河行堤潰決，水在平地氾濫，昭陽湖一天天淤墊，下游一天天淤塞，水從李家口流出一天天細小緩慢，水勢不得不退卻而向上氾濫。
氾濫於南，則孫家渡、野雞岡都進入淮河故道，不能說蒙牆已經堵塞，而對皇陵沒有憂患。
氾濫於北，則芝麻莊、劑隆口都流入張秋故道，不能說洳河治理已經完成，而對運河沒有憂慮。
況且南邊的夏、商，北邊的曹、濮，其地更加低矮，其禍更加厲害，將其挽回更加不容易，不能說災害只及魚、濟，而對百姓沒有憂患。
從王家口到達朱旺，新疏通的河道尚在。
疏通其下游而從小浮橋流出，則三百里長河暢通，這是玎以利用的一個機會。
從徐州以下，清水黃水一起流動，泥沙隨水沖刷，這種情況數十年來還沒有出現過，因而引導河水回到徐州，容納承受有地方，這是可以利用的第二個機會。
臣與諸臣仔細商議，黃河的中路有南北二支：往北出於濁河，曾經兩次疏通又兩次壅塞，只有往南到小浮橋，地形低下，其水勢非常順暢，測量長三萬丈有餘，估計耗銀八十萬兩。
公家儲備空虛，請求多方面供給。”奏疏呈上，留在宮中。
曹時聘於是大規模地挑挖朱旺口。
十一月動工，共享民工五十萬。
三十四年四月，工程竣工，從朱旺到達小浮橋綿延一百七十里，渠寬堤厚，黃河返歸故道。
六月，黃河在蕭縣郭暖樓人字口決堤，向北的支流到茶城、鎮口。
三十五年，在單縣決堤。
三十九年六月，在徐州狼矢溝決堤。
四十年九月，在徐州三山決堤，沖毀縷堤二百八十丈，遙堤一百七十餘丈，盤林鋪以下二十里主河道完全成為平坦的陸地，邳、睢河水乾枯。
總河都御史劉士忠開啟韓家壩外的小渠引導河水，因此，壩以束開始通行船隻。
四十二年，在靈璧陳鋪決堤。
四十四年五月，又在狼矢溝決堤，從蛤鰻、周柳等湖流入洳河，到直口流出，又與黃河相匯。
六月，在開封陶家店、張家鑾決堤，從會城大堤流下陳留，流入毫州渦河。
四十七年九月，在陽武脾沙埕決堤，從封丘、曹、單到考城，又流入舊河道。
這時，朝廷政事一天天鬆弛，治河之臣的上書報告多不省閱。
四十二年，劉士忠死，總河之職經歷三年沒有補上。
四十六年閏四月，才命令工部侍郎王佐督管治理河道。
黃河堤防一天天毀壞，主持這事的人不能有所治理。
天啟元年，黃河在靈璧雙溝、黃鋪決堤，經由永姬湖從白洋、小河口流出，依然與黃河相匯，故道阻塞乾涸。
總河侍郎陳道亨役使民工進行築堤堵塞。
適時，淮安久雨連續十天，黃河、淮河之水突然上漲數尺，而且山陽裡外之河及清河決口匯成巨大的湖澤，洪水灌入淮城，百姓像蝸蟻一樣在城牆上居住，船隻在街市航行。
遇了很久，才堵塞決堤。
三年，在徐州青田大龍口決堤，徐、邳、靈、睢河一併淤塞，呂梁城南邊潰陷，淤沙高出平地一丈左右，雙溝決口淤沙也滿，上下一百五十里全部成為平坦的陸地。
四年六月，在徐州魁山堤決堤，從東北灌入州城，城中水深一丈三尺，一從南門到雲龍山西北大安橋流入石狗湖，一從舊支河往南流到鄧二莊，經過租溝向東南到達小河，從白洋流出，仍然與黃河相匯。
徐州百姓遭受淹溺之苦，謀議集資遷城。
給事中陸文獻上奏徐城不可遷的六條意見。
然而情勢迫不得已，於是遷州治於雲龍，黃河治理一事暫擱置不過問了。
六年七月，黃河決堤於淮安，逆流入駱馬湖，注入邳、宿。
塞禎二年春，黃河在曹縣十四鋪口決堤。
四月，決堤於睢寧，到七月中旬，城牆全部垮塌。
總河侍郎李若星請求遷縣城以避免水害，而開啟邳州壩洩水注入故道，並且堵塞曹家口匙頭灣決口，逼迫河水往北流，以減輕睢寧的水患。
依從他的請求。
四年夏，黃河在原武湖村鋪決堤，又在封丘劑隆口決堤，毀壞曹縣塔兒灣大行堤。
六月，黃河、淮河之水一起上漲，入海口壅塞，黃河在建義諸口決堤，往下灌注於興化、鹽城，水深二丈，村落全部被淹沒。
拖延了一年，才商議築堤堵塞。
動工不久，夏秋洪水發生，黃河、淮河奔流，興、鹽成為溝壑，而海潮又逆流衝擊，毀壞范公堤。
兵士百姓及經商的煮鹽的人家被淹死的不計其敷，年青力壯的流亡各地，乞討於江、儀、通、泰之間，盜賊成千成百的互相呼召聚集。
到崇禎六年，鹽城百姓徐瑞等陳說悲慘的狀況。
皇帝哀憐他們，命令懲治治理黃河的職官。
而這時，總河朱光祚正謀議開啟高堰三閘門。
籍貫淮、揚的在朝官員聯合上奏說：“建義諸決口沒有堵塞，民田全部被淹沒在水下。
三座閘門一旦被開啟，高、寶等城盪滌成為湖海，而漕運糧鹽賦稅都遭受其害。
高堰建置閘門開始於萬曆二十三年，不久就全被堵塞。
今高堰一天天毀壞，正應嘗趕快謀議進行修築，可以輕率地說疏浚嗎？”皇帝認為他們說得對，開閘之事就被停止。
又依從御史昊振纓的奏請，修築宿、寧上下西北的舊堤，以護衛歸仁。
七年二月，建義決口工程竣工，賜給督漕尚書楊一鵬、總河尚書劉榮嗣銀兩彩帛。
八年九月，劉榮嗣獲罪。
原先，劉榮嗣因駱馬湖運道演決淤塞，首創引流黃河的主張，從宿遷到徐州，另外開鑿新河，分流黃水注入其中，使漕運暢通。
總計工程二百餘里，耗費金錢五十萬。
然而，其所鑿邳州上下，全部是黃河故道，深一尺左右，其下完全是沙，挖掘成河，經過一夜泥沙沉下，河道低處又被填平，像這樣挖掘河道多次。
等到引來黃河水注入其中，水流急速，泥沙隨水而下，大都淤塞水淺不可以行船。
等到漕運船隻到來，而駱馬湖的潰決剛剛填平，行船之人都不願意經由新河。
劉榮嗣自己前去督促他們，想用軍法來約束。
有進入的船隻總是苦於淤塞水淺，運糧軍大都埋怨。
巡漕御史倪於義彈劾他欺騙誤工，南京給事中曹景參又嚴厲彈劾他，於是被逮捕問罪，因貪贓獲罪，父子都病死在獄中。
郎中胡理分工特多，也獲罪而死。
這以後，駱馬湖又潰決，船隻行駛於新河，沒有不思念劉榮嗣功勞的人。
正當這時，黃河水患一天天嚴重，而皇帝又用重法嚴懲下級官吏，李若星因為修築河堤疏浚河道不力而被免去官職，朱光祚因為建義蘇嘴二處決口而被逮捕拘囚。
六年之中，治河之臣換了多次。
給事中王家彥曾經直率地談論遇此事。
朱光祚也最終病死在獄中。
而接續劉榮嗣職位的周鼎治理洳河便利於漕運很有功績，在職五年，最終因為漕運船隻受阻礙而獲罪，採用原先決開黃河堤的舊例，被貶謫戍守南方姻瘴之地。
給事中沈胤培、刑部侍郎惠世揚、總河侍郎張國維各自上疏朝廷請求饒恕周鼎，才獲得赦免。
塞禎十五年，流賊包圍開封很久，守臣謀劃引來黃河水淹沒敵人。
賊寇探聽到了訊息，預先做了防備。
趁水漲之時，令其黨羽決開黃河淹沒開封城，百姓全都被淹死。
總河侍郎張國維剛剛奉詔赴京，將情況上奏。
山東巡撫王永吉上奏說：“黃河決堤於汴城，直達睢陽，往東南注於鄢陵、鹿邑，必然危害於亳、泅，侵犯祖陵，而邳、宿運河必然乾涸。”皇帝令總河侍郎黃希憲趕快前去護衛，黃希憲因為身居濟寧不能管轄汴地，請特別設定重臣督理。
命工部侍郎周堪賡督修汴河。
塞禎十六年二月，周堪賡上奏說：“黃河的決口有二：一為朱家寨，寬二里左右，居於黃河下游，水面寬闊而水勢平緩；一為馬家口，寬一里多，居於黃河上游，水勢洶猛，深不可測。
兩決口相距三十里，到了汴堤之外，合為一條水流，決為一大口，直衝汴城而去，而黃河故道則乾涸成為平地。
怒濤千頃，人力難以施行，必須大力疏浚舊渠，遠達數十里，分別減緩水勢，然後挖土運土才可施行。
但是，築堤挖河一齊施行，需要民工三萬。
河北發生旱災，兗州西面發生戰亂，竭力供給，不滿萬人，河南萬死一生的倖存者，不知道能否響應招募。
這不得不藉助撫鎮的軍隊。”於是敕令兵部迅速議決，又令周堪賡限期動工。
到四月，已堵塞朱家寨決口，修堤四百餘丈。
馬家口工程沒有完，河水忽然衝東岸，諸護堤之埽盡被沖走。
周堪賡奏請停止東岸工程而專力治理西岸。
皇帝令趕快竣工。
六月，周堪賡說：“馬家決口一百二十丈，兩岸都築堤四分之一，中間間隔七十餘丈，水深流急，難以施工，請等到霜降之後動工。”隨後又說：“五月伏水大漲，故道沙灘堵塞處沖刷加深數丈，黃河水流的大勢盡歸於束，運道已通暢，皇陵無憂。”奏章剛送上，決口再次潰決。
皇帝催促聚集民工，沒有等到取得成績而明朝滅亡。
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