申時行，字汝默，長洲人。嘉靖四十一年(1562)的進士第一。授職為修撰。歷任左庶子，負責翰林院的事務。
萬曆五年(1577)，由禮部右侍郎改任吏部職。當時申時行因為文采與書法而受張居正賞識，含蓄寬容不標新立異，張居正安撫他。六年三月，張居正準備回鄉安葬父親，奏請擴充內閣大臣，他便以左侍郎兼東閣大學士的身份入閣參與機要事務。此後，晉升為禮部尚書兼職文淵閣，升任少傅兼太子太傅、吏部尚書、建極殿學士。張居正攬權很久，操縱部下如同擰去溼水，異己之人全部驅除。等到張居正去世，張四維、申時行相繼執政，實行寬大政策。依次召收老練成熟之人，安排在各個職位，朝廷的議論大都稱讚此舉。然而，此時內閣的權勢很重，六卿大都依從內閣大臣的指向。諸位大臣由張四維、申時行起用，大臣們對他們的寬大之舉感到高興，大都與他們很友好。
張四維服喪回鄉，申時行任首輔。餘有丁、許國、王錫爵、王家屏先後同居衙門之中，彼此沒有猜疑。此前輿論被張居正控制，到此時才得舒緩。因為張居正一向親近申時行，人們不能不對他有所諷刺。申時行對外顯出胸懷博大，能夠容人，內心卻本不善良。皇帝雖然高興言官攻擊張居正的缺點，卻很厭惡別人評論時事，論事的人間或遭貶官。眾人因此都責備申時行，口語交相辱罵。諸位大臣又都袒護，申時行堵塞言官之口，言官更加憤怒，申時行因此損害了自己的威望。
萬曆十二年(1584)三月，御史張文熙曾諫言以前的內閣大臣的四件專橫恣意的事，奏請皇帝永遠將其禁革。申時行上奏爭辯稱“：張文熙稱部院的百官不應該設定考成簿，送交內閣監察、考核；吏部、兵部的解職授任，不應該一一由內閣裁決；督撫巡按辦事，不應該用密揭請教閣臣；內閣中的票擬，應該讓同官知道。閣臣不稱職應當罷黜，如果合併他們的職權將閣臣全部革職，這是因噎廢食。至於票擬，沒有不與同官商議的事。”皇帝也深信如此，廢棄張文熙的提議不用。御史丁此呂稱侍郎高啟愚用試題勸張居正即王位，皇帝御批奏疏後交給申時行看。申時行回答“：丁此呂用不明不白事構陷人以斬首之罪，恐怕讒言會接踵而來，這不是清明的王朝所應該有的。”尚書楊巍於是請求將丁此呂貶出京城，皇帝依從了楊巍的諫言。而給事御史王士性、李植等人交替上奏彈劾楊巍阿諛申時行，堵塞進諫之路。皇帝不久也後悔此事，下令罷免高啟愚，將丁此呂留用。申時行、楊巍請求離去。餘有丁、許國稱：“大臣是國體的維繫，現在因為眾議而留用丁此呂，恐怕不能安撫申時行、楊巍的心。”許國尤其不堪憤怒，特地上奏請求離去，並攻擊那些諫官。副都御史石星、侍郎陸光祖也因此勸諫。皇帝才聽從了楊巍的勸諫，將丁此呂貶出京都，安慰、挽留申時行、許國，而輿論群起攻擊許國。申時行奏請適當處罰議論的人，議論的人更加不滿。不久李植、江東之用大峪山壽宮的事件來動搖申時行未能取勝，被貶職，內閣大臣與言路一天天形同水火。
起初，御史魏允貞、郎中李三才因為科舉試場的事論及申時行的兒子申用懋，被貶官。給事中鄒元標彈劾並罷免了申時行的姻親徐學謨，申時行就借別的奏疏將他驅逐了。不久，他觀察眾情，稍稍提升了三個人的官職，三個人得以不被廢黜。世人因此稱頌申時行為長者。申時行想收買人心，罷除了張居正時所實行的考成法，一切從簡，也多次提出治政意見。曾經因為災變，極力諫稱科稅催促太急迫，徵派增加，刑獄繁多，開支侈靡等諸事的禍害。又曾經請求阻止撫按官員為支助工程亂罰款，請求減少織造的數額，催促向諸司轉發奏章。依照尚寶卿徐貞明的提議，請求在京都地區開闢水田。任用鄧子龍、劉彳廷平定隴川，推薦鄭洛為經略，催促順義王東歸，壓制葉夢熊的奏章以便消弭楊應龍的變亂。然而此時天下太平，上下坦然安逸，法紀逐漸鬆弛。申時行以遵循聖旨為要務，不能有大的建樹。皇帝每每到了講筵日期大都傳令免去。申時行奏請即使免去侍講仍應呈送講章。從此之後這就成為成例，於是講筵被永遠罷除。評事名隹於仁呈獻《酒色財氣四箴》。皇帝大為惱怒，召見申時行等人逐條分析，準備從嚴責罰。申時行請求皇帝不要向下散發他的奏章，而勸告名隹於仁自己辭職，名隹於仁由此倖免於懲罰。然而奏章留於宮中的做法由此開始。
萬曆十四年(1586)正月，光宗年滿五歲，而鄭貴妃得寵，生了皇三子常洵，頗有萌生爭奪嫡宗的心思。申時行率領同僚再三請求建立儲宮，皇帝不聽。朝廷大臣因為貴妃的緣故，大都指責宮闈之事，觸怒了皇帝，被嚴厲訓責。皇帝曾下詔讓臣下直言政事。郎官劉復初、李懋檜等人明顯觸犯了貴妃。申時行奏請皇帝頒佈詔書，指令各部曹的建議只議論本部門職權之內的事務，聽任長官選擇性地呈送，不能直接遞交皇帝。皇帝甚感高興，眾人大都責怪申時行。
申時行連續奏請建立儲宮。萬曆十八年(1590)，皇帝召見皇長子、皇三子，指令申時行等人到毓德宮覲見。申時行跪拜祝賀，請求皇帝趕緊決定大計。皇帝猶豫了很久，頒佈詔書稱：“我不喜歡激動、喧擾。近來諸位大臣的奏章一概被留在宮中，厭惡它們離間我父子。如果明年朝廷大臣不再輕慢滋擾，定當在後年冊立皇儲，否則就等皇長子十五歲時舉行冊封。”申時行於是就告誡朝廷大臣不要激發驚擾皇帝。
第二年八月，工部主事張有德奏請準備冊立儀式的禮節制度。皇帝惱怒，命令延期一年。而且內閣也呈送了奏疏。申時行剛好在度假，次輔許國將申時行的姓名列在第一位。申時行秘密上奏，稱：“我正在度假，起初不知道。冊立皇儲的事，皇帝的意思已經很明確。張有德不識大計，希望皇帝親自裁定，不要因為小臣的事而妨礙了大典。”因此，給事中羅大..彈劾申時行，稱他表面上附和群臣的提議，請求冊立皇儲，而暗地裡延緩此事與內宮交好。中書黃正賓又論說申時行陷害同官，巧妙地避開首犯的罪責。兩人都被罷黜官職。御史鄒德泳又上奏，申時行極力請求退職。詔令他乘驛車回鄉。他回鄉三年，光宗才出宮接受講學，他回鄉十年光宗才被立為皇太子。
萬曆四十年(1614)，申時行八十歲，皇帝派遣行人問候。詔書傳到他家門前他就去世了。先因為平定雲南嶽鳳，加封少師兼太子太師、中極殿大學士，令贈封他為太師，諡號文定。
王錫爵，字元馭，太倉人。嘉靖四十一年(1562)，在京師會試中獲第一名，廷試又得第二名，授職為編修。逐漸官至國子監祭酒。
萬曆五年(1577)，以詹事身份負責翰林院。張居正服喪期限未滿，即出仕為官，準備對吳中行、趙用賢等人施以廷杖。王錫爵邀集同館的十多人到張居正處請求寬免，張居正徑直入內而不理他。吳中行等人既已受到杖罰，王錫爵扶著他們大哭。第二年他晉升禮部右侍郎。張居正才回鄉處理喪葬，九卿急忙請求召他回京，唯獨王錫爵不簽名。不久，他請求探親而離職。張居正因為王錫爵揭露自己的短處，更加懷恨他，王錫爵因此不出任官職。
萬曆二十年(1584)冬季，在家中被任命為禮部尚書兼文淵閣大學士，參與機要事務。返回朝廷，他奏請禁止諂諛、抑制鑽營角逐、戒除虛浮、節制侈靡、鼓勵議政風氣、精簡工作。皇帝都加以褒揚、接納。
起初，李植、江東之與大臣申時行、楊巍等人產生矛盾，因為王錫爵負有重望，並且與張居正不和，就極力推舉他。等到王錫爵入朝，與申時行結合，他們反而上奏極力排斥李植等人，於是李植等人全部離去。當時申時行任首輔、許國任次輔，三個人都是南畿人，而王錫爵與申時行同時在會試中舉，並且在同一郡，在內閣中相處很好。因為申時行性格柔和，而王錫爵性格剛直氣盛。萬曆十六年(1588)，他的兒子王衡考取順天試的第一名，郎官高桂、饒伸議論此事。王錫爵接連上奏辯駁，話語過於憤恨，饒伸被投入詔獄並從官籍除名，高桂被貶責到邊疆。御史喬璧星奏請皇帝告誡王錫爵，務必擴充套件他的氣量，成為美善有涵養的大臣，王錫爵上奏辯解。因此逐漸與朝廷議論牴觸。
當時群臣奏請建立皇儲的人很多，皇帝都不聽。萬曆十八年(1590)，王錫爵奏請預先教導太子，錄用言官姜應麟等人，並請求寬恕以前的巡撫李材，沒有答覆。曾經因為旱災，自己陳奏請求罷免官職。皇帝下詔好言挽留。火落赤、真相侵犯西部邊疆，議論的人爭相請求出動軍隊，王錫爵主張和平解決，與申時行的意見相合。不久，他與同列爭請冊立皇儲也不成，他關門閉戶請求回鄉。不久因為母親年邁，接連奏請回鄉探親。於是皇帝賜給他路費，派遣官員護送。回鄉兩年，申時行、許國和王家屏相繼離開職位，有詔書催促、召見王錫爵。萬曆二十一年正月，他返回朝廷，是成為首輔。
在此之前有聖旨，這年春季舉行冊立皇儲的大典，告誡朝廷大臣不要輕慢地陳請。朝廷大臣鑑於張有德事件，都表現出沉默。等到此，王錫爵秘密奏請皇帝決定大計。皇帝派遣內侍將親手寫的詔書向王錫爵出示，想等待嫡系的兒子，命令將長子和兩個次子暫且一起分封為王。王錫爵懼怕有失皇上的旨意，立即奉詔草擬諭旨。但是他對外又顧慮公眾的輿論，於是勸諫：“漢明帝的馬後、唐明皇的王后、宋真宗的劉後都撫養諸位妃子的兒子為自己的兒子，請皇帝指令皇后撫育長子，則長子就是嫡系兒子，而且生母不必尊崇位號以致壓制了皇貴妃。”也擬諭旨呈送宮中。同列趙志皋、張位都沒預先聽說。皇帝竟然將前面的諭告下達給了禮官，下令馬上準備禮儀。因此整個朝廷譁然。給事中史孟麟，禮部尚書羅萬化等人，集體到王錫爵的府第力爭。朝廷大臣和勸諫的人，奏章每天幾次呈上。王錫爵與趙志皋、張位一起極力奏請皇帝追回先前的詔書，皇帝不依從。不久，勸諫的人更多，而且嶽元聲、顧允成、鍾納陛、陳泰來、于孔兼、李啟美、曾鳳儀、鍾化民、項德禎等人將王錫爵攔在朝房裡，當面與他爭辯此事。李騰芳也上書王錫爵。王錫爵奏請在朝廷商議，皇帝不同意。他奏請當面陳述，沒有答覆。於是他自己彈劾自己的多項失誤，請求接受罷免官職的責罰。皇帝迫於公眾的輿論，追回並擱置了先前的命令，下令稍候二、三年再商議施行冊立的事。王錫爵立即奏請皇帝迅速決定，並說“：過去嫡長子剛出生，已經頒佈詔書大赦，詔書稱‘祗承宗社’，明顯地是像皇太子般待他。現在又疑惑什麼而不決定呢？”沒有答覆。
七月，彗星出現了，有詔令修行、反省。王錫爵便奏請皇帝召見大臣。又勸諫說“：彗星漸漸接近紫微星座，皇帝應慎重起居的時節，對左右放寬刑罰，不要嗜慾以防疾病，散發錢糧以廣佈皇恩。”過了一個月，他又勸諫說：“彗星已進入紫微星座，不是僅僅靠用人行政能夠消弭的，只有建立皇儲這一件事可以消除災禍。天王的星象稱帝星，太子的星象稱前星。現在前星已經閃耀而皇帝不早做決定，所以招致此災禍。如果迅速冊立皇太子，天象之變就自然消弭。”皇帝都答覆知道了，仍堅持等待春季之期的觀點。王錫爵的復奏又極力勸諫，並接連上奏懇請。
十一月，皇太后的生辰，皇帝駕御宮門接受朝賀完畢，單獨召王錫爵到暖閣，慰勞他說：“卿扶持母親來京都，的確是忠孝兩全。”王錫爵叩頭答謝，趁此極力奏請皇帝早日確定國家的根本。皇帝問：“皇后有了兒子，怎麼辦？”他答覆：“這種說法在十年前尚可以，現在嫡長子已經十三歲，尚等待什麼？況且從古至今，難道有子弟十三歲了還不讀書的事？”皇帝頗為感動。王錫爵於是奏請皇帝多召見大臣面敘，保護聖體。退出後又上奏極力請求，並且勸諫：“外廷認為貴妃利用皇帝的寵愛而居心叵測，這種歸罪皇貴妃的說法恐怕令鄭氏全族不得安心。希望陛下深思。”皇帝得到奏疏，更加動心，手書詔令告諭王錫爵：“卿每次上奏都提及皇貴妃，為什麼？他們屢次勸告我，我知道祖訓，后妃不得參與宮外事，怎麼敢就依從？”王錫爵上奏稱：“現在與皇長子相伴的人，只有皇貴妃的兒子，天下人不懷疑皇貴妃而懷疑誰呢？皇貴妃不引以自責而責備誰？祖訓不參與宮外事，是不參與外廷的用人行政之事。就像冊立，是陛下的家事，而皇三子又是皇貴妃的親兒子，陛下該不會與皇貴妃謀劃吧？而且皇貴妃長期侍奉聖體，至親愛賢惠，外廷議論紛紛，沒有不歸怨她的，我不忍心聽說。我一個六十歲的老人，極力辯駁天下人之口，歸功於皇貴妃，陛下尚且有疑慮。然而必定像眾少年盛氣攻擊皇貴妃，而陛下反倒心情愉快嗎？”奏疏呈入，皇帝點頭稱是。趙志皋、張位也極力請求。過了幾天，於是有了皇子出閣學習的命令。而且皇帝下令廣購珠玉珍寶，供作出閣禮儀之物，計值為三十多萬兩。戶部尚書楊俊民等人拿先制進行爭辯，給事中王德完等人又極力勸諫。皇帝就親手寫詔書告諭王錫爵，想改變時間。王錫爵婉言奏請，才沒有真的改期。第二年二月，皇子出閣的禮儀完成，一切都如同東宮的禮儀，朝廷內外為此感到安慰。
王錫爵在內閣的時候，曾經請求罷除江南的織造，停止江西的陶器貢奉，減少雲南的貢金，撥出內府的錢財賑濟河南的饑荒。皇帝都沒有反對，寵愛之情超過前後的諸位輔臣。他營救李沂，極力爭辯不應該施行廷杖，尤其受世人稱道。只因為阿諛二王並封之旨意被眾人議論。不久，郎中趙南星遭貶斥，侍郎趙用賢放逐回鄉，上疏救助的人都遭譴責或貶職，眾人都認為是王錫爵所為。雖然他接連上奏自我表白並援救眾人，人們最終不能諒解他。於是王錫爵屢次上奏稱病請求退休。皇帝不想他離去，為他撥出內庫的錢修建齋戒之所，禱祈他痊癒。王錫爵極力推辭，八次上奏皇帝才同意。先已累次加封太子太保，至此命令他改任吏部尚書，進入建極殿，賞賜他路費，乘坐驛車，由行人護送回鄉。回鄉七年，冊立太子，皇帝派遣官員帶著敕令向他問候，賞賜他銀幣、羊、酒。
萬曆三十五年(1607)，朝廷推舉內閣大臣。皇帝已經任用了于慎行、葉向高、李廷機，還想念王錫爵，特意加封他為少保，派遣官員去召喚他。他多次推辭，皇帝不同意。當時，言官鋒芒正盛，王錫爵秘密上奏竭立詆譭，其中有“皇上對奏章一概留在宮中，特別鄙夷它們，稱之為禽鳥的聲音”等話語。言官聽說這些後大為憤恨。給事中毅然最先彈劾他，同官胡嘉棟等人也議論不已。王錫爵也自己關門自養，最終推辭而不赴京。又過了三年，他在家中去世，享年七十七歲。贈封為太保，諡號文肅。
沈一貫，字肩吾，鄞人。隆慶二年(1568)的進士。選任庶吉士，授職為檢討，擔當日講官。進宮講授高宗喪事時，他拱手稱：“託孤寄命，必須是忠貞無二心的大臣，才可以使百官以自己為總領，聽從吩咐。倘若不是這種人，不如親自聽政攬事才是孝呀。”張居正以為他是諷刺自己，很惱恨沈一貫。張居正去世後，他才任左中允。歷任吏部左侍郎兼詩讀學士，加封為太子賓客。請假回到家鄉。
萬曆二十二年(1594)，他出任南京禮部尚書，又受召見並任命為正史的副總裁，協助負責詹事府，他沒有到任。王錫爵、趙志皋、張位同處內閣，又有聖旨要求推舉內閣大臣。吏部推舉舊輔臣王家屏以及沈一貫等七個人。而皇帝正惱怒王家屏，就責備了尚書陳有年。陳有年稱病離去。沈一貫在家居住很久，向來就有清正的聲望，內閣大臣又極力推薦他。於是詔令他任尚書兼東閣大學士，與陳於陛一道進入內閣，參與機要事務，皇帝指令行人到他家中請他。遇上朝廷議論允許日本受封並朝貢。沈一貫顧慮貢道由寧波闢出，成為鄉郡的禍患，極力陳述它的危害，朝貢的議論才終止。不久，王錫爵離去，陳於陛位居第三，每每執意孤行。沈一貫性情柔和而城府很深，與趙志皋等共事很謹慎。此後，陳於陛死於任上，趙志皋病癱了很久，正在休假，張位因為推薦楊鎬和《憂危..議》的事情獲罪離去，沈一貫與張位曾經私下致函楊鎬，被贊畫主事丁應泰彈劾。張位上奏爭辯激怒了皇帝而遭罷免，沈一貫只是引咎自責，皇帝於是撫慰，挽留他。
當時皇儲沒有確定，朝廷大臣爭執了十多年也沒有決定。皇長子十八歲時，奏請進行冊立、加冠、完婚的提議更急迫。皇帝責令戶部提供二千四百萬兩白銀，作為冊立、分封等典禮的費用，以此使戶部為難。沈一貫再次上奏爭辯，皇帝不聽。萬曆二十八年(1600)，皇帝命令營造慈慶宮給予皇長子居住。竣工時，告諭沈一貫草擬敕令昭示於禮官，呈交冊立、加冠、完婚以及諸王受封的禮儀。敕令呈入宮中，皇帝又留住而不下達。沈一貫上奏催促，皇帝卻說：“我因為小臣謝廷氵贊乘機邀功，所以暫停。等到皇長子遷移住處後再施行。”最終沒有舉行。第二年，貴妃的弟弟鄭國泰迫於眾人輿論請求冊立、加冠、完婚同時進行。沈一貫於是再次草擬敕令請求皇帝下達給禮官准備禮儀，沒有答覆。朝廷的議論中有想先行加冠、完婚，後冊立的提議，沈一貫不同意，說：“沒有正名，就苟且成事，這是將儲君降為諸王。”遇上皇帝又頗為不省悟，下令當天就舉行。九月十八日夜晚二更的時候，頒佈詔書。最後皇帝又後悔，命令更改時間。沈一貫封好詔書將它還給皇帝，說：“我萬死不敢奉詔。”皇帝這才沒有中止冊立之事。十月十五日，完成了冊立的禮儀，當時的輿論很稱道他。遇上趙志皋在九月去世，於是沈一貫屢次奏請增添內閣大臣。等到此時才選拔任用沈鯉、朱賡入閣，而事情都取決於沈一貫。不久，晉升為太子太保、戶部尚書、武英殿大學士。
自從沈一貫進入內閣，朝政已經大為不同。數年之間，礦稅使四出成為百姓的禍害。他們誣陷、彈劾而逮捕、囚禁的人，都滯留在獄中。吏部奏疏請求起用因為勸諫而被廢黜的各位大臣，同時考選科道官，皇帝長久壓抑奏章而不下達，朝廷內外大都觀望內閣大臣。沈一貫等人多次勸諫，皇帝都不省悟。而且皇帝長期不上朝廷，內閣大臣屢次奏請，都沒有答覆。沈一貫初輔政，面謝皇恩，只見了皇帝一次。東征與平定楊應龍，皇帝再次御臨午門樓受理俘獲。沈一貫奏請陪同、侍候，賜予他面陳的機會，皇帝都不同意。皇上臣下間的隔膜很大，沈一貫雖然小有救助，但大都是在皇帝和群臣之間調和，因此他的聲望逐漸減弱。
到了萬曆三十年(1602)二月，皇太子剛完成婚禮，皇帝忽然患病。急忙將諸位大臣召至仁德門，不久，唯獨命令沈一貫到啟祥宮後殿的西暖閣。皇后、貴妃因病不在皇帝身邊侍候，皇太后面對南方站立而稍處皇帝之後，皇帝稍稍靠右，穿戴整齊地席地而坐，也面向南方，太子、諸王跪在跟前。沈一貫叩頭後起身、坐定，皇帝說“：先生請上前。我的病一天天嚴重，在位已經很久，沒有遺憾。佳兒和佳婦託付給先生，希望輔佐他成為賢君。礦稅的事，我因為宮殿的工程沒有完成，暫時收取它，現在可以與江南的織造、江西的陶器一起停止不再進行，所派遣的太監都下令返回京都。法司釋放長期關押的囚犯，勸諫而被治罪的諸位大臣都恢復官職，給事中、御史都按所奏請的補充、任用。我只見先生這一次了。”說完就臥倒了。沈一貫哭泣，太后、太子、諸王都哭泣。沈一貫又奏請：“現在尚書多人請求離去，請皇帝決定去留。”皇帝留下了戶部的陳蕖、兵部的田樂，而因祖陵的要道沖決，削奪了工部楊一魁的官籍。沈一貫再次叩首，出宮擬旨呈進。當晚，內閣大臣和九卿都在朝房中值夜班。半夜三更，宮中使者捧來告諭，都如皇帝對沈一貫所說的話。諸位大臣都很高興。
第二天，皇帝的病好了，後悔此事。宮中使者二十多人到內閣中取先前的告諭，稱礦稅不可以罷除，釋放囚犯，錄用正直的大臣都聽您裁決。”沈一貫想不還聖諭，宦官就叩頭，幾乎流血，沈一貫惶恐就交納了聖諭。當時吏部尚書李戴、左都御史溫純希望馬上奉行，頒詔告知天下，刑部尚書蕭大亨則稱釋放囚犯必須再次奏請。不久，事情變化，太僕卿南企中彈劾李戴、蕭大亨不迅速遵奉皇帝的聖諭，啟用廢黜的官吏，釋放囚犯。皇帝惱怒，將兩件事都壓制不再施行。當皇帝想追回成命時，司禮太監田義極力爭辯。田義勸諫更加急切，而宮中使者已經拿著沈一貫所繳納的先前的聖諭回來了。後來田義見到沈一貫就唾棄地說“：你稍稍堅持一下，礦稅就撤除了，膽怯什麼！”從此大臣、言官上奏請求罷免礦稅使的人每天都有，皇帝皆不再聽從礦稅的禍害，於是橫行神宗一世。
皇帝自從病好了之後，政治更加廢弛。稅監王朝、梁永、高淮等人橫徵暴斂，許多奸詐的人乘機肆虐老百姓。沈一貫與沈鯉、朱賡共同撰寫奏章加以諷諫，又曾經就事屢次爭辯，並且陳述用人與行政等事，皇帝不理。皇帝待沈一貫很好，曾經特別賜予敕令褒獎他。沈一貫一向顧忌沈鯉，沈鯉也自以為講筵而受皇帝寵愛，不是由沈一貫引薦，不甘居其下，二人漸漸不和。禮部侍郎郭正域以文章的氣節著稱，沈鯉很器重他。都御史溫純、吏部侍郎楊時喬都以清廉自持相標榜，沈一貫不喜歡他們。遇上郭正域提議剝奪呂本的諡號，沈一貫、朱賡與呂本是同鄉，壓制了他的提議。從此他更加厭惡郭正域以及沈鯉、溫純、楊時喬等人，而黨論逐漸興起。浙江人與公眾議論相違逆，由沈一貫開始。
萬曆三十一年(1603)，楚府的鎮國將軍華責力攻擊楚王華奎是假王。沈一貫收受了楚王的大量賄賂，指令通政司將此奏疏阻滯了一個多月，先呈進華奎彈劾華責力的四條欺騙的罪狀。郭正域是楚人，很聽說了一些有關假王之事的傳聞，奏請皇帝勘探虛實以便審定罪案。沈一貫壓制此事。郭正域將楚王行賄的事奏疏給皇帝，皇帝不理。等到撫按臣一起核查以及朝廷大臣們將議論集中奏報皇帝時，沈一貫又極力袒護楚王，唆使給事中錢夢皋、楊應文彈劾郭正域，勒令他回鄉聽候勘查；華責力等人都被治罪。郭正域登船尚未起航，而“妖書”的事情發生。沈一貫正懷恨郭正域與沈鯉，他的黨羽康丕揚，錢夢皋等人逮捕了僧侶達觀、醫師沈令譽等人，投入監獄，竭力整治他們。沈一貫坐中主持，指令錦衣帥王之禎與康丕揚將沈鯉的私宅大搜了三天，派兵圍困了郭正域的船，搜掠他的婢女、僕從、乳母，都沒有獲取他所要的證據。於是將白敫生光結案。兩件事在郭正域與楚王傳中都有記載。
開始，都御史溫純彈劾御史於永清和給事中姚文尉，話語稍稍涉及沈一貫。給事中鍾兆鬥替沈一貫疏論溫純，御史湯兆京又彈劾鍾兆鬥而認為溫純行為正直。溫純十七次上奏請求離去，沈一貫佯裝竭力挽留溫純。到了乙巳年(1605)，對京城和朝廷的官員全面考察。溫純與楊時喬主持此事，錢夢皋、鍾兆鬥都在罷黜之列。沈一貫惱怒，上奏皇帝，將京察的奏疏留在宮中。此後很久，便將被察處的給事，御史全部留用，並同意溫純結束仕途而離去。因此，主事劉元珍、龐時雍，南京御史朱吾弼極力爭辯，稱統計二百多年的典制，沒有特加挽留的人。當時南京考察的奏疏也留在宮中，後來迫於眾議才下發。沈一貫從此不被公論所看重，彈劾一天天增多，於是他稱病不出門。
萬曆三十四年(1606)七月，給事中陳嘉訓、御史孫居相又接連彈劾他奸詐、貪婪。沈一貫惱恨，更加請求離去。皇帝替他罷免了陳嘉訓，剝奪了孫居相的俸祿，同意沈一貫回鄉，沈鯉也同時被罷免。而唯獨沈一貫得到溫和的御旨，雖然朱賡袒護他，疏論者更加攻擊他有內援。
沈一貫進入內閣，由王錫爵、趙志皋舉薦。輔政十三年，當政四年，與清流議論相沖突，喜歡相同的意見，厭惡不同的。宗親、妖書、京察等三件事偏偏冒犯了天下大不韙之事，疏論者以為不齒，即使他的黨羽也因此受株連。沈一貫回鄉，諫言諸官仍追著彈劾不止，他的鄉里人也多受到世人的詆譭。沈一貫在位時，加封為少傅兼太子太傅、吏部尚書、建極殿大學士。在家居住十年後去世。贈封太傅，諡號文恭。
方從哲，字中涵，他的先祖是山東德清人。戶籍隸屬錦衣衛，家住京城。方從哲考取萬曆十一年(1583)的進士，授任庶吉士，多次遷官後升任國子監祭酒。請假在家休養，長期不出任官職，當時人們頗為稱道他恬靜雅正。大學士葉向高奏請任用他為禮部右侍郎，沒有答覆。御旨起用他任吏部左侍郎。被給事中李成名彈劾，請求罷職，皇帝不同意。
萬曆四十一年(1613)，任命為禮部尚書兼東閣大學士，與吳道南一起受命。當時吳道南尚在官籍，葉向高任首輔，政事大多由葉向高裁決。葉向高離開京都，方從哲便獨自為相。奏請召回舊輔臣沈鯉，皇帝不同意。御史錢春彈劾他逢迎取悅皇上，方從哲請求罷職。皇帝下詔好言撫慰，挽留。不久，吳道南到來。遇上張差遭梃擊的事件發生，刑部以瘋癲為名將他藏匿在監獄中。王之肕搜取了情況，龐保、劉成等人的馬腳開始顯露。方從哲與吳道南斥責王之肕言語荒謬，皇帝採納了他們的意見。吳道南遭輿論的詆譭，多次請求辭職，後來因母親的喪事而回鄉。方從哲又單獨任宰相，馬上上奏請求推舉、補充內閣大臣。從此之後每月必定奏請。皇帝認為一個人足以勝任，終究沒有增添內閣大臣。
方從哲的性格柔弱、懦腐，不能勝任大事。當時東宮長期停止講授，瑞王的婚禮過期，惠王、桂王沒有選擇配偶，福府的莊田派宦官督促賦稅，又提議下令賣鹽，御旨指令呂貴監督織造，駙馬王籨因為救助劉光復被剝奪冠帶，山東興起盜賊，多次出現災變，言官翟鳳罛、郭尚賓因為直言勸諫貶職，皇帝派宦官傳令工部侍郎林如楚修繕鹹安宮，宣府數月缺糧餉，方從哲都上奏極力勸諫，皇帝大都不聽。而方從哲有內援，為名譽而爭辯罷了，實際準備順從皇帝的意志，沒有匡正什麼。
葉向高執政時，黨論鼎沸。言官與吏部相交結，指責清流派為東林黨，於是將他們全部驅逐。等到方從哲執政，言官中已經沒有正直之人，黨論漸漸平息。丁巳年(1616)的京察，將東林黨人全部貶斥，並波及隱居之人。齊楚浙三黨鼎立，著力搏擊清流派。齊人亓詩教，是方從哲的門生，勢力尤為囂張。
方從哲親暱群小，而皇帝懈怠，荒疏也更加厲害。京郊、山東、山西、河南、江西以及大江南北相繼報告災變，奏疏都沒下發。舊制，給事中五十多人，御史一百多人。此時，六科只有四個人，而五科的官印沒有歸屬；十三道只有五個人，一人負責幾職。在京城之外，巡撫一律不能代理。六部堂的上級高員僅四、五人，都御史數年空缺，督撫監司也多次空缺，沒有補充。文武大選、急選官以及四方的教職，累計數千人，因為吏、兵兩科缺掌印人而不籤憑證，長期滯留京都，時常攀附內閣的公車哀怨、訴說。詔獄的囚犯，因為沒有人負責刑部，不做判決遣送，家屬聚集在長安門號哭。職司各業全部廢弛，上下級分離，脫節。
萬曆四十六年(1618)四月，大清的軍隊攻克撫順，朝野震驚。皇帝起初很憂慮、懼怕，時時下達文書，不出幾個月就像原來一樣遲緩。方從哲的兒子方世鴻殺了人，巡城御史彈劾他。方從哲請求罷職，皇帝不同意。長星出現在東南方，長二丈，寬一尺多，過了十九天才消失。當天，京城發生地震。方從哲上奏稱“：妖象與怪徵兆，層出迭見，除了我盡職，痛心修身、反省之外，希望陛下大振天綱，使天下更新。”朝廷人紛紛地譏笑他。皇帝也不做反省。御史熊化因為時事多艱、輔佐無效而彈劾方從哲，請求依災變的方策罷免他。方從哲懇求罷免自己的官職，堅持在家躺臥四十多天，內閣空虛無人。皇帝再三撫慰、挽留，他才起身處置事務。
第二年二月，楊鎬分四路出兵，兵科給事中趙興邦用紅旗督戰，官軍大敗。禮部主事夏嘉遇稱遼地事情的嚴重，由趙興邦與方從哲庇護李維翰所造成的，兩次上奏彈劾他們。方從哲請求罷職，不敢進入內閣，在朝房處理政務。皇帝下優詔懇留，才如常上班，而且反而提升趙興邦為太常少卿。不久，大清的軍隊接連攻克開原、鐵嶺。朝廷大臣在文華門跪拜上奏，請求立即批示、發放奏章，又在思善門等候聖旨，都沒有答覆。於是，方從哲在仁德門叩首，跪著等候皇帝的答覆，皇帝始終沒有答覆。不久，奏請皇帝出宮，駕臨文華殿，召見群臣，當面商議戰守的策略，也沒有答覆。他十次上奏請求補充內閣大臣，心情極度悲哀，皇帝才命令朝廷大臣推舉。等到推舉給皇上，又不任用。方從哲又接連奏請，才選用史繼偕、沈紘，奏疏仍然留在宮中，終萬曆皇帝之世沒有下達。御史張新詔彈劾方從哲的諸封奏疏，歸罪於君王，誑言騙人，祖宗二百多年的基業毀壞在方從哲的手中。御史蕭毅中、列蔚、周方鑑、楊春茂、王尊德、左光斗，山西的參政徐如翰也相繼上奏攻擊他。方從哲接連上奏表白自己，並請求罷免官職。皇帝都沒有理會。自從劉光復被投入監獄，方從哲數十次上奏相救。皇帝特例釋放他為平民，而用人與行政的諸件奏章始終沒有下發。皇帝患病幾個月。遇上皇后逝世，方從哲剛剛哭完，就奏請到皇帝龍床前侍候。皇帝在弘德殿召見他，他跪著訴說了很久，於是奏請補充內閣大臣，任用大臣，下發諫書、命令。皇帝同意了，他才叩頭出門。皇帝一向厭惡言官。在此之前的考選後任職、授命的人，都要候職二、三年。等到這時候，等待再次任職的人則要四年。方從哲幾十次上奏想請求任命這些人最終沒有下發。皇帝自認為天下平安，官吏不必完備，有意減少他們。等到遼左的兵事興起，又不想矯正以前的過失，照舊施行。方從哲單獨執政，最終沒有什麼匡扶、救助。又任用姚宗文到了遼東察看，將經略熊廷弼傾軋離去，於是丟失了遼陽。論事者稱明朝的滅亡，實際上由神宗釀成，而方從哲是罪魁禍首。
萬曆四十八年(1620)七月二十九日，皇帝不舒適，十七天後漸漸加重。外廷憂慮，方從哲與九卿臺諫到思善門問安。過了兩天，皇帝召見方從哲和尚書周嘉謨、李汝華、黃嘉善、黃克纘等人接受遺命。又過了兩天，皇帝才逝世。
八月二十八日，光宗繼位。鄭貴妃因為以前福王的緣故，怕皇帝懷恨她，呈送珠玉以及八名侍姬利誘皇帝。所選送的侍姬李氏最受皇帝寵愛，於是貴妃請求立選侍為皇后，選侍也替貴妃請求冊封太后。皇帝已經在乙卯(九月六日)患病，丁巳(九月八日)病重，命令方從哲冊封貴妃為皇太后，方從哲趕緊命令禮部。侍郎孫如遊極力爭辯，此事才終止。辛酉(九月十二日)，皇帝不朝見，方從哲與朝廷大臣到宮門前問安。當時京城紛紛傳說宦官崔文升進呈洩藥，皇帝因此萎靡，而且皇帝的聖諭中有“頭目眩暈，身體軟弱，不能動腳”的話，眾人的情緒更加疑惑、驚駭。給事中楊漣彈劾崔文升並波及方從哲。刑部主事孫朝肅、徐儀世，御史鄭宗周一起呈書方從哲，請求保護聖體，迅速建立皇儲。方從哲向皇帝問安，於是勸諫皇帝慎重吃藥。皇帝褒揚並答應了他。戊辰(九月十九日)，新任內閣大臣劉一火景、韓火廣上任，皇帝的病情已經很危險。辛未(九月二十日)，皇帝召喚方從哲、劉一火景、韓火廣，英國公張惟賢，吏部尚書周嘉謨，戶部尚書李汝華，禮部侍郎署理部中事務的孫如遊，刑部尚書黃克纘，左都御史張問達，給事中範濟世、楊漣，御史顧忄造等人到乾清宮。皇帝駕御東暖閣靠著茶几，皇長子、皇五子等人都侍從在旁。皇帝命令諸位大臣上前，方從哲等人便奏請皇帝慎重就醫、服藥。皇帝說“：十多天沒有吃了。”於是下諭冊封選侍為皇貴妃。甲戌(九月二十五日)，又召見諸位大臣，告諭冊封的事。方從哲等人奏請迅速冊立皇儲。皇帝看著皇長子說：“你們輔佐他成為堯、舜。”又談及壽宮，方從哲等人以先帝的山陵作答。皇帝指著自己說：“我的壽宮。”諸位大臣都哭泣了。皇帝又問“：有位鴻臚官敬呈藥物，他在哪裡？”方從哲回答“：鴻臚寺丞李可灼自稱有仙方，我們不敢相信。”皇帝命令召李可灼來，催促他調配藥物奉獻給皇帝，即所謂的紅丸。皇帝服完一再稱他為“忠臣”。諸位大臣退出恭候在宮門外。宦官傳告皇上身體平安。將近下午三至五時，李可灼出來，稱又呈送了一粒紅丸。方從哲等人詢問狀況，他回答：“像先前一樣平安。”第二天即九月二十六日卯時(上午五至七時)，皇帝逝世。朝廷內外都恨李可灼，而方從哲擬遺旨卻賞賜李可灼銀幣。當時李選侍居住在乾清宮，群臣進去哭訴，諸宦官緊閉宮門不允許進去。劉一火景、楊漣極力譏諷他們，才得以依禮面對皇帝哭泣，擁著皇長子出來，住進慈慶宮。方從哲只是周旋而已。
起初，鄭貴妃住在乾清宮侍候神宗的病體，光宗登基後她仍然沒有遷移。尚書周嘉謨責備貴妃的從子鄭養性，於是她遷居慈寧宮。等到光宗逝世，而李選侍住在乾清宮。給事中楊漣和御史左光斗思慮選侍曾經要求冊封為後，不可以讓她居住乾清宮，以防衝撞了皇帝的囑託。因此商議遷移宮殿，爭辯幾天不能決定。方從哲想慢慢處理。新皇帝登基的前一天，劉一火景、韓火廣邀約方從哲到宮門奏請，選侍才移居噦鸞宮。第二天庚辰，熹宗登基。
在此之前，御史王安舜彈劾方從哲輕率地推薦瘋癲的醫生，又獎賞他以掩飾自己。方從哲草擬太子的指令，罰李可灼一年的俸祿。御史鄭宗周彈劾崔文升的罪行，請交給法司，方從哲擬令由司禮察處。等到御史郭如楚、馮三元、焦源溥，給事中魏應嘉，太常卿曹王光，光祿少卿高攀龍，主事呂維祺，先後上奏說“：李可灼的罪行誅之難洩其憤，方從哲卻庇護他，國法何在？”而且給事中惠世揚徑直檢舉方從哲的十條罪狀、三條可殺的理由。上奏稱：“方從哲獨任七年宰相，妨礙賢良禍害國家，為第一條罪狀。驕橫愚鈍，沒有禮節，在皇帝去世處理事務時出現失誤，為第二條罪狀。在太子宮中發生梃擊案，庇護奸黨，為第三條罪狀。隨心所欲，破壞皇帝的詔書，為第四條罪狀，縱容兒子殺人，蔑視法令、典章，為第五條罪狀。阻撓、抑制言官，堵塞皇帝的耳目，為第六罪狀。丟失城池違反法令，寬縱撫臣，為第七條罪狀。馬上督戰，全軍覆沒，為第八條罪狀。徇私騙上，使輔臣蒙羞，為第九條罪狀。代徵專賣稅，侵蝕國家，殃及百姓，為第十條罪狀。貴妃請求封為皇后，舉朝極力爭辯，方從哲模稜兩可，為第一件該殺的事。李選侍是鄭氏親近的人，凌辱聖母，致使聖母飲恨而死。方從哲接受了劉遜、李進忠所盜取的美珠，想封選侍為貴妃，又聽任她長期居住乾清宮，為第二件該殺的事。崔文升用洩藥傷害先帝的身體，諸位大臣議論此事，方從哲想逃脫罪責，李可灼奉獻毒藥，方從哲還擬作賞賜，為第三件該殺的事。”奏疏呈入，皇帝責備惠世揚輕率地詆譭人。方從哲多次請求離去，皇帝都撫慰挽留。不久，張潑、袁化中、王允成等人接連彈劾他，皇帝仍不聽。當年冬天，給事中程注又彈劾他，皇帝仍不聽。方從哲極力請求離去，六次上奏，皇帝任命他為中極殿大學士，賞賜銀幣、蟒衣，派遣行人護送他回鄉。
天啟二年(1622)四月，禮部尚書孫慎行追究李可灼奉獻紅丸的事，斥責方從哲為謀害君王的逆賊。詔令朝廷大臣商議。都御史鄒元標贊同孫慎行的奏疏。方從哲上奏辯解，自己請求削奪官階，發配到邊遠的地方，皇帝下諭安慰他。給事中魏大中因為九卿的提議長期拖延，上奏催促。朝廷大臣大都贊同孫慎行給方從哲定的罪名，只有刑部尚書黃克纘，御史王志道、徐景濂，給事中汪慶百般偏袒方從哲，而詹事公鼐持中立態度。當時大學士韓火廣陳述呈送藥的前後經過，替方從哲解脫。因此吏部尚書張問達與戶部尚書汪應蛟聯合上奏稱：“呈送藥的前後經過，我們一起耳聞目睹。輔臣探視皇帝的病，情形急迫、倉促，怎麼忍心說‘弒逆’二字？但是李可灼不是醫官，而且也不是知脈懂醫道的人。用藥做嘗試，先帝就去世了。方從哲與我們九卿未能制止，都有罪，反而賞賜李可灼。等到御史王安舜上奏，只令他以養病而離去，處罰太輕，怎麼告慰先帝，讓朝廷內外心服。應該像方從哲的請求，削奪他的官階，依法追究。至於李可灼的罪行不勝誅殺，而崔文升在先帝不幸感染傷寒的時候，呈送大黃涼藥，罪行又在李可灼之上，依法都應該處決示眾，以洩公憤。”奏議呈上，李可灼被遣送去戍邊，崔文升貶至南京，而方從哲沒有治罪。不久，孫慎行稱病離去。天啟五年(1625)魏忠順輯錄“梃擊”、“紅丸”、“移宮”三件事編成《三朝要典》以傾軋正直的人，於是免去了李可灼的戍邊之罰，任命崔文升督導漕運。他的黨羽徐大化請求啟用方從哲，方從哲不出仕。然而一時間請求誅殺方從哲的人被貶官、殺戮幾乎殆盡。
崇禎元年(1628)二月，方從哲去世。贈封太傅，諡號文端。三月將崔文升投入監獄，戍守南京。
沈紘，字銘鎮，烏程人。
他的父親沈節甫，字以安。嘉靖三十八年(1559)的進士。授職為禮部儀制主事，歷任祠祭郎中。詔令在禁宮建祠，讓道士在裡邊祭祀祈福，沈節甫堅持不贊同。尚書高拱對他非常惱恨，於是他稱病歸鄉。後起用為光祿寺丞。遇上高拱負責吏部，又稱病迴避他。萬曆初年，逐次升遷至南京刑部右侍郎。神宗召見並委任他任工部左侍郎，負責工部事務。御史高舉稱沈節甫一向負有緩進的節操，不應該一年三次升遷。吏部因為沈節甫有眾望，否定了高舉的提議。沈節甫接連上奏請求減少浮費、核查虛冒，阻止興作，減少江浙的織造，停止江西的瓷器，神宗為此稍稍減少了織造的數額。宦官傳承俸祿，沈節甫堅持不同意，並且上奏勸諫此事。又曾提出治理黃河的方案，意見切實，值得采用。他在父親去世後回鄉，至去世。贈封右副都御史。天啟初年，沈紘剛剛任官，他的父親被賜予端清的諡號。
沈紘與弟弟沈演同時考取萬曆二十年(1592)的進士。沈紘改任庶吉士，授職為檢討。官至南京禮部侍郎，負責禮部事務。西洋人利瑪竇入京朝貢，於是居住在南京，與他的門徒王豐肅等人倡導天主教，士大夫中很多人信奉它。沈紘上奏稱：“陪京是都會之地，不適宜讓異教在此存在。”有識之人贊同他的勸諫。然而沈紘向來沒有什麼聲譽。與大學士方從哲是小同鄉，互相友善。神宗末年，方從哲單獨執政，奏請補充內閣大臣，詔令公眾推舉。亓詩教等人遵循方從哲的心意排斥何宗彥、劉火廣之流，唯獨將沈紘和史繼偕的姓名呈上。皇帝就任用了他們。有的人說是由方從哲推薦，奏疏沒有下發。第二年，神宗逝世，光宗繼位，這才召見沈紘任命他為禮部尚書兼東閣大學士。還沒有到任，光宗也逝世了。天啟元年(1612)六月，沈紘才到任。
先例，詞臣在內書堂做講授，所教的宦官要行弟子之禮。李進忠、劉朝都是沈紘的弟子。李進忠是魏忠賢最初的姓名。沈紘到任後，與他們兩人秘密結交，於是上奏稱：“遼左的戰事急迫，我在東陽、義烏等城邑以及揚州、淮安招募材官和勇士二百多人，請將勇士編入錦衣衛，而對材官依照才幹授予官職。”李進忠、劉朝正好負責內宮事務，得到沈紘的奏疏，大為高興。詔令錦衣官訓練所招募的兵士，授予材官王應鬥等人為遊擊以下不同級別的官職。沈紘又上奏招募了二百多名兵士，請求撥發到遼東、四川的軍隊中。詔令依從了。不久，加封他為太子太保，進入文淵閣，再晉升為少保兼太子太保、戶部尚書、武英殿大學士。
禁宮的練兵之事一天天興盛，駙馬都尉王籨也奉詔招募兵丁，希望得到身居帷幄中的重臣支援。朝廷大臣都稱沈紘與劉朝暗中勾結，因此給事中惠世揚、周朝瑞等人彈劾沈紘表面上藉口招募兵丁，暗中憑藉此舉與宦官勾結。劉朝在宮中練兵，沈紘派門客誘惑他。王籨的奏疏，懷疑出自沈紘的教唆。宦官、外戚親貴、奸邪輔臣在宮廷內外操練兵馬，片土之地的京城，成了戰場。沈紘上奏辯解，就請求因病罷職。皇帝撫慰、挽留他。惠世揚等人便詳盡揭發了沈紘與宮內太監勾結的情況，刑部尚書王紀再上奏彈劾沈紘，將他與蔡京並論。沈紘也彈劾王紀保護熊廷弼、佟卜年、劉一山獻等人。皇帝兩度頒詔化解此事。不久，王紀因為佟卜年的獄案被削奪官籍，議論的人更加對沈紘側目而視。大學士葉向高上奏稱“：王紀、沈紘互相攻擊，都有失大臣的體統。現在因為劉一山獻的獄案貶責王紀，談何公論？”朱國祚以辭職相爭辯，皇帝都不聽。沈紘自感不安，於是極力請求離去。皇帝令他乘驛車歸鄉。過了一年去世。贈封為太保，諡號文定。
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