孫承宗，字稚繩，高陽人。身材高大，相貌奇特，滿臉絡腮鬍，硬邦邦地挺立著。跟人說話，聲若洪鐘，響震屋瓦。最初為縣學生員在邊境省份講授經文，他來往于飛狐、拒馬之間，一直跑到白登，又從紇幹、清波故道南下。喜歡跟隨一些低階武官和老兵們探求考察軍事險要地形和關隘，因此通曉邊防事務。
萬曆三十二年(1604)考中進士第二名，任命為編修，提拔為中允大夫。“梃擊”事變發生後，大學士吳道南征求他的意見，孫承宗回答說：“事情涉及到東宮太子，不能不追究；事情牽連到鄭貴妃，不能深追究。龐保、劉成以下，不能不追究；龐保、劉成以上，不能深追究。”吳道南按照他說的，將官司結案上報，這事才平定下來。派出主持應天府鄉試，發出的試題中寫了他的話，觸犯了那些拉幫結派的人的忌諱，準備利用考核外地官員的機會把他派往外地，學士劉一火景保護他，才得以避免。歷任太子諭德、洗馬等職。
熹宗皇帝即位，以左庶子的身份充當日講官。皇帝每次聽孫承宗講課，都說：“很受到啟發。”所以對他特別看重。天啟元年(1621)提升少詹事。這時瀋陽、遼陽相繼失守，整個朝廷爭論得不可開交。御史方震孺請求罷免兵部尚書崔景榮，讓孫承宗代替他。朝臣也都以為孫承宗懂軍事，於是推舉他為兵部新增設的侍郎，主持東邊的戰局。皇帝不想讓孫承宗離開講席，二次上疏都不同意。天啟二年(1622)提拔為禮部右侍郎，協助管理詹事府。
不久，大清兵進逼廣寧，王化貞棄城逃跑，熊廷弼跟他一起進入關內。兵部尚書張鶴鳴害怕獲罪，外出巡視邊防。皇帝對東邊的戰局也很著急，於是任命孫承宗為兵部尚書兼東閣大學士，入朝辦事。過了幾天，命令他以閣臣身份掌管兵部事務。孫承宗上疏說：“近年來部隊經常不操練，軍餉經常不能核實。用武將使用部隊，卻用文官去招募訓練。用武將臨陣指揮作戰，卻用文官指揮調遣。用武將防備邊疆，卻每天在幕僚中增加文官。邊防事務由經略、督撫擔任，卻每天在朝廷詢問戰守的情況。這是最大的弊病。現在國家應當加重武將的權力。選擇一個沉著傑出而有氣量謀略的人，授給他全權，使他能夠對副將以下的官兵自行處置，而不受到一些自以為是的文官的管制。對於邊防戰爭的小勝小敗，都不值得去過問，關鍵是要守住各關隘，不要讓敵人擅自入關，然後想辦法慢慢收復失地。”於是分別寫上安撫西部、救濟遼陽的難民、檢查京師部隊、增設永平大帥、修築薊鎮的道路、開闢京東地區的屯田等對策。皇帝高興地採納了。這時邊防多次告急，內閣大臣只希望暫時相安無事，而議論卻一天比一天紛擾起來。孫承宗於是請求將熊廷弼交給法官，跟王化貞一起審判，以糾正朝中結黨袒護之風。又請求逮捕給事中明時舉、御史李達，以懲戒那些使得四川招致兵災戰亂的人。又請求查辦遼東巡撫方震孺、登萊監軍梁之垣、薊州兵備邵可立，以警告那些佔據官職沒有作為的人。各人先後都受到處分，朝廷大官為之動容，而那些仇視他、怨恨他的人也很多。
兵部尚書王在晉代替熊廷弼巡視治理遼東，與總督王象乾互相依靠勾結，十分親密。王象乾在薊門的時間很長，熟悉西部各民族的性情，西部人也很愛戴他。然而實際上沒有別的才能，只不過靠給一些財物來拉攏他們，希望能夠平安地以年紀大了離職罷了，王在晉計劃用西部兵襲擊廣寧，王象乾教導他說：“攻佔廣寧，不能防守，罪責更大，不如設定險要重兵防守關隘。防守山海關以拱衛北京城。”王在晉於是請求在山海關以外的八里鋪構築重重關隘，派四萬人防守它。他的幕僚袁崇煥、沈翭、孫元化等人極力爭辯沒有結果，報告給首輔葉向高。葉向高說：“這事沒有辦法預料。”孫承宗請求親自前往裁決，皇帝十分高興，加封他為太子太保，賜給他蟒玉、銀幣。孫承宗抵達山海關，責問王在晉說：“新城建成後，就調舊城四萬人去防守嗎？”王在晉說：“不，應當另外增加兵力。”孫承宗說：“照這樣的話，那麼八里的範圍內就有八萬防守部隊了。一片石的西北方不應當佈置部隊嗎？況且在八里之內構築工事，新城的後背就是舊城的腳底下。舊城周圍按品守陣埋下的地雷是為敵人佈置的呢，還是為新城兵佈置的呢？新城能夠守得住，還要舊城幹什麼？如果守不住，那麼四萬新兵逃奔舊城之下，是準備開關迎接他們進城呢，抑或是閉關把他們交給敵人呢？”王在晉回答說：“關外還有三道關口可以讓他們進入。”孫承宗說：“如果這樣的話，那麼敵人來了而我軍照樣逃跑，還要舊關幹什麼？”王在晉說：“準備在山上建三座兵營，用來收容逃亡下來計程車兵。”孫承宗說：“士兵還沒有敗逃卻建兵營等著他們，這是教他們逃跑。況且逃亡部隊可以進入，敵人尾隨追擊也可以進入。現在不為收復失地打算，卻劃地為牢困守，將來關隘一旦喪失，敵人每天騷擾京畿內地，京城以東能有一天安寧的日子嗎？”王在晉無言以對。孫承宗於是主張防守關外。監軍閻鳴泰負責覺華島，袁崇煥負責寧遠衛。王在晉不同意。主張防守中前所。原監司邢慎言、張應吾從前線逃跑，此時正在山海關，都附和他。
當初，王化貞等人逃跑後，從寧遠以西的五城七十二堡全部被哈喇慎各部所佔領，宣稱幫助政府軍保衛邊防。前哨遊擊左輔名義上駐紮中前所，實際上沒有離開八里鋪。孫承宗知道哈喇鎮各部不足以信任，而寧遠衛、覺華島是可以守得住的，於是決定把自己的意見告訴王在晉，跟他推心置腹地談了七天七夜，最終得不到他的響應。回到朝廷，孫承宗說：“敵人尚未抵達鎮武而我軍自己焚燒了寧遠衛、中前所，這是前日經略、巡撫的罪責；我軍放棄了寧遠衛、中前所，敵人最終沒有到來，而我軍不敢出山海關一步，這是今日守城將官的罪責。將官躲進關內，沒有能力迴轉他們畏懼敵人的心理來畏懼國法，將他們謀取私利的智慧轉化為謀求殺敵的智謀，這是我和經略大臣的罪責，與其拿百萬兩銀子浪費到毫無用處的築城上，不如加固寧遠的要害地帶來防守敵人。八里鋪的四萬人擋住寧遠的衝要，與覺華島互為掎角之勢。敵人窺探城門，命令覺華島上計程車兵從三岔出擊。摧毀浮橋，繞到敵後打擊敵人。不但可以保證邊防安全，而且還可以收復二百里失地。總而言之，敵人的軍營一定不能讓他們靠近山海關，杏山的難民一定不能丟下不管，不全部破除庸人的議論，遼東戰局就不可能有作為。”其他有關軍事建置的上疏又有十多道。皇帝都高興地接受了。不久，侍奉皇帝講席，孫承宗面告王在晉不能任用，於是把他改派為南京吏部尚書，並且斥責逃跑的臣子邢慎言等人，而八里鋪修築新城的議論也就停息了。
王在晉離職後，孫承宗自告奮勇地請求去統帥部隊，皇上下詔通知各邊防，讓孫承宗以原官職統領山海關和薊、遼、天津、登、萊各地的軍事事務，相機行事，不受朝中節制。而任用閻鳴泰為遼東巡撫。孫承宗於是徵召職方主事鹿繼善、王則古為軍中的贊畫官，從國庫請款八十萬兩出發。皇帝特意為他送行，賜給他尚方寶劍和坐蟒，內閣大臣一直把他送到崇文門外。到達山海關後，孫承宗命令總兵江應詔制定規章制度，僉事袁崇煥建造兵營房舍，舊將李秉誠操練火器，贊畫鹿繼善、王則古治理軍備，沈翭、杜應芳修理兵器，司務孫元化興築炮臺，中書舍人宋獻、羽林經歷程倫主持購買馬匹，廣寧道僉事萬有孚主持採購木材。而派遊擊祖大壽在覺華島輔助金冠，副將孫諫在前屯幫助趙率教，遊擊魯之甲拯救難民，副將李承先操練騎兵，參將楊應乾招募遼人當兵。
這個時候，山海關計程車兵名義有七萬人，但是沒有紀律，冒領軍餉的很多。孫承宗大規模清查，淘汰逃將幾百人，遣返河南、真定疲乏計程車兵一萬多人，將魯之甲拯救的七千名難民派往前屯當兵。楊應乾召募的遼兵派出去戍守寧遠，和朝鮮商議派兵聲援。在東江犒勞毛文龍，命令他收復四衛。釋出檄文讓登州統帥沈有容前往佔領廣鹿島。想以春防的名義親自前往登、萊商量進軍收復失地，而朝中的意思是先用兵遼東，所以不允許。江應詔被彈劾，孫承宗請求任用馬世龍代替他，以尤世祿、王世欽為南、北統帥，聽從馬世龍的指揮，還為馬世龍請求尚方寶劍，皇帝都同意了。馬世龍接受任命後，孫承宗為他築臺，恭敬地實行授權禮儀。趙率教已在前屯駐守，將哈喇慎各部全部趕走，辦公的大本營還在八里鋪。王象乾建議設立水關，在關內鎮守，孫承宗不同意，於是將大本營定在高臺堡。
這時，大清兵放棄廣寧離去，遼東的流民進城居住。插漢的部隊把這訊息報告了萬有孚，萬有孚計劃挾持西部人乘機殲滅他們，假充收復失地的功勞。孫承宗釋出檄文說：“西部殺死我軍的，按照盟約所說的討伐他。”這一仗，保全活口一千多人。皇帝喜好考察邊防情況，這時命令東廠派人到宮門前，報告這事情的全部情況，稱為“澄清事實”。等到魏忠賢專權，派他的黨羽劉朝、胡良輔、紀用等四十五人攜帶內庫的神炮、甲仗、弓箭之類武器數萬件到達山海關前，資助軍隊使用，又拿出白金十萬兩，蟒、麒麟、獅子、虎、豹等各種圖案的錢幣賞賜給官兵，賜給孫承宗蟒服、白金慰勞他，實際上是來偵察軍隊的情況。孫承宗正好出關巡視寧遠，半路上聽說了，立即上疏說：“宦官觀察部隊，自古以來都是被戒除的。”皇帝下旨答覆他。使者到來後，聊具一杯清茶而已。
閻鳴泰出任巡撫，是孫承宗舉薦的，後來知道他沒有實際才幹，有關軍事事情經常不跟他商量。閻鳴泰很不高興，請求辭職，孫承宗也稱病。言官們都挽留孫承宗，詆譭閻鳴泰，巡關御史潘雲翼再上疏彈劾他，皇帝於是罷免閻鳴泰，而用張鳳翼代替他。張鳳翼膽小，又主張防守山海關。孫承宗不高興，於是再次出關巡視。抵達寧遠，召集將官討論防守情況，很多人都贊同張鳳翼的意見，唯獨只有馬世龍請求守衛中後所，而袁崇煥、鹿繼善及副將茅元儀極力請求防守寧遠，孫承宗認為應該如此，意見才確定下來。命令祖大壽興修工事，袁崇煥、滿桂防守。在這之前，虎部偷偷跑出來搶劫，趙率教逮捕殺死四人。王象乾想殺趙率教報答虎部，孫承宗不同意。而孫承宗派遣的王楹駐守中右，保護士兵外出採集木材，被西部朗素殺害了。孫承宗憤怒了，派馬世龍去圍剿。王象乾擔心破壞安撫的局面，命令朗素捆綁逃亡的平民充當殺死王楹的人獻出來，又增加賞金一千兩。孫承宗正準備上疏爭論，而王象乾因為父母的喪禮離職了。
孫承宗擔心掌管錢款的人阻撓自己的權力，說督師、總督可以不兼設，請求罷免自己，如果不行，就不推舉總督。並且請求把遼東巡撫移到寧遠駐紮。皇帝命令停止總督推薦。而張鳳翼認為是把自己放到死亡地帶，因而十分懷恨孫承宗。跟他的同鄉潘雲翼、萬有孚等人極力誹謗馬世龍，來動搖孫承宗。不久，萬有孚被薊州巡撫嶽和聲彈劾，更加懷疑是袁崇煥和馬世龍設下的陷阱。於是一起造謠，阻撓出關的計劃。給事中解學龍於是極力議論馬世龍的罪行。孫承宗很氣憤，上疏陳述防守禦敵的對策，說：“在國門之內抵抗敵人，跟在國門之外抵抗敵人，情況是有區別的。我軍將敵人趕到二百里之外，跟敵人趕我軍到二百里之內，情況又是有區別的。廣寧，離我軍遠而距敵人近，寧遠，離我軍近而距敵人遠。我軍不向前進逼敵人，敵人將會向前逼迫我軍。現在既然不能收復遼東，而寧遠、覺華島終不能夠放棄。請求皇帝下詔讓朝臣討論以下問題：軍隊是否能夠長期駐守，糧餉是否能夠長期輸送，關外的土地人民是否可以拋棄，築城屯田戰爭防守是否可以建立，再考察敵人的情況是否果真不出擊坐守等待就能夠消滅，我不敢做百年大計的長遠考慮，只考慮到五年之內究竟會出現什麼情況。倘若我的話不恰當，立即罷免卑職以確定國家大計，不要老是猶豫不決，讓那些貪生怕死、保全自己家人的臣子附合眾人之口，用殺死我一人來耽誤了國家大事。”又為馬世龍辯解，揭發萬有孚等人相互勾結的情形。
萬有孚，是原侍郎萬世德的兒子，擔任廣寧理餉同知。廣寧失陷後逃回家，王象乾命名為廣寧道僉事，專門安撫插漢，大量侵吞財物。到這時因為孫承宗的言論被罷免。張鳳翼也因為父母的喪事回家，喻安性代替他。而朝臣認為總督不能裁併，命令吳用先總督薊、遼，代替王象乾。孫承宗討厭本兵趙彥多從朝中制約，稱病請求辭職，推舉趙彥代替他讓趙彥下不了臺，朝廷認為不可以。
這時寧遠城工程竣工，關外一切防守工作都已齊備。孫承宗圖謀大的軍事行動，上奏說：“先頭部隊已抵達連山、大淩河，儘快給我二十四萬兩軍餉，就可以立即取得軍事勝利。”皇帝命令有關部門滿足他的要求。兵部和工部相互商量說：“軍餉給足了，他就可以胡作非為，不如答應他但不給他，檔案來回往來就把這事拖延遲緩了。”孫承宗再次上疏催促，把實情報告給皇帝，皇帝為此整頓各部官員，而部隊最終還是沒有出發。
當初，方震孺、遊士任、李達、明時舉被貶謫，孫承宗確實彈劾過他們，後都為他們請求寬恕，又稱讚楊鎬、熊廷弼、王化貞的功勞，請求皇帝免除他們的死刑，把他們發配充邊，舉朝譁然。給事中顧其仁、許譽卿，御史袁化中紛紛上疏辯論駁斥，皇帝都置之不理。正好孫承宗敘論五防的功勞，各臣將要稱病乞求罷官，於是派遣宦官劉應坤等人攜帶十萬兩國庫銀犒賞官兵，而賜給孫承宗坐蟒、膝..，另佐以金幣。
這個時候，魏忠賢更加擅權，因為孫承宗功勞高，想拉攏他，叫劉應坤等人表明自己的意圖。孫承宗不跟他說一句話，魏忠賢因此極恨他。正好魏忠賢驅逐楊漣、趙南星、高攀龍等人，孫承宗剛巡視薊鎮、昌平，想到上疏皇帝未必親自過目，過去在講席時，每次當面上奏都有效果，孫承宗於是請求以祝賀皇帝壽辰為由，進入朝廷當面向皇帝報告機務事宜，想利用這個機會陳述魏忠賢的罪行。魏廣微聽到這訊息，飛快報告魏忠賢：“孫承宗擁兵數萬人將要清除皇帝身邊的人。兵部侍郎李邦華作為內應，您立刻就有粉身碎骨的危險了。”魏忠賢非常害怕，圍繞著皇帝的床哭，皇帝被感動了，命令內閣草擬聖旨，次輔顧秉謙舉筆寫道：“沒有皇帝的聖旨離開駐防之地，不是祖宗的法令，違抗的人絕不寬恕。”連夜開啟禁宮大門召見兵部尚書，下三道命令派快騎兵制止他。又假傳聖旨告示防守九門的宦官，孫承宗如果到齊化門，將他捆綁送入。孫承宗到達通州，聽到命令就返回了。魏忠賢派人偵察，發現車子中放著一床用包裹包著的被子，後面只有鹿繼善一輛車子而已，這才稍微減少了懷疑。而魏忠賢的黨徒李蕃、崔呈秀、徐大化接連上疏詆譭孫承宗，竟把他比作王敦、李懷光。孫承宗於是閉門謝客，請求辭職。
天啟五年(1625)四月，給事中郭興治請求朝廷討論孫承宗的去留，議論冒領軍餉的又接踵而至，於是交給朝臣討論。吏部尚書崔景榮堅持留用他，於是下詔挽留勉勵，而以精簡將官、淘汰士兵、清理糧餉三件事責令孫承宗的彙報，孫承宗正在派遣各將分別駐守錦州、大小淩河、松、杏、右屯各要害地區，開拓土地又有二百里，罷免大將王世欽、尤世祿，副將李秉誠、孫諫，裁軍一萬七千多人，節省開支六十八萬兩。而言官仍在不停地議論馬世龍。到了九月，才有柳河戰役的失敗，死亡四百多人，詳情參見《馬世龍傳》。於是臺省彈劾馬世龍，並提到孫承宗。送上的有數十道奏疏。孫承宗請求辭職更加堅決，十月才得到批准。先前已多次加封為左柱國、少師、太子太師、中極殿大學士，於是又特別加封光祿大夫，蔭庇他的兒子為中書舍人，賜給他蟒服、銀幣，在行人的保護下回家。而用兵部尚書高第代替他做經略。不久，喻安性也被罷免，於是廢除巡撫不再設立。
當初，高第極力壓制孫承宗，請求撤除關外兵來防守關內。孫承宗反駁他，高第很不滿意。第二年，寧遠被包圍，於是上疏說山海關關門只有五萬士兵，談論這事的人更加以為是孫承宗的罪過。孫承宗向戶部報告說：“高第剛到山海關時，曾發給十一萬七千人的糧餉，現在只發給五萬人糧餉就足夠了。”高第果真因為說話荒謬而被定罪。後來魏忠賢派他的黨羽梁夢環巡視山海關，想羅織孫承宗的罪名，沒有得到什麼就停止了。孫承宗在山海關四年，前後修復九座大城、四十五個城堡、練兵十一萬，建立戰車營十一個、水兵營五個、大炮營二個、前鋒後勁營八個，製造甲冑、器械、弓箭、炮石、渠答、滷盾等器械一共有數百萬之多，開拓土地四百里，開闢屯田五千頃，每年收入十五萬兩銀子。後追敘寧遠戰役的功績，蔭封兒子錦衣世襲千戶。
莊烈帝即位，王在晉進入朝廷擔任兵部尚書，對孫承宗痛恨不已，堅持說馬世龍和茅元儀迷惑中樞機構，敗壞了邊關事，又唆使諫官等交口詆譭孫承宗，來阻止他出來做官。崇禎二年(1629)十月，大清兵進入大安口，攻取遵化，將迫近北京城。朝臣爭相請求召回孫承宗。下詔以原官職兼兵部尚書防守通州，仍舊進入朝廷朝見皇帝。孫承宗到任，皇帝在平臺召見他。慰勞完畢後，皇帝問他方法謀略。孫承宗報告說：“臣聽說袁崇煥駐守薊州，滿桂駐守順義，侯世祿駐守三河，這是很正確的。又聽說尤世威回到昌平，尤世祿駐守通州，似乎不大好。”皇帝問道：“愛卿想防守三河，是什麼意圖？”孫承宗回答說：“守住三河可以阻止敵人向西逃跑，遏止敵人南下。”皇帝認為很好，說：“你打算怎樣為朕保衛京師？”孫承宗說：“當此危難之際，守城的人苦於飢餓和寒冷，不是萬全之策，請求皇上整頓守城器械，加倍犒勞士兵，以安定人心。”他所出的計謀都很合皇帝的心意。皇帝說：“愛卿不必前往通州，就為朕總督京城內外的軍事事務，仍舊參與軍事策劃。”催促首輔韓火廣草擬詔書下發給有關部門鑄造邊防器具。孫承宗出來時，記時的漏刻已經二十下了，立即檢閱環衛都城部隊，五更時才結束，又出都城檢閱外城。第二天半夜，忽然傳旨孫承宗防守通州。這時戰爭的烽火已傳遍京師近郊，孫承宗率二十七名騎兵從東便門出發，中途逃亡了三人，快馬加鞭直抵通州，守城門的人幾乎不讓他們進城。進城之後，跟保定巡撫解經傳、御史方大任、總兵楊國棟一起登上城牆加強防守。而大清兵已迫近都城，於是急忙派遣遊擊尤岱率步騎三千人前往增援。片刻之後又派副將劉國柱統帥二千士兵與尤岱匯合，而派遣密雲兵三千人駐守東直門，保定兵五千人駐守廣寧門。這期間派遣將領收復馬蘭、三屯二座城邑。
到十二月四日，就發生了祖大壽的兵變，祖大壽是遼東的前鋒總兵官，跟袁崇煥一起進入衛所。看到袁崇煥下獄，害怕受到懲罰，於是跟副將何可綱等人率領所屬的一萬五千人向東逃散，遠近的人都受到很大的震動。孫承宗聽說，急忙派遣都司賈登科攜帶秘書的親筆信去勸慰祖大壽，而命令遊擊石柱國飛馬前往安撫各軍。祖大壽看見賈登科，說：“我部士兵趕往前線支援，接連打勝仗，希望得到豐厚的獎賞。城上的人都罵我們是強盜，投擲石塊打死了幾個人。派遣出去巡邏計程車兵，被指責是間諜而把他們殺死了。立下了功勞卻被當作罪過，所以要逃跑回來。我部應當直搗朵顏，然後回來負荊請罪，等候處罰。”石柱國追上各路部隊，將士們手持弓箭、大刀對著他，都流著眼淚說：“督師已被殺死，又將用大炮轟擊我軍，所以到了這裡。”石柱國還往前追，祖大壽已經很遠，於是返回。孫承宗報告說：“祖大壽的處境已經非常危險，他又不肯接受滿桂的指揮，於是造謠激發眾人東逃，並不是他的部下都想叛亂。應當免除殺戮，想方設法安撫人心。遼東將領很多是馬世龍的老部下，臣小心地見機行事，派遣馬世龍快馬前往通告，他的將士一定自動歸順，祖大壽不值得擔心。”皇帝高興地聽從了。孫承宗寫密信告訴祖大壽應立即上奏章陳述錯誤，並且率領部隊立功贖罪，而自己理當代他向皇帝表白。祖大壽同意了，一條一條地陳述東逃的原因，全都如同將士們所說的，皇帝很寬厚地答覆了他。命令孫承宗遷到關門駐守。各將聽到孫承宗、馬世龍來了，很多人都自動前來歸附，祖大壽的妻子左氏也用大道理譴責她的丈夫。祖大壽集合士兵等候命令。
當逃散計程車兵出關時，關城遭到搶劫掠奪，關門罷市，人心惶惶。孫承宗到達後，人心才安定下來。關城原有十六里，衛城只有二里。現在敵人在關城內，關城不能夠防守，衛城與關城相連，可以步行上去。於是另外修築城牆，擋在關城之間，在城牆上開挖洞口使大炮能夠平伸出去。城內的水不充足，一天一夜挖了一百口井。原來淘汰的小官小吏、流亡寄居本地的共有千餘人，無所事事就想惹是生非，都由官府供給糧食，讓他們巡察街道，看守炮臺，保護倉庫，都有事情可做。裡面的不能出去，外來人往往被巡邏的騎兵抓獲，因此關門能夠得以保全。於是派遣馬世龍率步騎兵一萬五千入關增援，命令遊擊祖可法等率騎兵四營往西駐守撫寧。崇禎三年(1630)正月，祖大壽入關拜見孫承宗，孫承宗親率五百人穿著鎧甲在大門迎接。孫承宗以誠相待，當天在教場上排列步騎兵三萬人，舉行誓師的禮儀，大家的疑慮一下子都消解了。
這時我大清兵已攻佔了遵化，並派兵駐守它。這月四日攻佔永平，八日攻佔遷安，於是攻取灤州。分兵攻擊撫寧，祖可法等人堅守，沒有攻下。大清兵於是向山海關進軍，離關三十里安營紮寨。副將官惟賢等人極力請求作戰。於是回過頭攻擊撫寧和昌黎，都沒有攻下。正在這時，通往京師的道路受阻，孫承宗、祖大壽的軍隊在東邊，馬世龍及四方援軍在西邊。孫承宗召募不怕死的人沿海抵達京師，才知道山海關城還在手中。山海關西南有三縣，即撫寧、昌黎、樂亭；西北有三城：即石門、臺頭、燕河。這六座城池東邊保護關門，西邊環繞永平，都是近山海關的軍事要地。孫承宗告誡各城嚴加防守，又派遣將領駐守開平，收復建昌，聲援部隊始相連線。
京師正在戒嚴，全國各地保衛京師的部隊先後到來的有二十萬。都駐紮在薊門及京師周圍，沒有人首先前進。下詔降旨多次督察催促，各將也時有攻擊，但沒有人能打敗敵人收復失地。馬世龍請求先收復遵化，孫承宗說：“不行，遵化在北面，容易攻取而難於防守，不如暫且讓敵人佔領，分散敵人的兵力，我軍應先進攻灤州。現在應當多造出聲勢，暗示將要攻擊遵化的形勢來牽制敵人，各軍開赴豐潤、開平，聯絡山海關的部隊攻擊灤州。佔領了灤州就用開平部隊防守，而用騎兵決戰以攻佔永平。佔領了灤州、永平之後，山海關與永平就連成一體，再攻取遵化就容易多了。”方案確定後，於是命令東西各兵營一同前進，孫承宗親自到撫寧督戰。五月十日，祖大壽及張春、丘禾嘉各軍先抵灤州城下，馬世龍及龍世祿、吳自勉、楊麒、王承恩隨後到達，過了二天攻克了灤州。而副將王維城等人也進入遷安。我大清防守永平的部隊，全部撤出回到北邊，孫承宗於是進入永平。十六日，各將謝尚政等人也進入遵化。四座城市都收復了。皇帝為此在郊廟裡告謝，並大加賞賜，加封孫承宗為太傅，賜給蟒服、白金，世代繼承錦衣衛指揮僉事。孫承宗極力推辭不接受太傅的封號，並多次上疏稱病乞求退休，皇上下詔安慰他。不同意他的請求。
朵顏束不的反叛，孫承宗命令大將王威打敗了他，又賞賜給他銀幣。早先因為冊立東宮太子，加封為太保。等到《神宗實錄》完成，也加官如上述。孫承宗推辭不受，並不停地乞求退休。皇帝命令閣臣討論他的去留，沒有結論。特地派遣中書攜帶親筆詔去慰問，於是到任管事。崇禎四年(1631)正月出關東巡，抵達松山、錦州，回到山海關，又西巡，全部檢閱了三協十二路然後返回。逐條上書陳述東西邊防事務八件事，皇帝都採納了。五月因為考核期滿，下詔加封太傅兼領尚書的俸祿，蔭封尚寶司丞，賜給蟒服、銀幣、羊酒，孫承宗再次推辭不接受太傅。
當初，右屯、大淩河二城池，孫承宗已派兵駐守，後來高第來代替他，都撤走了部隊，二城池於是被平毀。到這時，丘禾嘉巡撫遼東，建議收復廣寧、義州、右屯三城。孫承宗說廣寧路途遙遠，應當先佔據右屯，在大淩河築城，逐漸向前推進。兵部尚書梁廷棟支援他，於是在七月動工。工程剛完成，我大清兵大部隊到來，將城重重包圍。孫承宗聽到後，快馬趕到錦州，派遣吳襄、宋偉前往救援。丘禾嘉多次改動出兵的日期，宋偉跟吳襄的關係又不和睦，於是在長山被打得大敗。到了十月，城中糧食吃完了而援軍又毫無希望，守將祖大壽力量用盡出城投降，城池又一次被平毀。廷臣追究修築城池不是好計謀，紛紛上疏議論丘禾嘉和孫承宗。孫承宗又接連上疏稱病。十一月皇帝批准他的請求，賜給他銀幣乘驛車回家，議論他的人追論他喪師辱國，剝奪他的官職在家閒居，並且剝奪他在寧遠時世代的蔭封。孫承宗又上書陳述邊防計策的十六件事，而極力說丘禾嘉軍事謀略自相矛盾的過失。皇帝知道而已。在家居住七年，朝廷內外多次請求徵召任用他，沒有批覆。
崇禎十一年(1638)，我大清兵深入內地。在十一月九日進攻高陽，孫承宗率領家族人抵抗。大清兵將要離開，圍繞著城牆大聲叫喊了三次，守城的人也回答了三次。說：“這是守城的人在嘲笑，按照法令應當攻破它。”又一次包圍了高陽城。第二天攻陷，孫承宗被捉。望著朝廷叩頭後，上吊自殺，終年七十六歲。
他的兒子舉人孫翶，尚寶丞孫鑰，官生孫鈰，生員孫釒含、孫鎬，侄子諫，以及孫子孫之沆、孫之滂、孫之氵景、孫之潔、孫之氵憲，侄孫孫之澈、孫之氵美、孫之泳、孫之澤、孫之渙、孫之瀚，全都戰死了。督師宦官高起潛報告了這事。皇帝嘆息再三並追悼他，命令有關部門從優照顧。掌權的楊嗣昌、薛國觀等人暗中壓制，只是恢復了他的原官職，給予祭奠下葬而已，福王時，才追贈為太師，諡號文忠。
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