哈密，東邊離嘉峪關一千六百里，漢代伊吾盧所在地。漢代明帝時期在此設定宜禾都尉，統領屯田軍。唐代此地為伊州。宋代該地併入回紇。元朝末年，威武王納忽裡鎮守該地，不久改由肅王鎮守。肅王去世後，由其弟安克帖木兒繼承王位並統治這個地方。
洪武年間，明太祖已經平定了畏兀兒地區，設定了安定等衛所，便漸漸逼近哈密。安克帖木兒感到威脅，便想嚮明朝廷投誠。明成祖初年，朝廷派官員前去招諭安克帖木兒，答應允許他們以馬與中原地區交易貨物，安克帖木兒即派使者來京城朝貢，獻貢馬一百九十匹。永樂元年(1403)十一月安克帖木兒的使者到達京都，皇帝甚為喜悅，對他們加以賞賜，讓有關官府按其價值收購他們帶來的四千七百四十匹馬，挑選出其中十匹優良者充入宮廷內廄，其餘的交給守衛邊疆的騎兵。
第二年六月安克帖木兒又派人向朝廷獻貢，請求朝廷給予冊封。朝廷便封他為忠順王，給他頒賜金印。安克帖木兒又派人向朝廷獻貢馬錶示謝恩。不久哈密以北的可汗鬼力赤將忠順王安克帖木兒毒死，其國人向朝廷謊稱安克帖木兒病逝。三年(1405)二月朝廷派官前去賜祭，封安克帖木兒的兄長的兒子脫脫為王，給脫脫頒賜玉帶。脫脫自幼被中國俘虜，皇帝將他從奴隸中選拔出來，充當宿衛，想讓他繼承哈密的王位，但怕其國人不服從，便派官員前去詢問。其國人不敢違抗朝廷的旨意，請求脫脫回去主持政務。朝廷便給脫脫的祖母和母親賞賜彩幣，不久脫脫使派使者向朝廷獻貢馬錶示謝恩。
四年(1406)春，甘肅的總兵官宋晟上奏朝廷，說脫脫被其祖母所驅逐。皇帝聽到此訊息後很憤怒，下敕令責備哈密的頭目說：“脫脫是朝廷所立的王，即使有過錯，你們不上奏朝廷而擅自將其驅逐出去，這是怠慢朝廷的表現。老人年紀大了頭腦發昏，難道作為頭目的也不知上面還有朝廷嗎？你們立刻把脫脫迎接回去，好好地匡輔他，讓他給其祖母行孝。”這樣，脫脫回到哈密，脫脫的祖母和哈密的頭目也各派人向朝廷謝罪。三月，朝廷設定哈密衛，任命哈密的頭目馬哈麻火等人分別為指揮、千戶長、百戶長等官職，又任命周安為忠順王脫脫的長史，劉行為紀善，輔佐和引導他。該年冬天，朝廷又給十九位頭目授予都指揮等官職。
第二年，宋晟上奏朝廷，說頭目陸十等人作亂，已被誅殺，但怕引起其他變故，請求朝廷增兵防備。皇帝派宋晟增兵應變，又因安克帖木兒的妻和兒子已投奔鬼力赤，怕他們引誘鬼力赤入侵哈密，便敕令宋晟小心防備。宋晟去世，皇帝派何福代行宋晟職務，同時又敕令何福開誠佈公地安撫忠順王。此時有的頭目請求朝廷在哈密增一名把總以治理哈密的政務，皇帝敕諭何福說：“設定把總，就等於增設了一個王；這會造成政令不一，下面的人會無所適從的。”便將這個提議擱置一邊。從此以後，哈密連年向朝廷獻貢，朝廷對他們也都優加賞賜，並給哈密派來的使臣增授官秩。
皇帝特別厚待脫脫，對他寄予厚望，而脫脫卻凌侮朝廷的使者，整天沉湎於酒色，昏聵不體恤國事民情，其手下買住等人交相進諫，他也不聽。皇帝聽說這種情況後，於八年(1410)十一月派官員頒賜敕令去戒諭脫脫。所派的官員還未到哈密，脫脫便得暴病去世。訃告傳到朝廷後，皇帝派官員前去弔祭。接著朝廷便提升都指揮同知哈剌哈納為都督僉事，讓他鎮守哈密，並給他頒發敕令和賞賜白金、彩幣。皇帝又封脫脫的堂弟兔力帖木兒為忠義王，給他頒賜印有璽章的誥命和玉帶，讓他世代守衛哈密。十年(1412)，忠義王向朝廷貢獻馬匹表示謝恩，從此以後他們對朝廷都小心修貢，忠順王的祖母也數次向朝廷獻貢。
十七年(1419)，皇帝因為朝廷的使者在西域地區往來時，忠義王都致禮迎接，便派宦官帶綺帛前去慰勞，給忠義王的母親、妻子賞賜金珠冠服和彩幣，對忠義王部下的頭目也加以賞賜。忠義王的使臣以及哈密境內的回回人不久便向朝廷獻貢馬三千五百多匹及貂皮等物，皇帝下詔給他們賞賜錢鈔三萬二千錠、綺一百匹、帛一千匹。二十一年(1423)，他們又向朝廷貢獻駱駝三百三十峰、馬一千匹。
仁宗登皇帝位時，下詔令諭告哈密。洪熙元年(1425)他們再次向朝廷進貢，祝賀新皇帝登位。仁宗去世，宣宗即皇帝位，哈密的忠義王兔力帖木兒也去世，派使者前來朝廷告哀。
宣德元年(1426)朝廷派官前去弔祭，任命前忠順王脫脫的兒子卜答失裡繼承忠順王位，並因新皇帝登位實行大赦，朝廷也命令哈密在國內實行大赦。哈密又向朝廷獻貢馬錶示謝恩。第二年忠順王派他的弟弟北斗奴等人前來朝貢，向朝廷進獻駱駝和馬等特產。朝廷給北斗奴授以都督僉事之職，並命令宦官前去諭告忠順王，將前忠義王的弟弟脫歡帖木兒遣送到京城來。三年(1428)朝廷因卜答失裡年幼，任命脫歡帖木兒繼承忠義王位，與忠順王一起同理國事。從此，兩個王一起向朝廷獻貢，一年甚至朝貢三四次，並請求朝廷賜婚娶用的禮幣，皇帝都下令給予他們。
正統二年(1437)，脫歡帖木兒去世，朝廷封他的兒子脫脫塔木兒為忠義王，不久脫脫塔木兒也去世。接著不久，忠順王亦謝世，朝廷便封他的兒子倒瓦答失裡為忠順王。五年(1440)倒瓦答失裡派使者向朝廷獻貢三次，朝廷大臣覺得這樣太煩瑣，給他們規定一年獻貢一次。
當初，明成祖之所以分封忠順王，是因為哈密是西域的要道，想讓他迎送保護朝廷的使臣，讓他統領西域諸番國，作為保衛西部邊陲的屏障。但是忠順王手下的人多是庸碌懦怯之輩，其地方又是種落雜居之處，有回回人，有畏兀兒人，有哈剌灰人，其頭目互相沒有統屬關係，忠順王也無法節制他們。加上哈密眾心離散，於是國勢漸衰。等到倒瓦答失裡繼任為王時，都督皮剌納便暗地裡勾結瓦剌的猛可卜花等人謀殺忠順王，結果沒有成功。忠順王的父親在位時，曾接納了沙州叛逃過來的一百餘戶人家，朝廷屢次敕令忠順王將這些人遣還回沙州，忠順王只遣送回去一半。忠順王的獻貢使者又數次侮辱驛亭的吏卒，呵叱責罵通事。當朝廷設宴宴請四方來的獻貢使者時，忠順王的使者竟然惡言詬罵。皇帝對此也不加罪，只命令忠順王以後要謹慎地挑選使臣，於是他們益發無所顧忌。哈密的北面是瓦剌，西面是土魯番，東面是沙州、罕東、赤斤等衛所，四面都與哈密構怨不和，於是其鄰國交相入侵。罕東的軍隊抵達城外，將人畜擄掠而去。沙州、赤斤也先後發兵入侵，都大獲而歸。瓦剌的酋長也先，是忠順王的母親駑溫答失裡的弟弟，也派軍隊包圍哈密城，殺死哈密的頭目，俘獲男女眾人和搶去牛馬駱駝不可勝數。也先還把忠順王的母親和妻子帶到瓦剌，威脅忠順王自己去瓦剌相見，忠順王害怕不敢去，數次派使者嚮明朝廷告難。朝廷敕令各部相互修好，但各部都不服從，只有忠順王的母親和妻子獲准回哈密。
十年(1445)，也先又將忠順王的母親、妻子和弟弟，以及撒馬兒罕獻貢使者等一百多人擄掠到瓦剌，數次逼忠順王去瓦剌相見。忠順王表面上順從朝廷的安排，實際上很懼怕也先。十三年(1448)夏，忠順王親自到瓦剌拜訪也先，居住了數月才回哈密，卻派遣使者欺騙天子，聲稱自己遵守朝廷的命令不敢私自前往瓦剌。天子曾為此頒賜敕令對他加以褒獎。不久，天子知道了他的欺詐行為，嚴厲下旨前去詰責，但忠順王已經無法振作起來了。此時正好碰上也先向東進犯，不回故土，於是哈密獲得少許的安息。
景泰三年(1452)忠順王派其臣下捏列沙向朝廷獻貢，請求給其使者授以官秩。此前，哈密的使者到京城必然受到朝廷的任命。此時是于謙掌管中樞權力，上奏說哈密世代都受到朝廷的恩寵，這才敢於與瓦剌交通。現今他們雖然歸順朝廷，但其心還是詭詐莫測。如果給其使者加封官秩，則是賞出無名。於是朝廷便沒有給哈密使者授官加秩。在景泰皇帝在位期間，哈密的使臣都沒一人授官。
天順元年(1457)，倒瓦答失裡去世，其弟弟卜列革派使者到朝廷告哀，朝廷當即封卜列革為忠順王。此時都指揮馬雲出使西域，聽說北邊的酋長扎加思蘭擋道，便不敢前進。等哈密的忠順王前來報告說道路已通，馬雲才前進，到達哈密。其實賊軍並沒有退去，還謀劃劫持朝廷使者。皇帝懷疑忠順王與扎加思蘭相互勾結，便派使者前去深切責問。
土魯番，地處火州西部一百里，離哈密有一千多里，離嘉峪關有二千六百里遠。漢代該地是車師前王的地盤。隋代該地是高昌國。唐代滅了高昌國，設定西州和交河縣，該地就是交河縣的安樂城所在地。宋代該地又稱為高昌，被回鶻人所佔領，曾向朝廷進過貢。元代在此設定了萬戶府。
永樂四年(1406)明朝廷派官員出使別失八里，路過土魯番，便將彩幣賜給他們。其萬戶長賽因帖木兒便派使者嚮明朝廷貢獻玉璞，第二年抵達京城。六年(1408)，土魯番的僧人清來率領自己的徒弟法泉等人向朝廷獻貢。皇帝想透過他們來轉化和引導番族人的習俗，便授予清來灌頂慈慧圓智普通國師的稱號，讓他的徒弟七人都做土魯番僧界的司官，給予他們優厚的賞賜。自此以後，清來的徒弟來京城向朝廷獻貢的不絕，向朝廷貢獻的多是名馬、海青和其他物品，天子亦數次派遣官員前去獎賞慰勞他們。
二十年(1422)，土魯番的首領尹吉兒察和哈密首領一起共向朝廷貢獻馬一千三百匹，皇帝給他們加以賞賜。不久尹吉兒察被別失八里的首領歪思所驅逐，逃到京城來。天子憐憫他，任命他為都督僉事，派人將他遣送回故鄉。尹吉兒察感激中國，於洪熙元年(1425)親自率部落裡的人前來朝貢。宣德元年(1426)也如此。天子對他們禮遇甚厚，尹吉兒察回國後病逝。三年(1428)，他的兒子滿哥帖木兒前來朝貢。不久都督鎖恪的弟弟猛哥帖木兒也來京城朝貢，朝廷任命他為指揮僉事。五年(1430)，都指揮僉事也先帖木兒前來朝貢。正統六年(1441)，朝廷大臣說土魯番已經長期未來獻貢了，正好碰上米昔兒的使臣要回去，皇帝便讓該使臣帶上鈔幣順便替朝廷賞賜給土魯番的首領巴剌麻兒。第二年土魯番就派使者向朝廷獻貢品了。
當初之時，因土魯番介於于闐、別失八里等大國之間，勢力甚為微弱。後來他們侵奪了火州和柳城，將這兩個地方併入自己的版圖內，於是土魯番的勢力一日強於一日，其首領也密力火者也私自稱王了。景泰三年(1452)，土魯番的首領偕同他的妻子和其部下的頭目都各派使者向朝廷獻貢品。天順三年(1459)他們又來獻貢物，朝廷給他們的二十四名使臣封官進秩。朝廷還先後派指揮白全、都指揮桑斌等人出使過土魯番。
成化元年(1465)，禮部大臣姚夔等人提議規定，土魯番三年或五年獻貢一次，獻貢的使者不能超過十人。五年(1469)土魯番派使者來獻貢，其首領阿力自稱為速檀，上奏請求朝廷給他們賜予海青、馬鞍、繡有蟒紋的官服、彩幣和其他器物。禮部大臣說他們所要求的東西大多違反禁令，不能全部答應他們，只給他們賜予彩幣和布帛。第二年他們又來獻貢，上奏要求朝廷賜予忽撥思箏、鼓鑼、革佔鐙和高麗布等物。朝廷大臣們商量後沒有答應。
此時的土魯番日益強盛，而哈密因沒有王主持政務勢力得到削弱，阿力就想吞併哈密。九年(1473)春天，阿力率兵攻破哈密城，綁架了哈密忠順王的母親，搶走金印，安置了守衛的軍隊之後才離開哈密。朝廷任命李文等人前去經略哈密事務，結果是無功而返。阿力依然對朝廷修貢如故，一年之中派使者向朝廷獻貢三次，朝廷仍然善待他們，未曾對他們說過一句嚴厲的話。這樣土魯番的使者更加傲慢，要求朝廷給他們賜馴象。兵部大臣說象是為禮儀和戰備做準備的，按禮制規定只有進獻沒有向朝廷求索的，於是拒絕了他們的請求。他們又說土魯番已奪得了哈密的城池，擁有瓦剌部落奄檀王的一萬人馬，又收捕了曲先和亦思渴的頭目倒剌火只，請求朝廷派使者打通道路，以便土魯番與中國之間和好往來。皇帝說：“往西的道路暢通無阻，不需要派遣官員去打通。阿力如果誠心向朝廷獻貢，朝廷不計較他此前所犯的過失，仍會禮待他。”土魯番的使者又說赤斤等衛所，素來與土魯番有仇，請求朝廷派將士護送他們回去，並說阿力雖然奪得哈密，只是拿哈密的物產來充當貢品，他們願意把自己的家屬作為人質抵押在邊境，讓朝廷給他們頒賜敕令，好讓他們回去後諭告他們的王，讓其向朝廷獻運哈密城的官印。皇帝同意派將士護送他們回去，頒敕令給他們帶回去諭告阿力，讓阿力把哈密城的官印和忠順王的母親獻出來，立刻就與他和好如初。這批使臣回去後，土魯番又派遣另外的使臣再次到京城向朝廷獻貢，就是不歸還所佔領的哈密。
十二年(1476)八月，甘州的守衛大臣上奏說土魯番的使者聲稱忠順王的母親已去世，哈密城的印信都儲存著，一旦得到朝廷的敕諭即送還給朝廷。皇帝此前已拒絕土魯番的獻貢使者進入中國，一聽到這個訊息後便又讓他們進入京城。此時朝廷的大臣對土魯番一意姑息，致使遠方的小丑無所顧忌。
十四年(1478)，阿力去世，他的兒子阿黑麻承襲了速檀的職位，派使者向朝廷獻貢。十八年(1482)，哈密的都督罕慎悄悄地帶兵直搗哈密，戰勝了土魯番的守軍。賊將牙蘭逃走。阿黑麻對此頗為驚懼。朝廷大臣提議罕慎有功，可立他為哈密的忠順王。阿黑麻聽說後，憤怒地說：“罕慎又不是忠順王的族人，怎麼能立他為忠順王！”於是便假裝與罕慎聯姻結親。
弘治元年(1488)阿黑麻親自到哈密城下，引誘罕慎出來與他結盟，罕慎中計被阿黑麻抓住殺死，哈密又被土魯番佔據。阿黑麻派使者向朝廷獻貢，聲稱自己已與罕慎聯姻結親，請求朝廷賜予蟒紋官服和九龍渾金膝衤闌等物。他所派遣的使者到甘州時，罕慎被殺的訊息已經傳到朝廷，朝廷也沒怪罪他們，只讓其使者回去諭告阿黑麻，將所侵佔的地方歸還給中國。土魯番的賊人知道中國容易對付，並不遵奉朝廷的命令，又派使者前來獻貢。禮部大臣建議減少給他們的賜予，拘留他們的使臣，這樣番賊才稍為有所忌懼。
三年(1490)春，土魯番偕同撒馬兒罕向朝廷貢獻獅子，表示願意將哈密城的官印獻還給朝廷，朝廷也即釋放了所拘留的使臣。禮部大臣請求不要接納他們的貢品，皇帝不聽。等到他們的使臣回去時，皇帝命令宦官張芾護送他們，並諭告內閣草擬一份敕文。內閣大臣劉吉等人上奏說：“阿黑麻辜負和背叛了朝廷所給予他的恩澤，竟然殺死朝廷所立的罕慎，應派大將率軍直搗他的巢穴，消滅他們的種族，這樣才足以洗洩中國的怨憤。或者即使不馬上征討他們，亦應當像古代帝王所做的那樣封閉玉門關，拒絕他們的獻貢使臣進入國內，這也還不失大體。可是現在皇上既寵幸他們的使臣，對他們待以厚禮，還派宦官為使者伴送他們回去，這是什麼道理啊？陛下做事都應遵守制定的憲法，現卻無緣無故地把番族人召進宮殿看戲獅子，對他們大加賞賜宮廷用品，讓他們誇耀著出去。眾人聽說此事後都大為驚駭嘆息，說祖宗以來，從來沒有發生過這樣的事情，不知皇上為何委屈自己作為萬乘之主的尊嚴，去玩奇獸，讓異言異服之人，雜沓清靜莊嚴的地方。況且土魯番的使臣滿剌土兒是罕慎的妻舅，竟然忘卻主人服侍仇人，這是違反天道之人所做的事。而且阿黑麻現在正聚集人馬，圖謀侵犯肅州，名義上打著向朝廷獻貢的旗號，其意圖實在是無法預測。兵部大臣提議將其使臣拘留起來，正合事宜。如果皇上不停止張芾的使命，那麼土魯番的使臣回國後，阿黑麻必然認為中國的皇帝是可以用希罕的寵物來打動的。大臣們為國家出謀劃策，而天子則不聽，這使我們又有什麼辦法！長番賊的志氣，損我們天朝威風的事，莫過於此了。”這份疏章送到皇帝手上後，皇帝制止了張芾的使命，並向內閣大臣詢問興兵征討和封關絕貢之事。劉吉等人認為現在興兵征討和封關絕貢都還不到時候，只請求皇上減少對他們的賞賜。並說飼養獅子每天要用二隻羊，十年下來就要用去七千二百隻羊；守衛獅子一天要用五十名校尉，一年就要花去一萬八千個人工。如果能停止餵養，聽任獅子自己倒斃而亡，這可作為傳之千載的美談。皇帝沒有采納這個意見。
同年秋天，土魯番又派遣使者從海路向朝廷貢獻獅子，朝廷命令地方官員拒絕，其使者卻偷偷地到達京城。禮部大臣請求皇帝追究沿途有關官員的罪責，同時拒絕接見其使者，皇帝同意。正當此時，中外都太平無事，大臣馬文升、耿裕等人，瞭解本國情況，多次裁減土魯番獻貢使者的進京人數和給予他們的賞賜品，阿黑麻這才稍為了解中國還是有人的。四年(1491)秋天，土魯番派使者再次向朝廷貢獻獅子，並表示願意歸還所掠去的金印和十一座城市。邊防大臣將此上報朝廷，朝廷答應讓他們獻貢，他們果然歸還了哈密城的金印。第二年朝廷冊封陝巴為忠順王，把陝巴安置在哈密，對阿黑麻的使臣給予優厚的賞賜，先前所留的土魯番使者也全部予以釋放。
六年(1493)春天，土魯番所派的前一批使臣二十七人回去，還未出國境，後一批使者三十九人還留在京城，阿黑麻就又襲擊並攻陷了哈密，把陝巴綁架走了。皇帝任命侍郎張海等人去經略西域事務，優待土魯番的使臣，讓他們到京城來進見皇帝。禮部大臣耿裕等人進諫道：“朝廷駕馭外番之國，應當珍惜大體。土魯番使臣去年就已經進入京都，皇上卻久不宣召他們進見，而今年三月以來，皇上卻一再宣召他們進宮，給他們賜予幣帛羊酒，而這正是他們的輕視謾罵文書投進朝廷之時，這些小人們不知內情，將會認為朝廷此時對待他們比往昔更加優待，是怕他們的緣故。此事關係到國體，不可不慎重處理。況且阿黑麻倔強無禮，早已蓄謀了與朝廷的對抗之心。所派遣的使臣，一定是他的親信心腹，現在讓他們在宮殿進出，對他們毫無防備。萬一奸宄之徒窺探時機，使其逆謀得逞，則後悔也來不及了。現在招待其使臣寫亦滿速兒等人的宴席和賞賜都已完畢，他們還不肯離去，說是怕朝廷又宣召他們進宮，若不以遠方之物為寶，則遠方之人自會有分寸。獅子原本是野獸，不足為奇，何至於麻煩陛下您屢次視察，致使荒僻之地的小人得以覲見您的聖顏，藉為自己的口實。”該疏章傳到皇帝手上後，皇帝即把土魯番使者遣送回去。張海等人抵達甘肅，遵照朝廷的決定，拒絕他們的貢品，將他們前任所派的使臣一百七十二人拘留在邊境，封閉了嘉峪關，永遠斷絕這條進貢的道路。同時巡撫許進等人又悄悄地出兵直搗哈密，趕走了牙蘭，這樣阿黑麻才漸漸有所畏懼。他們的鄰邦無法向朝廷獻貢，也全埋怨阿黑麻。十年(1497)冬天，土魯番將陝巴送還朝廷，叩關請求通貢，朝廷決定答應他們。十二年(1499)，因土魯番使臣再次請求，朝廷下令將已安置到廣東的前土魯番使者全部釋放回國。
十七年(1504)，阿黑麻去世，他的各位兒子爭權互相仇殺。不久，他的長子滿速兒承襲速檀職位，向朝廷修貢如故。第二年，忠順王陝巴去世，他的兒子拜牙即繼承王位。但是拜牙即昏愚失道，哈密國內更加動亂。而滿速兒的桀黠狡詐比他的父親阿黑麻有過之而無不及，於是又有吞併哈密之心。
正德四年(1509)，滿速兒的弟弟真帖木兒居住在甘州。土魯番的獻貢使臣請求把真帖木兒還給土魯番，朝廷決定不答應他們，後來因甘州的守衛大臣也上奏請求，才把真帖木兒送還給土魯番。真帖木兒一回去就把我國的邊境情況告訴其兄，與其兄滿速兒一起共謀違逆朝廷。九年(1514)他們誘使科牙即叛變朝廷，又佔領了哈密。朝廷派彭澤去經略哈密事務，彭澤用財物將哈密城和金印贖了回來。不久滿速兒的部下他只丁又佔領了哈密，並引導滿速兒進犯肅州。從此，哈密便沒有再回到中國，而且其禍患還延到甘肅中部。此時朝廷大臣內部又互相傾軋，番族首領窺探到這種內情後，更加放肆地進讒言挑撥離間，使得賊人的心腹得以服侍天子，於是中國的國體大為損傷，賊人的氣焰更加熾盛。
十五年(1520)朝廷又允許土魯番前來進貢。甘肅巡按潘仿說：“番賊違犯朝廷成命，殺戮百姓，剽掠財物，其造成的悲慘之狀不可勝言。現在他們雖然表示悔罪，但這能贖回他們前段時間所犯罪行的萬分之一嗎？數年來，我們雖然對他們封閉了關隘，但沒有對他們追究罪責。現今他們因國內物資困憊請求與我們通貢，並想窺探我們的意向，打探我們的虛實情況，延緩我們的計劃，以重利引誘我們。如果我們不在此時稍追究一下他們的罪責，將會更加招致他們對我們的輕視怠慢之心，致使他們反覆向我們挑釁，這不是使中國為尊以便駕馭外番之國的良策。況且他們的番族文書中用的是難以順從之詞，表達的是敢於抗拒朝廷的情狀。現在正是他們悔罪請求通貢之日，就有如此侮辱、怠慢、不恭敬之語，其中的權變奸詐已經顯而易見。如果說來者不拒，是駕馭番國的常理，那麼將他們所幹的壞事全部略去不談，而接納他們的求和使臣，必將會使他們的使臣貪冒朝廷的恩禮，飽受朝廷的賞賜，再到市場上私自販賣，滿載而歸。他們的慾望已經滿足之後，其驕橫之志必然又會萌發，稍不順心，動輒尋找藉口，反覆向我們挑釁，這就是在目前將會發生的事。他們背叛朝廷，沒被朝廷加罪，反而獲得了擄掠之利；他們向朝廷獻貢，未必會遭朝廷的拒絕，又能得到皇帝賞賜的榮耀，這種事他們有何懼怕而不去做呢？我認為現在應乘他們處於窘迫之機，暫設讓他們有所畏懼而屈服的計策。雖然我們接受他們的悔過之詞，但暫時拒絕他們的使者前來獻貢，降赦令譴責他們違反朝廷成命的行為，仍向他們索討未交還過來的人質。對其番族文書中有疑問的地方，詳加究問，讓他們瞭解中國的尊嚴，朝廷的天威不容冒犯，這樣或許其背反之志不萌發，向朝廷的歸順服從可能長久。”此時王瓊竭力主張與土魯番通和，沒有接納潘仿的意見。
第二年，世宗登上皇帝位，賊人的心腹寫亦虎仙被朝廷誅殺，賊人失去依靠後，再次圖謀侵犯邊境地區。嘉靖三年(1524)賊人進犯肅州，劫掠甘州；四年(1525)又侵犯肅州，但這二次都失敗而歸。於是他們又卑詞向朝廷請求通貢。此時正碰上張璁、桂萼等人興封疆之獄，於是他們暗地裡庇護滿速兒，允許他們向朝廷獻貢。賊人的同黨牙蘭，本是曲先人氏，年幼時被番人擄掠而去，長大後既狡黠又健壯，阿力便將自己的妹妹嫁給他，讓他掌握兵權，長期以來一直成為西部邊境地區的禍患。到此時他得罪了其主人滿速兒，便於七年(1528)夏天率魯番，土魯番每年從他那裡徵調婦女和牛馬，他因不勝土魯番的侵暴，也率領自己的族屬數千帳人前來歸附朝廷，邊關大臣全將他們安置在內地。
滿速兒為此很憤怒，讓他的部下虎力納咱兒勾引瓦剌部落侵犯肅州，結果沒有獲勝，他便又派使臣前來請求獻貢。總督王瓊請求朝廷答應他們，而詹事霍韜則說：“番人自從攻陷哈密以來，朝廷大臣中有提議允許他們獻貢的，也有提議拒絕他們獻貢的，皇帝的聖諭是必須要有他們用番文書寫的悔罪文書交上來才答應他們的要求。現在王瓊翻譯後送上來的土魯番文書，都是滿速兒部下小人們的話語，沒有印信可作憑據。如果我們匆匆忙忙地答應他們的要求，恐怕他們會更加驕橫，以後就更難駕馭他們了。這是值得擔憂的第一件事情。哈密的城池雖然已經在口頭上獻還出來了，但沒有真實憑據可以相信，怎麼能夠興復哈密國？有的大臣提議對哈密棄置不問算了，這樣，他們就愈益得志，必定會再劫掠我們的罕東衛所，引誘我們的赤斤衛所，擄掠我們的瓜州、沙州，對外他們與瓦剌聯結在一起，對內則騷擾我們的河西地區，如此一來，邊疆地區的警報便永遠不會停息了。這是值得擔憂的第二件事情。牙蘭是土魯番滿速兒的心腹，率領眾人前來投奔我們，而土魯番那邊則說不知他的去向，我們怎麼知道他不是假裝投降來誘騙我們呢？日後土魯番侵犯我們的邊境，理由是我們接納了他們的叛臣。如果我們不把他們的叛臣交還給他們，他們就不歸還我們的哈密。從此以後西部邊境多戰事，而哈密則永無興復的日子了。這是值得擔憂的第三件事情。牙蘭到來後，每天要供給他們糧食，所花的費用實在不少，還說這是羈縻政策收不到的效果。倘若土魯番的首領率人來叩關，索討他們的叛徒，我們是交給他們呢還是拒絕他們呢？或者要是牙蘭包藏禍心，在邊境內發動變亂，與邊境外的賊人協調呼應，我們如何抵禦他們？這是值得擔憂的第四件事。有的大臣說現在陝西被饑饉所困，甘肅孤懸在邊境很危險，哈密可以放棄了。我則認為保哈密就可以保甘肅和陝西，保甘肅也就是保陝西了。如果認為哈密難以守衛就放棄哈密，那麼甘肅難守也將放棄甘肅嗎？昔日文皇之所以扶立哈密，是因為元朝留在哈密的殘餘力量能夠自立，這才扶立他們的。他們假借其名，我們朝廷則分享其利。現在忠順王的王位已經三次無人繼承了，這是上天廢除他們，誰又能興復呢？為今之計還是在諸夷族人之中，尋求那自身雄傑能夠守衛哈密的人，把金印託付給他，讓他與諸番族人和睦相處，帶領他們作為我們中國的藩蔽，這樣就可以了。如果一定要尋求到忠順王的後裔才扶立為王，這就顯得太頑固了。”
霍韜的疏章呈送給皇帝后，皇帝很欣賞他如此留心邊境事務，便交給兵部去確切討論。尚書胡世寧等人竭力主張不能拋棄牙蘭，也不必再去興復哈密，請求朝廷一心一意考慮自治之策，皇帝便接受了他們的建議。從此朝廷允許土魯番的首領前來進貢，而對哈密城和金印以及忠順王的存亡等不再過問，這樣河西地區就稍為獲得一些安寧，百姓得到一些休息，而滿速兒則更加桀驁不馴了。
十二年(1533)滿速兒派使臣向朝廷上奏三件事：其一，請求追究巡撫陳九疇的罪行；其二，請求朝廷派官前去議和；其三，請求朝廷將叛徒牙蘭交還給他們。該奏章中的語言大多是悖逆傲慢之詞，朝廷無法治他們的罪，只好告誡他們修職獻貢時不能說狂妄之言。但自從寫亦虎仙被殺，他只丁陣亡，牙蘭又投降朝廷之後，滿速兒也喪失了他所依靠的力量，其勢力也漸漸孤單，手下的各部也各為雄長，自己稱王向朝廷獻貢的竟多達十五人，其政權也不統一了。
十五年(1536)，甘肅巡撫趙載陳述邊境事務時說：“土魯番屢次順服又屢次反叛，朝廷對他們安撫太多，太信任他們，這更助長了他們的奸詐狡猾。今後他們一旦前來侵犯，應殺死他們所派來的使臣，把使臣的隨從遷徙到兩粵，封關拒絕與他們往來。即使他們悔改自己的罪過，也只允許他們向朝廷獻貢，不可一動就將所拘留的隨從交還給他們。讓他們內部有所牽掛，對外有所畏懼，這樣就不敢輕易侵犯我們邊境了。”皇帝採納了他的意見。
二十四年(1545)，滿速兒去世，他的長子沙繼嗣為速檀，他的弟弟馬黑麻也自稱速檀，佔據了哈密。不久兄弟倆相互仇殺，馬黑麻為了與其兄抗衡便與瓦剌部落聯姻結親，並在沙州墾荒種田，圖謀進犯中國。他的部下前來向邊關的守衛大臣報告，馬黑麻便到邊境叩關請求向朝廷獻貢，並要求朝廷在邊境以內的地區安置他。邊關守衛大臣勸諭並制止了他的圖謀，他便回到自己的故鄉，與其兄長一起生活。總督張珩將此情況上報朝廷，皇帝下詔允許他們向朝廷獻貢。二十六年(1547)規定讓他們每五年獻一次貢。後來他們按規定日期獻貢，只是獻貢的使者人數越來越多。到世宗末年時，他們所呈送給朝廷的番字文書已有二百四十八道之多。朝廷難違他們的盛情，全給他們有所賞賜。
隆慶四年(1570)馬黑麻繼承了其兄的職位，派遣使臣向朝廷謝恩。馬黑麻的弟弟瑣非等三人，亦各自自稱為速檀，各派使者向朝廷獻貢。禮部大臣請求裁減給他們的犒勞和賞賜，讓他們的使者附在馬黑麻使臣群中一起獻貢，皇帝同意。一直到萬曆朝時，他們都向朝廷奉貢不絕。
四年(1460)，忠順王去世，沒有子嗣，由其母親弩溫答失裡主持哈密政事。當初，也先被殺時，也先的弟弟伯都王和侄子兀忽納逃到哈密居住。忠順王的母親為他們上書朝廷，請求朝廷對他們加恩，任命伯都王為都督僉事、兀忽納為指揮僉事。自卜列革死後，其親屬中無人可繼承王位，於是朝廷命令哈密的國人推薦出可繼承王位之人來。頭目阿只等人上奏，說脫歡帖木兒的外孫把塔木兒官至都督同知，可繼承王位。忠順王的母親聲稱臣子不能繼承君王之位，說安定王阿爾察與忠順王是同一祖先，請求朝廷封阿兒察為忠順王。七年(1463)冬天，忠順王母親的奏章上報朝廷後，禮部大臣說“：扎加思蘭見哈密無主，圖謀佔領哈密。現在形勢危急，請朝廷同意她的請求。”皇帝派都指揮賀玉前往哈密冊封。賀玉到西寧後便逗留不前，哈密的使臣苦兒魯海牙請求賀玉允許自己先行一步，賀玉又不答應。於是皇帝便將賀玉逮捕交有關官吏處理，改派都指揮李珍代替賀玉的職務，同時敕令安定、罕東兩地保護使臣李珍前往哈密。阿兒察認為哈密多難，對朝廷的冊封力辭不行，李珍便返回京城。
哈密素來就國力衰微，加上又是由女人主持國政，眾人之心便更加離散。扎加思蘭便乘機攻破哈密的城池，大肆殺掠，忠順王的母親率領親屬和手下人逃到苦峪，不過對朝廷還數次派使者朝貢，並向朝廷告難。朝廷也無法救援他們，只敕令哈密的國人迅速推薦出可繼承忠順王位的人而已。其國因被外敵殘破的緣故，逃到中原來的人一日比一日多。
成化元年(1465)，禮部大臣姚夔等人說“：哈密向朝廷獻貢馬二百匹，而派來的使者卻有二百六十人，以我們中國有限的財力，提供給外蕃之國做無益的花費，不是良策。”皇帝把姚夔等人的奏章交給朝廷大臣們商議，大臣們規定讓哈密一年獻一次貢品，獻貢使者人數不得超過二百人，皇帝同意。
第二年，兵部上奏說忠順王的母親到苦峪避難時間不短了，現在賊兵已經退走了，應讓她回到哈密故土去了，皇帝同意。不久哈密的朝貢使者說其地飢寒交迫，有男女二百多人隨他一起到中國來乞食，現無法回國。朝廷命令給他們每人米六鬥、布二匹，把他們遣送回去。
當初，哈密的國人請求朝廷立把塔木兒為王，因忠順王的母親不肯，致使哈密八年時間內無王。到現在這個地步時哈密的頭目交相上奏章請求朝廷封把塔木兒為王，其言詞極為哀傷。朝廷於是將把塔木兒提升為右都督，讓他代行國王的職事，給他頒賜誥印。五年(1469)，忠順王的母親陳述自己年老有病，請求皇帝賜予藥物，皇帝立即賞賜給她。不久哈密與瓦剌、土魯番一起派遣使者三百人向朝廷獻貢，邊防大臣將此上報朝廷。朝廷大臣說獻貢有時間規定，現在哈密前次來獻貢的使者還未回去，後一批的使者又來獻貢，而且瓦剌是西域的強寇，現與哈密一起派使者前來，如果不是哈密挾瓦剌的勢力以邀取利益，即是瓦剌假借獻貢之名來窺探我邊境的虛實。於是皇帝拒絕了他們的貢品，命令邊防大臣在當地設宴款待他們，然後把他們遣送回去。但朝貢的使者卻堅持不肯接受邊防大臣的宴賜，非要親自到朝廷朝覲皇帝，於是皇帝便讓其中十分之一的使者赴京。
八年(1472)，把塔木兒的兒子罕慎向朝廷報告其父去世的訊息，請求朝廷讓他繼承其父的職位。皇帝答應了他，但不讓他主持國事，於是哈密的政令沒有人出。土魯番的速檀阿力乘機襲擊並攻破了哈密城，俘虜忠順王的母親，奪取了忠順王的金印，把忠順王的孫女娶為妾，佔領了哈密。九年(1473)四月，此事傳到朝廷後，皇帝命令邊防大臣小心戒備，敕令罕東、赤斤等衛所與邊防大臣協力守衛。不久，朝廷派遣都督同知李文、右通政劉文到甘肅去經略邊防事務。他們到達甘肅，便派錦衣千戶馬俊奉敕令去諭告阿力退兵。此時阿力只留下他的妹夫牙蘭守衛哈密，自己則攜帶忠順王的母親和擄來的金印已回到土魯番。馬俊到達後，將朝廷的命令告訴阿力，而阿力極力抗辯，其言詞極不謙遜，還把馬俊羈留了一個多月。一天，牙蘭忽然到土魯番，說有大軍三萬即日從西邊過來，阿力這才設宴慰勞馬俊等人，把忠順王的母親抬出來與馬俊等人相見。忠順王的母親因害怕不敢出聲，在夜裡偷偷派人過來傳話說：“替我上奏給天子，快速出兵救哈密。”李文等人將此上報朝廷，朝廷便傳檄文給都督罕慎和赤斤、罕東、乜克力等衛所，要他們集結軍隊進兵哈密討伐阿力。十年(1474)冬天，大軍到達卜隆吉兒川，有諜報說阿力已集結眾人準備抗拒朝廷軍隊，並勾結別的部落圖謀劫掠罕東、赤斤二個衛所。李文等人便不敢進兵，讓罕東、赤斤二個衛所的軍隊回去守衛自己的本土，罕慎和乜克力、畏兀兒的軍隊便退居到苦峪，李文等人也引兵回肅州。皇帝於是命令罕慎暫時主持國政，因罕慎向朝廷請求給予米和布，朝廷便給他賞賜谷種。李文等人就這樣無功而回了。
土魯番長期佔據哈密後，朝廷命令邊防大臣修築苦峪城，將哈密衛所移到苦峪城。十八年(1482)春天，罕慎糾集罕東和赤斤二個衛所的軍隊一千三百人，與自己手下的軍隊合起來共一萬人，乘夜襲擊哈密城，牙蘭逃跑而去，罕慎乘勢接連收復八個城，於是回到故土居住。巡撫王朝遠將此訊息上報朝廷，皇帝很高興，頒賜敕令對罕慎予以獎勵，對罕東、赤斤二個衛所也予以嘉獎。王朝遠請求朝廷封罕慎為王，並說吐魯番也洗心革面向化朝廷，現與罕慎議和，朝廷應乘機對吐魯番予以安撫，取回忠順王的孫女和金印，讓她與忠順王的母親一起共同掌管國事，而且哈密國的人也請求封罕慎為王。朝廷大臣商議後不同意王朝遠的請求，皇帝便提升罕慎為左都督，給他賞賜白金一百兩、彩幣十表裡，特地敕令獎賞犒勞，對他手下的將士也都按等差給予提升和獎賞。
弘治元年(1488)朝廷順從哈密國人的請求，封罕慎為忠順王。土魯番的阿力此時已死，他的兒子阿黑麻繼承其父的速檀職務，假裝與罕慎聯姻結婚，將罕慎誘騙到手後殺死，仍派牙蘭佔據哈密。哈密的都指揮阿木郎逃奔到中國求救，朝廷大臣請求皇帝諭告土魯番的獻貢使者，讓他們回去轉告其首領退還所佔領的哈密領土，同時敕令赤斤、罕東二個衛所，共同謀劃收復哈密。第二年，哈密原來罕慎的舊部綽卜都等人率領眾人攻打牙蘭，殺死牙蘭的弟弟，從叛變的大臣者盼卜等人那裡奪取了人和牲畜後凱旋而歸。此事傳到朝廷後，朝廷給綽卜都等人加官獎賞。先前，罕慎派遣使者向朝廷獻貢，其使者還未回去罕慎就蒙難而亡了。罕慎的弟弟奄克勃剌便率領部下眾人逃到邊疆地區避難，朝廷命令將原打算賜給罕慎的東西賜給奄克孛剌。阿黑麻離開哈密時，只留下六十人輔佐牙蘭。阿木郎探聽到牙蘭的力量很單薄微弱時，便請求邊防大臣調集赤斤、罕東的軍隊，在夜間襲擊並攻破哈密城的防守，牙蘭逃走，其手下被官兵斬殺和俘虜甚多，皇帝下詔令予以獎賞。
值此之時，阿黑麻甚為桀傲不馴，自以為土魯番離中國甚遠，屢次違抗天子的命令。等到官軍攻破哈密城趕走牙蘭後，土魯番的使者頻頻到朝廷獻貢，朝廷仍善待他們，於是阿黑麻更加輕視中國。皇帝便減少對他們的賞賜，或拘留他們的使臣，或拒絕收納他們的貢品，敕令責成他們悔罪。不久，朝廷尋訪到忠順王的族孫陝巴，想輔立陝巴為王。阿黑麻逐漸感到驚懼，三年(1490)派使者叩見邊關大臣，願意歸還哈密之地和擄去的金印，希望朝廷釋放所拘留的土魯番使臣。天子收納了他的貢品，但仍不釋放前次所扣留的土魯番使者。第二年，阿黑麻果然把哈密城和金印獻出來歸順朝廷，朝廷便聽從馬文升的建議，放還所拘留的土魯番使臣。馬文升又說“：番人很看重種族，而且素來對蒙古人很服帖。哈密以前有回回、畏兀兒、哈剌灰三個種族，其北部山區又遭小列禿、乜克力人的侵逼，所以這個地方非得有蒙古人的後裔來鎮守不可。現在安定王的族人陝巴，是前忠義王脫脫的近親從孫，可以主持哈密的政務。”天子認為馬文升的話有理，而各番國也共同上奏說陝巴可立為王。五年(1492)春，朝廷便立陝巴為忠順王，給他頒賜印誥、冠服和守衛城池的武器，提升阿木郎為都督僉事，與都督同知奄克孛剌一起共同輔佐陝巴。
不久諸番國向陝巴索討犒賜之物而不得，皆有怨憤。阿木郎又勾引乜克力人搶劫土魯番的牛馬，阿黑麻甚為憤怒，於六年(1493)春天偷偷地派兵在夜間襲擊哈密，殺死哈密一百多人，逃跑的和投降的也各佔一半。陝巴和阿木郎便佔據大土剌堅守。大土剌，按華語就是大土臺的意思。阿黑麻的軍隊將大土剌包圍了三天也沒攻下來。阿木郎也急忙調遣乜克力和瓦剌二地的軍隊前來救援，但都失敗而回。於是阿黑麻俘虜了陝巴，活捉阿木郎後將他肢解而死。這樣，牙蘭便又據守哈密，並移文書邊關大臣，向邊關大臣訴說阿木郎的罪行。此時土魯番先後派來向朝廷獻貢的使者都還沒有回去。邊關大臣認為牙蘭的文書中言詞不謙遜，並擅自稱可汗，請求朝廷派遣將領帶兵先剿滅牙蘭，然後再直達土魯番，割下阿黑麻的首級，把陝巴奪回來。或者請朝廷降敕令給阿黑麻，對他嚴加責備，讓他送還陝巴，這樣才寬恕他的罪行。朝廷大臣商議後認為後面這一條建議可行，讓邊關大臣拘留土魯番的獻貢使者，故意放他們幾個人回去，讓他們把敕令交給阿黑麻，向他明示如何做才是福如何做會招禍。皇帝同意大臣們的請求，命朝廷大臣推薦一位大臣前往甘肅經略此事。
當初，哈密事變傳到朝廷時，丘浚就對馬文升說“：西部邊陲所發生的事很重要，您必須親自去一趟。”馬文升說：“國家有事，面對困難做臣子的有義不容辭的責任。但是番族人貪利，不善於騎馬射箭，自古以來沒有哪一個西域之國能對中國構成威脅的，所以對西部邊陲的事變可慢慢地清除。”現在丘浚又對馬文升提起舊話，馬文升便向皇帝請求親自到甘肅去經略此事。但是朝廷大臣都說北部的敵寇很強大，本朝的兵部尚書不可遠離朝廷，於是便推薦兵部右侍郎張海和都督同知緱謙二人前往甘肅。皇帝頒賜敕令授予二人，但該二人都是庸才，只派土魯番的人回去諭告阿黑麻，讓他將所侵之地獻出來，而自己駐紮在甘州等待訊息。第二年，阿黑麻派使者叩見邊關大臣請求向朝廷獻貢，詭稱自己願意歸還陝巴和哈密，請朝廷也歸還所扣留的土魯番使者。張海等人上報朝廷，請求皇帝再降敕令宣諭阿黑麻。朝廷大臣議論時說，先前已經降過敕令，現在若再降敕令，有傷國體，應讓張海等人自己派人前去宣諭阿黑麻。如果阿黑麻不服從命令，則仍扣留土魯番前次派來的使者，把新來的使者全部驅趕到邊關之外，永遠不許他們再來獻貢，同時讓張海等人與當地守衛大臣一起傳檄文給罕東、赤斤等部的軍隊，讓他們直搗哈密，襲擊並斬殺牙蘭。如果無機可乘，則封閉嘉峪關，不接納土魯番的使者。陝巴雖然被封為忠順王，但他回與不回，對我們中國並沒有損害或好處，我們可以再挑選賢者代替他。皇帝認為既然陝巴對中國沒有損害或好處，而哈密的城池已經殘破，如果土魯番將哈密城池和陝巴獻還給朝廷，應當如何處置？朝廷大臣又說陝巴是安定王千奔的侄子，是忠順王的孫子，以前封他為忠順王是想讓他鎮守安撫一方罷了。現今他被俘虜，可知其自身孱弱，即使回來，也很難立為王了。
應當將其忠順王的爵位革除，讓他到甘州居住，再犒勞和獎賞安定王，將不再立陝巴為王的原因告訴安定王。再命令都督奄克孛剌總理哈密的政務，讓他與回回族都督寫亦虎仙、哈剌灰族都督拜迭力迷失等人分別統領三種番族人以輔衛中國。然後再修築苦峪的城壕，凡是散居在甘州、涼州的番族人，都讓他們回到自己的故土去，發給他們耕牛、農具和口糧。如果陝巴沒回來，也不必去索取，我們不急著要陝巴，他將會自己回來的。皇帝全部按照朝廷大臣所說的去做，並將此意敕令給張海等人。張海等人看到敕令書上說將放棄陝巴，很高興，馬上驅逐土魯番的獻貢使者，封閉嘉峪關，修築苦峪的城壕，讓流居的番族人全遷回故鄉，便給朝廷上疏回京交差。八年(1495)正月張海等人回到京城，朝廷的言官交相上奏彈劾他們在甘肅無功而返，將張海等人交給司法官員貶斥官秩，但哈密最終還是沒還回來。
馬文升則銳意圖謀收復哈密，他派許進做甘肅巡撫以圖謀此事。許進和大將劉寧等人在夜間偷偷出兵襲擊，牙蘭逃走，官軍便斬殺牙蘭留下的守軍，安撫好投降的眾人後才回軍。自從明朝建立以來，官軍從來沒有到過西域，至此諸番族人才開始知道畏懼，阿黑麻也想把陝巴送還過來。但是哈密城屢遭破壞，其間的居民早晚都擔心有敵寇入侵。阿黑麻又來攻打，由於哈密的軍民堅守，阿黑麻攻打不下，最終散去。哈密的各種人都認為該地窮困窘迫難以堅守，便把房舍全部焚燒掉，逃到肅州來請求幫助。邊關大臣將此上奏朝廷，皇帝下詔給他們賜予牛、農具和谷種，同時也將這些東西分發給流浪出來的三種番族人和寄居在赤斤的哈密人，讓他們全部到苦峪和瓜州、沙州，讓他們自己從事耕種放牧，以圖興復故國。
此時哈密沒有王，奄克孛剌充當哈密的長官。十年(1497)奄克孛剌派其黨徒寫亦虎仙等人前來朝貢，朝廷賜予他們幣帛五千，以抵償其貢品的價值。但奄克孛剌的使臣還是久留在京城不回去，常常對別人發怒咆哮。禮部官員徐瓊等人極力主張治他們的罪，於是朝廷便將他們趕出京城讓他們回去。此時各番國因為朝廷封閉了嘉峪關而無法進入中國，便全都怨恨阿黑麻，阿黑麻感到後悔，把陝巴和擄搶去的哈密人送了回來，請求朝廷允許他們像以前那樣獻貢。朝廷大臣商議後認為他們沒有送番國的文書來，不可貿然答應他們，一定要讓他們送文書來後才同意他們的請求。對於陝巴，前次大家商議時決定廢除他的王位，現在讓他暫時居住在甘州，等眾頭目都歸順朝廷時，再修好哈密的城塹，讓他重複舊業。皇帝同意這些提議。冬天，朝廷起用王越來總制三邊的軍務，併兼任哈密的經理事務。十一年(1498)秋，王越上奏說哈密不能棄，陝巴也不能廢，應讓他仍當哈密的王，讓他先回哈密，按實際撥給他們修城塹、建房舍的費用，犒賞三種番族人和赤斤、罕東、小列禿、乜克力等部落，以獎勵他們前次的功勞，責成他們再接再厲。皇帝也同意王越的提議。從此，哈密又安定下來，土魯番也向朝廷小心恭順地獻貢。
奄克孛剌，是罕慎的弟弟，與陝巴不和。主持西域事務的朝廷官員對此頗為擔心，讓陝巴娶罕慎的女兒，以便與奄克孛剌結好。陝巴既嗜酒如命又聚斂貪狠，失去了眾人的擁護，其部下阿孛剌等人也都有怨言。十七年(1504)春，阿孛剌等人暗地裡與阿黑麻勾結，迎接阿黑麻的幼子真帖木兒到哈密為王。陝巴感到畏懼，帶領全家逃到苦峪。此時奄克孛剌與寫亦虎仙都在肅州，邊關大臣認為番族百姓對奄克孛剌和寫亦虎仙頗信服，便讓他們二人回去輔佐陝巴，讓百戶董傑與他們同行。董傑此人頗有膽略。他們抵達哈密時，阿孛剌約了五位同黨準備乘夜帶兵劫持他們。董傑瞭解這一情況後，與奄克孛剌等人商量後，將阿孛剌等人召來商量事情，乘機將阿孛剌擒拿住斬殺，阿孛剌的手下人於是便不敢反叛了。董傑等人便讓陝巴回到哈密，讓真帖木兒回土魯番。真帖木兒年紀只有十三歲，他的母親就是罕慎的女兒。真帖木兒聽到父親阿黑麻已死，其兄滿速兒繼承了速檀的職位，與各位兄弟正互相仇殺，於是有點害怕不敢回去，願意投靠奄克孛剌，說：“這是我的外祖父。”邊關大臣考慮到真帖木兒與陝巴有仇，便讓他居住在甘州。十八年(1505)冬，陝巴去世，陝巴的兒子拜牙即自稱為速檀，朝廷下令封他為忠順王。
正德三年(1508)，寫亦虎仙到京城朝貢時，不和通事官員同行，而是自帶邊關大臣所發給的文牒徑自投奔京城而去。大通事王永很憤怒，上疏給朝廷請求治寫亦虎仙的罪，寫亦虎仙也上奏朝廷，講了王永的需求。王永在豹房手下供職，常常恃寵恣意行事、橫行霸道。皇帝下詔不給他們治罪，只戒諭他們而已。寫亦虎仙從此更加輕視朝廷，偷偷地心懷異志。
當初，拜牙即在哈密承繼為忠順王時，滿速兒便與哈密通和，並派使者來索討真帖木兒，邊關大臣上奏朝廷說還是將真帖木兒交給土魯番為好。中樞大臣說土魯番醞釀作惡已經很久了，現今看朝廷扶植哈密，朝廷的聲勢漸漸擴張開來，於是滿速兒以要求歸還弟弟為名，卑詞請求向朝廷獻貢。我們把他的弟弟留下來，正好符合古人所說的以其親愛之人為人質的治理辦法，因此不能馬上把真帖木兒遣送回去。皇帝同意。六年(1511)朝廷才讓寫亦虎仙與都督滿哈剌三二人把真帖木兒送回西邊的土魯番去。他們一行到達哈密時，奄克孛剌想制止他們這麼做，而寫亦虎仙和滿哈剌三不答應。他們二人把真帖木兒護送到土魯番後，便把哈密的真實情況告訴給了滿速兒，並引誘拜牙即背叛朝廷投奔土魯番。拜牙即素來昏庸愚鈍，性情又很淫暴，心裡害怕部下傷害自己，而滿速兒又以好言好語引誘他，他便想和奄克孛剌立刻同往土魯番，奄克孛剌不肯去，他便逃到肅州。八年(1513)秋，拜牙即棄城叛逃到土魯番。滿速兒派火者他只丁佔據哈密，又派火者馬黑木到甘肅上書給邊關大臣，說拜牙即沒有能力守衛自己的國家，現由滿速兒派遣將領代為看守，請朝廷予以犒賞。
九年(1514)四月，此事傳到朝廷，皇帝派都御史彭澤前去經略此地區的事務。彭澤還未到達，賊人就已分兵搶掠了苦峪和沙州，聲稱朝廷必須給他們一萬金幣，他們就把這兩個城的官印交出來。彭澤抵達甘州後，認為番人貪利，可以藉此招撫他們，於是派通事馬驥去土魯番，說只要他們歸還所侵佔的土地，交還哈密的忠順王，就給他們重賞。滿速兒假裝答應，彭澤即刻付予他們幣帛二千和白金酒器一套。十一年(1516)五月，彭澤上疏說：“我派通事到土魯番去宣揚朝廷的威風，答應給他們重賞，土魯番的酋長表示悔過，要效順朝廷，當即把金印和哈密城交還出來。滿哈剌三、寫亦虎仙二人也召回了他只丁，並歸還了他們搶奪去的赤斤衛所的大印。現在只有忠順王還在土魯番未回來。請求朝廷記下為之效勞的人員的功勞，容許我辭官還鄉。”皇帝當即讓彭澤回朝。忠順王最終沒有放回來，他只丁也不肯撤退，要挾朝廷再給以重賞，才把哈密城交出來。
第二年五月，甘肅巡撫李昆上奏說：“得到滿速兒的一封文牒，他說拜牙即不能復位了，即使讓他回到哈密，也已喪失了人心，還是請求朝廷另外封立安定王千奔的後裔為好。我認為他的這番話很對。如果一定要由拜牙即來複國，請求朝廷敕令滿速兒兄弟把他送回來，仍然給他賞賜優厚的繒帛等物，希望他能效順朝廷。”朝廷大臣商議時說“：派官員專門經略西部邊疆的事務已有三年之多，而忠順王至今還沒有歸期，應動兵斷絕與他們通貢，不能滿足他們所提的要求，以免大損我們朝廷的威風。只要城印歸還過來了，那麼國體就存在，朝廷應該敕令譴責滿速兒背叛朝廷、忘恩負義，向朝廷索求無厭。同時也適量賞賜一些禮物給滿速兒兄弟，讓他們儘快歸還忠順王。如果他們不聽從朝廷的命令，就封閉關隘，斷絕通貢，整頓軍隊做好戰備。”皇帝同意。
原先，寫亦虎仙與滿速兒互相勾結得很深，所以他首先倡導哈密背叛朝廷，併入土魯番。不久兩人之間有了間隙，滿速兒想殺寫亦虎仙，寫亦虎仙大為恐懼，求他只丁前去調解，答應賄賂滿速兒幣一千五百匹，約定寫亦虎仙到肅州時就交付，並引誘滿速兒入侵，說肅州唾手可得。滿速兒頗為高興，讓寫亦虎仙和自己的女婿馬黑木一起向朝廷進貢，一邊窺探中國的虛實，一邊向寫亦虎仙索取所答應的賄賂。邊防大臣看到與他們同來的火者撒者兒，是火者他只丁的弟弟，怕發生變故，便把撒者兒和他的同黨虎都寫一起拘留在甘州，督促寫亦虎仙出關，寫亦虎仙由於害怕而不肯離去。他只丁聽說他的弟弟已被拘留，很憤怒，又奪回哈密城，請滿速兒移居到哈密，派兵佔領沙州，率眾入侵邊關，到達兔兒壩。遊擊芮寧和參將蔣存禮，以及都指揮黃榮、王琮各率兵前去防守。芮寧首先抵達沙子壩，與賊人遭遇。賊人將芮寧全部包圍起來，又派軍隊去阻滯各位將領的進軍，芮寧的部隊七百人全部戰死。賊人進逼到肅州城，索討亦虎仙所欠的一千五百匹帛。肅州副使陳九疇全力堅守，而且首先除掉城內的接應內線，賊人知道事情已經洩露，怕朝廷的援兵到達，在大肆掠奪之後便離去了。
十二年(1517)正月，插有鳥羽的文書將此事傳到朝廷，朝廷大臣討論後又任命彭澤來總制軍務，讓他和宦官張永、都督卻永率軍征討西域。賊人回到瓜州，副總兵鄭廉會合奄克孛剌的軍隊將賊人擊敗，斬獲賊人的首級七十九個。賊人於是逃走，又與瓦剌部互相攻打，因力量不敵瓦剌，便移文書給邊關大臣向朝廷求和，彭澤等人便停止西征。
此前，寫亦虎仙和他充當米兒的兒子馬黑木、充當火者的女婿馬黑木以及同黨失拜煙答都作為內應被投入監獄，失拜煙答遭捶打而死。等該事件平定以後，寫亦虎仙被戴上枷鎖押赴京城，交給刑部監獄，他的兒子仍關在甘州。失拜煙答的兒子馬黑麻，在當地是米兒，他是寫亦虎仙的侄女婿，因向朝廷獻貢便暫時留在京城。探知王瓊想扳倒彭澤，便突然闖進長安門訴訟他的父親有冤，把彭澤投進了錦衣衛的監獄裡。此時兵部和法司請求朝廷傳佈甘肅來的訊報，王瓊想借此構成一個大獄，便上奏請朝廷派遣科道中的兩個人前去核實。第二年，稽核報告送到朝廷，沒有證明彭澤有罪。王瓊很憤怒，便彈劾彭澤欺罔朝廷使國家受到損辱，將彭澤貶斥為普通百姓。李昆、陳九疇被認為犯有激變土魯番人的罪行，遭逮捕後交給法官審理，並遭深重的譴責。又過了一年，寫亦虎仙被減免死罪，他便攀附錢寧，和他女婿一起得以服侍在皇帝的左右。皇帝喜歡他們，賜給他們國姓，授予他們錦衣指揮的官銜，讓他們侍候皇帝南征。
滿速兒自侵犯邊關以後，屢次請求向朝廷通貢，朝廷不答應。十五年(1520)，滿速兒將先前所劫掠去的將領和士兵以及忠順王的家屬全部歸還過來，並且又請求向朝廷獻貢。朝廷大臣討論後決定答應他的請求，而忠順王最終沒有還回來。巡按御史潘仿極力上奏說不應答應滿速兒的請求，而皇帝不聽。第二年，世宗接皇帝位，楊廷和認為寫亦虎仙熟悉中國的實情，放他回去必然成為邊境的大患，便在正德皇帝的遺詔中書數了他的罪行。世宗皇帝便將寫亦虎仙和他的兒子、女婿一起誅殺了，並起用陳九疇擔任甘肅巡撫。
此時滿速兒連年來向朝廷獻貢，朝廷仍像以前那樣禮待他們，亦不過問忠順王的事。嘉靖三年(1524)秋天，滿速兒率二萬騎兵包圍肅州，又分兵侵犯甘州。陳九疇和總兵官姜..等人經過力戰打敗了入侵的賊人，斬殺了他只丁，賊人才退走。此事上報到朝廷時，皇帝命令兵部尚書金獻民率兵西征，到達蘭州時，因賊人已經退走很久了，便帶兵回到京城。陳九疇藉機極力陳說賊人不能招撫，請求朝廷封閉關隘，斷絕通貢，一心鞏固邊防，皇帝同意。第二年秋天，賊人又侵犯肅州，分兵將參將雲冒包圍起來，以大隊兵力進抵南山。此時陳九疇已經解職，其他的將領率援兵趕來，賊人才開始逃走。
當此之時，番人屢次侵犯邊關城市，有關官員沒有能力振奮國威，替邊疆報仇雪恥，有幾個新上任的官員反而藉此構怨積憤。於是，封疆的大獄由此而興。百戶王邦奇，對楊廷和、彭澤素有仇恨，便於六年(1527)春上書說：“現今哈密國已經喪失，番賊侵略到內地，都是因為彭澤賄賂番人以求和和楊廷和治寫亦虎仙的罪並殺死他而造成的。將此二人誅殺掉，哈密國就可得到興復，邊境地區就會安寧無事。”桂萼、張璁等也想借此事大興牢獄，便把楊廷和、彭澤貶斥為平民，把他們自己的子弟、親戚、黨徒安排做獄官，致使有些人自殺身亡。他們又派給事和錦衣官前去哈密巡按。番族首領牙蘭說並不是想得罪明朝廷，之所以侵犯邊境，是由於朝廷冤枉殺死寫亦虎仙和失拜煙答兩個人的緣故。現在願意將哈密城的官印交還出來以贖前番侵犯邊境之罪。此事皇帝交給兵部處理，尚書王時中等人說“：番族首領請求向朝廷獻貢已有四次之多，先前已經交給總制尚書王憲處理，王憲讓其貢使回去轉達朝廷的譴責之意。現在牙蘭的請求應當不會是虛妄的。考慮到這些話是從牙蘭嘴裡出來的，大概不是想真正向朝廷獻貢，而是欺騙我們以求得和平。如果他果真有悔罪之意，一定會先將哈密城的印和所擄掠的人畜交還回來，把首惡分子戴上枷鎖送過來，然後在嘉峪關門口向朝廷大臣稽首，才能答應他們的請求。”皇帝採納了這個建議。桂萼因前次的大獄沒有興成，想重興大獄，便請求朝廷留下牙蘭的人質，再派遣譯者去諭告牙蘭，讓他歸還所侵之地。同時，桂萼等人又與禮部、兵部的尚書方獻夫、王時中等人協商，向皇帝呈上帶有挑撥性的言詞，說番族人向朝廷上書已有四輩，他們都將罪責推諉在前任官員身上，雖然他們的言語多是詆譭矯飾之詞，但事出亦必有原因。朝廷應派官員對前任官員有無激變番族人之事嚴加核查，以使番族人心服，至於其他方面可按上次的提議辦。陳九疇當初向朝廷報捷時，聲稱滿速兒、牙蘭二人都已死在炮石之下，而實際上二人並未死。皇帝本來對此就懷疑過陳九疇，現在看了桂萼等人的提議之後，更加懷疑邊防大臣欺罔朝廷，於是手書詔書數百字，嚴厲責備陳九疇，想置他於死地，同時告誡首輔楊一清不要庇護陳九疇，於是派官將陳九疇逮捕起來。尚書金獻民、侍郎李昆以下的四十多人都因此受牽連。
七年(1528)正月，陳九疇被逮到京城投入監獄，桂萼等人一定要殺他，並株連楊廷和和彭澤。刑部尚書胡世寧奮力挽救，皇帝稍有醒悟，免除了陳九疇的死罪，發配去守邊疆，彭澤、金獻民等人都被削奪了官職。這樣一來，番族首領氣焰更為囂張、驕橫，而桂萼又舉薦王瓊監督三邊事務，將陳九疇所拘留的番族使者全部釋放回去，並允許他們向朝廷通貢。番族首領卻並不悔改自己的罪過，仍像以前一樣侮辱和玩弄中國。這時因牙蘭得罪了其主人，便率領自己的部下來歸附朝廷，邊防大臣接納了他。滿速兒為此很憤怒，其部下虎力納咱兒勾引瓦剌的二千多騎兵侵犯肅州，到老鸛堡時，正好撒馬兒罕的獻貢使者在該堡中，賊人便呼叫該使者，與他講話。遊擊彭浚急忙帶兵襲擊賊軍。賊人聲稱自己是想問信通和的，彭浚不理，進兵戰鬥，打敗了賊軍。賊人逃到赤斤，派人持番族文書前來求貢，並將罪過推諉到瓦剌頭上，其言詞頗多狂忤謾罵之句。王瓊抓住這個機會，一心想招撫他們，便上書給朝廷說番族人已經悔悟自己的罪過，應該原諒他們並赦免他們的罪行，以便我們停止戰爭使百姓得到休息，同時為彭浚和副使趙載請功。他的這個奏章被皇帝轉到兵部。
當初，胡世寧救陳九疇時，就想放棄哈密，他說：“拜牙即長期居住在土魯番，即使讓他回到哈密，他也會臣屬於土魯番，而哈密的其他族人沒有可繼承王位的。回回族早已歸順土魯番，哈剌灰和畏兀兒二個族逃到肅州依附朝廷已很久，不能將他們趕到關外去。這樣一來哈密怎麼能夠興復呢？縱然尋找到忠順王的嫡系親屬，將金印交給他，給他提供軍糧，誰來替他守衛？不到一二年，又會被土魯番奪走，使土魯番更加富強，辱沒我們朝廷的成命，使土魯番再得哈密城的大印，成為日後要挾朝廷之地。請求皇上聖明深思熟慮，像先朝皇帝處理交..問題一樣，不去過問哈密的事務。如果他們不侵擾邊關，就答應與他們通貢。否則就封閉關隘，斷絕與他們的往來，不讓外部的番國來拖累中國。”詹事霍韜則竭力辯駁胡世寧之言不對。現在，胡世寧改為掌管兵部事務，便上疏說：“番族首領狡詐多端，想奪取我們的肅州，在內地逐漸安插了一些奸細。一旦被發覺後，他們大多施行反間計，扳倒朝廷所派的邊關大臣。假如我們答應讓他們進京朝貢，其使臣剛剛進關，賊兵亦已到達，河西地區幾度陷於危急之中。在此情況下，是閉關還是通貢，兩者相比較孰利孰害是很明白的。現今王瓊等人既然說賊人已逼近我們的城堡，綁架我們計程車兵，聲稱賊人要大舉進攻，這恐怕是威嚇朝廷，另一方面又說賊人懾於朝廷的威力正在悔罪，應仍答應與他們通貢，他們的言詞是多麼自相矛盾。霍韜又對賊人沒有蓋印信的番文產生懷疑，而依我看即使賊人的番文蓋有印信，亦不足為憑。只要不墮入他們的圈套，使他們無法達到離間我們忠臣之間的關係，廢弛我們邊疆地區防衛的目的，就可以了。牙蘭本是我們朝廷所屬的番臣，被土魯番人擄掠而去，現今束身前來歸附，其事屬於反正，應馬上安撫並任用他。招撫對他們攜有二心的人，會使我們的藩籬屏障更為堅固。至於是否去興復哈密，我們認為不用我們中國著急。哈密國已是三立三滅，現在其王也已被賊人所利用，百姓也全部流亡了。假如在哈密另立其他族為王，則他們強大時便會入侵中國，而弱小時則會服從賊人，難保他們不做侵叛之臣。所以我認為興復哈密對中國無益，只會給番族首領向朝廷要挾提供便利。故請求皇上給王瓊賜蓋有玉璽的文書，讓他會同甘肅的守衛大臣，把番國使者遣送回去，讓其使者告訴滿速兒，詰問他為何入侵中國。假如他推諉說自己不知此事，則讓他把虎力納咱兒戴上枷鎖解送到中國來。如果這次入侵是出自瓦剌，則讓他把瓦剌綁縛起來替自己贖罪。否則就拘留他們的使臣，發兵征討他們。只有威力和信用二者並行，賊人才會知道收斂自己。同時再敕令王瓊要為國家盡忠盡謀，力求好的善後計劃，以通番納貢為臨時之計，充實糧庫加強保衛為長久之策，這就是邊疆地區的大幸了。”該疏章遞到皇帝手上時，皇帝深以為然，命令王瓊深思熟慮周詳地處理問題，不可輕信番人之言。
到第二年，甘肅巡撫唐澤也認為哈密無法輕易地興復，請求朝廷一心考慮自治之策。王瓊對他的提議稱善，將他的提議上報給皇帝，皇帝認為可行。從此朝廷便不再過問哈密的興復之事，答應土魯番的通貢請求，這樣西部邊疆地區的百姓便免除了勞役之苦。後來哈密被失拜煙答充當米兒的兒子馬黑木所佔有，臣屬於土魯番。朝廷對哈密還是讓他們每年獻一次貢品，與對待諸番國的做法有異，到隆慶、萬曆皇帝當政時，哈密還向朝廷不絕地進貢，只不過統治哈密的已不是忠順王的後代了。
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