趙南星，字夢白，高邑人。萬曆二年(1574)進士，授職汝寧推官。行為廉潔，治理太平，逐漸提升為戶部主事。張居正臥病，朝廷大臣都為他祈禱，趙南星與顧憲成、姜士昌不去。張居正死，調任吏部考功郎中，稱病回家。
起用擔任文選員外郎。上疏陳述天下四大害，說：“楊巍乞求退休，左都御史吳時來圖謀取代他，忌恨戶部尚書宋糹燻的聲望，接連上疏排擠他。副都御史詹仰庇極力謀取吏部和兵部的侍郎。大臣尚且如此，拿什麼來責備小臣，這是不正當的求進之害。禮部尚書沈鯉、侍郎張位、諭德吳中行、南京太僕寺卿沈思孝相繼自行離職，只有南京禮部侍郎趙用賢在位，詞臣黃洪憲一幫人每每背後講他的壞話，言官唐堯欽、孫愈賢、蔡系周又公開地詆譭誣衊他。不能容忍正直的人而使小人得志，這叫作傾軋排擠之害。州縣官員的選拔任用過於隨便，部、寺的官員不超過一月便可當上省級官長，不考察他的才幹品行。而巡撫、按察使品評人物全看是否對自己有利，不是說還差得遠，就是說資歷太淺，一概不加升遷或降職。本意以為是愛惜人才，卻不知這實在是愛惜庸才。吏治一天天地汙穢，民生一天天衰竭，這叫做地方州縣之害。退休大官的權力比郡守縣令還大，橫行鄉里，無所顧忌，誰也奈何不得。像渭南知縣張棟，治理品行之好，找不出第二個來，約束抑制退休居鄉官員，結果被人讒言中傷沒有獲得升遷，這叫作鄉官橫行之害。這四害不除，國家就不可能得到治理。”
奏疏出來後，朝中議論稱是。而疏中所抨擊的全都是當朝庇護的，於是給事中李春開站出來反駁他。李春開的奏疏先交給廷議，趙南星幾乎被貶。給事中王繼光、史孟麟、萬自約，部下姜士昌、吳正志一起幫趙南星攻擊李春開，並且揭發吳時來、詹仰庇、黃洪憲誣陷忠良、阿諛奉承的情形。李春開為之喪氣，而趙南星最終因病回家。再次起用，擔任考功郎中。
萬曆二十一年(1593)，考核在京官員，跟尚書孫釒龍一起秉公執法，淘汰選擇，澄清吏治。首先貶黜他親近的都給事中王三餘和孫釒龍的外甥文選員外郎呂胤昌，其他依附政府的人連大學士趙志皋的弟弟都不能倖免。政府難以承受。給事中劉道隆於是彈劾吏部建議留任被糾察的庶僚不合法。皇帝下旨，認為趙南星等人擅權培植自己的黨羽，將他降官三級。不久由於李世達等上疏挽救，貶斥趙南星為平民。後來議論挽救他的人都受到譴責，孫釒龍也離開了他的職位，一時間好人幾乎全走光了。詳情見《孫釒龍傳》。
趙南星定居鄉里，名聲更大，與鄒元標、顧憲成號稱為海內三君子。朝廷內外上疏議論推薦他的不下百十起，終於沒被起用。
光宗即位，起用為太常寺卿。不久改任右通政，提拔為太常寺卿。到任後又提升為工部右侍郎。數月之後，授官左都御史，慷慨激昂地把治理國家當作自己職責。天啟三年(1623)考核在京官員，因原給事中亓詩教、趙興邦、官應震、吳亮嗣在萬曆朝時結黨營私、擾亂朝政，建議貶黜他們。吏科都給事中魏應嘉極力不同意。趙南星著《四凶論》，終於同考功郎程正已認定四人不合做官體統，其他考核汰除情形，完全跟他做考功郎中時相同。浙江巡按張素養舉薦部內的人才，包括了姚宗文、邵輔忠、劉廷元。趙南星揭發他的錯誤，張素養被定罪剝奪俸祿。在此之前，巡撫地方的人有提拔舉薦人才的先例，趙南星已上疏制止了。而陝西高弘圖、山西徐揚先，宣府、大同李思啟，河東劉大受，還按舊例繼續實行。趙南星一併上疏彈劾他們，巡撫地方的人這才知道畏懼法令。
不久替代張問達為吏部尚書，這個時候，人人千方百計奔走於升遷之道，賄賂公行，言官尤為橫行，每逢文選郎外出，就在半道上將他攔住，替別人求官，得不到滿足就說他的壞話，，或者把他趕走。選官即使公正行使權力，也無法奈何他們，尚書也只有嘆息而已。趙南星一向憎恨這弊端，銳意改革，一意推行自己的想法，政府官員和太監權貴也不能對他有什麼請求，各人害怕他的剛毅嚴肅也不敢有什麼冒犯。有一位給事貲郎請求鹽運司的官職，趙南星就將貲郎注籍在王府裡，而將給事派往外地。知縣石三畏一向貪財，巴結權貴將要調任京職，趙南星也把他安置在王府裡。當時進士沒有在王府做官的，趙南星卻不顧惜。
魏忠賢向來推重他，曾在皇帝面前稱讚他的才幹。有一天，派遣內親傅應星介紹一位中書拿著禮物來拜見他，趙南星把他趕走了。曾與魏忠賢一起坐在弘政門下，選拔通政司的參議，態度嚴肅地對魏忠賢說：“皇上年幼，我們這些朝廷內外的臣子應該各自努力做好事。”魏忠賢一聲不吭，憤怒之情溢於言表。大學士魏廣微，是趙南星的朋友魏允貞的兒子，向來以世交子弟撫養他，魏廣微進入內閣，曾三次到趙南星家，都被拒之門外，又曾經感嘆說：“見泉沒有兒子。”見泉是魏允貞的別號。魏廣微恨之入骨，與魏忠賢相勾結來陷害趙南星。
東林黨勢力昌盛，大批正直的人充盈朝廷。趙南星加倍尋找舉薦被遺漏的東林黨人，把他們安排在各個部門。高攀龍、楊漣、左光斗執掌法令；李騰芳、陳於廷輔助選舉；魏大中、袁化中主管科道；鄭三俊、李邦華、孫居相、饒伸、王之肕等人全部放在部裡執政。而這四司的下屬官員鄒維璉、夏嘉遇、張光前、程國祥、劉廷諫也都受到民眾的稱頌。朝廷內外欣喜地期望能有所作為，而小人側目，更想趕走趙南星。給事中傅魁以鄒維璉改任吏部自己不知道為由，首先憑藉汪文言發難，彈劾趙南星改變舊制，培植私黨。鄒維璉引咎辭職，趙南星上疏挽留他，小人更加不滿。正好楊璉上疏彈劾魏忠賢，宮中太監與政府官員更加對立，勢同水火。趙南星於是閉門乞求退休，皇帝不同意。
高攀龍彈劾崔呈秀，趙南星疏論讓他充邊。崔呈秀處境窘迫，連夜跑到魏忠賢的住處，叩頭哀求，說：“趙南星、高攀龍、楊漣等人不走，我們二人將不知死在哪裡啊。”魏忠賢認為的確是這樣的，於是和他一起制定陰謀。恰巧山西巡撫空缺，河南布政使郭尚友想得到它。趙南星認為太常寺卿謝應祥有好名聲，將他列在第一位請求皇帝批准。已經獲得聖旨恩准，御史陳九疇受魏廣微的指使，說謝應祥曾出知嘉善，魏大中是他的門生，魏大中以師徒關係的緣故，同文選郎夏嘉遇商量啟用他，徇私舞弊理當斥責。魏大中、夏嘉遇上疏爭辯，語言涉及陳九疇。陳九疇再次上疏極力詆譭，二疏一起交給部裡討論。趙南星、高攀龍確切指出謝應祥是因為在群眾有聲望而被推薦的，魏大中、夏嘉遇沒有私情，陳九疇的胡說不能相信。魏忠賢大怒，假傳聖旨廢黜魏大中、夏嘉遇，連同陳九疇一同被廢黜，而斥責趙南星等人相互勾結、結黨營私。趙南星立即引咎辭職，魏忠賢再次假傳聖旨痛切責備他，放趙南星迴家。第二天，高攀龍也引咎辭職。給事中沈惟炳上疏挽救，也被流放在外。不久因為會同推舉官員違背魏忠賢的意思，同時排斥陳於廷、楊漣、左光斗、袁化中，把趙南星擯棄了的徐兆魁、喬應甲、王紹徽等人安排在政府要害部門，小人競相升遷，國家大權都被魏忠賢奪去了。
魏忠賢及其黨徒非常憎恨趙南星。每當假傳皇帝下詔、告示時，總是把他看作罪魁禍首。於是御史張訥彈劾趙南星十大罪狀，並且彈劾鄒維漣、程國祥、夏嘉遇以及王允成。得皇帝旨，將他們全部削籍為平民。叫人再次上奏趙南星的同夥，張訥又列上李邦華及孫鼎相十四人的名字，統統將他貶職廢黜了。自此被趙南星擯棄的人，沒有不被提拔任用的。他向來所推重獎賞的人，全都遭到了意想不到的災禍。那些希望迅速謀求進身為官的人，一旦攻擊趙南星，便隨心所欲，為所欲為。石三畏也被起用任命為御史，上疏攻擊趙南星以及李三才、顧憲成、孫丕揚、王圖等十五人。已經死亡的都剝奪官職，有官職的禍害更加慘烈。不久因為汪文言的供詞涉及到趙南星，交給撫按審訊。正好郭尚友巡撫保定，而巡撫馬逢皋也懷恨趙南星，於是相邀在朝廷上侮辱他，用竹板打他的兒子趙清衡和外孫王鍾龐，將他們下獄，讓趙南星賠償贓款一萬五千兩銀子。趙南星家一向貧窮，靠親友捐助才將官司了結。最後將趙南星發配代州，趙清衡流放莊浪，王鍾龐謫戍永昌。嫡母馮氏，生母李氏，都由於哀痛過度而死。七歲的兒子也由於受驚嚇死去了。趙南星到達發配地，安然自處。
莊烈皇帝登基，下詔赦免讓他返京。巡撫牟志夔，是魏忠賢的死黨，故意推遲派送，趙南星最終死在發配的地方。崇禎初年，贈太子太保，諡號“忠毅”。傅槐、崔呈秀、魏廣微、陳九疇、徐兆魁、喬應甲、王紹徽、張訥、石三畏、郭尚友、牟志夔，都與“逆案”相牽連，為世人所憎惡。
鄒元標，字爾瞻，江西吉水人。九歲通曉“五經”。泰和人胡直，是嘉靖時的進士，官做到福建按察使，師從於歐陽德、羅洪先，得到王守仁學說的真傳。鄒元標年輕時跟胡直交遊，就有志於學術探討。萬曆五年(1577)中進士，在刑部學習政事。
張居正專權，鄒元標上疏痛切規勸。並且說：“陛下以為張居正對國家有利嗎？張居正論才幹雖然有所作為，學術根基卻非正途；志向雖然遠大，卻過於剛愎自用。他的一些政策措施不合情理，比如州縣入學的人數，限定為十五六人。有關官署迎合他的旨意，更加減少數量。這是選拔賢才的路子不廣。各地判決囚犯，也有一定的數量，有關部門害怕受處分，數量上一定追求有所富餘。這是刑罰實施得太無節制。大臣拿了俸祿苟且偷生，小臣害怕獲罪保持沉默，有的人今天陳述意見，明天卻遭到了譴責。這是上下言路沒有通暢。黃河氾濫成災，老百姓有的以荒草地為家，以喝水充飢，而有關部門卻充耳不聞。這是老百姓的疾苦沒有得到救濟。其他諸如任用殘酷的官員，埋沒傑出的人才，真是舉不勝舉。臣恭恭敬敬地讀皇帝的詔示，上面說道：‘朕的學業還沒有完成，志向還沒有確定，先生就離開了我，將使前功盡棄了。’陛下還這樣說，真是國家無盡的福份啊。雖然如此，輔助完成皇上的學業，協助樹立皇帝的志向的人，不能說朝廷就沒有啊。幸好是張居正遭遇父母喪事，還可以挽留，倘若不幸就此離去，陛下的學業莫非就此不得完成，志向莫非終究不能確定麼？臣看到張居正的上疏說：‘世上先有非同尋常的人，然後才能做非同尋常的事。’這是把奔喪看作事而不屑於去做的人。誰不知道人只有恪守仁、義、禮、智、信五種道德倫理才能成其為人。現在這個人，父母活著時不去照顧，父母死了不去奔喪，還自我吹噓為非同尋常的人，世道人心不認為他喪失天良，就認為他是豬狗禽獸，這能叫作非同尋常的人嗎？”
奏疏寫好，放入懷中然後上朝。正好趕上吳中行等人受廷杖刑。鄒元標等打完棍子後，把奏疏拿出來交給中官，哄騙他說：“這是請假的奏疏。”等奏疏呈上後，張居正十分惱怒，也將鄒元標打了八十棍子，貶職流放都勻衛，都勻衛位於萬山叢中，與少數民族雜居，鄒元標處之泰然。更加專心研究理學，學問得到很大的進步。巡撫御史受張居正的指使，將要陷害鄒元標。路過鎮遠在那裡住宿，一個夜晚，御史突然死了。
鄒元標流放了六年，張居正死，徵召授官吏科給事中，首先陳述培養道德觀念、親近大臣部屬、嚴肅法令準則、尊崇儒家品行、整頓地方吏治五件事。不久彈劾罷免禮部尚書徐學謨、南京戶部尚書張士佩。
徐學謨是嘉定縣人。嘉靖年間擔任荊州知府。景恭王分封德安，想奪取荊州城北面的沙市地盤，徐學謨堅持不給他，被景恭王彈劾。交給撫按官審問，改到別的地方當官。荊州人感激他，把沙市稱作“徐市”。張居正跟他一向很好。萬曆年間，積官至右副都御史，巡撫鄖陽。張居正回家處理父親的葬事，徐學謨小心地為他服務，徵召授官刑部侍郎。過了二年，提拔為禮部尚書。自弘治以後，禮部長官不是翰林出身不予任命。只有席書因為說“大禮”的緣故，由其他官署調任；萬士和不是翰林，但他先擔任過禮部侍郎。徐學謨直接被任命為禮部尚書，朝廷大臣因為張居正的緣故，沒有人敢說話。張居正死，徐學謨趕忙跟大學士申時行結為親家以鞏固自己的地位。等到奉皇帝命令選擇壽官，通政參議樑子琦揭發他先是巴結張居正，然後依附申時行。下詔剝奪樑子琦的俸祿。鄒元標接著揭發他，於是命令他辭官回家。
慈寧宮遭火災，鄒元標又上疏陳述有關時事政治六件事。其中說道：“臣先前進獻無慾望的教誨，陛下嘗試自我檢查，是真沒有慾望呢，還是節制了慾望？俗話說：‘要想人不知，除非己不為。’陛下的確應該儘快徹底地自我檢查，著意節制自己的慾望。”這個時候，皇帝正當壯年，沉迷於聲色巡遊、宴席，以為鄒元標指責自己，很不高興，降旨責怪他。首輔申時行因為鄒元標是自己的門生，卻彈劾罷免了他的姻親徐學謨，也心懷不滿，於是把他貶職為南京刑部照磨。調任兵部主事。徵召改任吏部，提升員外郎，因病免職。後起用候補驗封。陳述吏治十件事，百姓疾苦八件事，奏疏接近一萬言。文選員外郎空缺，尚書宋糹燻請求任用鄒元標，很久都沒有訊息，宋糹燻接連上疏催促。給事中楊文煥、御史何選也幫著說話。皇帝發火了，斥責宋糹燻，將楊文煥、何選貶到外地，而將鄒元標調往南京。刑部尚書石星為他辯論，也遭到皇帝的責備。鄒元標在南京過了三年，稱病回家。很久之後，起用為本部郎中，不去赴任。不久母親死，定居鄉里講學，跟他學習交遊的人一天比一天多，名氣也越來越大。朝廷內外上疏舉薦被遺失的人才，共有幾十甚至百道奏疏，沒有不把鄒元標列在第一位的，終於不被起用。在家隱居將近三十年。
光宗即位，徵召授官大理寺卿。未到任，提升刑部右侍郎。天啟元年(1621)四月回到朝廷，首先進呈“中和”的言論，說：“現在國家這個樣子，都是二十年來各大臣紛爭釀造成的。過去不選拔人才、禮讓賢能，卻天天嫉賢妒能，壓制人才，討論事情的人又不能心平氣和，反而專門致力於分立門戶派系。卑臣以為今天最要緊的，只是朝廷大臣彼此和睦而已。朝廷大臣和睦了，天地之間自然就和順了。以前討論人和事，每個人都心懷偏見，偏見導致迷亂，迷亂導致固執，固執轉而自私，不再知道有別人，國家的災禍就降臨了。現在跟各大臣立一個約定，討論一個人應該公平，不要輕易下筆做結論；討論一件事應該借鑑以前的經驗，考慮它的後果，不要不加思考、輕信傳聞。用天下萬世的良心，來衡量天下萬世的人和事，則議論公平，而國家能享受安定和平的幸福。”於是推薦塗宗浚、李邦華等十八人。皇帝優先下詔，嘉獎並接受了。過了二天，又陳奏發掘選拔人才、理財振軍等數事以及保證安寧的四項規條。並請求徵召錄用葉茂才、趙南星、高攀龍、劉宗周、丁元薦，而撫卹、登入羅大..、雒於仁等十五人。皇上也贊同接納。
當初，鄒元標站在朝廷上，正直威嚴，令人生畏，晚年努力爭取做到和睦平易。有人議論他趕不上剛開始做官的時候有氣魄。鄒元標笑著說：“大臣跟言官是有區別的。風度超絕，是言官的事情。大臣關心的不是大的利益和損害，就是應當保護扶持國家，怎麼能像年輕人那樣怒形於色呢？”這時結幫拉派十分興盛，鄒元標討嫌這種做法，想改正這種陋習，所以他舉薦引用的人不拘一格。曾經想推舉任用李三才，因言路不通，鄒元標沒有堅持。王德完諷刺他首鼠兩端，鄒元標也不計較。南京御史王允成等人以為他們二人有矛盾，請求皇帝下詔調解。鄒元標說：“我與王德完從來沒有矛盾，這一定是有人在從中搗鬼。我曾跟朝中大臣說：‘當今皇帝年幼，敵人就在國門邊上，只有同心協力、同舟共濟了。倘使再黨同伐異，對國家來說就是不忠，對家庭而言就是不孝。世上自有不偏袒、不結黨的正道，為什麼總是在窩裡鬥個沒完呢？’”皇帝即位已經很久，但前朝被廢黜、死亡的各臣還沒有得到贈封照顧，鄒元標再次上疏闡述撫卹大典，言辭更為懇切。
這年十二月改任吏部左侍郎。未到任，授官左都御史。第二年主管在外地官員的考核，離職或是留任全憑公論。御史潘汝禎、過庭訓一向有人議論。等過庭訓官期任滿，潘汝禎的評價充滿了讚揚的話。鄒元標上疏彈劾，二人一起稱病離職。不久，鄒元標說丁巳年(1617)對京官的考核不公正，專門打擊壓制跟自己意見不一致的人，請求皇帝收留錄用章家禎、丁元薦、史記事、沈正宗等二十二人。由此各臣多得到平反昭雪。又說：“公開下詔徵召被遺失的人才，但各老臣的官階還是三十年前就應該得到的，應該增加三品抬高他們的官級，表示陛下褒揚尊敬年高德重之人的美德。”皇帝採納了他的意見。於是北京和南京的太常寺、太僕寺、光祿寺三卿各增加了二個名額。
孫慎行議論“紅丸案”，鄒元標也上疏說：“人類所以存在，是因為有三綱五常。三綱五常所以確立，是因為有信史。我去年乘船經過南中，南中的知識分子都說先皇帝突然駕崩，死因不清楚，傳聞不可輕信。我開始還不以為然。等到進入北京城，跟人說起先皇帝有大德，應該儘快記入信史。各大臣說：‘提到先皇帝彌留之際的大事，叫人停筆不敢下，有誰敢擔當這個責任？’我開始對前些天聽到的話有了懷疑。首輔方從哲不伸張討伐逆賊的正義，反而實行獎賞奸細的法令，即使是無心做事，又怎麼向世人解釋交待。況且方從哲執政七年以來，沒有聽說有什麼建樹，只聽見說騎在馬上一天打三次仗，損失我國十萬士卒。請問是在誰當政期間，使先皇帝受到震驚，奸邪之人闖入內宮、豺狼當道，擾亂朝政？方從哲如何回答？從來懲戒亂臣賊子，都是依靠信史。信史耽誤於今天，不知到何時才能寫成？”當時刑部尚書黃克纘觀望內廷的意圖，小官吏們都跟著他，而方從哲世代定居京城，盤根錯節的關係不少，崔文升一幫人迎合內廷，極力追究孫慎行和大家的議論，都不能陳述。不久，孫慎行和王紀一起被驅逐，鄒元標上疏挽留，皇帝不聽。
鄒元標自從回到朝廷以來，不危言聳聽，不發表過激言論，對於事物沒有猜疑。然而奸詐小人因為他是東林黨人，還是忌恨他。給事中朱童蒙、郭允厚、郭興治擔心明年考核京官對他們不利，暗地裡想辦法趕走他。正好鄒元標同馮從吾建立首善書院，集合志同道合的人講學，朱童蒙首先請求禁止。鄒元標上疏辯論請求辭職，皇帝已經安慰挽留，郭允厚又上疏彈劾，語言尤其荒謬沒有根據。而魏忠賢剛剛大權獨攬，傳旨說宋朝之所以滅亡是因為講學，將要嚴加譴責。葉向高極力辯解，並且乞求一起辭職，這才下了道溫和的詔書，郭興治和郭允厚又交相上疏大力攻擊，郭興治竟然把他們比作山東的“妖賊”。鄒元標更加堅定地接連上疏請求離職，下詔加贈太子太保，乘驛車回家。閉門謝客，進呈《老臣請去國情深疏》，一一陳述軍國大計，而規勸皇帝節制慾望，人們爭相傳誦。天啟四年(1624)死在家裡。第二年，御史張訥請求拆毀天下的講壇，極力詆譭鄒元標，魏忠賢於是假傳聖旨剝奪他的官籍。崇禎初年，贈太子太保、吏部尚書，諡號“忠介”。
孫慎行，字聞斯，江蘇武進人。年輕時聽到外祖父唐順之的緒論，就十分喜好讀書。萬曆二十三年(1595)，考中進士第三名，授職編修，積官至左庶子。幾次請假定居鄉里，閉門絕交，精心鑽研理學。有人求見，都不接納，有人向他詢問政事，他也不回答。
萬曆四十一年(1613)五月從少詹事提拔為禮部右侍郎，代理本部事務。正在這時，城郊祖廟大規模宴享各禮節，皇帝有二十多年沒有親自主持，東宮太子停止講讀已有八個年頭，皇帝長孫九歲了還沒有請外面的老師，瑞王二十三歲尚未成婚，楚王同族的人禁錮很久沒有釋放，代王廢除大兒子立小兒子，好久都不更正，臣子的奏章上疏全部扣留禁中，福王府莊田超過四萬頃。針對上述情況，孫慎行痛切進諫。此後，考慮到東宮太子開講，皇帝孫子請老師，關係到宗廟社稷的安危，上疏多達七八次。代王廢除長子朱鼎渭，立愛子朱鼎莎，李廷機當侍郎的時候主持這事，這以後，大臣們上疏一百多道爭論，皇帝都不省悟。孫慎行多次上疏力爭，才得以改正。楚王族人打死巡撫趙可懷，為首的六個人處以死刑，又將朱英女蕉等二十三人囚禁在監牢裡面，將朱蘊鍅等二十三人關押在很遠的地方。孫慎行極力辯白他們並非謀反，各人因此得以釋放。皇太子雖已確立，福王還滯留京城，需要四萬頃莊田才離開，勢利小人多暗中偵察。朝臣請求讓福王回王國的人越多，皇帝就越推遲他的行期。孫慎行上疏十幾次，都不見省悟。最後，貴妃又請皇帝挽留福王慶賀太后七十年的壽辰，大家的議論更加紛揚。孫慎行於是聯合文武大臣跪在宮殿前極力請求，大學士葉向高也竭力爭辯。皇帝不得已，答應明年陰曆三月讓他回王國，大家的情緒才安定下來。
韓敬議論科舉考試，孫慎行準備廢黜韓敬。他在家鄉居住時一向在東林講學，韓敬的同黨很忌恨他。正好吏部侍郎空缺，朝廷議論讓李志改任吏部左侍郎，孫慎行為右侍郎，任命都還沒有下達。御史過廷訓於是說李志未到任，何必再推舉孫慎行，給事中亓詩教附和他。孫慎行於是四次上疏請求回家，到城外等候命令，皇帝於是同意了。不久考核京官，御史韓浚等人因為催促福王回國，認為孫慎行求取功名，把他的名字寫進糾察過失的上疏中，皇帝清楚他無罪，孫慎行幸免於難。
熹宗即位，徵召授官禮部尚書。當初，光宗皇帝病情加重，鴻臚寺丞李可灼進獻紅鉛藥丸，不久皇帝駕崩，朝廷大臣輪流上書彈劾他。大學士方從哲草擬聖旨讓他稱病回家，贈送給他金幣。天啟二年(1622)四月，孫慎行回到朝廷，上疏說：
“先皇帝死得這麼快，雖然說有舊病，實際上是治病的人用藥不慎重。讀官府的報紙，得知李可灼的紅丸是首輔方從哲進獻的。李可灼不是宮內太醫，紅丸不知道是什麼藥，卻竟敢那麼快地進獻給皇帝。往昔許悼公喝太子藥而死，太子就自殺了，《春秋》還記載為弒君。然而方從哲應該如何處置？快點拿劍自殺向先皇帝謝罪，是上等行為；關了門躺在草蓆上，等候司法部門處理，是次等行為。他卻竟敢如此兇狠不加任何考慮。等到滿朝大臣一起攻擊李可灼時，方從哲只是命令他回家休整，難道不是因為自己舉薦了李可灼，恐怕跟他一起受處分嗎？我以為方從哲縱然不是有心弒君，卻造成了弒君的事實；想要洗刷弒君的罪名，難逃弒君的事實。《實錄》中如果想要替君父避諱，不得不直接寫上方從哲連續進獻二顆藥丸，皇帝片刻駕崩，恐怕到了後代，要想真相大白於天下，是不能夠了。
“然而方從哲的罪行實在不止於此。首先有皇貴妃想立為皇后的事情。自古以來沒有皇帝一死就立皇后的。倘若不是禮官上疏，言路極堅持，豈不是要嫁禍於國家嗎！其次有諡號皇祖為恭皇帝的事情。遍考晉、隋、周、宋各朝，凡是末代亡國的君主都諡號為“恭”，方從哲卻將它加在我朝皇祖的頭上，難道真是不學無術，實際是在詛咒我國已經快要亡國了，其居心何在？最後有選侍垂簾聽政的事情。劉遜、李進忠這二個些微小臣，何至於如此大膽，口出狂言。或以為二小臣早就把黃金寶物送到方從哲家，如果不是九卿、臺諫極力請求移宮，選侍一旦得志，陛下將無立足之地。聽說那時方從哲遲遲不肯進奏，科臣催促他，他卻說遲幾天沒關係。放任太監肆意囂張，忍心看著皇上不安，做大臣的應該像這樣無動於衷麼？
“我在禮部說有關禮的事情。他罪惡滔天，毫無生路可言。至於其他督戰誤國，欺上徇私，縱情聲色，踐踏國法，冒犯天下名義，釀成國家災害的罪行，我不能一一列舉。陛下應立即聲討這賊臣，以雪不共戴天之仇。不要問身旁的人，身旁的人都是方從哲巴結好了的。不要拘禁忌諱的人，那些人都是方從哲佈置好了的。請求皇上立即誅殺李可灼，以洩神人之共憤。”
當時全國都痛恨方從哲，孫慎行的言論雖過於尖刻，然而大家都認為他說得對。看到身邊親侍多為方從哲說話，皇帝於是說：“方從哲一向忠誠小心，李可灼進藥本是先皇帝的意思。你的話雖出於忠誠愛護，事情卻是傳聞。連同進封、移宮等事情，當天九卿、臺諫官親眼看到的，當據實上報，用以釋解大家的疑慮。”於是方從哲上疏辯解。刑部尚書黃克纘偏袒方從哲，也為他曲意辯解。孫慎行又上疏駁斥，說：“此前過於相信李可灼，罪在輕視進藥；此後曲意庇護李可灼，罪在不聲討盜賊。二者都不能開脫弒君的罪名。方從哲說移宮有真憑實據，但各臣的請求是在初二，方從哲的請求是在初五。那時奏章上疏送到乾清宮不送到慈寧宮已有三天，國家大事幾乎中斷，不是其他輔臣調查獲悉，與朝臣極力請求，其危害真是一言難盡啊！臣恭敬拜讀皇帝的詔書，其中說：‘輔臣的意義在於分管國事，替朕分擔憂愁。現在這種局面，為何不代朕傳一句話，平息各種意見糾紛，君臣之間的大義到哪裡去了？’又說：‘朕不能忍受侮辱虐待，六七天都在日夜哭泣。’方從哲是顧命元老重臣，假使他能稍微有所行動，何至於讓至尊的皇帝如此憂憤危險！他阿諛奉承太監是那麼多，感戴皇帝的聖明是如此少，所以膽敢侮辱皇帝的祖先，違抗皇帝的父親，而欺負皇帝陛下啊。”最後又極力說明黃克纘的荒謬。二疏章一起交朝廷討論。不久上報皇帝，只是將李可灼下獄發配邊地，方從哲不問罪。
山東巡撫報告，五月中旬，大白天月亮和星星一齊出現了。孫慎行以為非常怪異，上疏請求皇帝修身反省，語言非常直率中肯。秦王朱誼氵患由庶受封，排行老四按規矩不應該封為郡王，重禮賄賂皇帝近臣，才得聖旨批准。孫慎行堅決不接受詔書，三次上疏爭辯，沒有結果。七月稱病離職。
這一年冬天，朝廷推舉內閣大臣，以孫慎行第一，吏部侍郎盛以弘第二。魏忠賢壓制不任用，任用顧秉謙、朱國禎、朱延禧、魏廣微，朝臣大吃一驚。葉向高接連上疏請求任用孫、盛二人，最終沒有效果。此後，魏忠賢氣焰囂張，討論編寫《三朝要典》，孫慎行列為“紅丸案”的首犯。同黨張訥於是上疏極力詆譭，下詔剝奪官籍。不久，劉志選又兩次上疏追查揭發，下詔撫按調查審訊，發配寧夏充邊，沒有出發，莊烈皇帝即位，赦免了他。
崇禎元年(1628)命令以原來官職協助治理詹事府，極力推辭不到任。孫慎行操守嚴峻，品行純潔，為一代官吏之宗師。朝士多數推舉他進入內閣，吏部尚書王永光極力排斥他，終究不被任用。八年，推舉內閣大臣，幾次皇帝都不滿意。最後把孫慎行、劉宗周、林釒乾的名字上報，皇帝立即召見他們。孫慎行已經患病，剛到北京就死了。贈封太子太保，諡號文介。
高攀龍，字存之，無錫人。少年時讀書，就喜好程頤、朱熹的學說。萬曆十七年(1589)中進士，授行人職。四川僉事張世則進呈他的著作《大學初義》，詆譭程頤、朱熹的章句，並請求頒行天下，高攀龍上疏極力反駁他的錯誤，張世則這本書便沒有頒行。
侍郎趙用賢、都御史李世達被別人攻擊丟了官，袁中的議論多數歸咎於大學士王錫爵。高攀龍上疏說：
“近來朝廷之上，正人君子被排擠一空。大臣則孫釒龍、李世達、趙用賢走了，小臣則趙南星、陳泰來、顧允成、薛敷教、張納陛、于孔兼、賈巖被斥退了。近來李禎、曾乾亨又無法安心本職而乞求走了，選郎孟化鯉又藉口推薦言官張棟，隨著這股潮流去了。
“天地之間造就一個人才是很難的，國家需要人才是很急迫的，這樣的廢置排斥，以後的人才怎麼接得上。這些情況已使得正直的人扼腕嘆息，奸邪的人彈冠相慶，世道人心如此真叫人不勝感慨！而且現在陛下的朝講已經停止很久了，朝臣不能望見皇帝的龍顏。皇帝傳旨下來，雖然說是聖上親自裁定，但這裡面隱藏了些什麼，難以揣度其究竟，所以朝廷內外的輿論，不是說‘輔臣想除掉不歸附自己的人’，就是說‘近侍不利用正直的人’。陛下深居九重之內，也曾經把每位大臣是否賢能的情況寫了陳列在左右；而陛下對於各臣，也曾想過他們為什麼會獲罪的原因嗎？如果以為都是由於聖上發怒，可是各臣除孟化鯉之外，未曾聽說有觸犯聖旨的，為什麼都遭罷免斥退呢？即便違抗了皇帝講了不中聽的話，例如董基等，陛下已經錄用，為什麼對於這些人卻不是這樣呢？我恐怕陛下有驅逐奸邪的果斷，而左右的人反而利用來實現自己嫉妒的私心；陛下有接納進言的博大胸懷，而臣子反而留給您拒絕諫諍的譏嘲。傳到各地，寫進史冊，使聖德受累不淺。
“輔臣王錫爵等，看他自我約束的情況，好像勝過張居正、申時行；觀察他的用心和五十步笑百步又有什麼不同呢？即如各臣被罷退斥逐，如果以為當然是這樣，那麼是非邪正，一般人都能辨別，怎麼忍心坐視皇帝的錯誤做法，難道不是為了發洩私憤，而得益於把那些人全都罷免斥退光嗎？”
最後極力詆譭鄭材、楊應宿說人壞話、巴結奉承應該罷免。楊應宿也上疏攻擊高攀龍，所講的話非常荒誕，沒有根據。兩份奏疏一起交給部院，議論的結果是請求對二人稍加責罰，以表示懲治過去，警戒未來。皇帝不準，降楊應宿二級，把高攀龍貶職流放到揭陽為添注典史。
御史吳弘濟等議論挽救，都受到譴責。高攀龍上任七個月就因事歸去，接著父母去世，於是不再做官，在家住了近三十年。言者多次推薦，皇帝都不醒悟。
熹宗即位，起用高攀龍為光祿寺丞。天啟元年(1621)升為少卿。第二年四月上疏彈劾外戚鄭養性，說：“張差梃擊謀害太子實在是鄭養性的父親鄭國泰所主使。現在人們議論紛紛，都懷疑鄭養性勾結宮內外犯法作亂的人，另有異謀，懷疑積累多了得不到解決，應當考慮一個妥善處理的辦法。至於劉保謀反，是中官盧受主使的，劉於簡的供詞都在。盧受本是鄭氏的私黨，而李如禎一家勾結鄭氏，陰謀陷害名將，導致失地喪師，劉於簡原來的供詞，說明李永芳約了李如禎做內應。像崔文升向來就是鄭氏的心腹，知道先帝有虛症，故意給他服用洩藥，這罪不能赦免。陛下僅僅將他斥責趕走，而崔文升還秘密住在京城。應該勒令鄭養性回到家鄉，儘快將李如禎、崔文升繩之以法，以昭彰國家大法。”奏疏送入，皇帝責怪高攀龍多事，但終於遣送鄭養性回了老家。
孫慎行因為“紅丸案”攻擊前朝首輔方從哲，交給大臣們討論。高攀龍引用《春秋》首惡性之誅為例，把“紅丸案”的主要責任歸咎於方從哲。給事中王志道為方從哲辯解，高攀龍寫信切實責備他。不久改任太常寺少卿，上疏陳述努力學習的重要，接著說：“方從哲的罪行並非只有‘紅丸’一件事，他最大的罪行在於勾結鄭國泰。鄭國泰父子有計劃地謀害先帝的事不止一件，開始是張差的梃擊，接著是鄭貴妃進送美女，最後是崔文升的藥，而方從哲實在是佑護他。盡力扶持幫助鄭氏的黨徒，盡力剷除不聽從鄭氏的人；一時人心惶惑，只知道鄭氏，不知道東宮太子。這是盜賊一樣的臣子，討伐盜賊，就是陛下的孝。而有的人卻說：‘為先帝隱諱才是孝。’這是擾亂天下的歪理。陛下顧念聖母就應該宣佈李選侍的罪行，顧念皇考就應該加厚對李選侍的恩德，這樣就仁至義盡了。而有的人卻說：‘為聖母隱諱才是孝。’明明是聖諭，看作是假託；像楊漣那樣忠心，卻被誹謗為居功自傲。大臣怕被說是居功，寧願以待罪之身躲在一邊，當君父有急難的時候，卻在那裡袖身旁觀，這也是導致天下大亂的歪理。被這樣的說法所迷惑，真正的孝不知道是孝，把不孝也當作大孝；真正的忠不知道是忠，把不忠也當作大忠。忠孝都可以顛倒，什麼事情不可以胡為呢？所以方從哲、鄭養性不能不討伐，為什麼還讓他們住在天子腳下？”當時在朝廷暗中支援方從哲的勢力很大，他們摘取了高攀龍奏疏中“不孝”的話激怒皇帝，將要對他嚴加譴責。葉向高大力拯救，這才停發俸祿一年。鄒元標受到攻擊，高攀龍請求和他一同罷免，皇帝下詔挽留他。升為太僕卿，提升刑部右侍郎。
天啟四年(1624)八月拜左都御史。楊漣等一群人攻擊魏忠賢，雙方已勢不兩立。等到葉向高離職，魏廣微天天引導魏忠賢做壞事，而高攀龍是趙南星的門生，一同在重要部門。御史崔呈秀巡按淮、揚回來，高攀龍揭發他貪汙受賄的邪惡行為，趙南星建議把他充軍，崔呈秀處境困迫，急忙跑到魏忠賢那裡，乞求做他的乾兒子，於是撿了謝應祥的事，說高攀龍黨附趙南星。皇帝下了道嚴厲的聖旨責問追究，高攀龍自己承擔罪責走了。不久，南京御史遊鳳翔調出當知府，揭發高攀龍挾持私人勢力排擠他。下詔恢復了遊鳳翔過去的官職，革了高攀龍的職。崔呈秀還不解恨，一定要殺他，把他的名字偷偷塞進李實彈劾周起元的奏疏中，派遣緹騎前往逮捕他。高攀龍早上拜謁宋代儒家學者楊龜山祠，有人把這公文告訴了他，高攀龍回去和二個門生一個弟弟在後園的池上喝酒，聽說周順昌已經被逮捕，笑說：“我視死如歸，現在就要實現了。”進去和夫人說話，跟平時一樣。出來，寫了兩張紙告訴二個孫兒說：“明天交給官府的校尉。”於是讓他們出去，關好門。過了一會兒，大夥推門進去，看到一盞燈火光微弱，高攀龍已經整整齊齊地穿戴好衣帽自己溺死在池中了。拆開他所封的紙，是一個遺表，說：“我雖然被革職，從前曾是大臣，大臣受侮辱就是侮辱國家。謹向北面叩頭，跟從屈原遺留下來的榜樣。”又有告訴門生華久誠的信說：“我能夠像這樣從容不迫的死去，多少還是得力於我一生治學的結果。”當時他六十五歲。遠近的人聽到他的死訊，沒有不為他哀傷的。
崔呈秀還不解恨，假傳聖旨把高攀龍的兒子世儒交給司法部門審理，刑部判世儒不能防範他的父親，流放服勞役。崇楨初年，追贈高攀龍為太子少保、兵部尚書，諡號忠憲，授予高世儒官職。
起初，海內學者全部都尊奉王守仁的學說，高攀龍心裡很不以為然，他和顧憲成同在東林書院講學，以靜為主。品行純良忠厚，完全是一個正直的人，被當時的學者所尊奉。海內士大夫，認識的和不認識的，都一致稱頌高、顧二人。高攀龍被革職的時候，皇帝下詔拆毀了東林書院。莊烈帝即位，學者重新修復了它。
馮從吾，字仲好，陝西長安人。萬曆十七年(1589)進士，改任庶吉士，授官御史。巡視宮城，宦官置備名帖求見，拒絕不見。禮科都給事中胡汝寧奸詐狡猾、胡作非為，多次揭發都不離職。馮從吾揭露他的邪惡，才把他調往外地，正值考核地方官員的時候，馮從吾嚴加巡視，行賄者銷聲匿跡。
萬曆二十年(1592)正月上奏章說：“陛下郊廟祭禮不親自參加，朝臣聚會不親自駕臨，奏章扣留在禁中不下發。請看戊子(1588)以前，周邊國家效忠順服，天下太平；己丑(1589)以後，南有倭寇告急，北有強敵犯邊，天災人禍，層出不窮。前者為勵精圖治的功效，後者是懈怠敗壞的災禍。近來傳頌皇帝告諭，說皇帝身體欠佳，想以此為由自我掩飾，卻不知宮內敲鐘，聲音已傳於宮外。陛下每晚必飲酒，每飲必醉，每次喝醉了必定發脾氣。左右的人稍有一句話不對勁，就用亂棍打死，外廷沒有不知道的。天地良心，難道是可以欺騙的麼！希望陛下不要以為天災不足畏懼，不要以為人言不足憂慮，不要以為目前的太平安定可以依賴，不要以為將來的危險動亂可以忽視，如此，則是國家社稷的大壞事。”皇帝大怒，想處罰他廷杖刑。正好趕上仁聖太后的壽辰，內閣大臣極力勸解得以倖免。不久告假回家，起用巡視長蘆鹽政。為政清廉，優待商人，奸猾之徒大為收斂。回到朝廷後，正趕上皇帝因為軍事事務大批廢黜北京和南京的言官。馮從吾也被剝奪官籍，還是由於先前上疏的緣故。
馮從吾生性純正而誠實，有志於濂、洛二個學派的理學，跟著許孚遠學習。罷官回家，閉門謝客，用前輩學者的格言，對照自己的實踐，造詣更加深邃。在家隱居二十五年，光宗即位，起用尚寶卿，提升太僕少卿，全因為哥哥的喪禮沒有赴任。不久改任大理寺。
天啟二年(1622)提拔為左僉都御史。才二個月，提升為左副都御史。朝廷討論“三案”，馮從吾說：“李可灼拿至尊皇帝試驗藥物，卻同意他稱病回家，掌權者是何用心？至於梃擊這個官司，跟揭發奸人的各臣作對的人，就是奸人。”因此眾太監討厭他。
不久，與鄒元標共同建立首善書院，召集志同道合的人在裡面講學。給事中朱童蒙上疏詆譭。馮從吾說：“宋朝不興盛，是因為禁止講學的緣故，而不是講學的緣故。我朝太祖、成祖宣揚‘六經’，皇帝佈置講經史的几席，皇太子出樓聽講，都是講學。臣子期望皇帝講學，自己卻不去做，能行嗎？原大臣王守仁，在行軍打仗的空隙，還不忘記講學，終於成就偉大的功業。這就是我們不計較名譽得失而興書院講學的原因。”於是再次稱病辭職，皇帝下詔好言相勸，挽留他。給事中郭允厚、郭興治又先後極力詆譭鄒元標。馮從吾又上疏說：“我壯年時進入朝廷，就跟楊起元、孟化鯉、陶望齡等人創立講學會，直到我告病回家才停止。北京講學，過去就有了，為什麼直到今天才被譴責？”於是再次上疏辭職。
天啟四年(1624)春天，起用為南京右都御史，多次推辭沒有批覆，徵召授官工部尚書。正好趙南星、高攀龍相繼離職，接連上疏極力推辭，讓他辭官回家。第二年秋天，魏忠賢的黨羽張訥上疏詆譭馮從吾，剝奪官籍。同鄉王紹徽一向懷恨馮從吾，等到在吏部任職，使喬應甲巡撫陝西，千方百計地蒐集材料，但一無所獲。於是毀壞書院，推倒先聖的像，丟在城角。馮從吾非常憤怒、憂鬱，得病死了。崇禎初年，恢復官階，贈封太子太保，諡號恭定。
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