日本，就是古代的倭奴國。唐朝咸亨初年，因其地靠近東海，最早看到日出，才改名為日本。日本四面環海，只有東北部有少量大山，內分為五個畿、七個道、三個島，共一百十五個州，統領五百八十七個郡。周圍有小國數十個，都從屬於日本。這些小國中，國土小的只有百里，大的也不超過五百里；戶籍少的只有一千餘戶，多的也不超過一二萬。這些國家的國王世代都以王為姓，而各位大臣也都世代為官。宋代以前他們都與中國有來往，向朝廷朝貢不絕，其事以前各史籍均有記載。只有元世祖幾次派使臣趙良弼去招撫他們，他們都不來，於是便命令忻都、范文虎等人率水軍十萬前去征討，到五龍山時遭遇暴風，全軍覆沒。後來屢次派人去招撫都不來，終元朝一世他們都沒與中國往來。
明朝建立後，高皇帝登位，方國珍、張士誠相繼被誅或臣服。諸豪強亡命之徒往往糾集島上之人入侵山東濱海的州縣。洪武二年(1369)三月，皇帝派行人楊載前去日本頒發詔諭，並詰問他們為何入侵中國，對他們說：“你們要覺得合適就派使者到朝廷來修好，否則你們就備軍自保。倘若你們一定要在中國為寇為盜，馬上就派將領率兵前來征討，大王自己考慮一下後果。”日本國王良懷不遵奉朝廷的命令，又侵略山東，轉而掠奪溫州、台州、明州旁的漁民，還侵略福建的沿海郡縣。
三年(1370)三月朝廷又派萊州府的同知趙秩前去責備日本國王，當他泛海渡舟到析木崖，進入日本境內，日本守關者拒絕接納趙秩進關。趙秩將書信託人轉交給良懷，良懷請趙秩進去。趙秩向他諭告中國的威德，詔書中還有責備他不行臣子之事的話語。良懷說“：我的國家雖然地處扶桑之東，未嘗不仰慕中國。只是蒙古人與我們一樣都是夷族，卻想把我們變成臣妾。我國的先王不服，蒙古人便派一名姓趙的使臣拿好話來哄我們，可是他的話還沒完，他們就把十萬水兵排布在海岸上了。靠天之靈，忽發雷霆波濤，一時之間讓其全軍覆沒。現今新的天子在中夏稱帝，所派的使臣也姓趙，難道也是蒙古人的後裔嗎？是不是也先拿好話騙我而後再襲擊我。”說完之後拿眼睛看著左右想用兵器殺死趙秩。趙秩不為所動，慢慢地說：“我國大明天子神聖文武，非蒙古人可比，我也不是蒙古使者的後裔。要是你們想使用兵器殺我，那就殺好了。”良懷氣沮，親自下堂請趙秩，對他禮遇甚優。於是良懷派其僧人來中國奉表稱臣，向朝廷貢獻馬匹和土產，並送還從明、臺兩個郡中擄掠去的七十餘人。在四年(1371)十月到達京城。明太祖深為嘉賞，賜宴犒勞日本的使臣，心想日本的習俗是迷信佛教，可以西方的佛教來誘導他們，於是命令僧人祖闡、克勤等八人送日本使者回國，給日本國王良懷賞賜《大統歷》和文綺、紗羅。該年他們又擄掠了溫州。五年(1372)他們入侵海鹽、澉浦和福建省的海上各郡。六年(1373)朝廷任命於顯為總兵官，出海巡視倭人地區，倭人又入侵萊、登兩個州。祖闡等人到了日本，即為日本國演示教義，其國人對祖闡等人頗為敬信。而日本國王則傲慢無禮，將祖闡等人拘留了二年，在七年(1374)五月才回到京城。此時倭人又入侵膠州。
當時良懷年紀尚輕，有個叫持明的人與他爭王位，國內發生戰亂。該年七月，良懷的大臣派僧人宣聞溪等持書到中書省，向朝廷貢獻馬和土產，但沒有表文。皇帝命令拒絕他們的貢物，仍讓他們的使者帶回去。不久，良懷手下守衛別的島嶼的大臣氏久派僧人奉表前來獻貢。皇帝以他們沒有國王的任命，且又不遵奉夏曆為由，也拒絕了他們的貢品，將它賞賜給使者，還命令禮部大臣移文牒給他們，責備他們不該越份私自獻貢。又因他們頻頻入侵掠奪，皇帝命令中書省移文牒譴責他們。於是日本國於洪武九年(1376)四月，派僧人圭廷用等人前來朝貢，並表示謝罪。皇帝厭惡他們表文中的言詞不誠實，降詔諭予以警戒，同時按慣例設宴招待使者。十二年(1379)日本國向朝廷獻貢。十三年又來朝貢，沒奉有表文，但其使者持有日本徵夷將軍源義滿奉給丞相的文書，文書中的言辭又甚為傲慢。朝廷退還他們的貢品，派使者持皇帝的詔書前去譴責他們。十四年(1381)他們又來上貢，皇帝再次拒絕，命令禮部官員移文書譴責日本國王和該國的徵夷將軍，表示欲征討他們。良懷於是上疏說：
我聽說三皇立極，五帝禪宗，只有中華有君主，難道不允許夷狄之族有君長？乾坤浩蕩，不能由一個君主獨擅專權，宇宙寬宏，分成各個邦國以作守衛。天下者，是所有天下人的天下，而不是一個人的天下。我居住在又遠又弱的倭人之地，是個又偏僻又弱小的國家，城池不滿六十個，封土不足三千里，但我已存知足之心了。陛下您是中華的君主，是萬乘之君王，擁有城池數千個，封土百萬裡，還存有不知足之心，常起滅絕異邦的意圖。上天忽發殺機，便會移星換宿；大地忽發殺機，便會龍蛇走陸；而人忽發殺機，便會天地反覆。昔時堯、舜有德行，四海之人都來賓服。湯、武施行仁政，八方之人都奉貢獻。
我聽說貴朝廷有興戰之意，我們小國也有禦敵之策。若論比文有孔、孟的道德文章，若論比武也有孫、吳的兵法韜略。又聽說陛下您已挑選精兵強將，前來侵犯我們國境。我們的水澤之地，山海之洲，自然已有防備，豈肯跪在路途之中遵奉你們？順你們之意未必一定能得到生存，違揹你們也未必就是死路一條。如果相逢在賀蘭山之前，玩玩搏鬥之戲，我也毫無畏懼。倘若是您勝我敗，且可滿足貴國的意圖。如果是我勝您敗，您就蒙受小邦的羞辱。自古以來都是講究以和為上策，以罷戰為強計，免得生靈塗炭，把黎庶之民從艱辛中拯救出來。現特地派遣使臣，敬將此意奉告到您的宮殿之前，希望貴國考慮。
皇帝得到這個表文甚為慍怒，但鑑於元朝蒙古人的前轍，最終沒有對日本出兵。
十六年(1383)，倭人又入侵金鄉、平陽等地。十九年(1386)他們派使者來獻貢品，被退了回去。第二年朝廷命令江夏侯周德興前往福建的濱海四郡，視察形勢。對於有的衛所的城牆不能保護要害的，將其移置；對於百姓每戶中有三個男丁就抽取一個來充當戍卒，於是修築了一十六座城牆，增設了四十五個巡檢司，得到士卒一萬五千多人。朝廷又命令信國公湯和出行巡視浙東、浙西的諸郡，整治海防，於是修築城牆五十九座。他又規定每戶有四個男丁的抽取一個充當戍卒，這樣就得到五萬八千七百多人，分別戍守各衛所，海防得到大力加強。閏六月，朝廷又命令福建準備海船一百艘，廣東準備兩百艘，在九月會同浙江一起搜捕倭人，不久這個命令停止執行。
此前，胡惟庸謀反，想藉日本的力量作為援助，於是以厚禮勾結寧波衛指揮林賢，向朝廷佯奏林賢有罪，把他貶謫到日本居住，實際上是要林賢與日本的君臣進行交通。不久胡惟庸又上奏朝廷請求恢復林賢的職位，派使者到日本將林賢招回來，暗地裡卻致書信給日本國王，向日本借兵幫助自己。林賢回來時，日本國王派僧人如瑤率軍人四百多，謊稱是向朝廷進貢，準備進獻巨大的蠟燭等，實際上在其中暗藏了火藥和刀劍。日本軍卒到達時，胡惟庸已經失敗，這個計謀便沒有實行。而皇帝也不知他們的這個計謀。過了幾年，此事才開始敗露，於是皇帝下令滅了林賢的九族，對日本國特別惱怒，決意斷絕與日本國的往來，專心一意致力於海防建設。然而此時日本國王之子滕..壽來國子監學習，皇帝還善待於他。二十四年(1391)五月朝廷特意給滕..壽授以觀察使職銜，將他留在京城。後來皇帝著《祖訓》一部，上面列有不準出兵征討的國家十五個，日本也是其中之一。此後，日本國不再前來朝貢，而海上的入侵騷擾也漸漸停息了。
明成祖即皇帝位時，派使者持登極的詔書前去諭告日本。永樂元年(1403)又派遣左通政趙居任、行人張洪偕同僧人道成一起前往日本。將要出發時，日本國的朝貢使者已抵達寧波。禮部官員李至剛上奏說：“按以往的慣例，番國的使臣進入中國時，不能私自攜帶兵器賣給百姓。應敕令有關官府前去審查他們的船隻，將諸違反禁令的人悉數解送到京城來。”皇帝說：“外國夷人前來進貢，要履險蹈危，路途遙遠，花費甚多。他們有所攜帶以資費用，也是人之常情，豈能一概以禁令拘留他們。至於他們所私帶的兵器，亦允許他們以時價出售，不應阻礙他們向化中國。”十月，日本國使者到，奉上國王源道義的表文和貢品。皇帝以厚禮待之，派官員偕其使者一起回國，給源道義賞賜冠服、龜鈕金章和錦綺、紗羅。
第二年十一月日本國派人向朝廷祝賀冊立皇太子。此時對馬、臺岐各島有賊人搶劫沿海居民，朝廷就諭告日本國王捕捉賊人。國王發兵盡殲賊人，捉住了賊人魁首二十人，在三年(1405)十一月獻到朝廷，並進獻貢物。皇帝益發嘉勵他們，派鴻臚寺少卿潘賜偕宦官王進一起給日本國王賞賜九章冕服和加等的錢鈔、錦綺，歸還他們所獻的賊人，讓日本國自己處置他們。日本使者到寧波，將這些賊首全部放進甑裡，用火將他們蒸死。過了一年正月，皇帝又派侍郎俞士吉持印有玉璽的文書前去褒獎，給日本國王賞賜優厚的禮物，封日本國的山為壽安鎮國之山，皇帝親自撰寫碑文立於山上。六月，日本使者前來謝恩，皇帝又給日本國王賞賜冕服。五年(1407)、六年(1408)日本國頻頻嚮明朝廷獻貢品，並將所抓獲的海寇也獻上來。其使者回國時，請求朝廷賞賜仁孝皇后所制的《勸善》、《內訓》二書，皇帝命令將該二書各給一百本。十一月日本國再次進貢。十二月，日本國的世子源義持派使者前來報告其父的喪訊，朝廷派宦官周全前去弔祭，給日本國王賜諡號為恭獻，並拿財物資助日本國辦喪事。同時朝廷又派官員持皇帝的敕令，封源義持為日本國王。此時海上又有倭人為寇的警報傳來，朝廷再次派官員諭告源義持前去剿捕。
八年(1410)四月，源義持派使者前來謝恩，不久向朝廷獻上所抓獲的海寇，皇帝嘉獎了他。第二年二月皇帝又派王進持敕令褒獎日本國王，並在日本收買貨物。日本國的君臣密謀阻止王進回國，王進偷偷地登上海船，從其他道路逃回國。從此，他們許久不來進貢。這一年，倭賊又入侵盤石。十五年(1417)，倭賊入侵松門、金鄉、平陽。有人捕獲了數十名倭賊，將他們解送到京城，朝廷大臣請求將倭賊予以正法。皇帝說“：以刑罰威嚇他們，不如以仁德感化他們，還是把他們放回去好。”於是命令刑部的員外郎呂淵等持敕令譴責他們，讓他們悔罪自新。同時讓他們把擄掠去的中國人送回來。第二年四月，日本國王派使者隨呂淵等人一起前來朝貢，說：“海盜紛繁，所以朝貢的使者無法到達貴國。至於到貴國為寇為盜的無賴鼠竊之輩，我也實在不知他們的所作所為。希望能寬免我們的罪行，容許我們朝貢。”皇帝認為其言詞頗順耳，答應了他們，仍像以前一樣禮待使者，但海上盜賊仍然不絕。
十七年(1419)，倭賊的船進入了王家山島，都督劉榮率精兵急忙進駐望海堝。倭賊數千人分乘二十隻船，直抵馬雄島，進而包圍了望海堝。劉榮的伏兵出戰，用奇兵切斷倭賊的迴路。倭賊便逃奔到櫻桃園，劉榮合兵攻打，斬殺倭賊七百四十二人，活捉八百五十七名。皇帝召劉榮到京城，封為廣寧伯。從此，倭賊便不敢窺視遼東。二十年(1422)，倭賊入侵象山。
宣德七年(1432)正月，皇帝忽念四方的藩國都來朝貢，只有日本久不進貢，便命令宦官柴山前往琉球，讓琉球王轉諭日本，同時賜給敕令。第二年夏天，日本王源義教派使者來朝貢。皇帝還報他們，賞賜他們白金和彩幣。該年秋天，日本使者又至。二年(1435)十月因英宗即皇帝位，日本派使臣前來朝貢。
正統元年(1436)二月，日本使臣回國，皇帝給日本國王和王妃賞賜銀幣。四月，工部上奏說：“宣德年間，朝廷給日本各國都頒發信符以便稽核，現今已經改變紀年，照例應當變更信符。”皇帝同意了。四年(1439)五月，倭賊乘四十艘船接連攻破台州的桃渚、寧波的大嵩二兩個千戶所，又攻陷昌國衛，進行大肆殺掠。八年(1443)五月，倭賊又入侵海寧。此前，洪熙年間(1425)，黃岩的平民周來保和龍巖的平民鍾普福因被徭役所困，叛逃到倭國。倭賊每次前來入侵，他們都做嚮導。這一次他們又引導倭賊進犯樂清，先登上海岸做偵察。一會兒倭賊離去了，他們二人留在村中乞食，被抓獲，處以極刑，將其首級割下來拋於海上。倭賊性情狡黠，不時在船上載土產和兵器於海濱出沒，得到機會則舉兵器大肆侵掠，沒有機會則把土產陳列在船上稱自己是到中國來朝貢的，東南沿海各省都受其害。
景泰四年(1453)日本派使者入貢，其使者到達臨清時，掠奪居民的貨物，有位指揮前去詰問，幾乎被他們毆打致死。有關官府請求將他們收執起來治罪，皇帝怕因此會失去人心，不答應。此前，永樂初年，朝廷曾詔令日本每十年獻貢一次，每次獻貢人數不能超過二百，船不能超過二艘，不能攜帶兵器，違反者以賊寇論處。於是皇帝賜給他們二艘船，作為進貢之用，後來都沒有遵守這個制度。宣德初年，朝廷又申定要約，進貢之人不能超過三百，船隻不能超過三艘。而倭人貪利，在貢物之外所攜帶的私貨是貢品的十倍，按例都要給錢。禮部官員上奏說“：宣德年間他們所貢獻的硫黃、蘇木、刀扇、漆器等東西，按當時的市價估算給以錢鈔，或折成布帛予以支付，數量雖不多，但他們已獲很大利益。現在若是仍沿習舊制，要付錢二十一萬七千兩，按銀價也是一樣。請求皇上大減其價，只給他們銀子三萬四千七百多兩。”皇帝同意。日本使臣不悅，請求皇帝仍按舊例付錢。皇帝下詔給他們再增錢一萬兩，他們還是嫌少，再請求增加賞賜物品。皇帝又下詔增賜他們布帛一千五百匹，他們最終還是怏怏不樂地離去了。
天順初年(1457)，日本國王源義政認為前次所派的使臣得罪了明朝廷，蒙恩予以寬恕，想派使者前來朝廷謝罪但不敢自達，便移文書給朝鮮國王，讓朝鮮國王代為轉達此意。朝鮮便將此事上報給明朝廷。朝廷商議後敕令朝鮮稽核此事，讓日本國王挑選老成識大體之人充當使臣，不是仍像以前那樣大肆騷擾。日本的使者也沒來。
成化四年(1468)夏天，日本派使者向朝廷貢獻馬匹以表謝恩，皇帝仍按舊例禮待他們。他們當中有通事三人，自述自己本是寧波的村民，幼時被倭賊擄掠，賣給日本，現在請求便道回寧波省祭祖先，皇帝答應了他們，但告誡他們不要和日本使臣一起到家裡，以免引誘中國人下海。十一月，日本使臣清啟又來朝貢，在鬧市中打傷了人。有關官府請求治他的罪，皇帝下詔把該請求交給清啟。清啟上奏說犯法應回到本國受刑，希望容許他回國再按法律治罪，並自述不能服鈐束之罪，皇帝都予以寬免了。從此，日本使者更加無所顧忌。十三年(1477)九月日本使臣又來朝貢，請求《佛祖統紀》等書，皇帝下詔給他們賞賜《法苑珠林》。該使臣轉述其國王的意思，請求在常例之外增加賞賜，皇帝便命令給他們再賜錢五萬貫。二十年(1484)十一月，日本國又派使者上貢。弘治九年(1496)三月，日本國王源義高派使者到中國，回去時路過濟南，使者手下的人又持刀殺人。當地官府請求朝廷治他們的罪，皇帝下詔命令從今以後只准五十人進入京都獻貢，其餘的人都留在船上，對他們嚴加防禁。十八年(1505)冬，日本使者前來獻貢物，此時武宗已即皇帝位，下令像以前一樣對待他們，鑄金牌勘合後交給他們。
正德四年(1509)冬日本使者又來獻貢。禮官上奏說：“明年正月，大祀慶要擺宴席。朝鮮的陪臣安排在殿東的第七班，日本向來沒有先例可循，請將他們安排在殿西的第七班。”皇帝同意。禮官又說“：日本進獻貢物，向來都是用三艘船運來的，現今只運來一船，朝廷給他們賞賜銀幣，應按其貢物的多少而定數目。況且他們這次獻貢物沒有表文，是否給他們下敕文，請求皇上裁定。”皇帝命有關官府移文答覆他們就行。五年(1510)春，日本國王源義澄派使臣宋素卿前來朝貢，此時劉瑾竊取大權，收了他們黃金千兩，給他們賞賜飛魚朝服，這是前所未有的。宋素卿，是鄞縣朱氏的兒子，名縞，幼習歌唱。倭國使臣見後，喜愛他，而朱縞的叔叔朱澄欠倭國使臣的錢，便以朱縞抵債。至此，朱縞充當日本的正使，至蘇州時，朱澄便與他相見了。後來此事被發覺，按法律應當處死朱澄，劉瑾包庇了他，謂朱澄已經自首，獲准免罪。七年(1512)，源義澄的使臣又來獻貢，浙江的守衛大臣說：“現今畿輔、山東地區盜賊充斥，怕使臣遇到後遭受搶劫，請求將獻貢之物貯存在浙江的官庫裡，只收其表文送到京城來。”禮官會同兵部官員商議此事後，請求朝廷給南京守備官下令，在當地設宴賞賜使臣，然後送使臣回國，其所帶的土產全部按價付錢，不阻礙遠方之人的向化之心。皇帝同意了。
嘉靖二年(1523)五月，日本派來朝貢的使臣宗設抵達寧波。不久，宋素卿偕同瑞佐又來中國，他們之間互相爭辯自己是真使臣，誣對方是偽使臣。宋素卿賄賂市舶的太監賴恩，使當地官府設宴時將宋素卿的座次排在宗設之上，宋素卿的船後到卻先為驗發。宗設為此發怒，與他們爭鬥，殺死瑞佐，焚燒了瑞佐的船，追擊宋素卿到紹興城下，宋素卿逃匿到其他地方才倖免於死。殺人兇手回到寧波，所經過之處都遭其焚燒搶劫。他們還綁架了指揮袁王進，奪船出海。都指揮劉錦追到海上，戰死。巡按御史歐珠將此上報朝廷，並說：“據宋素卿所言，西邊海路的多羅義興，向來屬日本統轄，沒有進貢的前例。因日本向朝廷進貢之道一定得經過西部海域，正德年間已經勘合過的金牌被多羅義興所奪。宋素卿等人不得已，拿弘治年間勘合的金牌，從南邊海路啟程來到中國，等到寧波時，因為責問宗設為何冒充使臣，才致引起爭鬥。”皇帝將該奏章交給禮部，禮部官員建議“：宋素卿的言詞未可盡信，不應讓他進京入朝。但爭鬥是由宗設挑起的，宋素卿那一夥的人被殺不少。宋素卿以前雖犯有投番罪，但已經先朝寬恕赦免，可不再問罪。現在只宣諭宋素卿回國，移文諮問日本國王，讓他審察有無經過勘合的金牌，再行追究治罪。”皇帝已同意這個建議，御史熊蘭、給事中張羽中交相上章說：“宋素卿的罪行深重不可寬恕，請求朝廷一併治賴恩及海道副使張芹、分守參政朱鳴陽、分巡副使許完、都指揮張浩的罪。然後封閉海關斷絕入貢，振興中國的威風，使狡寇的陰謀無法實施。”此事正在商討行動，碰上宗設黨徒中的中林、望古多羅所乘坐的船隻，被暴風颳到朝鮮。朝鮮人襲擊並斬殺了他們三十人，活捉中林和望古多羅獻到京城。給事中夏言因此請求朝廷將此二人押赴浙江，會同當地官府與宋素卿一起雜處治罪。朝廷於是派給事中劉穆和御史王道一起前往浙江。嘉靖四年(1525)，訟事成立，宋素卿、中林、望古多羅三人一併處以死罪，關進牢獄之中。時間一久，他們都病死在監獄之中。此時有琉球的使臣鄭繩回國，朝廷要他回國後轉告日本國王，讓他將宗設擒獻到朝廷，歸還袁王進和海濱郡縣中被擄掠去的百姓，否則就封閉海關斷絕其入貢，並商議征討他們。
九年(1530)，琉球的使臣蔡瀚，路過日本時，日本國王源義晴附表給蔡瀚帶往朝廷，說：“向來因為日本國內多戰事，干戈阻道，正德年間勘合的金牌無法到達東都，所以宋素卿只好捧著弘治年間勘合的金牌出使貴國，現請求朝廷寬恕並遣返他們。同時希望朝廷賜予新勘合的金牌、金印，我們可按往常那樣進貢。”禮官驗收其表文時，發現上面沒蓋有印篆，便上奏說：“倭人詭詐難以使人相信，還是敕令琉球王傳告他們，讓他們仍遵前次所敕的命令列事。”十八年(1539)七月，源義晴所派的獻貢使臣到達寧波，當地守衛大臣將此上報朝廷。此時日本已有十七年沒與朝廷通貢了，朝廷敕令巡按御史督同三司的官員前去共同稽核，如果他們確是誠心效順，就按制度禮待並遣送他們回去，否則就拒絕他們，並嚴禁當地的居民與他們交通往來。第二年二月，日本獻貢的使臣碩鼎等人到達京城申述前次的請求，並乞求朝廷頒賜嘉靖朝新勘合的金牌，歸還宋素卿其人和原先留在中國的貢物。禮部建議說“：勘合的金牌不能急急忙忙地給他們，務必要他們拿舊的來換新的。每次朝貢的日期限定十年，朝貢的人不得超過一百，船不得超過三艘，其餘的請求不可答應。”皇帝下詔同意。二十三年(1544)七月日本使臣又來朝貢。這次朝貢沒有到該朝貢的日期，而且還沒有表文上達。禮部大臣認為不應當接受，將貢物退回。該使臣就拿這些貢物與當地百姓互做交易獲利，留在海濱地區不肯離去。巡按御史高節請求朝廷追治沿海地區文武將吏的罪，嚴禁奸商豪強與他們交通往來，皇帝同意。而內地的諸奸商因從與他們的交易中可獲利，多收容包庇他們，因此最終無法徹底禁絕。
二十六年(1547)六月，巡按御史楊九澤上奏說：“浙江的寧波、紹興、台州、溫州都臨海，其地界又與福建的福州、興州、漳州、泉州各郡相連，常有倭人入侵，雖然設定了衛所城池和巡海副使、備倭都指揮等，但是海盜還是出沒無常，兩地的官員無法通氣攝製，因此制御海盜就很困難。請求朝廷按以往慣例，特地派遣巡視大臣，統攝濱海諸郡，處理庶事的權力歸於統一，這樣威嚴的命令才容易施行。”朝廷大臣商討後認為楊九澤所言很對，於是任命副都御史朱紈巡撫浙江，兼管福州、興州、漳州、泉州、建寧五個府的軍事。不久，日本國王源義晴派使臣周良等人先期前來向朝廷獻貢，貢品用四艘船裝運，隨行人員有六百。他們停泊在海外以等待明年的獻貢日期。當地守衛大臣阻止他們，他們則說是被風飄來的作為解釋。十一月此事上報朝廷，皇帝認為先期到達不符合制度，況且獻貢的人和船都超過了規定數額，敕令當地守衛大臣勒令他們回去。十二月，倭賊進犯寧波、台州兩個郡，進行大肆殺掠，兩個郡的將吏一併獲罪下獄。
第二年六月，周良又請求獻貢，朱紈將此上報朝廷。禮部官員上奏說“：日本國前來獻貢的日期、船隻和人數雖然違反了制度，但這次他們的表文中言辭恭順，況且離獻貢的日期也不遠了，倘若一概加以拒絕，則航海之辛勞也應加憐憫，倘若稍加含容，則宗設、宋素卿之爭亦可做借鑑。應敕令朱紈，讓他遵循十八年(1539)的先例，送五十人進京朝貢，其餘的人留在嘉賓館，適量加以犒賞，然後諭令他們回國。若有雙方互做貿易和防守之事，應讓朱紈親自處理。”皇帝同意，朱紈則竭力說只送五十人太少，於是朝廷便讓他送一百人赴京都。禮部建議只給這一百人實行賞賜，其餘的隨行人員不給賞賜。周良則訴說裝載貢品的船高大，必須有五百人才能駕駛。而且中國的商船進入海中以後，往往藏匿在島中作為盜賊，所以要增加一艘船以防海盜，這不是故意違反制度。禮部建議適量增加其賞賜，並說：“以一百人做定製，他們國家勢必難以遵行，應量其獻貢之船的大小，以實施禁令。”皇帝同意。
日本國在孝宗、武宗兩位皇帝當政時，曾勘合了近二百道金牌，其使臣前次入朝獻貢時要求頒發新勘合的金牌，朝廷則讓他們繳出舊的金牌。這次周良持弘治年間勘合的十五道金牌前來入貢，說其餘的金牌都被宋素卿的兒子竊走，已搜捕不到了。至於正德年間勘合的金牌，他們留下十五道作為憑信，拿四十道歸還朝廷。禮部建議讓他們在日後把舊勘合的金牌悉數上繳後，才給他們發新勘合的金牌，皇帝也同意了。
當此之時，日本國王雖然嚮明朝廷進貢，但其島嶼上的諸倭人每年卻常侵略濱海地區，而濱海地區的奸民又往往與倭賊勾結在一起。朱紈於是嚴厲申述禁令，一旦抓獲與倭賊交通之人，不等朝廷的命令便相機斬殺。這樣一來，浙江、福建那些長期以來作為倭賊代理人的大姓人家因失去利益而產生怨恨。朱紈又數次上疏給朝廷，明白指出這些大姓勾通倭賊的情狀，因此閩、浙兩省的人都厭惡朱紈，其中閩籍人尤甚。巡按御史周亮，是閩籍出生，上疏詆譭朱紈，請求朝廷將巡撫改為巡視，以削奪朱紈的權力。在朝廷中為官的周亮的同黨，竟然運用自己的力量和影響四出活動，使周亮的疏章獲得透過。接著又剝奪了朱紈的官職，羅織了朱紈擅殺無辜的罪名，朱紈便自殺而死。從此以後四年內沒有設定巡撫之職，海禁又鬆弛了，海上盜寇之亂也更為嚴重。
按祖先的制度，在浙江設定市舶提舉司，以宦官主持該司的事務，駐地在寧波。海船到達時，市舶提舉司評價其貨物的價值，但制馭之權則在朝廷。到世宗皇帝時，將鎮守地方事務的宦官全部撤回朝廷，同時撤銷了市舶，於是濱海地區的奸人便操縱了海上貿易的利益。剛開始交易時還是以商人為主，等到嚴禁與番人交通的禁令下達後，這種交易便轉移到貴官之家，這樣貴官之家欠倭人之債的也愈來愈多。等到倭人前來索債太急時，這些官宦人家或以危言恫嚇他們，或又以好話欺騙他們，說我們最終不會虧待你們的，等等。倭人沒取得資金無法回去，為此大為怨恨，而大奸人如汪直、徐海、陳東、麻葉之流又長期聚集在他們當中，因在內地無法得逞其事，於是全部逃到海島上去做主謀。倭人都聽他們的指揮，他們便引誘倭人做海盜。海中的巨盜，於是都沿襲倭人的服飾、旗號，並且分船搶掠內地，無不獲大利，因此倭寇之患日愈劇烈，於是朝廷大臣商議後又設定巡撫官職。三十一年(1552)七月任命僉都御史王忄予出任巡撫之職，而此時倭賊寇盜之勢已經熾盛，無法撲滅了。
明朝初年，沿海的關鍵地區建立了衛所，設定了戰船，讓都司、巡視、副使等官監督行事，因此控制得頗為周密。等到國內享受太平已久，以致戰船破爛，軍隊空虛。一旦遇到敵警，便招募漁船放哨守衛。這樣計程車兵沒有經過長期訓練，船也不是專業戰船，於是一見到海寇的船隻，總是望風而逃，而上面又沒有統帥率領他們抵禦海寇。以致賊船所到之處，無不受其殘破。
三十二年(1553)三月，汪直勾結諸倭賊大舉入侵，率戰艦數百艘，蔽海而至。浙東、浙西、長江之南、長江之北，沿海數千裡地方，同時告警。倭賊攻破昌國衛。四月又進犯太倉，攻破上海縣，掠奪了江陰，攻打乍浦。八月他們又搶劫金山衛，進犯崇明、常熟和嘉定。三十三年(1554)正月他們又從太倉出發掠奪蘇州，攻打松江，又朝長江以北進發，進逼通、泰兩州。四月，他們攻陷嘉善，攻破崇明，又進逼蘇州，進入崇德縣。六月，他們從吳江出發掠奪嘉興，回來時駐紮在柘林。他們縱橫往來，如入無人之境，新任巡撫王忄予也無法有所作為。不久，王忄予改為大同巡撫，以李天寵代王忄予做浙江巡撫，朝廷又命令兵部尚書張經總督軍務。於是從四面八方徵兵，協力進剿倭賊。
此時，倭賊以川沙窪、柘林為巢穴，四出擄掠。第二年正月，倭賊奪船進犯乍浦、海寧，攻陷崇德，轉而擄掠塘棲、新市、橫塘、雙林等地，攻陷了德清縣。五月，在內地的倭賊又糾集新到的倭賊突然進犯嘉興，到王江涇時，被張經斬殺了一千九百多人，其餘的逃奔到柘林。其他倭賊又掠奪了蘇州境內，波及到江蘇、無錫，還出入於太湖。縱觀倭賊之人，真正的倭人大致佔十分之三，而跟隨倭人為寇為盜的佔十分之七。倭賊遇戰時，驅使其所擄掠來的人做前鋒，法律嚴明，所以人人至死不退，而官軍素來懦怯，倭賊一至則潰奔逃散。皇帝便派工部侍郎趙文華督察軍情。而趙文華卻顛倒功罪，於是各路官軍更加解體。張經、李天寵一併被逮捕問罪，以周王充、胡宗憲代替他們的職位。過了一個月，周王充被罷官，以楊宜代替周王充。
此時倭賊勢力蔓延，江蘇、浙江無不遭受他們的蹂躪。新來的倭賊越來越多，也更肆毒無忌。每次他們都自焚其舟，然後上岸搶劫。從杭州的北新關向西剽掠淳安，突破徽州的歙縣，到達績溪、旌德，又經過涇縣，奔向南陵，於是到達蕪湖。他們焚燒長江南岸後，奔向太平府，進犯江寧鎮，直接侵犯南京。倭賊著紅衣黃蓋，率領眾人進犯大安德門，到夾岡時，又朝秣陵關進發，從溧水向溧陽、宜興流動，並洗劫了溧陽和宜興。聽到官軍從太湖出發後，便越過武進，抵達無錫，駐紮在惠山。他們一晝夜奔走一百八十多里，抵達滸墅，結果被官軍包圍。官軍追擊到楊林橋，將這群倭賊殲滅在這一仗中，倭賊人數只有六七十，而經過的地方卻達幾千裡，被他們殺戮殺傷的人幾乎有四千，經歷的時間達八十多天，這是三十四年(1555)九月的事。
應天府的巡撫曹邦輔將捷報上奏到朝廷，趙文華對曹邦輔建功頗為顧忌。因倭賊的巢穴在陶宅，趙文華便大集浙江、直隸的軍隊，與胡宗憲一起帶兵進剿。同時，趙文華還約曹邦輔一起聯合進剿，分道並進，在松江的磚橋安下營寨。倭賊出動全部精銳前來衝擊官軍的軍營，官軍大敗。於是趙文華氣餒，而倭賊更為猖獗。十月，倭賊從樂清登岸，流動洗劫了黃岩、仙居、奉化、餘姚和上虞，這些地方被殺被擄的人無法計算。倭賊到達嵊縣時，被官軍殲滅，一數他們還不滿二百人，卻已深入到了三個府的地界之內，騷擾達五十日之久。此前有一支倭賊從山東的日照流動洗劫了東安衛，後來又到淮安、贛榆、沭陽、桃源等地，等到達清河時因下雨被阻，於是被徐、邳兩地的官軍所殲滅，清點時發現倭賊也才不過是數十人，卻流害千里，殺戮了千餘人，其驃悍達如此地步。趙文華自磚橋失敗之後，發現倭寇勢力更甚於以往。原先紮營在柘林的倭賊轉移到周浦，與停泊在川沙舊巢穴中的倭寇和駐紮在嘉定高橋的倭賊往來自如，無時無日不侵犯其他地方，而趙文華卻以倭患已經停息上報朝廷，請求回京。
第二年二月，楊宜被罷官，以胡宗憲代理楊宜的職務，任命阮鶚為浙江巡撫。在此情況下胡宗憲便請求朝廷派使者前去諭告日本國國王，讓他禁止島上的賊寇進犯中國，將與番賊勾通的奸商招回來，答應讓他們立功贖罪。皇帝的聖旨頒下之後，胡宗憲便派寧波學士蔣洲、陳可願前往日本。不久，陳可願回來，說他們到了日本國的五個島碰到汪直、毛海峰，說日本國內動亂，其國王和相國都已死，各島之間沒有統屬關係，必須遍諭日本各島才能杜絕倭寇的進犯。還有個叫薩摩洲的地方，雖然他們也乘船進犯中國，但這不是他們的本心所願，他們請求與中國通貢互相貿易，並願意殺賊以表示他們對中國的順服之意。蔣洲和陳可願商議後，便留下蔣洲去傳諭各島，陳可願回來彙報。胡宗憲將此情況上報朝廷，兵部上奏說：“汪直等人本是中國的編戶之民，既然聲稱效順朝廷，應即刻放下武器。他們卻絲毫不提及此事，還要求朝廷開通市場讓他們通貢，隱然他們好像是中國的屬國一樣，其奸心不可叵測。為此應命令督軍大臣振揚國威，對海防嚴加守衛。同時移檄文給汪直等人，讓他們剿除舟山地區的各倭賊巢穴，以表明自己的心跡。如果此後海疆果然清靜太平，朝廷對他們自然加以恩賞厚賜。”皇帝同意。
此時兩浙地區都遭受倭害，慈溪被倭賊焚燒殺戮最為嚴重，餘姚次之。浙西的柘林、乍浦、烏鎮、皂林之間，都有倭賊巢穴，前後到達這些地方的倭賊有二萬多人。朝廷讓胡宗憲趕快拿一個治理方略出來。七月，胡宗憲上奏說：“賊人的首領毛海峰自陳可願回來後，先在舟山打敗了倭寇，又在瀝表再次擊退倭寇的騷擾，並派遣他的黨徒前去各島嶼上招撫賊人，率領他們效順朝廷，請朝廷給毛海峰加以重賞。”兵部讓胡宗憲自己相機行事。正當此時，徐海、陳東、麻葉三人正連兵一處圍攻桐鄉，胡宗憲設下計謀離間他們之間的關係，徐海便活捉了陳東和麻葉向官軍投降，官軍便在乍浦全部殲滅陳東和麻葉的餘黨。不久，胡宗憲又率軍跟蹤徐海到梁莊，徐海也被殺，他的餘黨也被盡殲。這樣，江南、浙西的賊寇略為平息，而長江以北的倭賊則進犯丹陽，劫掠瓜洲。燒燬漕運的倭賊第二年春天又進犯如皋、海門，攻打通州，搶劫揚州、高郵等地後，進入寶應，於是入侵淮安府，並在廟灣集結，過了一年官軍才收復這些地方。而浙東的倭賊則盤踞在舟山，官軍也先後向他們發起攻擊。
先前，蔣洲到各島嶼去宣示朝廷的諭告，到達豐後島時被當地人留了下來，他便派僧人到山口等島嶼上繼續傳示朝廷的禁令。這樣，山口的都督源義長便修好諮文，送還從中國擄掠去的人口，但他的諮文中用的乃是日本國王的印篆。豐後的太守源義鎮也派僧人德陽等準備好土特產，奉表向朝廷謝罪，請求朝廷給他們頒發經勘合的金牌，以便他們向朝廷獻貢，並將蔣洲送了回來。以前楊宜在任時，曾派遣鄭舜功出海偵探情況，行到半後島時，島主也派僧人清授隨船前來謝罪，說豐後島有人為寇，前後侵犯中國，都是中國的奸商暗地裡勾引各島上的夷人引起的，源義鎮等人實際上並不知曉。這樣一來，胡宗憲便上疏陳述這些情況，說：“蔣洲奉命出使二年來，只經過半後、山口兩個島嶼，他們有的有貢物但沒有經過勘合的印信，有的有印信卻沒有國王的名稱，這些都是違反朝廷典章的。但是他們既然已前來獻貢，又送還從中國擄掠去的人口，實在是有畏罪之心、請恩之意。應該以禮遣送其使者回去，讓他們諭告源義鎮和源義長，要源義鎮和源義長轉告日本國王，讓他將倡導將到中國作亂的諸渠長擒拿後獻到朝廷，將逃到日本的中國奸宄之徒一併擒送到京都來，才答應與他們通貢貿易。”皇帝下詔同意。
汪直盤踞在海島上，與其黨徒王氵敖、葉宗滿、謝和和王清溪等人，各倚仗倭寇稱雄。朝廷甚至給他懸賞伯爵的爵位和黃金一萬兩，讓他回來，他也不回。到此時，內地的官軍已頗有防備，倭賊雖然橫行，亦多遭官軍的剿戮，甚至還有全島倭賊出來後竟沒有一人生還的。於是倭賊往往埋怨汪直，汪直漸漸感到不安。胡宗憲與汪直同郡，便把汪直的母親和家小都安置到杭州居住，派蔣洲持汪直的家書前去招撫汪直。汪直知道自己的家屬平安無事後，頗為心動。源義鎮等人也因中國答應與他們互相開展貿易，也頗為高興，於是他們裝了一大船貨，派其屬下善妙等四十多人隨汪直等人前來獻貢和貿易，在三十六年(1557)十月初抵達舟山的岑港。當地的將吏以為是倭賊入寇，便陳兵防備。汪直便派王氵敖去見胡宗憲，說：“我們是為通好而來的，為何布兵迎接我們？”王氵敖就是毛海峰，汪直的養子。胡宗憲對他厚加慰勞，指心發誓沒有其他意思。過了一會兒，善妙等人到舟山去拜見副將盧鏜，盧鏜讓善妙把汪直拿住獻給朝廷。此語洩露後，汪直更加疑慮。胡宗憲百方開導，汪直始終不信，說：“果然像你所說的那樣，可派王氵敖出來，我就登岸前來拜見。”胡宗憲立刻把王氵敖遣送出來。汪直又邀一名貴官為人質，胡宗憲便命令指揮夏正前去。汪直認為可信，便與葉宗滿、王清溪一起來拜見。胡宗憲大喜，對他們以厚禮相接，並讓他們到杭州去拜謁巡按御史王本固，王本固則把汪直等人交給下屬官吏處置。王氵敖等人聽到訊息後，大恨，肢解了夏正，焚船登上山頭，佔據岑港。
過了一年，新的倭寇大批湧來，屢次進犯浙東三個郡。岑港的倭賊便慢慢轉移到柯梅，建造新船後出海，胡宗憲也不追擊他們。十一月，倭賊揚帆往南而去，停泊在泉州的浯嶼，搶劫同安、惠安、南安各縣，攻打福寧州，攻破了福安、寧德等地。第二年四月倭賊包圍了福州，時間長達一個多月。福清、永福各城也都遭倭寇攻毀，倭賊還騷擾興化，在漳州地區奔突往來。這樣倭寇之患全轉移到福建，而潮州、廣州間也紛紛有倭警傳來。到四十年(1561)，浙東和長江以北的諸寇亂相繼平定。胡宗憲不久因罪被逮捕下獄。第二年十一月，倭賊攻陷興化府，進行大肆殺戮搶劫後，移居平海衛，不離開了。當初，倭賊進犯浙江時，攻破州縣衛所的城池數以百計，但卻沒有攻破府城的。這次興化府失陷，遠近都受到極大震動，朝廷便急忙徵調俞大猷、戚繼光、劉顯等將領合兵攻擊，大敗了倭賊。而侵犯其他州縣的倭賊也被各將攻破，福建的倭患也被平定了。
此後，廣東的巨寇曾一本、黃朝太等人，無不勾引倭賊作為自己的援助。隆慶時期(1567～1572)，他們攻破了碣石、甲子等衛所。之後，他們又進犯化州的石城縣，攻陷錦囊所和神電所。吳川、陽江、茂名、海豐、新寧、惠來各縣，也都遭受他們的焚燒搶劫。他們又轉而進入雷州、廉州和瓊州，這三郡也遭受其亂。萬曆二年(1574)倭賊進犯浙東的寧波、紹興、台州、溫州四個郡，接著又攻陷廣東的銅鼓石、雙魚所。三年(1575)進犯電白。四年(1576)進犯定海。八年(1580)倭賊進犯浙江的韭山和福建的澎湖、東涌等地。十年(1582)進犯溫州，後來又進犯廣東。十六年進犯浙江。但此時的海疆官吏已以嘉靖年間的禍亂引以為戒，海防頗為嚴密，倭賊來犯總是失利而回。侵犯廣東的倭賊，是受譙民梁本豪的勾引所致，勢力尤為猖獗。總督陳瑞集結各軍攻擊倭賊，斬殺了他們一千六百多人，擊沉他們的船隻一百餘艘，梁本豪也被斬首。皇帝為此到郊廟告謝祖宗，宣告大捷並接受大臣們的祝賀。
日本以前有王，王之下最尊貴的是關白。此時山城州的渠長信長就是關白。有一天信長偶然出去狩獵，遇到一個人躺在樹下，該人受驚後起來與信長髮生衝突，信長把他抓起來審問。該人自稱是平秀吉，薩摩州人的奴隸，體魄雄健，身法矯捷，頗有辯才。信長喜歡他，讓他牧馬，給他取名叫木下人。後來漸漸讓他辦事，替信長出謀劃策，奪取兼併了二十幾個州，於是被信長委任為攝津的鎮守大將。有個參謀叫阿奇支，因得罪了信長，信長便命令平秀吉帶兵前去征討。不久信長被其手下的大臣明智所殺。平秀吉剛好消滅了阿奇支，聽說了事變後，與自己的部將行長等人乘勝回兵誅殺明智，於是威名更振。不久平秀吉廢除了信長的三個兒子，自己稱為關白，把信長的原有勢力全收歸到自己的手中，這時是萬曆十四年(1586)。從此他更加整肅軍隊，征服了六十六個州，又以兵力威脅琉球、呂宋、暹羅、佛郎機等國，讓這些國家給日本獻貢。平秀吉又將國王所居的山城改為大閣，廣築城郭，興建宮殿，其樓閣有建至九重的，其中珍藏有婦女和珍寶。平秀吉行事法度森嚴，軍隊打仗有進無退，違反者不管是自己的兒子還是女婿都必誅死，所以他的軍隊所向無敵。平秀吉還將紀元改為文祿，想入侵中國，滅亡並佔有朝鮮國。他召見並詢問過以前汪直所留下的餘黨，瞭解到漢人像害怕虎狼一樣害怕倭人，於是其氣勢益發驕橫。他大治武器，擴軍備戰，修繕船艦，與其屬下謀劃，入侵中國北京的用朝鮮人做嚮導，入侵浙江、福建沿海郡縣的則用漢人做嚮導。他怕琉球會洩露該密謀，不讓琉球嚮明朝廷獻貢。
有個同安人名叫陳甲，在琉球經商。他怕遭到中國的迫害，便與琉球長史鄭迥謀劃，借進貢之際請求朝廷封他為使者，把日本國的情況上報朝廷。陳甲又回故鄉，將此情況告訴了巡撫趙參魯。趙參魯將此上奏給皇帝，皇帝交給兵部，兵部則移諮文給朝鮮國王。朝鮮國王卻只辯解說所謂以朝鮮人為日本人入侵北京做嚮導是誣陷，也不知道日本人正在謀劃吞併自己的國家。
原先，平秀吉廣泛徵集各鎮的軍隊，儲備了三年的糧食，想自己帶兵進犯中國。此時正好碰上他的兒子死亡，身旁又沒有兄弟可以託付。此前平秀吉又將豐後島的主妻奪來做自己的妾，怕豐後島成為自己的後患。而各鎮也都埋怨平秀吉為人暴虐，都說：“這次徵兵不是去襲擊大唐，而是襲擊我們哪。”於是心裡各懷異志。於是，平秀吉不敢親自帶兵出國作戰。二十年(1592)四月，平秀吉派遣他手下的大將清正、行長和義智，以及僧人玄蘇、宗逸等，率戰船數百艘，從對馬島渡海攻陷了朝鮮的釜山，然後乘勝長驅直入，五月渡過臨津，劫掠開城，分別攻陷豐德各郡。朝鮮軍隊望風潰逃，清正等人便進逼王京。朝鮮國王李日公放棄王京逃奔到平壤，後又逃奔到義州，派使臣絡繹不絕地嚮明朝廷告急。倭軍於是進入王京，俘虜了朝鮮國的王妃和王子，並追擊到平壤，讓士兵肆行淫掠。七月，明朝廷命令副總兵祖承訓赴朝鮮救援，與倭軍在平壤城外接戰，結果大敗，只祖承訓一人倖免於死。八月，朝廷便任命兵部侍郎宋應昌為經略，都督李如松為提督，率軍前往朝鮮討伐倭人。
正當此時，寧夏之亂未平，而朝鮮的戰事又起，兵部尚書石星無計可施，便招募能說服倭人退兵之人前去偵探倭軍的虛實，於是嘉興人沈惟敬便應募。石星即刻給他假封了一個遊擊將軍的頭銜，將他送到李如松的麾下聽用。第二年，李如松的軍隊在平壤大捷，朝鮮國所失去的四個道一併被收復。李如松乘勝進軍到碧蹄館，因失敗而退軍。於是朝廷中封貢的議論又起，朝廷為補救軍事上的闕失便讓沈惟敬調解成和局，此事詳見本書《朝鮮傳》。時間一久，平秀吉死，諸倭軍都揚帆回國，朝鮮之患也平息了。但是自從關白侵略東邊國家開始，前後七年，喪失軍隊數十萬人，花費糧餉錢財數百萬，而明朝廷和朝鮮國的損失至今還無法算清。到關白死亡，兵禍才停息，諸路倭軍也都退回島內守巢，東南地區這才稍有安枕之日。
縱覽整個明代，不與倭人來往的禁令一直很嚴，以至閭巷中的百姓互相爭執時都責罵對方是倭賊，有的還拿倭賊來恫嚇自己不聽話的小兒女。
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